所以我需要使用mpi4py来运行一个模块。手动安装mpi4py后,通过.pythonrc中的sys.path.append()命令将mpi4py包的路径添加到python搜索路径中。我尝试在解释器中导入mpi4py,无论解释器在哪里被调用,它都工作得很好:
$ python
Python 2.7.4 (default, May 23 2013, 17:15:02)
[GCC 4.6.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more inf
我正在使用一个python脚本,它使用在脚本开始时定义的自定义python环境:
!/home/gleb/amber22//miniconda/bin/python
当我运行这个python脚本时,它会产生以下错误:
version or install mpi4py.
Traceback (most recent call last):
File "/home/gleb/amber22/bin/MMPBSA.py.MPI", line 53, in <module>
from mpi4py import MPI
ModuleNotFoundError
我正在开发一个模拟波浪能量转换器的工具,在那里我需要将两个软件包耦合在一起。一个程序是用Fortran编写的,另一个是用C++编写的。我需要在每个时间步骤从Fortran程序发送信息到C++程序。但是,在将数据发送到C++程序之前,首先需要用Python处理数据。我收到了使用MPI在程序之间传输数据的提示。
我现在正试图从Fortran代码向Python发送一个简单的字符串,但是Python代码被困在了接收命令中。
我的Fortran代码如下所示:
USE GlobalVariables
USE MPI
IMPLICIT NONE
CHARAC
我正在尽力将C++模块链接到python绑定。我正在努力实现促进mpi通信。我将boost.mpi.world对象发送到C++,它正在等待一个boost::mpi::communicator对象。当我从python调用我的C++函数时,它会引发一个错误的签名错误。
myModule.myfunc(Communicator, NoneType, NoneType, _ExcInfo) did not match C++ signature:
myfunc(boost::mpi::communicator {lvalue}, char*, char*, boost::python::api::ob
我试图运行一个简单的python程序,导入paraview.simple模块:
from paraview.simple import *
我得到以下错误:
Error: Could not import vtkCommonComputationalGeometry
我在不同的论坛上看了类似的帖子,尝试了所有的建议,但是没有什么对我有用。我的Python路径包括:
ParaView-5.7.0-MPI-Linux-Python2.7-64bit/bin/
ParaView-5.7.0-MPI-Linux-Python2.7-64bit/lib
ParaView-5.7.0-MPI-Linux-
我正在将一个mpi通信器从python传递到C。我选择使用boost的mpi通信器,因为mpi4py似乎没有很好的C支持。看看这个:
try: from boost.mpi import world
except ImportError: from mpi import world
err = run_with_mpi(infile, world, stdout, stderr, exc)
在安装了boost.mpi的系统上,这不会引发任何错误。然而,boost.mpi不能安装在mac上。我使用自制的boost155公式安装了boost的mpi.
我想安装mpi4py。安装失败,下面是错误。请分享相同错误的解决方案。
note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
ERROR: Failed building wheel for mpi4py
Failed to build mpi4py
ERROR: Could not build wheels for mpi4py, which is required to install pyproject.toml-based projects
[notice] A
我试图使用mpi4py调用mpi可执行文件的第二个实例。
我发现了一个错误:
Open MPI does not support recursive calls of mpirun
但我的印象是,这正是产卵应该能够处理的--即设置一个新的通信器,在其中可以启动另一个mpi命令。
测试代码:
parent.py:
#!/usr/bin/env python
from mpi4py import MPI
import numpy
import sys
rank = MPI.COMM_WORLD.Get_rank()
new_comm = MPI.COMM_WORLD.Split(color=r
我在使用MPI4Py Python模块中的散布函数时遇到了问题。我的假设是,我应该能够向它传递sendbuffer的单个列表。但是,当我这样做时,或者实际上添加了另外两个参数recvbuf和root时,我得到了一致的错误消息:
File "code/step3.py", line 682, in subbox_grid
i = mpi_communicator.Scatter(station_range, station_data)
File "Comm.pyx", line 427, in mpi4py.MPI.Comm.Scatter (sr
我正在尝试构建针对h5py的mpi4py。我的目的是能够在多个处理器之间共享一个文件。h5py安装在系统上,但可能不带有指向mpi4py的链接。实际上,当我运行以下示例脚本时:
from mpi4py import MPI
import h5py
rank = MPI.COMM_WORLD.rank # The process ID (integer 0-3 for 4-process run)
f = h5py.File('parallel_test.hdf5', 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WOR