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站长小视频:怎样下载TCGA转录组数据?分享~关注公众号~回复:TCGA,可获得视频中代码

教程将提供: 1、所有与教程有关的R的所有脚本、教程所用的教学数据。 2、赠送网易云课程等价值课程。 3、提供免费共享云服务器工具镜像,并享受VIP级的答疑服务。 课程目录: 1、Linux命令与服务器将不是学习生信的障碍——如何建立适合转录组分析的便宜云服务器。 2、如何高速下载SRA数据(RNA-seq原始数据)。 3、这些数据能用吗?(数据的质量与链特异性检测)。 4、STAR分析转录组的流程。 5、相关Linux批量处理数据命令介绍。 6、DEseq2统计分析差异基因。 7、测序数据怎样进行GSEA分析。 8、热图与火山图,GO与KEGG的可视化。

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差异基因筛选统计工具Deseq2的使用

2、数据可以从txt或者csv等文件直接用read.table/csv读取3、当然如果你看了下面的教程,你会得到data.out这个数据框,按照下面的命令即可得到用于deseq2分析的原始文件data.out1<-data.out[-(1:4),-2]raw.data<-data.out1[,-1]进行条件设置condition<-c(rep('Tumor',50),rep('Normal',50))coldata<- data.frame(row.names=colnames(raw.count), condition)此处要注意raw.count的排序需要与condition顺序一致构建deseq2对象dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = raw.count,colData = coldata,design = ~ condition)设置对照ddscondition<−relevel(ddscondition<−relevel(ddscondition,'Normal')计算开始,样本量大的话,可以先去干点别的dds <- DESeq(dds)get结果res <- results(dds)设置cutoffresSig <- subset(res.LOXL1AS1, abs(log2FoldChange)>1 & padj < 0.01)输出结果resSig<-data.frame(resSig)write.csv(resSig,file="DEG.csv")这个时候是没有基因名字的,你需要参考下面的教程进行注释。生信干货~ID(ENSGxx)转Gene name的方法~R代码包与练习文件请到Chris生信初级教程中下载

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树莓派初级教程

这几天朱一直追着我问树莓派的问题,要不要买显示器啊,要不要买转接线,迷你键盘那? 被他问烦了。只好来给他写一篇傻瓜式初级教程,同时也是我回顾一下。 本教程主要教朱启动 树莓派 使用vnc链接树莓派桌面 用到的资源 : 联网的电脑 路由器 树莓派主板 SD内存卡 需要用到的软件下载地址: http://downloads.raspberrypi.org/raspbian_latest 一个树莓派系统 适合初学者 http://win32-disk-imager.cn.uptodown.com/download 镜像烧录软件 xshell 或者 putty 用于使用命令行进入 linux操作页面(百度一下就能下载) 在百度搜素 RealVNC最新官方版下载 点击下载 这是一个连接树莓派桌面的软件 首先将下载好的树莓派系统 烧录 SD内存卡

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