plot()调用认为data.frame是原子向量 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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方差分析与R实现

R中，函数shapiro.test()提供了W统计量和相应P值，所以可以直接使用P值作为判断标准，其调用格式为shapiro.test(x)，参数x即所要检验的数据集，它是长度在35000之间的向量。...R中最常用的Bartlett检验,bartlett.test()调用格式为 bartlett.test(x，g…) 其中，参数X是数据向量或列表(list) ; g是因子向量，如果X是列表则忽略g.当使用数据集时...，默认为TRUE; contrasts是公式中的一些因子的对比列表。...", xtick = FALSE, xaxt = par("xaxt"),axes = TRUE,...) x.factor表示横轴的因子 trace.factor表示分类绘图的因子 response是数值向量...，要输入响应变量 fun表示汇总数据的方式，默认为计算每个因子水平下的均值 type指定图形类型 legend是逻辑值，指示是否生成图例 trace.label给出图例中的标签。

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【R的极客理想系列文章】RHadoop培训之 R基础课

对象内在属性：模式和长度 R操作的实体是对象。实数或复数向量，逻辑向量和字符串向量之类的对象属于"原子"型的对象，因为它们的元素都是一样的类型或模式。...列表被认为是一种"递归"结构而不是原子结构,因为它们的元素可以以它们各自的方式单独列出。函数和表达式也是递归结构。...对于简单的向量，类是对应的模式(mode)："numeric"，"logical"，"character" 或者"list" 其他的类型，像"matrix"，"array"，"factor" 和"data.frame...它的分量是那些当作参数的列表。 list.ABC <- c(list.A, list.B, list.C) 14). 数据框数据框是一个属于data.frame类的列表。...例如，plot() 有默认的方法和变量处理对象类"data.frame"，"density"，"factor"，等等。

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R语言常见函数知识点梳理与解析 | 精选分析

= FALSE, useNames = TRUE) x是一个向量或者数组；arr.ind = FALSE 默认返回数组索引 > set.seed(1) > x <- rnorm(10) > x [1...；ceiling（）向上取整 > round(3.5) [1] 4 > floor(3.5) [1] 3 > ceiling(3.5) [1] 4 11、sign（）符号函数 sign（）根据其参数向量中的数值是正值...numeric：数值型向量 logical：逻辑型向量 character；字符型向量 list：列表 data.frame：数据框 c：连接为向量或列表 length：求长度 subset：求子集...21、自定义函数相关 function：函数定义 source：调用文件 call：函数调用 22、输入输出 cat，print：显示对象 sink：输出转向到指定文件 dump，save，dput...等 25、时间序列 ts：时间序列对象 diff：计算差分 time：时间序列的采样时间 window：时间窗说明：本文中前半部分内容为作者自行整理，后半部分内容引自网络，稍作整理（蓝色标记部分是笔者认为比较常见和使用的函数

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R语言高级数据结构data.table

对于data.frame大家应该很熟悉，它可以存储不同数据类型的向量数据。今天给大家介绍一个升级版的data.frame，其不仅可以存储不同数据类型还可以进行多列的并行运算。...as.data.table 将R对象转化为data.table格式的数据，其对象可以为列表，向量，data.frame。...3. data.table中数据函数的调用以及并行运算的加入： DT[,sum(y)] DT[,.(sum(y),sum(v))] ? 4. 自定义函数的执行，需要用{}包裹所有的命令。...DT[,{print(y); plot(y)}] 5. 分组计算的运算，可以单列分组也可以多列分组： DT[,.(sum=sum(y)),by=x] DT[,.(sum=sum(v)),by=....其中数据各列的增加，删除，修改，用到的函数是:=。 DT[,y1:=y] DT[,y:=NULL] DT[,y:=(y+1)] ?

