今天我们接着讲绘制热图时候的一个小技巧,如何显示样本的类型。我们经常还在文章中看到类似下面这样的热图。会在列的上方用颜色标注样本的类型。这样可以一目了然的看出找到的差异表达基因能否很好的将不同类型的样本区分开。今天我们就来用R代码来实现。
其实每一张热图后面都对应一个表达矩阵。如上图所示,每一行是一个基因,每一列是一个样本。每一个小的色块,就是这个基因在这个样本中的表达量。只是这里用颜色的深浅来表示基因表达值的高低而已,颜色越红,表达值越高。颜色越蓝表达值越低。
也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+gplots的配色方案来绘制热图
今天我们接着来聊heatmap这个函数绘制热图,这次我们使用gplots这个R包里面的配色方案
基因表达的差异性分析是生物信息学中的必经之路。那么,基因表达差异的可视化展示也就具有了很重要的地位。首先我们介绍下目前在基因表达差异性可视化中的集中展示形式:
转录组分析中,计算了两组间差异表达的基因后,通常怎样表示?您可能第一时间想到可以使用火山图。的确,火山图是使用频率最多的,在火山图中可以很轻松地根据基因在两组间的Fold
在小编的印象中,2年前纯生信文章要是发5分以上还是比较容易的。However,不知什么时候,某个审稿人大脑抽筋,要求做实验来验证,现在的纯生信文章想突破5分还是不容易啊!那么今天,我们就来欣赏这个复旦小哥哥生信文章的魅力吧!文章是今年7月15日发的(最新啊!),题目如下:
RNA-seq是研究转录组应用最广泛,也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异分析、融合基因检测、可变剪接、RNA编辑和突变检测等,具体流程和常用工具如下图所示。通常的分析不一定需要走完全部流程,按需进行,某些步骤可以跳过、简化等。
ggplot2自从2007年推出以来,成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于ggplot2背后的哲学。这个软件包的灵感来源于Leland Wilkinson编写的《图形语法》一书,在此书中将graphs 分解成scales和layers,并将原始数据与表现形式分离开。
标题:A novel autophagy-related lncRNA prognostic risk model for breast cancer
TCGA是不错的癌症研究数据资源,但癌症研究不只是有TCGA。ICGC国际癌症基因组联盟,有亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89个项目,包括25,000个肿瘤基因组。目的是To obtain a comprehensivedescription of genomic, transcriptomic and epigenomic changes in 50 different tumor types and/or subtypes which are of clinical and societ
这里仅仅是针对一个数据集,就是r包airway并且通过assay函数拿到其表达矩阵。
https://seananderson.ca/2013/10/19/reshape/
现在回过头来看,很多教程已然过时,当然并不是说的知识点过时,其实linux基本上几十年都没有怎么变动过基础知识的,哪怕你现在搜索到十几年前的linux教学视频,也不会觉得尴尬。主要是其中一些资源链接,一些小技巧都过时了,比如R语言安装包,需求切换适合的镜像,或者某些配套书籍课程的URL肯定也会成为死链啦,所以非常有必要系统性整理一下,最新生信分析人员如何系统入门R
