我将bio python安装为
pip install biopython和conda install -c conda-forge biopython。我在site-packages中看到。由于某些原因,存在Bio依赖。如何解决此依赖关系?
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import bio
>>> bio.__version__
'1.75'
>&g
当我试图安装python脚本的依赖项时,我会得到以下错误:
build/temp.linux-x86_64-2.7/_openssl.c:697:6: error: conflicting types for ‘BIO_new_mem_buf’
BIO *BIO_new_mem_buf(void *, int);
^
In file included from /usr/include/openssl/asn1.h:65:0,
from build/temp.linux-x86_64-2.7/_openssl.c:413:
/usr/includ
from Bio import SeqIO
from Bio import SeqRecord
from Bio import SeqFeature
for rec in SeqIO.parse("C:/Users/Siva/Downloads/sequence.gp","genbank"):
if rec.features:
for feature in rec.features:
if feature.type =="Region":
我正在尝试导入我的Mac终端上的Biopython模块,但它抛出了以下错误。如果有人能帮我解决这个问题,那将非常有帮助。
>>> from Bio import SeqIO
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/Library/Python/2.7/site-packages/Bio/SeqIO/__init__.py", line 317, in <module>
from
我目前正在努力能够在python脚本中导入Bio模块,该脚本位于不同的目录中。
我一直收到的错误如下:
from Bio import SeqIO
ImportError: No module named 'Bio'
我已经尝试重新安装Biopython,重新构建它,并更改路径(正如Stackoverflow上所有建议的那样,但我仍然收到此错误消息。
我根据pypi.python.org站点的说明构建了Biopython:
python setup.py build
python setup.py test
sudo python setup.py install
对于Pyt
运行sudo certbot-auto --nginx时,我得到以下错误。我按照这个网站的说明使用了nginx和ubuntu14 。
/opt/eff.org/certbot/venv/local/lib/python2.7/site-
packages/cryptography/hazmat/primitives/constant_time.py:26: CryptographyDeprecationWarning: Support for your Python version is deprecated. The next version of cryptography will re
我想使用BIO.SeqIO模块将多个FASTA格式文件(DNA序列)转换为NEXUS格式,但我得到了以下错误:
Traceback (most recent call last):
File "fasta2nexus.py", line 28, in <module>
print(process(fullpath))
File "fasta2nexus.py", line 23, in process
alphabet=IUPAC.ambiguous_dna)
File "/Library/Python/2.7/s
没有安装Scikit-bio包。我有1.9.1。我试过从命令提示符安装
C:\Python34\Scripts>pip安装
C:/Users/mgi14-9419/Downloads/scikit-bio-0.4.0.tar.gz
我收到以下错误
误差跟踪
C:\Python34\Scripts>pip install C:/Users/mgi14-9419/Downloads/scikit-bio-0.4.0.t ar.gz
You are using pip version 6.0.8, however version 7.1.2 is available. Y
我已经使用C:\Python36中的.exe安装了Python。我使用Anaconda发行版,并使用C:\Anaconda3中的.exe安装了它。我已经使用以下提示符命令安装了biopython:
cd Python36 (to go into Python36 directory)
cd Scripts (to go into Scripts directory)
pip install C:\Users\Vaio\Desktop\biopython-1.68-cp36-cp36m-win_amd64.whl
我有一个名为biology.py的Python脚本,它像这样导入biopython
我使用jupyter笔记本,我在系统上安装了anaconda。导入Bio时出现此错误 ---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-7-de5ff3e63c39> in <module>
----> 1 from Bio import Phylo
2 import w
我是PyCharm的新手,并将它作为python的通用IDE使用。
这里的问题是,当我在PyCharm中运行我的代码时,它看不到BioPython。上面写着:
Traceback (most recent call last):
File "[path-to-code]", line 9, in <module>
from Bio import SeqIO
ImportError: No module named Bio
于是我转到'Preferences->Project:code->Project‘,并将整个站点包添加为内容根。但是,PyCh
这个问题与生物信息学有关。我在相应的论坛上没有收到任何建议,所以我把它写在这里。
我需要删除fasta文件中的非ACTG核苷酸,并使用来自biopython的seqio将输出写入一个新文件。
我的代码是
import re
import sys
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
seq_list=[]
for seq_record in SeqIO.parse("test.fasta"
我想安装Biopython模块。所以我使用了命令sudo apt-get install python-biopython。它安装包。现在,如果我在Python中键入import Bio,编译器将找不到模块提供ImportError: no module named Bio。安装软件包不意味着安装模块吗?
我是Biopython的新手。现在,我正在尝试从fasta格式的几个蛋白质序列(超过100个)中计算蛋白质参数。然而,我发现很难正确解析序列。这是我使用的代码:
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis
input_file = open ("/Users/matias/Documents/Python/DOE.fasta", "r")
for record in SeqIO.parse(input_file, "fasta"):
my
我正在尝试在我的Macbook pro OSX 10.9.4上安装python包biopython。
我在终端中运行python setup.py build并接收到以下内容
running build
running build_py
running build_ext
building 'Bio.cpairwise2' extension
Compiling with an SDK that doesn't seem to exist: /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk
Please check your Xcode installati
我想知道为什么Macports中的Biopython版本不像那样包含Phylo.TreeConstruction模块
对于iPython,我尝试了:
In [1]: from Bio import Phylo
In [2]: Phylo. <-- hit tab here
Phylo.BaseTree Phylo.NexusIO Phylo.draw_graphviz
Phylo.CDAO Phylo.PhyloXML Phylo.parse
Phylo.NeXML Phylo.PhyloXMLIO P
导入Biopython并解析这些文件的代码已经在我的笔记本上工作了。现在我有一个非常大的文件,我只能在另一台计算机上解析它,它也安装了python和Biopython。但在那台电脑上,它给了我错误信息。我已经卸载并重新安装了最新的python和biopython。问题仍然存在。
整个守则是:
from Bio import SeqIO
with open('/Users/yuewang/work/18s_tree/aligned_fungi_rna.fasta', 'w') as output:
output.write('')
wi
我试图使用Biopython的Biopython解析函数解析PubMed中央XML文件。这就是我迄今为止尝试过的:
from Bio import Entrez
for xmlfile in glob.glob ('samplepmcxml.xml'):
print xmlfile
fh = open (xmlfile, "r")
read_xml (fh, outfp)
fh.close()
def read_xml (handle, outh):
records = Entrez.parse(handle)
for re
我正在处理一些genbank文件,并有以下代码:
for seq_record in SeqIO.parse("datafile_location, "genbank"):
虽然它可以通过seq文件中的大多数seqs运行(其中包含多个seqs),但我得到以下错误。对如何解决这个问题有什么想法吗?
也许会删除冒犯的seq?它可以记录92126 of 93145,然后抛出错误。
我试过重新下载seq文件,但这并不能解决问题。
文件"C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py",第516行,在pa
我正在运行一个(bio)python脚本,它会导致以下错误:
from: can't read /var/mail/Bio
因为我的脚本与mail没有任何关系,所以我不明白为什么我的脚本要在/var/mail中查找。
这里似乎出了什么问题?我怀疑它会有帮助,因为脚本似乎不是问题所在,但不管怎样,这是我的脚本:
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqUtils import ProtParam
handle = open("examplefasta.fasta")
for record in SeqIO.parse(handle,