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数据视化的三大绘图系统概述：base、lattice和ggplot2

数据可视化是数据分析过程中探索性分析的一部分内容，可以直观展示数据集数据所具有的的特征和关联关系等。...Split/position 数值型向量，在一页上绘制多幅图形 Type 字符型向量，设定一个或多个散点图的绘图参数，（如p=点，l=线，r=回归，smooth=平滑曲线，g=格点） xlab/ylab...1.3 面板函数自定义面板的各个选项，然后在绘制图形的函数中调用即可示例4：panel面板函数设置 mypanel = function(x,y){ panel.abline...(v=mean(x),h=mean(y), lty=2) # 加线，v是水平线，h是竖直线，线类型为2, panel.lmline(x,y,col="red") # 加线性回归线，...：第一个plot()函数把页面分割为一列两行的矩阵，并将图形放置到第一列第一行中；第二个plot()函数将图形放置到第一列第二行中，由于plot()函数默认启动新的页面，因此使用newpage = FALSE

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R3数据结构和文件读取

[]前面是数据框或矩阵，[[]]前面是列#3单个向量4种操作：#（1）赋值加输出（2）数学计算，（3）条件判断生成的是逻辑值，生成长度相等的逻辑值（x==y，向量不一样长时，谁长取谁，（4）初级统计,（...第一次出现视为没有重复）length（X判断向量长度，连接paste0（rep（“studengt”，length（x），x）3个向量不一样长时，谁长取谁），unique去重复，输出的是数据，duplicated...（x有哪些元素在y不存在）#重点向量筛选(取子集)[]：中括号里面是向量（有4种生成方式）将TRUE对应的值挑选出来，FALSE丢弃。...（1）按照逻辑值（[]里面是逻辑值，与x对应，不必由x生成）：中括号里是与x等长且一一对应的逻辑值向量（13个彩色球取出蓝色和绿色，x[x%in%y]，13个数取>7,x[x>7]）；（2）按照位置：中括号里是由...) #储存到Rdata文件夹里## Error in save(x, file = "Rdata/xxx.Rdata"): object 'x' not found#实战项目组织方式二，在文件夹二中调用文件夹一中的数据

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R语言可视化——REmap动态地图

"Bright")) #设置主题（默认主题一共有三套：“Dark”,“Bright,”Sky“）运行以上代码之后，动态图表已经生成名为map_out的对象，只需使用plot函数调用一下map_out图表对象就可以看到该动态图表效果...：：提示下，这里的map_out的对象是一个js代码生成的html对象，运行完plot之后，动态图表效果不是呈现在R的图表窗口而是调用了桌面浏览器的Web窗口。...="我是副标题", theme =get_theme(theme="Bright")) plot(map_out2) ?...="我是副标题", theme=get_theme(theme="Bright")) plot(map_out5) ?...#动态网页图保存命令 plot(map_out5) #保存的同时自动调用浏览器窗口 ?

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基于R语言利用QQ群进行数据挖掘案例整理

以下是R代码部分： file.data<-scan("C:/Users/admin/Desktop/数据挖掘机器学习R-hive.txt",what="",sep="\n",encoding="UTF-...admin/Desktop/几个停用词.txt",header=F,stringsAsFactors=F) cnword向量格式...t%in%cnword]#去停用词 t1=table( t ) plot（t1）初步查看分词不是很理想，继续调整 ?...WORDCLOUD2常用参数：（1）data：词云生成数据，包含具体词语以及频率；（2）size：字体大小，默认为1，一般来说该值越小，生成的形状轮廓越明显；（3）fontFamily：字体，如‘...maxRontatin：字体旋转角度范围的最小值以及最大值，选定后，字体会在该范围内随机旋转；（8）rotationRation：字体旋转比例，如设定为1，则全部词语都会发生旋转；（9）shape：词云形状选择，默认是‘

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基于R语言利用QQ群进行数据挖掘案例整理

以下是R代码部分： file.data<-scan("C:/Users/admin/Desktop/数据挖掘机器学习R-hive.txt",what="",sep="\n",encoding="UTF-...admin/Desktop/几个停用词.txt",header=F,stringsAsFactors=F) cnword向量格式...t%in%cnword]#去停用词 t1=table( t ) plot（t1）初步查看分词不是很理想，继续调整 ?...WORDCLOUD2常用参数：（1）data：词云生成数据，包含具体词语以及频率；（2）size：字体大小，默认为1，一般来说该值越小，生成的形状轮廓越明显；（3）fontFamily：字体，如‘...maxRontatin：字体旋转角度范围的最小值以及最大值，选定后，字体会在该范围内随机旋转；（8）rotationRation：字体旋转比例，如设定为1，则全部词语都会发生旋转；（9）shape：词云形状选择，默认是‘

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【数据分析 R语言实战】学习笔记第八章双因素方差分析与R实现