Reaven和Miller(1979)研究了145名非肥胖成年人的葡萄糖耐量和胰岛素血液化学指标之间的关系。他们使用斯坦福线性加速器中心的PRIM9系统将数据可视化为3D,并发现了一个奇特的图案,看起来像是一个有两个翼的大斑点。
写在前面 R语言不仅在生物信息数据处理中发挥着重要作用,也是其它主流数据处理人士的首选工具。现在非常多自学生物信息学的小伙伴必须学的就是R,所以写一个R的系统性入门指导是非常有必要的。我作为老一辈的生信工程师,所以喜欢perl一点,排斥python。我也稍微看过一些python的语法,个人认为R和python几乎是一模一样的。R的特点就是内置了大量的函数,基本上你认识的英文单词都可以是一个函数,即使不是,你也可以自定义为函数。搞清楚了函数和变量,就可以看懂大部分的R代码了。 那么多编程语言,有何异同? 下面
信用风险建模是金融领域的重要课题,通过建立合理的信用风险模型,可以帮助金融机构更好地评估借款人的信用状况,从而有效降低信贷风险。本文使用了 R 语言中的逻辑回归(logistic)模型,利用国泰安数据库中的103个上市公司的数据进行信用风险建模,其中包括51个正常公司和52个ST公司。在这个数据集中,我们选取了经营活动产生的现金流量净额、净资产收益率、每股收益和每股净资产等指标来分析其对公司是否为ST股票的影响。
发现这款软件在小样本,常见的临床问题中可以快速的解决我们大部分问题,其简单操作界面以及菜单式操作方式成为很多人选择它的理由。但是,当我们遇到某些大数据,或者复杂统计运算时,如果还拿SPSS作为自己的救命稻草,那可能就是一出损招了,甚至会一度click到想要剁手。
本篇教程,内容十分丰富,虽然是单篇,大家务必多多练习,可以充当一周的学习内容,静下心来慢慢吸收。
TCGA数据挖掘真的是绵绵不绝,这里就不再赘述了,从基因集到ceRNA,到可变剪切,肿瘤免疫, 再到现在的m6A和自噬基因, 马上缺氧,代谢应该是也要出来了,每次一个策略就是33篇数据挖掘文章。真的是很不走心,比如最近有学徒一直咨询我的m6A,我发现仅仅是ccRCC的就有4篇,有一个很简陋的文章,完全是6个网页工具图表拼凑的,再加上一点点多组学。
本文主要表达如何使用ggplot2绘制线图。线图一般表达的目的是:某个因变量随着自变量改变而变化的趋势。因变量可以为数值型变量或者分类变量。可供选的函数有: geom_line(), geom_step(), geom_path() 举例来说:因变量可以是
本公众号名称由趣味数据周刊更名为:数据指象。指象:谓天以景象示意,出自于《汉书》,希望以数据指象为言语,得一类而达之。
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R语言提供了许多内置的数据集,这些数据集可以在学习和练习时使用,帮助你熟悉R的数据分析和可视化操作。以下是一些常用的内置数据集及其简要介绍:
geom_label可以使用fill对颜色进行填充,fontface设置字体,geom_text不能填充颜色
考虑到有几个细节知识点大家自学会有一点困难,我们生信技能树团队恰好有时间,就做几次公益授课,带领大家一起学习哈。已经有的一个是:免费Linux直播培训 ,带领了五百多朋友购买了云服务并且成功使用了,现在进去,还是可以看录播的,里面也有我整理的很多Linux学习资料哈!
本文包含一些直观的示例来说明 copula 理论的核心概念。以下是脚本及其各自用途的简短列表:
为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理(PLUS)。建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢!
