这里, 我们新建两个配对的RNA-seq数据, 格式是FASTQ的文件, 然后经过下面两步处理:
It enables profiling of the open chromatin landscape at single cell resolution.
一、sampling variability & CLT for proportions
最近Frontiers in Earth Science期刊组织一个专刊/专题 “复合型极端气候：机器学习，统计方法和动力模拟”。主要关注洪水，干旱，热浪，极端降水，风暴潮，飓风/台风等自然灾害存在同时发生或者依次发生的现象。请见这个专题的链接[1]
最近Frontiers in Earth Science期刊组织一个专刊/专题 “复合型极端气候：机器学习，统计方法和动力模拟”。主要关注洪水，干旱，热浪，极端降水，风暴潮，飓风/台风等自然灾害存在同时发生或者依次发生的现象。
10X提供人和鼠的基因组参考index，其他物种可以是用cellranger自行构建
安装CellRanger https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest?
图像灰度分析是图像分析中最基本的内容，它使用各种图像灰度分析工具，提取图像或ROI区域内的灰度特征信息。基于对图像灰度的分析测量，可以实现最基本的机器视觉检测系统，如目标存在性检测系统等。
A risk assessment, which is really a tool for risk management, is a method of identifying vulnerabilities and threats and assessing the possible impacts to determine where to implement security controls.After a risk assessment is carried out, the results are analyzed. Risk analysis is used to ensure that security is cost effective, relevant, timely, and responsive to threats.
Execution monitoring includes action monitoring, plan monitoring.
Posterior predictive distributions quantify uncertainties ignored by point estimates. The neural_testbed provides tools for the systematic evaluation of agents that generate such predictions. Crucially, these tools assess not only the quality of marginal predictions per input, but also joint predictions given many inputs. Joint distributions are often critical for useful uncertainty quantification, but they have been largely overlooked by the Bayesian deep learning community.
作者：matrix 被围观: 6,952 次 发布时间：2018-01-25 分类：零零星星 | 4 条评论 »
Introduction This week we continue the theme of looking at general kinds of harm technology can cause if we’re not careful with it. The topic we’re looking at is one that, with a few exceptions, gets a lot less press I think than bias because it’s a lot h
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本校正，聚类，可变剪切分析，定量和差异分析为一体的工具 - FLAIR。来自加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（University of California，Santa Cruz）的Angela Brooks团队（图1）开发的全长可变转录本（isoform）分析工具FLAIR （Full-Length Alternative Isoform analysis of RNA），于2020年03月18号发表在《Nature Communications》杂志上，题目为 Full-length transcript characterization of SF3B1 mutation in chronic lymphocytic leukemia reveals downregulation of retained introns。该工具可用来鉴定高可信度转录本，差异剪切事件分析和差异转录本异构体（isoform）分析。
当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。
这是mixlab无界社区的成员Jeff的《如何让机器量化知识》系列文章的第01篇。为我们介绍知识的数据化、量化，以及如何把开放的问题转化为封闭式问题让机器解读。
Efficient wake word recognition on microcontrollers with Cortex-M55 and Helium technology for use in consumer and automotive products that include more and more AI features for voice applications.