首先为了建立数据集，引入生成因子水平的函数g1()，其调用格式为： gl(n, k, length=n*k,labels=1:n,ordered=FALSE) n是因子的水平个数;k表示每一水平上的重复次数...> op=par(mfrow=c(1,2)) #分割图形区域 > plot(time~A+B,data=traffic) Hit tosee next plot: ?...", xtick = FALSE, xaxt = par("xaxt"),axes = TRUE,...) x.factor表示横轴的因子 trace.factor表示分类绘图的因子 response是数值向量...，要输入响应变量 fun表示汇总数据的方式，默认为计算每个因子水平下的均值 type指定图形类型 legend是逻辑值，指示是否生成图例 trace.label给出图例中的标签。...> attach(traffic) > interaction.plot(A,B,time,legend=F) > interaction.plot(B,A,time,legend=F) ?

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R_basic 01

Matrix 只允许一种数据类型 Data.frame 二维，每列只允许一种数据类型 List :可装万物 str(test) #好习惯 'data.frame': 15 obs. of...df1 data.frame(gene = paste0("gene",1:4), + change = rep(c("up","down"),each =...(rnorm(10)) plot(seq(2,80,4)) plot(iris[,1]) 只要前面是numeric就可以画 plot(iris[,1],col = iris[,5]) plot...(iris[,2],col = iris[,5]) plot(iris[,3],col = iris[,5]) plot(iris[,4],col = iris[,5]) 根据第五列改颜色 jimmy...require(stringr))install.packages("stringr") #require可以转换为逻辑值，加载成功是T，失败是F as.logical(require(

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R语言笔记完整版

cat(,file="")——可以把R命令输出至外部文件，然后调用source函数进行批处理 do.call(，)——调用函数，第一个参数...指示调用函数字符串名称，第二个参数包含调用所需参数的一个列表 sink("record.lis")——把后续的输出结果从控制台重定向到外部文件 record.lis...x是查询对象，table是待匹配的向量，nomatch是不匹配项的设置值（默认为NA值），incomparables设置table表中不参加匹配的数值，默认为NULL %n%...list()——列表 unlist()——列表转化为向量 data.frame()——数据框 names()——显示数据框的列名称...（link=logit），data=data.frame)—— 广义线性模型，logit默认为二项分布族的链接函数，formula有两种输入方法，一种方法是输入成功和失败的次数，另一种像线性模型的公式输入方式

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Day5-香波🐟

.标量和向量的区分首先明确“元素”的意思，元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量------来自生信星球x是为什么，应该怎么解决...，col是列#代码清单2-2 矩阵下标的使用x plot(mtcars$mpg,mtcars$wt)#用withwith(mtcars, {summary(mpg) plot(mpg,disp...) plot(mpg,wt) })#实例标识符case identifierpatientsdata data.frame(patientID,age,diabetes,status

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R语言函数的含义与用法，实现过程解读

如果var()的参数是一个n*p的矩阵，那么函数的值是一个p*p的样本协方差矩阵，认为每行是一个p变量的样本向量。 sort(x)返回一个与x具有相同长度的向量，其中的元素按招升序排列。...使用> methods(class="data.frame")可以查看数据帧的通用函数。使用> methods(plot)可以查看plot函数能处理的类别。十一 R的统计模型待阅。...plot(x,y) plot(xy)：如果x，y是向量，plot(x,y)生成一幅y对x的散点图。...plot(x)：如果x是一个时间序列，这个命令生成一个时间序列图，如果x是一个数值型向量，则生成一个向量值对它们向量索引的土，而如果x是一个复向量，则生成一个向量中元素的虚部对实部的图。...plot(f) plot(f,y)： f是一个因子对象，y是一个数值型向量。第一种形式生成一个f的条形图；第二种形式生成y对应于f各个水平的箱线图。

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R语言函数的含义与用法，实现过程解读

如果var()的参数是一个n*p的矩阵，那么函数的值是一个p*p的样本协方差矩阵，认为每行是一个p变量的样本向量。 sort(x)返回一个与x具有相同长度的向量，其中的元素按招升序排列。...使用> methods(class="data.frame")可以查看数据帧的通用函数。使用> methods(plot)可以查看plot函数能处理的类别。十一 R的统计模型待阅。...plot(x,y) plot(xy)：如果x，y是向量，plot(x,y)生成一幅y对x的散点图。...plot(x)：如果x是一个时间序列，这个命令生成一个时间序列图，如果x是一个数值型向量，则生成一个向量值对它们向量索引的土，而如果x是一个复向量，则生成一个向量中元素的虚部对实部的图。...plot(f) plot(f,y)： f是一个因子对象，y是一个数值型向量。第一种形式生成一个f的条形图；第二种形式生成y对应于f各个水平的箱线图。

