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DNA

终于, 小强上中学了,接触到了神圣的名词--DNA.它有一个双螺旋的结构。这让一根筋的小强抓破头皮,“要是能画出来就好了” 小强喊道。现在就请你帮助他吧 输入 输入包含多组测试数据。 a表示一个单位的DNA串的行数,a为奇数且 3<=a<=39。b表示重复度(1<=b<=20)。 输出 输出DNA的形状,每组输出间有一空行。

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DNA序列(DNA Consensus String)

题目 输入m个长度为n的DNA序列,求一个DNA序列,到所有序列的总Hamming距离尽量小。 输入整数m和n(4<=m<=50,4<=n<=1000),以及m个长度为n的DNA序列(只包含字符A, C, G , T), 输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离。 例如,对于下面5个DNA序列,最优解为TAAGATACC。 TATGATAC TAAGCTAC AAAGATCC TGAGATAC TAAGATGT 分析 求一个DNA序列到所有序列的Hamming距离尽量小。 序列和答案 char s[m+1][n]; //用来标记每列中ACGT出现的次数 int count[4]; //输入DNA序列 for(int i=0;i

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    「优质题解」DNA

    这道题的地址,想尝试的小伙伴可以来试哦: https://www.dotcpp.com/oj/problem1115.html 思路: (这里A,B就是题目中的a,b); 1.总的思路,把整个DNA的输出变成得到每一行 ,然后输出; 2.首先得到DNA的第一行,用字符数组记录; 3.第一行DNA的宽度就是A,即字符数组的有效长度为A,且第一行DNA的型式都是第一个字符和最后一个字符都是'X' 中间的为空格; 4.交换X 得到下一行的DNA;(交换如图)k代表空格; x k k k x k x k x k k k x k k k x k x k x k k k x 5.交换的注意事项在下面(注意事项里); 6.把整个DNA 的输出变成每一行的输出; 7.输出第一行,交换后; 8.再次递归处理,直到输出所有行; 9.每组DNA输出的行数等于A*B-(B-1);(即DNA的行数,也就是递归的次数,题目例子中如上图输出4组,就是

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    Repeated DNA Sequences

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    日志收集的“DNA

    关于日志收集的文章,xjjdog已经写了不少了,比如下面这八篇文章。今天主要介绍一下关于日志的划分。工具虽然有力,落地才能有效。

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    Leetcode: Repeated DNA Sequences

    题目: All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long sequences (substrings) that occur more than once in a DNA { map.Add(key, 1); } } return result; } } Python

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    使用机器学习和Python揭开DNA测序神秘面纱

    2 单个DNA线(螺旋)的序列 这些碱基的顺序决定了DNA链中包含哪些生物学指令。例如,序列ATCGTT可能指示蓝眼睛,而ATCGCT可能指示棕色眼睛。 使用Python处理DNA序列数据 ? 熟悉诸如Biopython和squiggle之类的Python包将在处理Python中的生物序列数据时为您提供帮助。 Biopython是python模块的集合,这些模块提供处理DNA,RNA和蛋白质序列操作的功能,例如DNA字符串的反向互补,寻找蛋白质序列中的基序列等。 是的,我们可以使用Squiggle python库将这些DNA序列可视化,进行操作并运行: Squiggle example.fa --method=gates ? 在基因组学中,我们将这种类型的操作称为“ k-mer计数”,或者对每种可能出现的k-mer序列进行计数,而Python的自然语言处理工具使其变得非常容易。

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    loj 1224 - DNA Prefix

    题目链接 题目描述很简单 有n和DNA序列,求出他们中公共前缀长度和有相同公共前缀DNA序列乘积的最大值。 思路: 这个题目明显用trie做,我是这样想的,用trie存储所有的DNA序列,然后每个节点有个cnt值,表示的是存储以该节点结尾的DNA序列的数目。

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    如何获取Device DNA

    Xilinx的每一片FPGA都有一个Device DNA(Device identifier),这个DNA就类似于我们每个人的ID一样,是独一无二的。 Device DNA是非易失的,不可更改的,换言之,它只有只读属性。那么如何获取这个DNA呢? 首先在代码中实例化DNA_PORTE2,如下图所示。该Primitive提供了一个仿真值,由参数SIM_DNA_VALUE确定,这有助于我们通过仿真来分析READ和SHIFT的时序关系。 ? READ为高时,加载96bit DNA,SHIFT为高时,从移位寄存器中依次输出DNA,其中最先输出DNA[0]。 ? FPGA Device DNA

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    DNA片段分析代码

    来源:2017年校招全国统一模拟笔试(第五场)编程题集合 时间限制:1秒 空间限制:32768K 牛牛从生物科研工作者那里获得一段字符串数据s,牛牛需要帮助科研工作者从中找出最长的DNA序列。 DNA序列指的是序列中只包括'A','T','C','G'。牛牛觉得这个问题太简单了,就把问题交给你来解决。 例如: s = "ABCBOATER"中包含最长的DNA片段是"AT",所以最长的长度是2。 输出描述: 输出一个整数,表示最长的DNA片段 输入例子1: ABCBOATER 输出例子1: 2 分析 简单题。思路就是直接暴力搜索。从第一个字母开始判断,找到最长的,再从第二个字母开始。

