通过在itk网站上给出的例子,我可以让RegularStepGradientDescentOptimizerv4在python中使用MeanSquaresImageToImageMetricv4和ImageRegistrationMethodv4。但是,当我想要使用QuasiNewtonOptimizerv4时,我会得到错误TypeError: in method 'itkImageRegistrationMethodv4REGv4F2F2_SetOptimizer', argument 2 of type 'itkObjectToObjectOptimizerBase
在我的PhD项目中,我分析了肺组织样本的3D microCT数据集。其中一个主题是通过使用ITK Python扭曲图像来模拟肺不张。为了实现这一点(使用ITK中的WarpImageFilter或ResampleImageFilter ),我必须创建一个位移向量场。因此,我必须使用GetImageFromArray函数将3Dnumpy数组转换为itk图像。生成的输出应采用ResampleImageFilter或WarpImageFilter可以使用的格式: 下面是我的代码: array1 = []
for i in range (-5,5):
for j in range(-5,5)
我正在OsX 10.8.4上安装ITK4.2.2。我使用生成器使用CMake 2.8.11.1构建它。我需要python包装,所以我选择了ITK_WRAP_PYTHON。构建它之后,我转到终端中包含构建文件的目录,并输入make。这一切进展顺利,直到我收到以下信息:
[ 41%] Generating vcl_complex.xml
In file included from /usr/include/c++/4.2.1/climits:50,
from /usr/include/c++/4.2.1/bits/stl_algobase.h:67,
我已经使用SimpleITK在Python语言中创建了一个模块,我试图通过在C++中重新实现来加快速度。事实证明它的速度要慢得多。
瓶颈是DisplacementFieldJacobianDeterminantFilter的使用。
这两个代码片段给出了一个使用过滤器的示例。
1000代: C++ = 55s,python = 8s
我应该期待c++更快吗?
def test_DJD(label_path, ngen):
im = sitk.ReadImage(label_path)
for i in range(ngen):
jacobian = sitk.Displace
我正在使用ImageRegistrationMethod.Execute()方法在simpleITK (python)上执行图像注册。其目的是收集图像注册过程的一些统计信息(例如,找出它何时成功和何时失败),因此我使用不同的初始转换初始化ImageRegistrationMethod实例,包括那些不会导致注册成功的转换。在执行时,simpleITK有时会抛出一个异常,这很好,因为我可以捕捉到它。但有时我会在stderr中收到这样的警告
WARNING: In /mnt/emptyplaceholder/projects/elastix/build/ITK-prefix/include/ITK-
我在access中有两个表,'ITK‘和’table 1‘,我希望在ITK.itk中搜索表1.itk值。如果两个值匹配,则结果应该从ITK.itk中提取值并显示“匹配”,如果不匹配,则应该搜索和匹配来自ITK.itk的类似值(多像素结果)。
这是我所做的代码,它没有任何结果,我也不知道我做错了什么,甚至在访问中是可能的。
SELECT Table1.product, Table1.itk, ITK.itk
FROM Table1 LEFT JOIN
ITK
ON Table1.itk = ITK.itk
WHERE (((ITK.itk) Like "*[T
我有一个numpy数组,并希望将其转换为ITK图像以便进一步处理。如何在不使用WrapITK的PyBuffer扩展的情况下做到这一点。我不能使用它,因为我在编译时遇到了一堆错误:
.../ExternalProjects/PyBuffer/itkPyBuffer.txx: In static member function ‘static PyObject* itk::PyBuffer<TImage>::GetArrayFromImage(TImage*) [with TImage = itk::Image<float, 2u>]’:
.../ExternalProje
我想问你关于Watershed3D的事。我尝试了这个页面中的https://www.kaggle.com/kmader/itk-watershed-to-label-bubbles算法,也使用了他们的数据集 def apply_watershed(in_vol,
threshold = 0.01,
level = 0.5):
#(A rule of thumb is to set the Threshold to be about 1 / 100 of the Level.)
Dimensio
如何将带有SimpleITK的3DMRI图像转置到新的图像视图,同时保持其在初始视图中的纵横比?下面是我的代码: def show_n_slices(array, start_from=0, step=10, columns=6, figsize=(18,10)):
""" Plot N slices of a 3D image.
:param array: N-dimensional numpy array (i.e. 3D image)
:param start_from: slice index to start from
:pa
我运行Ubuntu12.04和Apache2.2已经有一段时间了,使用apache2-mpm-itk可以为每个虚拟主机指定一个用户。
我已经将我的VPS升级到Ubuntu14.04,这是Apache2.4.7附带的。我刚刚尝试安装apache2-mpm-itk,但是我得到了一些依赖错误。
# apt-get install apache2-mpm-itk
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
The following extra packages wil