我有数以千计的DNA序列,范围在100到5000 bp之间,我需要对指定对进行比对并计算身份得分。the scriptjob 4945543.1 died through signal XCPU (24)
我知道还有其他用于比对的工具,但它们主要只能将比分写入输出文件中,需要再次读取和解析,以便检索和使用比对分数。有没有什么工具可以像pairwise2那样在python环境中对序列进行比对并返回比对分数,而不会造成
我目前正在学习python。我不想使用Biopython,也不想使用任何导入的模块,除了regex,这样我就可以理解代码在做什么。从基因序列比对中,我想找到在我的序列中彼此相邻的间隙/indels "-“的起始和结束位置的位置,间隙区域的数量,并计算间隙区域的长度。of Gap region 2 = 2
Length of Gap region 3 = 5
我曾试图在更大的序列比对上弄清楚这一点