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R火山图
、
gene_list$P.Value),xlim=c(-10, 10), ylim=c(0, 15),xlab="log2 fold change", ylab="-log10 p-value")编辑:好的，作为一个例子，我试图做以下工作来获得火山图：然后
gene_list
浏览 1提问于2017-06-02得票数 0
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我试图用一些真实的数据绘制一个火山图，使用log2(比率)和Z值重要性。然而，这些点的散布太少了，与“正常”的火山图相反，我得到了一个尖锐的“V”字形的图。剧情看起来很奇怪：R代码:我是不是做错了什么？
浏览 1提问于2011-01-20得票数 0
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我试图绘制火山图，但我得到了这样的错误：
Error in grid.Call(C_convert, x, as.integer(whatfrom), as.integer(whatto), :根据标签，这基本上是由细胞组成的火山图。我想看看两组的区别。我试着重新启动R，但没有帮助。
浏览 28提问于2022-10-03得票数 0
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我是新来的，对R也比较陌生。如何将我的数据框从excel转换为这个，以创建3D表面(如火山的例子)
浏览 6提问于2021-01-23得票数 0
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我在R中做了一个火山图，我有一个很大的pvalue和log2fold变化范围。我设置了一个xlim和ylim，因为我想把重点放在图的中心区域。然而，自然地设置我的限制会排除我的一些数据。
浏览 0提问于2019-07-16得票数 0
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想要制作一个火山图，它是基于意义和差异表达而着色的。使用Limma对象在R中的toptable制作了一个数据格式。根据调整后的p值和logfc在数据帧中添加颜色列。blue")+ ylab("-Log10 Adjusted P-value")+ theme_grey()谢谢你的帮助！！
浏览 2提问于2020-04-20得票数 0
嗨，我是R的新手，我正在努力修改我在互联网上找到的R代码，当时我正在学习如何制作火山情节。这段代码是用ggplot2绘制火山图，我遇到的问题是我想给上调和下调的蛋白质着色，而不是给高于指定阈值的蛋白质着色。
浏览 0提问于2014-03-26得票数 1
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我正在尝试为不同的星系团绘制一张火山图。我有两种情况，未治疗和已治疗。我有一个由cellranger为我生成的微分表达式excel文件，但在该文件中，它有多个簇，每个簇都有一个折叠值、变化值和p值。如何创建包含所有簇而不是一个簇的火山图？我是否必须为每个集群绘制一个火山图，然后以某种方式将它们组合在一起？'Macrophage', pCutoff = 10e-5, FCcutoff = 1.5, pointSize = 3.0, labSize = 3.0) 如何合并
浏览 35提问于2019-12-16得票数 0
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我正在编写一个脚本，用于为用户指定的特定数量的组绘制火山图，也就是说，如果他想让五个组着色，脚本将使用一个名为color的新列相应地修改数据集。所有其他的观察都不应该特别强调，而是灰色的。
浏览 4提问于2017-04-11得票数 2
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我玩了一会儿，并尝试创建更多的标记.txt文档嵌入乳胶(如前所述)以及R代码块。然后，我使用pandoc将其转换为.pdf，但这并没有产生所需的结果。
浏览 0提问于2015-06-17得票数 3
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R语言-热图
、、
我正在尝试使用R构建一个热图。我想得到的是-一个热图，其中相同的值(在整个矩阵中)将由相同的颜色表示。但是我仍然得到了一个地图，其中第一行的零值的颜色与第二行的零值的颜色不同，等等。我用来构建热图的命令是：
my_heatmap <- heatmap(my_heat_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = colors_01, margins=c(5,10)
浏览 3提问于2011-05-24得票数 1
我感兴趣的是，制作两个三维地形图，并排显示在同一个X石英设备窗口。使用rgl包在同一个窗口中显示两个3d图很简单--在使用mfrow3d()和其他方法的文档中有很多示例。下面是使用plot3D从rasterVis文档中生成地形图的一些代码：r <- raster(volcano)plot3D(r<
浏览 6提问于2015-09-25得票数 3
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我的数据类似于R.中的火山示例，所以我尝试安装alphashape3d包，并遵循手册中的示例.install.packagesstorage.mode(x) <- "double“中的Fehler：(列表) Objekt kann nicht nach 'double‘umgewandelt werden
(对不起，我怎样才能用R语言转换成英语
浏览 5提问于2014-09-03得票数 0
我想创建一个带有一些点的图，并且有一些与这些点相关的信息，但是，信息量太大，无法在图上显示。所以我想让观众点击这些点，从网络上检索信息(就像一个公共数据库)。该图是在R中使用'grid‘系统创建的，并放置在PDF中。谢谢!2013年11月26日更新我应该清楚，我希望用R(或任何其他容易实现的语言)编写的脚本自动完成此任务。
浏览 2提问于2013-11-25得票数 2
3.45 gene3 5.54 2.32 1.21 1.10 我的问题是，我如何在右边得到一列每个基因的p值，以便我可以构建数据的火山图基本上，我需要使用什么统计测试来生成该列，以及我在R中使用什么函数来执行此操作？很抱歉，从技术上讲，这不是我应该在这里问的问题，但坦率地说，我不知道还能在哪里发帖。提前感谢！
浏览 9提问于2020-01-28得票数 0
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我编写了下面的代码来创建一个火山图，它是基于data.frame "gseaRes“的变量"group”着色的。有色点指的是我感兴趣的路径，而其他(不感兴趣的)路径应该是灰色的，在背景中。
浏览 4提问于2022-10-26得票数 2
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因此，基本上我希望knit2html()生成一个包含独立图像文件的超文本标记语言文件(然后将这些图像文件链接到/显示在超文本标记语言中)。基本行为是脚本将图像作为base64字符串嵌入。我的示例.Rmd文件('knit.Rmd')：图(3)
library(knitr)
此示例生成一个带有嵌入base64字符
浏览 0提问于2013-02-14得票数 25
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我正在寻找ImageJ和R的集成。有一个叫做RImageJ的包，在1中被引用用于R的早期版本(我使用R3.1.2 (2014-10-31) --“南瓜头盔”)，但它已经不再可用了。基本上，我想尝试的是R中图像上的区域增长算法，有人知道RImageJ或其他允许该算法的包的更新版本吗？
(谢谢;)
浏览 2提问于2015-02-05得票数 2
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我想使用R巧妙地创建一个动画(通过按一个播放按钮，而不是拖着这个图)来旋转一个表面图(火山)。使用一个闪亮的滑块来动画，我得到了following...However，它仍然在每次改变视图时重新绘制/重新呈现整个情节，所以性能“不稳定”或慢.我认为使用frame参数可以解决这个问题，但不确定如何. ), plotlyOutput("surface"
浏览 1提问于2017-05-16得票数 1
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在Windows中，我正在考虑使用任何主流编程语言(C#、VB.Net、Java、PERL等)生成专业图形。到目前为止，我发现的最好的免费图形是。您还推荐了哪些图形控件/模块？
浏览 1提问于2009-05-11得票数 1
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