我有一个“标识符文件”，看起来如下( 1050行为2列)：
模块1基因2
基因2样本1样本2等
我想根据基因标识合并这两个文件，并具有来自标识符和目标文件的匹配表达式值和模块关联。本质上，要从标识符文件中提取基因，在目标文件中找到它们，并在一个文件中创建一个包含模块#、基因<
浏览 3提问于2014-02-02得票数 0
我有来自细菌基因组的RNA-seq数据(2个不同处理的3个重复)，并使用DeSeq2计算了基因的log2fc (padj < 0.05)。这将生成一个csv文件，其中包括(但不限于)基因名称和log2fcexample of output。 更新:基因组已经发布并进行了注释，因此我有每个基因对应的基因组坐标。但并不是所有的基因都是差异表达的，所以它变得更加复杂。 然而，我想要log2 RNA的变化(y轴)与基因组坐标(x轴)。但
浏览 51提问于2020-07-05得票数 0
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大部分基因组数据都在大量种群的档案中。
如何克服这个问题，什么是标准实践，以及如何选择合适的工具。我可以和熊猫一起处理这么大的文件吗?或者还有另一个工具？
浏览 3提问于2015-11-13得票数 1
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假设我读到了一些排列的基因序列：AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIRL
浏览 5提问于2016-10-07得票数 1
为了手动修改我拥有的.gff文件，我需要在我的动物的FASTA格式的基因组中找到我的基因的起始位置(即序列中的#碱基是什么？)。我有这个基因的序列。我如何尽可能容易地做到这一点(这不是一种其基因组在互联网上很容易获得的动物)？ 我所拥有的: FASTA格式的基因组；包含该有机体基因组注释的GFF文件(需要彻底更新)；该基因的序列。 谢谢!
浏览 19提问于2019-01-15得票数 0
我是个Python菜鸟。为了学习，我正在制作一个自然选择模拟器，但我有点卡住了。它允许根据生物父母的比特模式的组合来创造一个有机体，就像这样：在某些情况下，我从有机体中返回基因，如下所示： return self.gene
这适用于由chromosone.Chromosone(chromosoneSize)创建的有机体，但不适用于使用must be
浏览 1提问于2012-03-17得票数 0
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背景:我正在尝试创建一个简单的python程序，它允许我通过转录坐标获取转录本的一部分，并获取其序列和基因组坐标。我不是一个有经验的生物信息学家或者程序员，更多的是一个生物学家，但是我想这样做的方式是把每个转录本分割成它的核苷酸，然后和每个核苷酸一起存储在一个元组中，它的基因组坐标和它的坐标都在记录中。这样，我就可以使用python来获取特定转录本的一部分(例如，最后200个核苷酸)，并获取序列和构建它的各种基因组窗口。最终目标更为复杂(最终程序将收到一组距离翻译开始点(ATG)的坐标，并将每个坐标随机分
浏览 5提问于2015-04-27得票数 2
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我如何在Python中进行分层聚类(在本例中是针对基因表达数据)，以显示基因表达值矩阵和树状图？我的意思是像下面这样的例子：
如何在Python中使用numpy/scipy或其他工具执行此操作？另外，用欧几里德距离作为度量，用大约11,000个基因的矩阵来做这件事，在计算上可行吗？
编辑:很多人建议使用聚类包，但我仍然不确定如何绘制上面在Python中链接的图像。
浏览 0提问于2010-06-05得票数 3
我一直在尝试用NEAT-python库编写一个遗传算法来玩FlappyBird。我遇到了for循环覆盖基因组的问题。在基因组迭代开始后，for loop只完成一只鸟的动作，而不是继续并重新开始新基因组的游戏。下面是我处理这个问题的函数，以及我如何初始化游戏环境。
浏览 1提问于2018-10-16得票数 0
我有一份基因名字的清单。是否有任何python脚本将它们转换为uniprot？我也尝试使用我的基因库，但我无法得到结果，因为大部分的基因由于转换而丢失。
浏览 13提问于2022-08-17得票数 -1
基因本体注释现在是如何从python访问的？我需要在一个特定的列表中注释每一个基因。有任何有教程和示例的好的库吗？
现在从python获取基因本体注释存在问题。
浏览 14提问于2021-07-20得票数 1
我正在用ggplot2绘制多个饼图，并成功地将标签绘制在正确的位置，如下所示：
df <- data.frame(annotation=rep(c("promoter", "intergenic", "intragene", "5prime", "3prime"), 3), value=c(69.5, 16, 10.7, 2.5, 1.3, 57.2, 18.8, 20.2, 2.1, 1.7, 50.2, 32.2, 15.3, 1.2, 1.1), treatment=rep(c("treated
浏览 5提问于2017-09-18得票数 7
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我读了斯坦利的论文，但我想不出在NEAT中什么是不相交和多余的基因。据我所知，它们似乎以某种特定的方式与这样一个事实有关，即所有这些数据都包含与父母双方无关的创新数字。但它们的区别是什么呢？
浏览 1提问于2012-11-09得票数 3
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用户指定基因的名称(一次3个或4个)，根据用户输入，应用程序转到适当的行并读取数据。文件读取操作大约需要1.5到2.0分钟。我正在尝试读取整个文件，然后获取所需基因的数据。我可以用另一种格式重写基因数据(一次性处理)，如果这将加
浏览 1提问于2013-06-28得票数 2
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二维矩阵中特征图的存在
、、、
我有一个字典(在python中)，其中键是动物名称，值是包含基因名的集合。并不是所有的动物都有这些基因。大约有108个基因(其中我有一个清单)和15个物种。所有动物共有28个基因。我想为每一种动物和基因绘制一个基因在动物中的存在情况。我想要的情节会是这样的：tnfa x xtlr1 x如果我也能把基因最多的动物聚
浏览 2提问于2017-09-15得票数 2
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我正在处理一个包含数十亿行数据的列表。📷
正如您所看到的，在第四列(基因列)中有基因的名称，但并非所有行都有“基因名称”。我需要从第四栏得到完整的“基因名”列表。
浏览 0提问于2020-03-10得票数 -1
你好，我对python非常陌生，很抱歉我问了一些可能很傻的问题。任何正确方向的参考都是非常感谢的。我有一个字符串列表(3500个基因名称)我想在我的列表中找到这些基因，并提取出与这些基因相关的两个值，并将所有3500个基因的这三个因素放在一个新的表格中
浏览 2提问于2014-07-11得票数 0
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GBrowse有没有python接口，类似于perl中的Bio::Graphics？否则，有没有python模块可以用来创建类似于基因组浏览器的视图？
浏览 6提问于2011-02-12得票数 0
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我正在尝试使用Python从NCBI (最好是fasta格式)下载基因组，但是到目前为止没有什么真正的工作。API对我来说是新的，我并不真正理解文档()。我的最终目标是下载一个属内每个物种的所有基因组，但是用Python下载一个基因组将是一个很好的开始。ngd.download().group(taxon_name)
这是在古菌群
浏览 8提问于2022-04-26得票数 0
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