刚刚结束了本年度的最后一次扩增子课程和宏基因组课程(都是爆满,2020年的课程提前开始报名了。就看后面的转录组和单细胞课程的参与度了),数据分析得到的大部分结果都可以用ImageGP绘图展示。在运行流程之余,收到学员的反馈,说希望有一个手册来熟悉网站有哪些功能。在此之前,我们也零星收到一些关于网站的使用咨询和功能建议,因次借这次的ImageGP答疑,来给ImageGP正正名,是的,它不是imagp,也不是imap,更不是GPS(此处有个省略50字的悲伤故事)。它是ImageGP — 画个Picture。
树状图主要是用来展示不同的对象之间的相似度大小(习惯上称之为距离关系远近)的一个图形。一般最常用到的是对层次聚类结果的可视化。但是不仅限于此,我们只要是可以衡量不同对象之间的相似度,都可以通过树状图来进行可视化。
在上一次的推文中,我们已经介绍了很多应用广泛的图形。它们主要用于展示单类别型或连续型变量的分布情况。这一次,我们来讨论一下怎么利用图形展示双变量间关系(二元关系)和多变量间关系(多元关系)。展示变量关系的图形有很多,我们今天就主要介绍几种。
汽车共享”最早出现于上个世纪四十年代的瑞士,他们发明了“自驾车合作社”,后来日本、英国等国争相效仿,但都未形成规模。而今,共享经济通过互联网达到了一个新的高度,共享汽车项目则乘势如雨后春笋般涌现在全国多个城市,一些人看好,而一些人看衰
给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战,所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期: 表达矩阵的归一化和标准化,去除极端值,异常值
这张图在传统的相关性散点图的基础上还多了一个直方图,来展示该变量的分布情况。今天我们就来带大家来重现这样的图。
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直播回看地址 https://appqtulvsie4217.pc.xiaoe-tech.com/detail/l_5e5dd4cfd2ef3_4Ramdutd/4?fromH5=true#/ 数据可
R 作为入门级编程语言,被经常运用在数据整理、数据可视化、以及机器学习中。 本篇文章将主要介绍在R中如何可视化数据 (基础+进阶)。 R绘图的原理 使用R绘图,我们需要在脑海中明确几个必要元素。首先,需要有一张空白的画布, 如下图所示。其次,我们需要根据数据确定X轴、Y轴,以及X轴Y轴的取值范围,因为一个平面直角坐标系在R绘图过程中是必不可少的。接下来,我们就可以选择适当的图表类型(折线图、柱状图、点状图等),并根据数据坐标在坐标系中描绘数据。最后,我们还可以在画布上添加额外信息,例如图表名称,图例等,当然
(1)R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多函数,能够提供强大的功能。
图形展示是最高效且形象的数据描述手段,因此巧妙的图像展示是高质量数据分析报告的必备内容,因此强大的图形展示功能也是统计分析软件的必备功能。R语言提供了强大的吐血展示功能。今天我由简单到复杂分别和小伙伴
散点图、折线图、柱状图,“三大“经典可视化图形。其中,柱状图作为表述不同分组数值高低的经典图形,被无数次用在文章写作中。我们看到的柱状图,绝大多数是这样子的:
最近我们被客户要求撰写关于主成分分析PCA的研究报告,包括一些图形和统计输出。 降维技术之一是主成分分析 (PCA) 算法,该算法将可能相关变量的一组观察值转换为一组线性不相关变量。在本文中,我们将讨论如何通过使用 R编程语言使用主成分分析来减少数据维度分析葡萄酒数据
SURPLUS:联邦财政预算的盈余(正向)或亏损(负向),按当年国民生产总值的百分比计算。
大家在做差异分析结果比较的时候,喜欢看两次分析结果的基因交集,比如韦恩图。这样的简单粗暴的思考逻辑很容易理解,但是就会出现一下啼笑皆非的提问,比如有学生问,文献差异分析结果是1000个上调基因500个下调基因,但是自己做出来仅仅是50个和25个,其实仅仅是因为使用的筛选阈值不一样。如果画一个差异变化倍数(logFC)散点图,就可以很直观的给出两次分析结果差异了。
在生物信息分析中,经常会做序列分析图(sequence logo),这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性,据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征,如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。
如果是做肿瘤研究的,TCGA的数据分析,有很多在线工具是可以直接出图的,比如TIMER和GEPIA。上图的绘制,可以使用ggscatterstats函数,搜狗|微信 搜索一下,有很多现成的代码,就不多介绍了。
编译|黄念 校对|丁一 引言 艺术之美根植于其所传达的信息。有时候,现实并非我们所看到或感知到的。达芬奇(Da Vinci)和毕加索(Picasso)等艺术家都通过其具有特定主题的非凡艺术品,试图让人们更加接近现实。 数据科学家并不逊色于艺术家。他们用数据可视化的方式绘画,试图展现数据内隐藏的模式或表达对数据的见解。更有趣的是,一旦接触到任何可视化的内容、数据时,人类会有更强烈的知觉、认知和交流。 在数据科学中,有多种工具可以进行可视化。在本文中,我展示了使用Python来实现的各种可视化图表。 怎样才能
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