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1
回答
STR :代码只计算一个PSET6序列的最长连续重复次数
、
我已经写了一个代码来计算特定
DNA
子串序列(取自csv文件)在一长串
DNA
(取自文本文件)...or中的最长连续重复次数,所以我想。虽然我的代码可以正确计算子字符串字典中最后一个
DNA
子字符串的最长连续重复次数,但它无法计算它前面的其他
DNA
子字符串的最长连续重复次数。我已经尝试了多种方法来修复我的代码,但都不起作用。如何计算每个
DNA
子字符串的最长连续重复次数,而不仅仅是一个?欢迎任何建议!下面是我的代码:import csv if len(sys.argv) !databa
浏览 1
提问于2020-09-16
得票数 0
3
回答
增加
Python
中的内存限制?
、
我目前正在使用一个制作超长字典的函数(用于比较
DNA
字符串),有时我会得到MemoryError。有没有办法给
Python
分配更多的内存,这样它就可以一次处理更多的数据?
浏览 1
提问于2017-06-13
得票数 20
1
回答
AttributeError:'str‘对象没有属性'maketrans’
def complement(
dna
): return
dna
.translate(transtable)
dna
= raw_input("Enter
DNA
sequence: ") print "Reverse Complement is: ",complement(
浏览 3
提问于2015-12-18
得票数 2
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1
回答
VSCode
Python
语言扩展
、
、
我正在尝试为 .py.
dna
文件创建一个.py.
dna
扩展名 "end": "$" },} 这是可行的,在以.开头的行中有
python
但是,现在我不知道如何告诉V
浏览 0
提问于2017-10-13
得票数 2
回答已采纳
1
回答
如何指定概率作为我的
dna
生成器的命令行参数?
、
、
、
我写了一些代码,可以吐出指定长度,拷贝数,指定概率等的
dna
序列。在空闲时,程序工作得很好,因为我预设了我想要的概率。我希望这个程序能从命令行高效地运行。/usr/bin/env
python
import random
dna
=['A','G','C','T']
浏览 2
提问于2014-02-14
得票数 1
1
回答
Python
:如何将字符串索引定义为变量
、
、
(多年使用R后的
Python
新手)
dna
= "gctacccgtaatacgtttttttttt"window_1 = 0:3window_3 = 2:5window_1 = range(0, 3)
dna
[window_1] 但是我得到了"string indices must
浏览 1
提问于2019-03-01
得票数 1
3
回答
Python
2和
Python
3在浮点上的不同行为?
嗨,请考虑下面的代码:lenght_
DNA
= len(
DNA
)a_count =
DNA
.count('A')t_count =
DNA
.c
浏览 2
提问于2016-09-05
得票数 0
回答已采纳
4
回答
调整功能以查找多个基地的位置
、
我创建了这个函数,它在
dna
序列中找到了碱基的位置。比如
dna
= 'A‘、’G‘、'C’、‘G’、'T‘、'A’、‘G’、'T‘、'C’、‘G’、'A‘、'T’、'C‘、'A’、'A‘、'T’、'A‘、'T’、'A‘、'C’、‘G’、'T‘、'T’、'
浏览 7
提问于2022-07-08
得票数 -1
1
回答
为使用os.popen()的工作代码获取SyntaxError
、
、
Run your program as
python
dna
.py databases/small.csv sequences/2.txt.Run your program as
python
dna
.py databases/small.csv sequences/3.txt.Run your program as
python
dna
.py databases/small.csv sequences/4.txt.Run yo
浏览 0
提问于2020-12-10
得票数 0
1
回答
我得到FileNotFoundError:[Errno2]没有这样的文件或目录:'
dna
.txt‘在Pycharm上?我把文件放在哪里读取?
dna
= open('
dna
.txt', 'r')
dna
_results.close()Actual: FileNotFoundError: Errno 2没有这样的文件或目录:'
dna
.txt‘
浏览 2
提问于2019-04-20
得票数 0
2
回答
在
python
中难以将我的代码转换为递归
、
def translation(
dna
): rna = "" rna += mapping[char]print(translation())
浏览 4
提问于2022-03-31
得票数 0
3
回答
如何在
Python
代码中传递txt文件中的新行,以将函数应用于不同的字符串?
、
、
我有一个
Python
代码,可以将氨基酸序列转换为
DNA
序列: # Read the file and get the Peptide string
dna
= file.read()protein = { # Generate <em
浏览 36
提问于2019-06-18
得票数 0
1
回答
如何在一本词典中对值进行成对比较?
、
、
、
、
所以我有fasta文件和
DNA
序列,我想对每个
DNA
序列进行配对比较。Fasta文件包含以下形式:TAGTACTGACCATGGCGTTTGTTGACCTTGAGATACAAAACGATTGGACTGGCTTCACTGATGCAGTATTCAATTAACCAG>
dna
4>
dna
5我的方法是先从
DNA<
浏览 4
提问于2020-05-10
得票数 0
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2
回答
提高
Python
脚本效率的几种方法
、
、
我有一个基因列表,它们的坐标,以及它们的表达(现在只看前500个最高表达的基因)和12个对应于
DNA
读取的文件。我有一个
python
脚本,可以搜索与每个基因的坐标重叠的读数,并将值存储在字典中。008066.1 8363 9203 19514.273438
DNA
由于我可以访问具有多个内核的计算系统,因此我决定运行一个脚本,每次只计算一个
DNA
文件的覆盖率,如下所示: #import
浏览 1
提问于2020-12-10
得票数 0
1
回答
提供IndexError的字符串连接/索引
我的代码如下: """稍后,我以以下方式引用此函数,其中变量ind1Aff和ind2Aff以前被定义为二进制字符串。ind1Aff, ind2A
浏览 1
提问于2018-06-25
得票数 0
1
回答
字典不处理txt文件中的
DNA
字符串
、
、
、
、
使用字典的函数在使用文本文件中的
DNA
字符串时返回KeyFile错误"\n“,但当我手动键入
DNA
字符串:时则不会返回
DNA
=
DNA
.read()print(
DNA
) # Output wo
浏览 2
提问于2021-01-27
得票数 0
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2
回答
如何将此迭代函数转换为递归函数?
、
、
、
、
def
dna
(seq): ans = '' ans += hashtable[seq[i]] print(
dna
('AGCTGACGTA
浏览 2
提问于2021-09-06
得票数 1
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1
回答
如何使用数组查找将函数向量化
、
、
目前的情况如下:
dna
是一个大小为[0..n]的一维二进制数组,其中每个索引对应于一个顶点,它的值表示我们是否选择了它。edges是一个二维正整数数组,其中每个值对应于
dna
中的一个顶点(索引)。两者都是ndarray的。 简单地解释-如果一个由边连接的顶点被“选中”,那么我们得到一个分数1。,我尝试过 np.vectori
浏览 0
提问于2019-06-20
得票数 1
回答已采纳
3
回答
我如何为不同的字母设置颜色?
、
、
在巴什终点站:AGCTGGCCAGGTGCCCAGGTCCCC在bash或
Python
中,我们如何做到这一点? tHX
浏览 6
提问于2017-03-20
得票数 2
回答已采纳
2
回答
字符串中的有效字符
、
、
到目前为止,我所拥有的是不起作用的:""" (str) -> bool (A, T, C, and G):return: true or falseTrue >>> i
浏览 2
提问于2017-09-17
得票数 1
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