一、 序列数据的下载 在开始了解序列的处理流程时，我们先要知道序列下载网址。...1、通过如下的网站进入 NCBI ，可以看到它包含许多的子库，其中 Gene 就是我们一般下载基因序列的库，接下来，在后面的输入框输入 oct4 并点击 Search。...2、可以看到该基因在不同物种和实验中所测得的相同基因序列，我们选择其中智人的POU5F1基因。 值得注意的是 POU5F1 是 Oct4 基因的别名，本质上指的一个基因 ?...5、通过如下步骤我们可以得到该基因序列的 fasta 格式文件 ?...6、你也可以按照上述步骤尝试获取[ Mus musculus ] 的 fasta 序列，我们后面的分析需要用到 二、 DNA序列基本处理 Python版本：Python 3.6 IDE：Pycharm
一般遇到这种情况，最常见的两种处理方法是 1）取平均 2）取表达值高的那个探针 那么今天我们就用R来实现这两种处理方式。至于，如何将探针转换成相应的基因名字，相对来说还是比较容易的。...前面我们也简单介绍过 ☞探针注释文件中没有基因名字怎么办？ ☞探针注释文件中没有基因名字怎么办？（二） 首先我们先来随便造一个基因名有重复的表达谱数据。...max函数取最大值，但是这样处理是有问题的。...~genes,max,data=expr) expr_max 原始数据 处理之后的数据 所以这个做法不可取。 对于相同的基因，我们应该挑选行平均值大的那一整行，而不应该打乱。...duplicated(expr_ordered$genes) #得到最后处理之后的表达谱矩阵 expr_max=expr_ordered[keep,] expr_max 最后结果是这样的
❝本周推文本来是计划把一篇文献中的NMF部分复现一下，然后在处理数据的时候发现在读入数据以后，基因名字显示的并不是symbol而是ensemble ID, 想着要不就从这个小小的问题入手写个笔记~ ❞...搜索推文发现曾老师之前写过一篇，不过他这篇是在后面作图的时候发现画图报错后才转换ID，这种就会比较麻烦，所以我这里就正好在构建surat对象之初把基因名字转换好。...构建seurat对象之初就应该是把基因名字转换好 所用文献及数据 ❝文献：Single-cell RNA sequencing identifies a paracrine interaction that...数据集：GSE210171 ❞ step1:导入数据 ——构建seurat对象之初需要把基因名字转换好 rm(list=ls()) options(stringsAsFactors = F) library
对于分析比对多个基因序列文件时的工作量说多了都是泪。比如，老板让你比对自己测定序列与 NCBI 库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。...自动获取基因序列数据 0. 如果没有安装 Biopython 的小伙伴，执行以下代码安装。...pip install biopython 如果还不熟悉Python环境的小伙伴，参考之前发的文章： 搭建 Python 高效开发环境：Pycharm + Anaconda 1....利用 Nucleotide 数据库来查询所有 oct4 基因的序列数据，为了展示基础的流程，这里采用逐条下载的方式 from Bio import Entrez,SeqIO # 参数设置 Entrez.email...= "your_email@163.com" Entrez.tool = "getGeneSeqScript" # 查询 oct4 基因的在 Nucleotide 中的总数 hd_egquery
of predicted resistance genes in the Brassica oleracea pangenome 这个论文里提供了一个python脚本 脚本的链接 https://github.com...，获得抗病基因的id列表，然后根据基因组的gff格式注释文件可以获得所有基因的bed文件。...one other resistance gene within 10 upstream or 10 downstream genes using a Python 3 script 某个抗病基因的上游或者下游...10个基因如果存在其他抗病基因，那么就是一个抗病基因簇，这个定义也不是固定的，不同论文里定义基因簇的方法也不太一样 这个python脚本里面获取某个基因上下游的基因用到的是通过python的os模块调用...sets = results return sets 这段代码里有一个符号 |= 查了一下暂时也没看懂是什么意思 目前的状态是能够简单修改脚本，换成自己的数据也能跑 一个简单的小例子 python
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抛出异常 Python 使用 raise 语句抛出一个指定的异常。...# 调用分苹果的函数 except ZeroDivisionError: # 处理异常...如果你只想知道这是否抛出了一个异常，并不想去处理它，那么一个简单的 raise 语句就可以再次把它抛出。
1、读取txt文件 # 读取stu_info.txt文件内容，并将文件中所有学生名称显示出来 f = open('stu_info.txt', 'r') li...
