我正在编写一个Python脚本,通过提取、执行和比较从字符串中提取的命令来测试我的CS50赋值。命令本身可以工作并产生结果;但是,当使用os.popen()或其他Python bash调用者调用命令时,情况似乎并非如此,它最终会产生一个SyntaxError。
代码:
import os
import re
with open("makefile", "r") as file:
data = file.read()
data = re.split("\n", data, re.M)
for argument in dat
我有一个Python代码,可以将氨基酸序列转换为DNA序列: # Read the file and get the Peptide string
file = open('../Results/sample_dna2.txt', 'r')
dna = file.read()
#print(dna)
# Protein codon table
protein = {
'A': ('GCC'),
'B': ('GAC'),
'C': ('TGC'),
使用字典的函数在使用文本文件中的DNA字符串时返回KeyFile错误"\n“,但当我手动键入DNA字符串:时则不会返回
DNA = open(r"C:\Users\CP\Desktop\Python\rosalind_revc.txt","r")
DNA = DNA.read()
DNA.replace(' ','')
print(DNA)
# Output works when I manually type a DNA string, such as the one below in the comment
# DNA
def contains_sequence(dna1, dna2):
''' (str, str) -> bool
Return True if and only if DNA sequence dna2 occurs in the DNA sequence
dna1.
>>> contains_sequence('ATCGGC', 'GG')
True
>>> contains_sequence('ATCGGC', 'G
我有非常简单的python脚本,如下所示。在我的使用中,它只计算中长度为2的不同字符串的数量。
#!/usr/bin/python
#Count the number of distinct kmers in a file
import sys
def kmer_count(dna, k):
total_kmers = len(dna) - k + 1
# assemble dict of kmer counts
kmer2count = {}
for x in range(len(dna)+1-k):
kmer = dna[x:x+k]
我试图建立一个函数,它将接收DNA字符串,然后补充它们(如果A,给T,如果G,给C,反之亦然)。
到目前为止,我有这样的代码:
def Complement(DNA):
DNA = input("Enter your DNA string:")
if DNA == 'A':
result = 'T'
elif DNA == 'T':
result = 'A'
elif DNA == 'G':
result = '
我意识到有许多简单的答案可以解决如何在Java中这样做,但我正在寻找一个在概念上类似于我可能在Python程序中执行的实现的解决方案,因为这对我来说要熟悉得多。
我的Java函数cgRatio获取一个DNA字符串,并遍历每个索引来计数字符串中出现的"C“和"G”字符值,并返回相对于字符串长度的比率。例如,如果我传递以下字符串作为函数的参数:"ATGGCGCATTAA",则返回值为5/12或4.1666...的浮动值。
在Python中,这个函数可以按如下方式编写:
def cgRatio(dna):
count = 0
for i in range(len(dn
我正在尝试开发一个可以将我的DNA转化为RNA的烧瓶应用程序。但我不能用重定向传递数据。这里有什么问题吗?
python代码:
@app.route('/', methods=['GET','POST'])
def home():
form = DNAForm()
if form.validate_on_submit():
# flash(f'Your dna is {form.dna.data.Upper()}', 'success')
dna = form.dna
我编写这段代码是为了回答必读学校学习过程中的主题8、问题5。代码正在工作,但我相信有一种更优雅的方法来获得相同的结果,但作为新手,不仅在python,而且在编程中,我什么都不能想。有人能帮忙吗?