【前言】：Source-free的论文被拒之后，reviewer给出了很好的意见，并且给出了一些相关的论文。之前的文献整理阶段没有做完善，对比试验比较少，所以被拒是预期之内的。现在来好好整理一下白嫖的review的论文。
可变剪切，即alternative splicing, 指的是在mRNA前体到成熟mRNA的过程当中，不同的剪切方式使得同一个基因可以产生多个不同的转录本, 最终产生不同的蛋白质。由于结构决定功能，而序列决定结构，可变剪切可能会对蛋白质功能产生巨大影响。许多文献也表明，可变剪切在发育、肿瘤发生等过程中发挥重要作用。
在这项工作中，我们研究了嵌入在多大程度上可能以不同的方式对边缘化人群进行编码，以及这是如何导致偏见的持续存在和临床任务表现的恶化。 我们根据MIMIC-III 医院的数据集，对深度嵌入模型(BERT)进行预先训练，并用两种方法对潜在的差异进行量化。 首先，我们识别危险的潜在关系，所捕获的上下文词嵌入使用填补空白的方法，文字来自真实的临床记录和日志概率偏差评分量化。 第二，我们评估超过50个下游临床预测任务的公平性的不同定义的性能差距，包括急性和慢性疾病的检测。 我们发现从 BERT表征训练出来的分类器在表现上有统计学意义上的显著差异，在性别、语言、种族和保险状况方面往往偏向于大多数人群。 最后，我们探讨了在上下文字嵌入中使用对抗性消偏来模糊子群信息的缺点，并推荐了这种深嵌入模型在临床应用中的最佳实践。
Figure 1. Summary of the data obtained and the analysis. #Abstract The author compares data between three SR Summon Gears in order to illustrate how (1) Summon damage is directly proportional to the total CP of the user, and (2) Summons receive damage b
百度网盘链接：https://pan.baidu.com/s/1pVE833inaxdIKIp8B3LD5A 提取码：vzwe
1写在前面 GSEA大家都会用了，但GSEA也有它自己的缺点，就是不能比较两个基因集或通路的富集情况。🤒 今天介绍一个Differential Gene Set Enrichment Analysis (DGSEA)，可以量化两个基因集的相对富集程度。😉 2用到的包 rm(list = ls()) # devtools::install_github('JamesJoly/DGSEA') library(DGSEA) library(tidyverse) library(RCurl) library(GSA
PQO (Progressive Quantized Object) 是 3D tiles 格式的简化版本，扁平化了一些字典字段，去除了 GIS 相关的属性，增加了 RTC_CENTER 等字段。本格式中所有对象都是 tile，tile 之间通过 children 字典嵌套。
-understand the meaning of the variables in the (normalised) mutual information and how they can be calculated. Be able to compute this measure on a pair of features. The formula for (normalised) mutual information will be provided on the exam.
目前的空气质量预报系统尚未对天气预报不确定性的影响进行量化。为了解决这个问题，我们利用二维卷积神经网络和天气集合预报，开发了一个高效的二维地表臭氧集合预报系统(2DCNN-SOEF) ，并将该系统应用于中国深圳216小时（即9天）臭氧卷积神经网络预报。
covariance stationary：一个时间序列，均值，方差，协方差不随时间而变化 上面的模型都和两维度有关： 1. 数据相互关联的程度 2. 稳定性
先不说大家对RNA-seq数据的标准分析是否一定是对的，这样的简陋的分析其实是对数据的暴殄天物！
I have been in and around the benchmarking and benchmarketing scene for 25 years in the PC, server, and now smartphone and tablet markets. Benchmarks have been on a cyclical nature for years and the cycle is fairly predictable. Benchmarks cycle between manufacturer, consortium, benchmark company and industry standard- led formations. There are hybrids as well, like manufacturer-led consortiums, too.
1. Could our database support multi-database under one single instance? 2. Could we support temporar
对于每个中介因子，我们都进行了两步MR分析，其中每一步都是独立的单变量双样本MR分析（图 ii）。
测距仪是一种安装在固定地面站平台上的光学设备，用于测量不同类型水文流星（降水）的特性，如雨滴、雪花和冰雹。二维视频测距仪 (2DVD) 使用两台高速线扫描照相机对所有降水颗粒和类型的大小分布、形状和下落速度进行连续测量。前言 – 人工智能教程
I write a lot of React components which require code review. Many times during that process someone has dropped the classic line:
利用遥感卫星影像来研究边缘变化是环境过程和地球表面驱动因素的定量化指标，例如冰川边缘消退或海平面上升导致的沿海变化。这里介绍了三种新的、可免费使用的工具，它们可以一起用于处理和可视化，Landsat 4-8和Sentinel 1-2卫星存档数据，能够在很短的时间内实现高效的绘图(通过手动数字化)和自动量化边缘变化。这些工具对各种遥感专家的用户都是高度可访问的，在访问方面几乎没有计算、许可和知识方面的障碍。谷歌地球引擎数字化工具(GEEDiT)允许用户定义地球上任何地方的一个点，并通过一个简单的图形用户界面(GUI)对每个卫星的数据进行过滤，以获得用户定义的时间框架、最大可接受的云量，以及预定义或自定义图像波段组合的选项。GEEDiT允许从每个图像快速地绘制地理参考向量，图像元数据和用户注释自动追加到每个向量，然后可以导出用于后续分析。GEEDiT Reviewer工具允许用户对自己/他人的数据进行质量控制，并根据其特定研究问题的空间/时间要求过滤现有的数据集。边缘变化量化工具(MaQiT)是GEEDiT和GEEDiT Reviewer的补充，允许通过使用两种已建立的方法(以前用于测量冰川边缘变化)和两种新的方法，通过类似的简单GUI快速量化这些边缘变化。MaQiT的开发初衷是量化潮汐冰川末端的变化，尽管工具中包含的方法有可能广泛应用于地球表面科学的多个领域(例如,沿海和植被范围的变化)。这些工具将使地球科学领域的广泛研究人员和学生能够有效地绘制、分析和访问大量数据。
衡宇 发自 凹非寺 量子位 | 公众号 QbitAI 想知道自己跑步的极限在哪里吗？ 现在，仅需提供锻炼20分钟产生的数据，你就知道你跑多久会累趴下了。 背后的算法来自冰岛一家初创公司Driftline，基于20年研究那种。 而且相比传统测试来说，Driftline的算法测试更准确，也更便宜。 有意思的是，这家公司的CFO本人就是个耐力专家，获得过53次冰岛全国跑步冠军。 △Driftline CFO获过53次冰岛全国跑步冠军 过去几年，他一直利用耐力算法，为冰岛国家队的跑步运动员制定个性化训练计划。 最
从cellranger的输出目录中读取filtered_feature_bc_matrix.h5表达量矩阵，并把多个样本合并为1个anndata对象。
测试数据集：301,749 cells we previously profiled in a complex experimental design from the colon mucosa of 18 patients with ulcerative colitis (UC 溃疡性结肠炎), a major type of inflammatory bowel diseases (IBD 发炎性肠症), and 12 healthy individuals
GRACE Tellus Monthly Mass Grids provides monthly gravitational anomalies relative to a 2004-2010 time-mean baseline. The data contained in this dataset are units of "Equivalent Water Thickness" which represent the deviations of mass in terms of vertical extent of water in centimeters. See the provider's Monthly Mass Grids Overview for more details.
1. In this method, the raw data of I and Q channels is divided into blocks at first, then each block is transformed into time-frequency domain by 2D-RDGT (Two-Dimensional Real valued Discrete Gabor Transform) and the desired bits are allocated to each frequency plane, finally each frequency plane is quantized with BAQ.
之前的 谷歌机器学习法则：ML工程的最佳实践 将谷歌公司关于机器学习方面的实践经验详细的介绍了下，很多朋友会问有没有手册版以及PDF版本。这里会将精简后的法则内容（中文+英文）一一列举出来，并且将中文+英文版的PDF文件（带书签目录）分享给大家（见文末）。
在本教学指南中，我们将探讨由10x Genomics公司提供的人类外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞ATAC-seq数据集。本节中所涉及的所有文件均可在10x Genomics的官方网站上找到：
▼ 由鲁迅美术学院视觉传达设计学院院长赵璐教授，和我共同完成的数据可视化作品Re-InfoDesign:How is your performance in our infographic Design course 获得“信息之美”大赛的成人组入选奖。借此机会，希望可以与更多的人从视觉艺术角度去分享、探讨可视化领域。 用数据可视化记录一起课程 ▼ 作为鲁迅美术学院视觉传达设计学院的一名专业教师，我关注的领域是信息设计学科中数据可视化的方向。2015年，在我给本科二年级学生讲授信息设计课程的同时，有意
snap.tl.call_peaks这个函数需要anndata对象中.obsm'insertion'和.uns'reference_sequences'两个数据去call peaks，但是atac_annot对象中没有，因此需要加进去。
ICLR国际表征学习大会是深度学习领域的顶级会议。本次会议共收到4956篇论文投稿，接收1574篇，本届会议录用率约为30%。其中涉及推荐系统相关论文5篇，特此整理出来以供大家学习。
snap.tl.call_peaks这个函数需要anndata对象中.obsm['insertion']和.uns['reference_sequences']两个数据去call peaks，但是atac_annot对象中没有，因此需要加进去。
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