R是包含了数据可视化功能的用于统计分析的编程语言。该语言通过Comprehensive R Archive Network(CRAN)拥有高度的可扩展性,该网络托管了10,000多个R包,用于生成出版数据,专用计算工具等。
为了保证可以自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像,只需要运行这两行代码即可:
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
为了保证我们可以自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像,其实是可以在Rstudio中进行设置的,只需要运行这两行代码即可:
This section is the further study of single cell data analysis following the previous BIC.
R 是一门开源编程语言和自由的环境,主要用于统计分析、绘图。它由 R 基金会支持,主要用于统计分析。它主要被数据统计和分析师们用来开发统计软件,并用来进行数据分析。
首先用file.edit()来编辑文件:file.edit('~/.Rprofile')
方法一:手动设置,Tools→Packages→Primary CRAN repository
R包是多个函数的集合,具有详细的说明和示例,学习生信R语言必学的原因是丰富的图表和biocductor的各种生信分析R包,包的使用是一通百通的,以dplyr为例,讲解一下R包
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
安装命令是install.packages(“包”)(安装在CRAN里的包),或者BiocManager::install(“包”)(安装在Biocductor)即可安装对应的包。之前已经安装过dplyr包了,所以直接加载即可
R包是多个函数的集合,R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
还有一种像Linux一样直接修改R中的相当于Linux中的.bashrc/环境文件一样的R的环境文件.Rprofile即可
devtools::install_github("用户名/包名称") 注意一定要知道用户名
(1)CRAN网站 install.packages()
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")):
R包安装命令是install.packages(“包”)#安装的包存在于CRAN网站
(1)在Rstudio程序设置中设置,可以用options()$repos来检验,但有时候还是不能成功,也不能下载Bioconductor的包
summarisedplyr的两个实用技能%>%(cmd/ctr + shift + M)
function()是创造函数的函数,括号里是形式参数,有默认值就写上,例如这里的m=2
inner_join()函数和merge()函数都用于将两个数据框按照某些共同的列进行合并,但它们有一些区别:
install.packages() R包在Biocductor BioManager::install()
将 CRAN 镜像地址设置为了清华大学的镜像站点。这样,在使用 R 语言安装或更新包时,系统会优先从清华大学的镜像站点下载,从而加快下载速度
使用到哪个包就去安装和加载,知道要用的函数以及简单使用规律,查看帮助文档入门,统计学学到一定的程度,不要默认值,去指定值,这个过程可以调试。
为了一劳永逸地完成镜像配置,我们需要在将镜像链接设置在R的初始配置文件.Rprofile里。
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
R包直接在Rstudio页面下载的3大来源:官网CRAN、Biocductor、github
学生信为啥要学R语言:R语言拥有丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
首先用file.edit('~/.Rprofile')打开.Rprofile文件;然后在.Rprofile文件内添加下列两行代码
参见:https://mp.weixin.qq.com/s/UJ3S2bFYASG9P4xBWDLQQg
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))清华源
菜单栏-Tools-Packages-Primary CRAN repository-选择国内镜像
参见:https://cloud.tencent.com/developer/article/1728636
(原网址http://www.bio-info-trainee.com/3727.html)
install.packages()/BiocManager::install()
13.简单合并:cbind()&rbind() 注:c:col指行,r:row指列
但有时候,我们可能需要通过biocmanager 安装包,就无法通过R studio 来修改了。
深感遗憾,我以前的教程还特意选择了他,比如下面的安装最新版R语言: sudo vi /etc/apt/sources.list# deb http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ xenial/sudo apt-get updatesudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9sudo apt-get updatesudo apt-get in
dplyr是一个在R语言中非常流行的数据处理包,它提供了许多功能强大且易于使用的函数,包括 select、 filter、mutate、arrange和summarize 等。这些功能使得dplyr成为数据清洗、处理和分析的首选包。
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