# Use a dictionary to provide the mapping of DNA to RNA bases.
def mRNAtranscription(dna_template):
dna2rna = { }
mrna = ''
l = []
for base in dna_template:
dna2rna = {
我想从Bash while循环中调用Python脚本。但是,我不太了解如何恰当地使用Bash的while循环(可能还有变量)语法。我正在寻找的行为是,当文件仍然包含行(DNA序列)时,我调用Python脚本来提取序列组,以便另一个程序(dialign2)可以对齐它们。最后,我将对齐添加到结果文件中。注意:我并没有试图遍历这个文件。为了让Bash while循环正常工作,我应该做哪些更改?我还希望确保while循环将重新检查每个循环上不断变化的file.txt。这是我的尝试:
#!/bin/bash
# Call a python script as many times as needed t
我正在编写的代码应该是在DNA正向和反向互补链上找到一个基因序列的所有开放阅读框( of )。为了制造反向的DNA链,我打算使用str.maketrans()来映射互补碱基。
#!/usr/bin/env python3.3
import re
import sys
from argparse import ArgumentParser
pattern = re.compile(r'(?=(ATG(?:...)*?)(?=TAG|TGA|TAA))')
dna_seq = 'ATGACGGCTTGTTTCTTTTCTGTGGCTGCGTGA'
d
我想计数DNA序列中的碱基数,返回序列中每种类型的碱基数,并打印一个两列表,其中第一列是基,第二列是相关联的碱基数。我可以得到返回基计数的函数,但是我不知道如何打印表。我想用基本的python函数来做这个分析,尽管我认为使用某些python模块会更容易。
代码:
def base_counter(DNA):
A = 0
T = 0
G = 0
C = 0
for base in DNA:
if base == "A":
A = A + 1
elif base == "T
我对Python非常陌生,我正在尝试获取DNA序列的RNA转录。虽然我能够为一个DNA序列做这件事,但我正试图找到一种方法来做一个DNA序列列表。我希望你能给我一些指导。
# Given this DNA sequence, get the RNA sequence:
dna = 'ACCTGACT'
# Defining the RNA transcription formula
def to_rna(dna_strand):
mapping = {'G':'C', 'C':'G', 'T
就上下文而言,我将使用引发这个问题的例子,这是Scikit-Bio的DNA序列类。
基类是泛型python序列类。对于特定的核酸序列(DNA,RNA .),序列类从该类继承而来。最后,还有一个DNA类,它继承的序列强制执行特定的DNA字母表。
下面的代码列出了DNA对象的所有属性。
from skbio import DNA
d = DNA('ACTGACTG')
for attr in dir(d):
# All the attributes of d.
如何找到每个属性属于哪个父类?我之所以对此感兴趣,是因为我正在查看源代码,并且我希望能够知道我能够找到我想要查看
我应该写一个python 3函数,它接受三个参数-两个DNA片段字符串,然后是一个3碱基的motif,如果两个DNA片段都包含motif,则返回True,否则返回False。我已经写了这个函数,但是它返回True或False和None…为什么?有人能告诉我这里出了什么问题吗?
def common_motif(dna_seq1, dna_seq2, x):
"""This function returns True if both DNA segments contain the motif, and False otherwise"""
嗨,我正在试着写一个简单的程序来计算DNA中每个碱基的碱基含量。在我当前的配置中,我一直收到一个赋值错误“赋值前引用的no_c”或“未定义的no_c”,我不知道如何解决这个问题。
#!/usr/bin/python
#computing the atgc content of a DNA string
class Base_counter(object):
def __init__(self, DNA):
self.DNA = DNA
no_c = 0
no_a = 0
no_g= 0
no_t=
我在python中遇到了这个问题,我不能在循环中生成不同的随机数。每次循环都会生成相同的数字。我的代码如下所示:
import random
class Dna :
genes = []
def __init__(self, lifespan) :
sum = 0
for i in range(lifespan) :
self.genes.append(PVector(random.randrange(-10, 10), random.randrange(-10, 10)))
sum += s
我使用了以下代码来处理此任务:
dna = input('Enter:')
b = {'A':'T', 'T':'A', 'C':'G', 'G':'C'}
for x,y in b.items():
dna = dna.replace(x,y)
print(dna)
然而,它似乎只取代了T和G,忽略了A和C。你能解释一下为什么会发生这种情况吗?我应该如何避免这个问题。对于Python来说,这仍然是个新手。提前谢谢你!
(在Python 3中)
def melting_temperature(dna_sequence, formula):
if formula == 'c':
return melting_temperature_count(dna_sequence)
else:
modern = melting_temperature_count(dna_sequence)
for i in len(range(dna_sequence)):
if dna_sequence[i] == 'a' and dna_sequence[i+1]
我是在RedHat Enterprise Linux中运行的集群的新手用户。我使用bsub命令运行python脚本(版本2.6.5)。不知怎么的,这个python程序在多处理过程中就停止了。这个程序是这样的:
from multiprocessing import Pool
import multiprocessing
def pop_genomics(chrom):
os.system('run analysis on DNA')
os.system('run analysis on DNA')
os.system('run
嗨,我刚刚开始学习使用python进行图像处理。当我试图打开我从网上下载的图像时,我一直收到这个错误,我不知道如何解决它。有谁能帮我一下吗?