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    重复的DNA序列

    DNA序列看作是只包含['A', 'C', 'G', 'T']4个字符的字符串,给一个DNA字符串 ,找到所有长度为10的且出现超过1次的子串。 2.将DNA字符串的前10个字符使用左移位运算转换为整数key,g_hash_map[key]++。 3.从DNA的第11个字符开始,按顺序遍历各个字符,遇到1个字符即将key右移2位 (去掉最低位),并且将新的DNA字符s[i]转换为整数后,或运算最高位(第19 、20位),g_hash_map[key int g_hash_map[1048576] = {0}; std:: string change_int_to_DNA(int DNA){ static const char DNA_CHAR [DNA & 3];//3二进制为0000000011,匹配到最低一位 DNA = DNA >>2; } return str; } class Solution{ public

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    空间单细胞DNA测序

    空间单细胞DNA测序技术:Topographic Single Cell Sequencing 发表于2018年CELL杂志,文章题目是:Multiclonal Invasion in Breast Tumors 一图胜千言,很容易看明白这个流程,就是先对组织样品进行染色,这样可以区分3种细胞,然后利用LCM技术来挑选微小区域的细胞,再利用laser catapulting精准的挑选一个单细胞去建库测序,单细胞的DNA 如上图所示,对4号病人,作者在2额病变区域采用,共分析了46 in situ cells and 58 invasive cells 单细胞DNA测序数据。 对10个病人综合起来总共测了 425 in situ and 503 invasive 和365 stromal diploid cells,这些单细胞DNA测序数据都是可以从SRA数据库里面下载的。 比较奇怪的是有4个病人都是单克隆,或者说仅仅是从单细胞DNA测序得到的拷贝数变异无法区分不同的克隆。

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    Leetcode 187 Repeated DNA Sequences

    All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long sequences (substrings) that occur more than once in a DNA 十个字符表示一个DNA序列,找出多次出现的序列。 移动头尾两个指针,用map存储已经探测过的序列,当该序列之前出现过一次的时候,则将它加入答案中。

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    poj-1007-DNA Sorting

    You are responsible for cataloguing a sequence of DNA strings (sequences containing only the four letters

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    POJ 1007 DNA排序解题

    序列位数n,m个dna序列 cin >> n >> m; DNAdata dna[101]; char temp; size_t i,j,k; for(i = 0 = n; ++j) //输入1个dna的字符序列 { cin >> dna[i].name[j]; } for(j = 0; j = m; ++i) //插入排序 { for (j = i; j > 0 && dna[j-1].sum > dna[j].sum; --j) //每次的子列都是有序的 序列位数n,m个dna序列 cin >> n >> m; DNAdata dna[101]; char temp; size_t i,j,k; size_t A = n; ++j) //输入1个dna的字符序列 { cin >> dna[i].name[j]; } for(int j = n

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    LeetCode 0187 - Repeated DNA Sequences

    Repeated DNA Sequences Desicription All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long sequences (substrings) that occur more than once in a DNA

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    Xilinx FPGA的DNA是什么?

    对于Xilinx的FPGA,每一片都有一个专门的ID,就像我们的身份证号一样,每个都不一样,Xilinx也形象的把这个ID叫做DNA。 7系列以及之前FPGA的DNA有57bit,Ultrascale FPGA的DNA有96bit,Zynq Ultrascale+的FPGA有两个DNA,PL端一个,PS端也有一个。 image-20211107175639133 DNA都是只读的,我们不可以修改。    有两种方法可以读到这个DNA的值,一种是连上JTAG后,可以直接看到FPGA的DNA信息,以K7为例: image-20211107165725359   第二种方法就是通过例化DNA_PORT模块, PS端的DNA就是通过读地址0xFFCC100C、0xFFCC1010 和0xFFCC1014 来获取。

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    量子退火 DNA 序列组装算法

    华沙理工大学的研究人员提出了从头组装算法的概念证明,使用基因组信号处理方法,通过计算 Pearson 相关系数来检测 DNA 读数之间的重叠,并将组装问题制定为优化任务(旅行推销员问题)。 实验是使用人工生成的数据和来自模拟器的 DNA 读数进行的,实际的生物体基因组用作输入序列。目前来看,这项工作是少数使用实际生物序列来研究量子退火器上的从头组装任务的工作之一。

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    初识DNA甲基化芯片

    DNA 甲基化作为重要的表观遗传学的标记,能够调控基因的表达,在生长发育和疾病相关研究领域都有着重要意义。 测定甲基化的手段有很多,芯片作为一种成熟的手段,其稳定性,可重复性以及性价比,使得在DNA甲基化研究领域芯片占据了半壁江山。 对于human 来说,目前主流的DNA甲基化芯片有450K 和 850K 两种,都是illumina 公司研发的。这里的450K 和 850K 指的是芯片上探针的数量,对应可以检测的甲基化位点个数。 对于亚硫酸氢盐处理的DNA ,非甲基化的C会变成T , 而甲基化的C不会变。 总结 对于human而言,主流的DNA甲基化芯片有450K和850K两种,这两个数字代表覆盖到的甲基化位点的个数,是一个约数; 甲基化芯片上混合使用了I 型探针和II 型探针,I 型探针通过两个bead

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