我已经进行了祖先序列重建，以确定给定系统发育树中每个节点的核苷酸序列。输出文件是一个表，其中每个节点的每个位置都有最可能的核苷酸(见下文)：node_name, position, nucleotidenode1,我想将此输出文件转换为fasta文件，如下所示：ATG....ATG....
.....
浏览 24提问于2020-05-28得票数 0
我正在尝试调整一个Bioperl脚本，在fasta文件中的特定位置改变核苷酸，并输出一个新的文件和改变的序列。fasta输入示例：AAATAAA##fileformat=VCFv4.1 #CHROM POS REF ALT
浏览 1提问于2015-04-09得票数 3
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它说：“或者，你可以使用ncbi-基因组-下载拉下FASTA文件，并将它们转换为GFF3与Prokka。”在中我应该如何将它转换成.gff3文件？
浏览 2提问于2017-01-04得票数 1
我对python的编程世界非常陌生，我正在尝试编写一个脚本，给定一个FASTA文件，它将比较这些序列并对它们进行评分(如果序列A中的核苷酸位置与序列B中的核苷酸位置相匹配，那么分数就会上升2)。"fasta") len1 = len(str(rec
浏览 5提问于2016-12-08得票数 3
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我有一张这样的桌子：column1 column2sequence2 GCCATGCCATTGsequence1 sequence2 所以，基本上，我需要第二列的所有条目成为新的行，在第一列之间穿插。然后可以丢弃旧的第二列。
我通常的做法是用notepad++
浏览 5提问于2014-04-29得票数 4
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我有一个短核苷酸序列列表，每行一个，我需要将其转换为fasta格式。我正在尝试使用awk，但是到目前为止，我的代码只是挂起，使用的是10行测试文件。我的输入文件如下所示：CGTACGTACGTATACGTACGTACG
对于每个序列，我的输出应该有一个编号的标题行-这个数字可以从1开始计数，或者从输入文件中获取行号(这应该是相
浏览 1提问于2018-08-01得票数 0
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我一直在尝试开发一种代码，将fasta格式的核苷酸读取为字符串(每个输入为一个单词)，然后使用已知的结合位点序列(11bp长)通过word2vec模型在核苷酸序列中进行搜索 fasta文件看起来像这样，所有的值都以字符串的形式按顺序读取 `序列： ATCGTGACGTGACGTGACGT CGTAGCTAGAGCTAGCGGATCGA 而绑定站点在dataframe中</e
浏览 28提问于2019-06-04得票数 0
我有一套标准格式的三个.fasta文件。每个字符串都以第1行的标题开始，第2行的后面是长串的核苷酸，其中头字符串表示核苷酸序列所来自的动物。总共有14行文件，共28行，三个文件中的每个文件都有相同的顺序。下面包含了其中一个文件的片段作为示例，为了清晰起见，序列缩短了。ATGCAACCCCAGTCCTAGTCCTCAGTCTCGC
浏览 2提问于2021-08-14得票数 0
我一直在运行一个名为genewise的程序，将核苷酸序列转换为基因的蛋白质序列。输入包括来自许多样本的组装的核苷酸序列。为了解析genewise输出，我使用以下命令选择了fasta头：
for i in `ls`; do (cd "$i" && awk '/^>*/{flag=1;} /\/
浏览 2提问于2018-03-07得票数 1
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我想"bin“(分割成单独的文件)多fasta核苷酸序列文件(例如，Roche-454运行约500,000个读取平均读取长度为250bp)。我想要的垃圾桶基于GC内容的每一个阅读。结果输出将是8个多fasta文件：GC含量21-30%GC含量41-50%GC含量61-70%80% GC含量有没有人知道已经有脚本或程序这样做了？如果没有，有人可以建
浏览 1提问于2010-12-15得票数 3
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有没有一种方法可以使用BioPython将FASTA文件转换成Genbank格式？关于如何从Genbank转换到FASTA，有很多答案，但不是相反的。
浏览 4提问于2015-05-12得票数 6
我正在尝试创建一个python脚本，它将允许我接收包含非FASTA格式的序列的文件，然后将它们转换为FASTA格式，然后将它们全部写入包含所有序列的单个文件中。例如:将两个非格式化序列转换为FASTA格式...未格式化的%
浏览 0提问于2011-05-03得票数 2
我对python非常陌生，如果可能的话，我将非常感谢您的帮助。我正在比较两个密切相关的生物体E_C & E_F的基因组，并试图识别一些基本的插入和缺失。我已经运行了一个FASTA对齐(glsearch36)使用来自两个有机体的序列。下面是我的python脚本的一个部分，在这个脚本中，我能够识别一个序列(
浏览 3提问于2013-10-31得票数 3
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我正在尝试设置一个脚本，它将根据我在NGS数据中找到的变体将密码子序列转换为另一个密码子序列。目前，我的脚本创建了一个由制表符分隔的输出文件，包含6列.每一栏代表以下内容：2:核苷酸碱基第四，密码子中基因组的位置顺序。GTG 3 0.0346505 A
2478 G ATG 2
浏览 0提问于2018-01-01得票数 2
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目标1.搜索(例如：(WP_000177210.1)在"“中2.在表的第二列"CDS区域核苷酸“中选择第一条记录3.在此序列的名称下选择FASTA(即“>NC_011415.1:c 1998831-1997353大肠埃希菌SE11，全序列SE
浏览 1提问于2020-03-24得票数 1
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我正在编写一个函数，它应该通过DNA序列的.fasta文件，并为文件中的每个序列创建一个核苷酸(nt)和二核苷酸(dnt)频率字典。然后，我将每本字典存储在一个名为“频率”的列表中。这是一段奇怪的代码： freq = {} for ba
浏览 1提问于2015-05-27得票数 6
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Biopython翻译输出错误
、、、、
我正在构建一个bash脚本，它结合grep和小型Python脚本，最终能够搜索遗传序列文件(fasta格式)，在两个序列搜索字符串之间搜索给定长度的序列字符串，并将这些序列转换成肽序列。我的bash脚本使用两个grep函数，后面跟着一个Biopython脚本，它打印与所需区域对应的前几行。氨基酸序列不应该从蛋氨
浏览 5提问于2014-01-21得票数 0
我正在尝试编写一个程序，它将计算一系列序列(以fasta格式输入)中的每个序列的GC含量，然后返回具有最高百分比的序列的名称及其GC百分比。根据Per_GC = (Percent_GC)*100
Input = input (&quo
浏览 0提问于2016-02-01得票数 3
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使用，我如何读取包含氨基酸序列的FASTA文件？我希望能够：
在BioHaskell实现的算法中使用序列。注意:这个问题故意没有表现出研究的努力，因为它立即以问答式的方式得到了回答。
浏览 5提问于2014-02-15得票数 3
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我有一些“fastq”格式的DNA序列文件(基本上只是文本文件)如下：ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGBBBBBBBBBBBBEEEEEEEEEEEEEEEE我的最终目标是将这些文件转换为“fasta
浏览 6提问于2017-11-07得票数 1
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