>>> dna=mahotas.imread('dna.jpeg')
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "C:\Python27\lib\site-packages\mahotas\io\freeimage.py", line 773, i
我对此还很陌生。我在python中使用正则表达式,试图在推测的DNA序列中找到特定的密码子。目前代码可以工作,但不会注意到重叠(即,如果密码子前面的最后一个字母是A,后面的两个字母是A和C,它将找到一个并不真正存在的WRC密码子)。有没有办法让我修改一下?
import re
while True:
DNA = input("enter the DNA sequence:")
print('WRC:')
wrcpattern = re.compile(r'(A|T)(A|G)C')
wrcmatches = wrc
我刚开始使用python,所以如果我的词汇量不正确,请原谅我。我有一个家庭作业,在那里我需要输入一个DNA序列,这个DNA序列是3的倍数,有一个起始密码子和一个停止密码子。到目前为止一切都进行得很顺利,但我在几个问题上陷入困境。我在停止密码子部分添加了“或”操作符,因为有三个可以接受的输入,但是,我仍然收到打印消息“序列不包括有效的开始密码子”。我想要做的另一件事是,如果序列不符合标准,则程序返回到原始输入。目前它输出的mRNA和蛋白质无论如何。见下面的图片和代码。
谢谢
from Bio.Seq import Seq
DNA_text = raw_input("Please ent
可能重复:
在python3中,我有两个类,一个是DNA类,一个是RNA类。我希望DNA类有一个方法,该方法接受DNA序列( DNA的一个实例变量,self.sequence),将其转换为RNA序列(很容易用for循环完成),然后创建一个带有新序列作为实例变量的RNA对象。
同时,我希望RNA类有一个相反的方法(也就是说,它获取RNA序列,生成相应的DNA序列,然后创建一个DNA对象,该对象使用该序列作为实例变量)。
我从DNA中提取RNA的方法如下:
def transcribe(self):
RNAseq=''
for base in self.s
我有一个很长的类,里面有很多函数,其中一个函数调用了前面写的几个函数。Python无法识别函数中的函数 class Sequence: # Use a class called Sequence
def __init__(self, DNA):
'''
Stores original sequence
'''
self.DNA = DNA
def length(self):
'''
我知道这可能真的很简单,但我只需要在这段代码中添加一些东西来计算DNA序列中GC含量的百分比。添加这个的最简单方法是什么?
#!/cygdrive/c/Python34/Python
#This program takes a DNA sequence (without checking) and shows its length,
#individual base composition (the percent of each kind of base), and GC content
#(also as a percent) of the user supplied sequence.
我是新的python和使用爬行谷歌趋势。我有2000+关键字作为DNA列表,并尝试抓取数据。当我运行这段代码时,尽管我添加了time.sleep(1),但它显示为"Google返回了代码429的响应“。有人能帮我解决这个问题吗?
下面是我的代码
#DNA has 2000+ lists
from pytrends.request import TrendReq
import pandas as pd
import xlsxwriter
import time
pytrends = TrendReq(hl='en-US,tz=360')
Data = pd.DataFr
我试图在Python 3中创建一个程序,它将DNA密码子转换成一个氨基酸,然而,在输入代码之后,我没有收到任何错误信息,但是函数在运行代码并输入DNA代码之后不会显示任何内容。例: ATTGTTTCT,应该显示ILE VAL SER,我不会得到ILE VAL SER。任何帮助都将不胜感激。
DNA_sequence = input("Enter your DNA sequence below: \n")
DNA = DNA_sequence.upper()
DNA_to_codons = ([DNA[start:start + 3]] for start in range(0,
所以这段python代码是给我的。这暗示着它起作用了,但很明显我有问题。我想知道有没有人能告诉我出了什么问题?
当我尝试运行时,错误总是发生
intron1_length = ((my_dna.find(‘gtcata’)) –
(my_dna.find(‘atcgat’)))
错误是"-“。只是不确定应该用什么来代替。谢谢!
# -*- coding: utf-8 -*-
# We’ll start with “data-aware” way to do this first.
# Since we have the sequence, we can see that e