python中的簇、相异和距离是什么？

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python、machine-learning、cluster-analysis、data-science

我正在看麻省理工学院OpenCourseWare 6.0002集群视频，我不理解那个类中的一些代码。什么是.dissimilarity从代码中我可以理解他们在做什么

浏览 10提问于2018-07-13得票数 0

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R:用离散小波变换比较新陈代谢模型之间的差异

r、time-series、bioinformatics、dwt

每个模型都有一组代谢物及其在200个时间点的浓度。我正在对这些模型进行比较，以便根据它们的相似性对它们进行聚类。我遵循的一种方法是使用欧几里德距离对两个模型中的每个代谢物对进行成对比较。下面是我的数据的样子。这是一个。我计算了模型A中的Met1和模型B中的Met1的成对欧几里德距离。同样，计算了两个模型(模型A<em

浏览 4提问于2015-08-01得票数 0

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如何在Python中从scipy中的链接/距离矩阵计算集群分配？

python、numpy、scipy、cluster-analysis

如果您在Python中的scipy中有此分层聚类调用：# dist_matrix is long form distancematrix那么，从这里开始对单个点的分配进行聚类的有效方法是什么即长度为N的向量，其中N是点数，其中每个条目i是点i

浏览 5提问于2013-04-11得票数 24

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在nmds bray-curtis相异指数中，x和y轴代表什么？(素食包R)

r、vegan

这张显示了杂草在3个处理上的分布(用颜色表示)。通过谷歌搜索，我发现该图在0和1之间有界，其中0表示站点(治疗)具有相同的组成(即它们共享所有物种)，1表示站点不共享任何物种。但是x和y轴代表什么呢？为什么它需要两个维度？谢谢

浏览 16提问于2018-02-23得票数 0

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R中的距离聚类

r、cluster-analysis

我有一个整数向量，我想把它划分成簇，使任意两个簇之间的距离大于一个下界，而在任何一个簇内，两个元素之间的距离小于一个上界。例如，假设我们有以下向量：并将上述下界和上界分别设为19和9，以下两个向量应是可能的结果：29、32、36 如果只

浏览 0提问于2013-06-21得票数 3

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我的python实现的Davies指数正确吗？

python、statistics、cluster-analysis、metrics、data-science

我正在用Python计算。5步对于每一对簇，求出到它们各自质心的平均距离之和(在步骤2中计算)，并除以它们之间的

浏览 18提问于2017-12-30得票数 5

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Python、Hadoop或其他语言中的图聚类

python、graph、hadoop、cluster-analysis、graph-theory

有没有人知道python中的一个包，它可以在一个非常大的无向图(100,000个节点和很多边)中选择许多簇，以便在簇的平方距离和或类似的东西中最小化？我现在正在研究MCL：

浏览 2提问于2012-09-15得票数 3

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有没有python算法可以在不同范数的向量空间之间进行坐标转换？

python、coordinate-systems

假设我有一个包含向量列的kxn数据数组，并在这些向量上定义了一个距离函数。如何将kxn数组转换为另一个形状相同的数组，以便转换后的向量中的欧几里得范数是由给定距离函数导出的范数？我知道你可以通过给定的距离函数直接计算数据的距离矩阵，并由此推导出R^k中的坐标。但是这种方法非常昂贵，特别是当距离函数的复杂度为O(

浏览 1提问于2020-09-08得票数 3

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使用jaccard相似度的Python* Pandas距离矩阵*

python、pandas、matrix、scipy

我实现了一个使用jaccard相似度构造距离矩阵的函数：entries = [

浏览 3提问于2016-02-26得票数 11

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簇间距离和簇内距离

cluster-analysis

我已经找到了以下计算簇间距离和簇内距离的公式，我不太清楚它们是如何工作的。簇间距离上面的公式不应该有平方根吗？为什么会有从N+1开始的j索引？哪一个是正确的？或者是否存在任何对等关系？或者我应该取质心之间的距离作为簇间距离？看起来很简单。簇内

浏览 4提问于2014-08-24得票数 5

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仅计算单行相异度/距离矩阵

r、cluster-analysis、distance-matrix

我有一个有30k行和10个特征的数据框。我想像下面这样计算距离矩阵；此函数返回整个相异矩阵。我只想坐第一排。(只是数据帧中第一个元素的距离)。我该怎么做呢？你有什么想法吗？