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Day07 生信马拉松-数据整理中的R

，第二个是检测的关键词 str_starts(x2,"T") #判断x2中T开头的字符串,输出逻辑向量 str_ends(x2,"e") #判断x2中e结尾的字符串,输出逻辑向量 1.5 字符串替换...) 4.1.2 批量画图 par(mfrow = c(2,2)) apply(iris[,1:4], 2, plot) # 如果有写不下的参数，继续写在apply的括号里 apply(iris[,1:4...], 2, plot,col = iris[,5]) # 或者也可以自定义函数 jimmy <- function(g){ plot(g,col = iris[,5]) } par(mfrow =...中的第一列 ggplot2对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列，防止在后续代码运行过程中行名丢失图片图片 step2 把原来的行名转变为第一列图片 step3 宽变长...#是b的下标，可以给b取子集，也可以给与b对应的其他向量取子集。

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17. R编程（三：运算符、控制语句、基本函数）

i = -1 > if (i<0) print('up') [1] "up" > if (i>0) print('up') if 完全表达（多条件） if/else if/else 句需要注意的是，...无论是if 还是else if，其随后的条件句只能返回一个逻辑值（不可以是逻辑值向量）。...函数形参与实参 image.png 使用内置函数使用函数可以按照顺序或名称调用。...TRUE } hello() ★function 中定义的变量为局部变量，因此只能在函数内调用，在外部调用会显示无目标值。” ★变量被函数调用后发生的变化只会发生在返回值上，而变量本身数值不变。...",1:6)) rownames(x) <- c(paste0("gene",1:10)) t_x <- t(x) group <- rep(c('A','B'), each = 3) t_x data.frame

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R语言统计知识以及常用方法实例

中位数众数线性回归一元多元回归逻辑回归正态分布决策树随机森林生存分析卡方检验统计平均值语法 mean(x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...) x - 是输入向量...trim - 用于从排序的向量的两端删除一些观测值。 na.rm - 用于从输入向量中删除缺少的值。...,-11,18,-7) # Find Mean. result.mean <- mean(x) print(result.mean) 中位数语法 median(x,na.rm=FALSE) x - 是输入向量...na.rm - 是用于输入向量中删除缺少的值。...,data) ormula - 即：y ~ x1+x2+x3...是呈现响应变量和预测变量之间关系的符号。 data - 是应用公式的向量。

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ChIP-seq 分析：基因集富集（11）

ChIPseq 分析中的一个常见步骤是测试常见基因集是否富含转录因子结合或表观遗传标记。...library(enrichplot) GO_result_plot <- pairwise_termsim(GO_result) emapplot(GO_result_plot, showCategory...对于 goseq，我们需要所有基因（宇宙）的命名向量，其中 1 或 0 代表基因是否在 TSS 中达到峰值。...我们可以简单地使用 as.integer 函数将逻辑向量转换为 1 表示 TRUE 和 0 表示 FALSE。...以便在 goseq 中使用，并提供我们的命名向量、要使用的基因组和使用的基因标识符。

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【数据分析 R语言实战】学习笔记第八章单因素方差分析与R实现

R中，函数shapiro.test()提供了W统计量和相应P值，所以可以直接使用P值作为判断标准，其调用格式为shapiro.test(x)，参数x即所要检验的数据集，它是长度在35000之间的向量。...R中最常用的Bartlett检验,bartlett.test()调用格式为 bartlett.test(x，g…) 其中，参数X是数据向量或列表(list) ; g是因子向量，如果X是列表则忽略g.当使用数据集时...data: x by A Bartlett's K-squared = 0.13625, df = 2, p-value = 0.9341 由于P值远远大于显著性水平a=0.05，因此不能拒绝原假设，我们认为不同水平下的数据是等方差的...，默认为TRUE; contrasts是公式中的一些因子的对比列表。...(center = median) Df F value Pr(>F) group 2 0.0426 0.9584 18 由于p值大于a=0.05，不能拒绝原假设，我们认为不同水平下的数据是等方差的

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