前言 本系列课程是针对无基础的，争取用简单明了的语言来讲解，学习前需要具备基本的电脑操作能力，准备一个已安装python环境的电脑。如果觉得好可以分享转发，有问题的地方也欢迎指出，在此先行谢过。...前言 很多时候用手机拍完照，为了让照片看上去更好看，我们都会对照片做一些处理，而这里用的最多的方法就是滤镜了，常用的滤镜一般有模糊滤镜，其它的就是一些风格的变换了，比如黑白老照片，怀旧复古风，素描铅笔艺术风等...今天我们就尝试用python的PIL库对图片做一些滤镜处理，希望可以带给你一些想法。 打开原始图片 这里我用的是一张猫的图片，先打开原图查看。 ?...进行模糊滤镜处理 PIL中的ImageFilter模块中已经有很多集成好的滤镜方法，这里我们直接调用，原理下一篇会详细讲解并自己尝试者去实现同样的效果。 ?...循环对比展示所有滤镜处理 这里将ImageFilter中几个滤镜属性直接调用了，有些看上去效果并不明显，比如模糊滤镜效果就不是很明显，还有不同图片的效果也是不一样的，比如猫的边界滤镜并没有找到明显滤镜，
Faust是一个流处理库，将kafka流中的思想移植到Python中。 它被用于Robinhood去构建高性能的分布式系统和实时数据通道，每天处理数十亿的数据。...Faust同时提供流处理和事件处理，同类型的工具分享例如：Kafka Streams, Apache Spark/Storm/Samza/Flink 它不需要使用一个DSL，仅需要用到Python！...这意味着你在做流处理的时候可以使用所有你喜欢的Python库：NumPy, PyTorch, Pandas, NLTK, Django, Flask, SQLAlchemy等等。...这里有一个处理输入命令流的示例： 这个agent装饰器定义了一个“流处理器”，它本质上是一个Kafka topic，并且可以对接收到的每个事件做一些处理。...Faust仅仅需要Kafka，剩下的就是只需要Python，如果你知道Python的话你就可以直接使用Faust去做流处理的工作了，并且它可以整合和他相关的一切。
2 Python 实现 BaimoTools.py #!.../usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # @Author : Baimoc # @Email : baimoc@163.com # @Time...3 使用示例 1 数据介绍 示例数据为新冠病毒的基因组 genbank 文件，文件中包含： 两个基因组：LC553263.1 和 LC553262.1 一个基因组会有多个基因，下面是它的基因组结构：...S 基因 CDS 区域： ?...下一步更新其他基因特征提取，及格式转换功能。
从上图可知，MAS5算法处理的数据出现很多负值，Orignal原本不重合的多条分布曲线，经过RMA处理重合在一起，有利于下一步差异表达分析。但出现两个峰值，不符合高斯正态分布。...采用gcRMA处理，所有曲线重合而且分布呈现高斯正态分布，gcRMA算法较RMA算法有所改进，但不意味着总是优于RMA算法。不同数据需要进行算法比较才可以知道。 ? ? ? ?...箱线图中，三种算法处理后各样品的中值十分接近。MAS5算法总体不错。有一定拖尾现象。gcRMA的拖尾现象比RMA要明显得多。说明针对表达量的基因，RMA算法比gcRMA算法表现更好。...MA图反映基因在对比的样品中表达差异（对数化）随基因信号强度变化（对数化）的分布。在上图original，中值（红色曲线）偏离0，经过gcRMA算法预处理，中值基本保持在零线上。
作者 | 周运来 什么是线粒体基因 线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的主要细胞器之一。线粒体基因在大多数细胞中表达，其表达水平是细胞类型特异性的。也就是说这个也是和细胞类型及其状态有关系的。...为什么要处理 因为线粒体基因的高表达水平可能是: 样品质量差，导致大量细胞凋亡或裂解。 特定样本的生物学，例如肿瘤活检，可能由于代谢活动和/或坏死而增加线粒体基因表达。...如何处理 一般我们建议卡到30%以内，当然还是要看这群细胞为什么会高。...另外一点，我们注意到，cellranger3比cellRanger 2检测的MT（人的是MT开头的基因，其他物种主要找到相应的基因）高的细胞更多。...Using Cell Ranger and Loupe Cell Browser 质量差的细胞通常有低总UMI计数，很少有上调基因(表明低总基因表达)，而只有MT基因过表达。
对于转录组的数据分析而言，我们经常对于某一个疾病和正常的分组可以进行差异表达分析，来了解说具体影响疾病的基因是那些。...然后的话，常规的分析思路是是对这些基因进行富集分析，来观察这些基因主要是影响什么样的基因功能来导致疾病 的发生的。...通过这些数据集来研究就可以研究这个我们之前疾病当中的基因收到那些干扰剂的影响了。 LINCS内容介绍 关于LNICS项目当中包括那些数据。...在我们得到某一个分组相关的差异基因之后，在治疗方面可以考虑使用这个项目来寻找可能的物质的哈。
