我是一个有一点Python编程经验的生物学家。我的研究方法之一是使用这个数据库分析大型基因列表：有人能告诉我是否可以对输出进行关键字搜索并返回与关键字相关的基因名称？
浏览 0提问于2017-01-19得票数 3
我有一个编程问题，目前我无法想出解决办法。13 302 0.84 401 1在某些情况下，就像基因2一样，也有相同值的基因。在这里，我还想得到彼此之间距离最短的基因</e
浏览 0提问于2018-09-21得票数 0
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我在matlab工作。第二个变量的典型图是：Vel是
现在我需要在下一个10时间步骤中预测这些变量的值。为了检查各种机器学习技术，我首先在246时间步长中取变量的值，然后预测下一个10时间步骤，然后通过计算均方误差(例如ms_error )将它们与实际值进行比较。
我已经使用time-series(NAR) ,linear regression,fuzzy input systems,neural networks完成了这一工作。但所有这些都不能给出小于
浏览 1提问于2014-05-21得票数 1
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如何使用Python高效获取基因组序列？例如，从.fa文件或其他容易获得的格式？我基本上想要一个接口fetch_seq(铬，链，开始，结束)，它将返回序列开始，结束在指定的链上的给定染色体上。类似地，有没有可编程的python接口来获取phastCons分数？
谢谢。
浏览 0提问于2010-07-07得票数 5
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将来，作为数据分析管道的一部分，我将不得不重复进行类似的映射，所以我希望以编程的方式进行这种映射(而不是通过在一些交互工具的界面上切割和粘贴2KGI数字)。
(这个员额的其余部分对这个问题并不重要。不幸的是，我没有找到任何“官方”服务，以编程方式将GI号码直接映射到HGNC/HUGO基因名。我最大的希望是NCBI的eutils接口，但我无法找到执行我所追求的
浏览 4提问于2013-08-12得票数 0
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将DNA字符串分成片段
、、、
我是R编程的新手。
基因组由20个基因组成，每个基因的长度为50个碱基。基因组的前50个碱基对应于基因1，后50个碱基对应于基因2，依此类推。
浏览 2提问于2015-03-10得票数 1
我有一个“标识符文件”，看起来如下( 1050行为2列)：
模块1基因2
基因2样本1样本2等
我想根据基因标识合并这两个文件，并具有来自标识符和目标文件的匹配表达式值和模块关联。本质上，要从标识符文件中提取基因，在目标文件中找到它们，并在一个文件中创建一个包含模块#、基因<
浏览 3提问于2014-02-02得票数 0
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我正在尝试为ANN (大约是近邻) c++库安装python包装器: link is 。我使用的是32位Windows 7。
不幸的是，文档有点简洁，而且我是编程新手，所以我不能破译里面的指令。基因
浏览 0提问于2010-04-10得票数 0
我正在进行一个项目，在这个项目中，我试图实现由Karl编写的“进化的虚拟生物”的想法。pop.subpop.0.species = ec.vector.BitVectorSpecies但是，如果我有一个名为"Node“的类，这比这些类要复杂得多呢？没有这样的ec.vector.BitVectorNode。在ECJ教程页()中，有一个名为“教程后讨论”的教程，其中编写了以下内
浏览 1提问于2015-03-17得票数 0
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对于使用python进行优化编程，我是新手，我在为MILP问题在pyomo和PuLP中定义变量时遇到了问题。我正在使用基因表达数据，我对如何将变量定义为MXN矩阵感到困惑。y =优化变量(‘y’，M，N，'Type'，‘整型’，'LowerBound',0，‘上界’，1)提前谢谢！
浏览 8提问于2022-01-12得票数 0
假设我读到了一些排列的基因序列：AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIRL
浏览 5提问于2016-10-07得票数 1
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我有一个关于进化算法“大小”的一般问题。每个EA可以根据它们的个体大小(染色体长度)、它们的种群大小或适应度评估的数量(e.q代数)进行调整。
浏览 3提问于2015-05-26得票数 1
为了手动修改我拥有的.gff文件，我需要在我的动物的FASTA格式的基因组中找到我的基因的起始位置(即序列中的#碱基是什么？)。我有这个基因的序列。我如何尽可能容易地做到这一点(这不是一种其基因组在互联网上很容易获得的动物)？ 我所拥有的: FASTA格式的基因组；包含该有机体基因组注释的GFF文件(需要彻底更新)；该基因的序列。 谢谢!
浏览 19提问于2019-01-15得票数 0
使用不同的规则，表示为染色体中的基因，我转换一个起始几何学。利用遗传算法，适应度函数确定转换规则的最优序列，以生成与参数标准(面积、视图、最小构造等)相匹配的几何。在基因插入点的，还是只给出无效的几何图形一个坏的适应值？
如果我已经知道一个片段必须有一定的长度，这个基因可能会产生无效的几何学。我是在基因插
浏览 5提问于2013-02-06得票数 2
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我如何在Python中进行分层聚类(在本例中是针对基因表达数据)，以显示基因表达值矩阵和树状图？我的意思是像下面这样的例子：
如何在Python中使用numpy/scipy或其他工具执行此操作？另外，用欧几里德距离作为度量，用大约11,000个基因的矩阵来做这件事，在计算上可行吗？
编辑:很多人建议使用聚类包，但我仍然不确定如何绘制上面在Python中链接的图像。
浏览 0提问于2010-06-05得票数 3
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很久以前(至少5年)，我编写了一个生成“数学细菌”的python程序。这些细菌是蟒蛇的对象，有一个简单的基于操作码的遗传密码。您可以给他们一个数字，他们返回一个数字，根据他们的代码的执行。你知道有更严重的尝试创造硅细菌，就像我编程的那种吗？
请注意，这不是真正的“遗传算法”。遗传算法是当你使用进化/选择来改进一个参数向量与给定的评分函数。这有点不同。
浏览 1提问于2009-12-11得票数 9
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