浏览 2提问于2018-10-26得票数 1

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如何计算每一次观测与scipy.cluster.hierarchy创建的质心之间的距离？

scipy、distance、hierarchical-clustering、centroid

我有一个向量x，它表示用tf转换的文本数据.然后利用学习的cosine_similarity()函数计算矢量各点之间的距离，并利用scipy.cluster.hierarchy建立病房距离的linkage_matrix这创建了一个分层聚类，但我不知道如何计算每个观察到的每个质心的距离。在使用sklearn中的kmeans时，我计算出可以调用transform()方法对x向量进行计算，然后返回一个矩阵

浏览 5提问于2022-10-27得票数 0

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如何从diana (diana，cluster R package)输出中获得最优聚类数？

r、cluster-analysis

我正在尝试从集群软件包和diana方法(使用欧几里德相异度)获得的树状图中获得最佳集群数量，如下所示： mydatad <- diana(mydata, stand = FALSE)## use factoextra and ggplot2 for visualization 然后我尝试在NbClust中使用相异矩阵，对于相同的元素，dissim矩阵中的</e

浏览 69提问于2020-08-17得票数 2

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在c++中查找集群大小

c++

我有一个平面的N点的位置。 (x(i), y(i))是点编号i的位置。我想知道平面上有多少簇，每个簇的大小是多少。簇是一组比称为r_0的距离更近的点。例如，如果点编号i和编号j之间的距离小于r_0，并且点编号j和点编号k之间的距离也小于r_0，则这三个点位于同一簇中(点编号i和</em

浏览 4提问于2017-10-08得票数 0

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给定2D中的一组点和最大距离，找出中心是集合中的一个点的最小簇数。

algorithm、cluster-analysis

给定2D中的一组点(相当小)和最大距离，找出每个簇的最小簇数，其中每个簇内的所有点在最大距离处都有半径的距离。星系团的中心应该是这些点之一。此外，给出每个集群内的点数。它似乎类似于k-均值和这类东西，但最大距离是给定的。我认为没有比测试所有可能性更好的解决方案了(集群

浏览 7提问于2015-11-28得票数 3

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如何在R中为dist函数指定其他方法？

在R中dist函数的文档中有以下文字：我知道我可以用lapply的方式来做，但我正在寻找一种更简洁的</e

浏览 1提问于2011-09-20得票数 5

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在scikit-learn中使用相似矩阵代替相异矩阵进行MDS

python、numpy、matrix、scikit-learn、multi-dimensional-scaling

我想要可视化文本文档的相似性，我正在使用scikit learn的TfidfVectorizer作为tfidf = TfidfVectorizer(decode_error='ignore', max_df(data)这给出了相似性，但sklearn.manifold.MDS需要一个相异矩阵当我给出1-cosine_ should时，对角线的值应该是零，但不是零。它们是一些很小<em

浏览 6提问于2014-12-07得票数 2

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聚类python中的500万个地理空间点

python、cluster-analysis、geospatial

目前，我面临的问题是如何在python中对50万纬度/经度对进行聚类。到目前为止，我已经尝试用numpy计算一个距离矩阵(将其传递到scikit-learn )，但是使用如此大的输入，它很快就会产生内存错误。点存储在元组中，其中包含纬度、经度和该点的数据值。简而言之，在python中对大量的纬度/经度对进行空间聚类的最有效方法是什么？对于这个

浏览 2提问于2014-06-03得票数 8

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在Python中，是否有一种方法可以获得k-means的光内距离？

python、scikit-learn、cluster-analysis

嗨，我是Python的新手，我正在努力找出下面这些。真的很感谢你的帮助。谢谢我试了

浏览 4提问于2019-10-14得票数 0

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避免向数组中添加重复项

java、arrays

我要存储4个簇之间的距离，所以我取了簇x和簇y之间的距离之和，反之亦然，-since组x和簇y之间的距离!=集群y和集群x，然后除以它们2，这样就没有方向性了。我在这里面临的问题是重复。我如何结束只有6个距离，并避免添加重复的数组在第一。DistanceBetweenClusterToAnotherk= GA

浏览 4提问于2016-03-09得票数 0

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