10EB量级的基因大数据处理技术 很荣幸在这里跟大家分享大家以前很少接触到的领域的大数据情况。其实生命科学的大数据还处在比较初始的阶段，否则国家也不会现在才开始提出精准医学这样的概念。...从这个例子我们应该看到其实我们每个人的大脑都是非常强的大数据处理机器，接下去我大概讲一下我们大脑为什么会这么强，大脑的处理能力有多强。我们大脑只有140亿个脑细胞，从出生到死亡基本是不会变的。...大脑的集散能力也特别强，一天能处理86G的信息，如果把处理能力换算成超算的计算速度，大脑的计算速度在3.5EFlops，现在超级计算机远远没有达到。...另外一个例子，我们眼睛的分辨率大概是5.7千万像素，人的眼睛到这么高的分辨率，但人的大脑还能实时处理这些图片，以每秒25帧的数据处理，大脑的数据能力是非常强的。...，大家很难想象，如果我们要建这么大的模型应该怎么处理。
即想要通过 Python 在线获取某个转录本对应的基因 symbol 时，发现出现 SSL 无法获取本地证书：unable to get local issuer certificate (_ssl.c...')) File "/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/Python-3.7.3/lib/python3.7/http/client.py", line 1229, in request...encode_chunked) File "/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/Python-3.7.3/lib/python3.7/http/client.py", line 1224...=server_hostname) File "/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/Python-3.7.3/lib/python3.7/ssl.py", line 412, in...wrap_socket session=session File "/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/Python-3.7.3/lib/python3.7/ssl.py
这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python...It’s used for convenient GO enrichments and produce publication-quality figures from python....如一个GO term 对应的多个基因，一个kegg pathway对应的多个基因 gene set library，多个相关的gene set 。...对于一个输入基因集合，富集分析通过计算分析哪些注释gene set 显著存在于输入基因集合中。例如：GO 富集分析中，查看哪些GO terms 显著存在于输入基因列表中。...description，工作运行描述 outdir；输出目录 background：背景基因 可以是一个背景基因列表 或者一个背景基因数目 又或者Biomart dataset name. cutoff
无论for语句做何种变化，它的执行过程仍然遵循基本的for流程：依次处理每个元素，直到所有的元素都被处理为止。...在批处理中，指定分隔符号的方法是：添加一个形如 “delims=符号列表” 的开关，这样，被处理的每行字符串都会被符号列表中罗列出来的符号切分开来。...，在处理大量路径的时候，前期不会感到有停顿，而 for /f 语句则需要等到 dir /ad /b /s 语句把所有路径都列举完之后，再读入内存进行处理，所以，在处理大量路径的时候，前期会感到有明显的停顿...我们来看一下两者各自的优缺点： 1、for /r： 1)优点： ① 只通过1条语句就可以同时实现获取目录路径和处理目录路径的操作； ② 遍历文件夹的时候，是边列举边处理的，获取到一条路径就处理一条路径...for /r /d 其实是对 /d 参数的扩展，/d参数本身只能处理第一层文件夹，但是加上/r参数后就可以处理所有的子文件夹； for /r /d依然不能处理隐藏文件夹。
datetime 库 from datetime import datetime, timedelta # 字符串 转 datetime类型 another_d...
区分Exception和Syntax Error 在写Python程序的时候经常会报错，报错通常有以下两种情况： 语法错误（Syntax Error）: 部分语法错误属于异常 异常（Exception）...^ SyntaxError: invalid syntax 当代码不符合Python语法的时候就会抛出SyntaxError。 异常 Python用异常对象来表示异常情况。遇到错误后，会引发异常。...如果异常没有处理或捕捉，程序就会用traceback终止程序的执行，如果是在多线程程序中，则会终止当前线程的执行。...try/except语句用来检测try语句块中的错误，从而让except语句捕获异常信息并处理。...即使try部分中有return语句，也会在退出try块之前执行finally语句，并且返回值是finally中的return 如果有异常没有被处理，则在执行完成finally语句之后会会抛出没有被处理的异常
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