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Soft-introspective VAEs:超越AlphaFold2,揭示K-Ras蛋白新视野

今天我们介绍华盛顿大学的David baker课题组发表在bioRxiv上的工作。探索蛋白质构象的整体,这些构象对功能有贡献,并且可以被小分子药物所靶向,仍是一个未解决的挑战。本文探讨了使用软自省变分自编码器(Soft-introspective Variational Autoencoders)来简化蛋白质结构集合生成问题中的维度挑战。通过将高维度的蛋白质结构数据转化为连续的低维表示,在此空间中进行由结构质量指标指导的搜索,接着使用RoseTTAFold来生成3D结构。本文使用这种方法为与癌症相关的蛋白质K-Ras生成集合,训练VAE使用部分可用的K-Ras晶体结构和MD模拟快照,并评估其对从训练中排除的晶体结构的采样范围。本文发现,潜在空间采样程序可以迅速生成具有高结构质量的集合,并能够在1埃范围内采样保留的晶体结构,其一致性高于MD模拟或AlphaFold2预测。

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​基于AI的脑电信号独立成分的自动标记工具箱

脑电图(EEG)信号反映了大脑神经元网络的生物电活动,可用于研究睡眠,诊断昏迷和癫痫患者,使用户能够与电子设备进行互动,并帮助人们从中风或其他损害正常大脑活动的状况中恢复。独立成分分析(ICA)是一种从脑电图中排除眼球运动和肌肉伪影等非脑信号的传统方法。独立成分(IC)的排除通常是在半自动模式下进行的,需要专家参与,并且各个专家的意见往往不一致。来自俄罗斯国立高等经济大学生物电接口中心和RAS高级神经活动和神经生理学研究所的研究人员开发了一个工具箱和在线众包平台,用于脑电图中独立成分的自动标记(ALICE)。

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医学生物信息学文献第7期-与侵袭性甲状腺癌进展相关的基因组和转录组特征综合分析

甲状腺癌是最常见的甲状腺恶性肿瘤,约占全身恶性肿瘤的1%,包括乳头状癌、滤泡状癌、未分化癌和髓样癌四种病理类型。未分化甲状腺癌是来源于甲状腺滤泡上皮的未分化肿瘤,与分化型甲状腺癌明显不同,未分化癌极具侵袭性,疾病特异性死亡率接近100%。诊断后,未分化患者的中位生存期约为3-5个月。晚期分化型甲状腺癌,如果发生转移等,预后效果也很差。目前还没有很好的办法来延长这类患者的生存期。随着分子生物和医学的不断发展,精准医疗已在部分癌种中取得了不错的效果。如果能在甲状腺癌中结合这些技术。导找合适的靶向药物或者免疫药物。可能会是解决目前困境的一个机会。前期尽管有一些对分化型甲状腺癌的分子特性进行了分析。但分化型甲状腺癌如何转化成晚期分化型甲状腺癌的潜在机制尚未完全阐明。有一些研究表明,肿瘤抑癌基因或原癌基因的多个突变位点与未分化甲状腺癌的发展相关,但这些研究仅局限于基因组层面的变异。对未分化甲状腺癌和晚期分化型甲状腺癌的转录组层面的信息相对较少。为发现甲状腺癌的发生发展机制以及药物靶点,转录组学分析非常有必要。

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还叫 “不可成药” 靶点?KRAS 已逆袭!- MedChemExpress

KRAS 基因是一种人类癌症中突变频繁的原癌基因,属于 RAS 超家族,该家族成员还包括 H-RAS 和 N-RAS。约有 30% 的人类癌症携带 RAS 突变,KRAS 更是 RAS 突变中最常见的突变亚型[1][2],KRAS 突变以单碱基错义突变为主,其中 80% 以上是第 12 号 (G12) 氨基酸残基发生突变,常见的突变类型包括 G12C、G12D 和 G12V 等[1][2][3]。KRAS 基因编码一种小 GTP 酶 (small GTPase)。KRAS 在与 GTP 结合时处于激活状态,而与 GDP 结合时处于非激活状态。在生理条件下,这两种状态之间的转换由鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEFs) 通过催化 GDP 交换 GTP 来调节,或 GAP 蛋白 (GTPase-activating proteins) 增强 RAS 固有的 GTPase 活性加速 GTP 水解来调节[1][4]。

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快速学习-cmd命令大全

cmd命令大全    开始→运行→CMD→键入以下命令即可:    gpedit.msc-----组策略 sndrec32-------录音机    Nslookup-------IP地址侦测器 explorer-------打开资源管理器    logoff---------注销命令 tsshutdn-------60秒倒计时关机命令    lusrmgr.msc----本机用户和组 services.msc—本地服务设置    oobe/msoobe /a----检查XP是否激活 notepad--------打开记事本    cleanmgr-------垃圾整理 net start messenger----开始信使服务    compmgmt.msc—计算机管理 net stop messenger-----停止信使服务    conf-----------启动netmeeting dvdplay--------DVD播放器    charmap--------启动字符映射表 diskmgmt.msc—磁盘管理实用程序    calc-----------启动计算器 dfrg.msc-------磁盘碎片整理程序    chkdsk.exe-----Chkdsk磁盘检查 devmgmt.msc— 设备管理器    regsvr32 /u *.dll----停止dll文件运行 drwtsn32------ 系统医生    rononce -p ----15秒关机 dxdiag---------检查DirectX信息    regedt32-------注册表编辑器 Msconfig.exe—系统配置实用程序    rsop.msc-------组策略结果集 mem.exe--------显示内存使用情况    regedit.exe----注册表 winchat--------XP自带局域网聊天    progman--------程序管理器 winmsd---------系统信息    perfmon.msc----计算机性能监测程序 winver---------检查Windows版本    sfc /scannow-----扫描错误并复原 winipcfg-------IP配置    taskmgr-----任务管理器(2000/xp/2003) command--------cmd    fsmgmt.msc 共享文件夹 netstat -an----查看端口    osk 屏幕键盘 install.asp----修改注册网页    eventvwr.msc 事件查看器    secpol.msc 本地安全设置    services.msc 服务    2K    accwiz.exe > 辅助工具向导    acsetups.exe > acs setup dcom server executable    actmovie.exe > 直接显示安装工具    append.exe > 允许程序打开制定目录中的数据    arp.exe > 显示和更改计算机的ip与硬件物理地址的对应列表    at.exe > 计划运行任务    atmadm.exe > 调用管理器统计    attrib.exe > 显示和更改文件和文件夹属性    autochk.exe > 检测修复文件系统    autoconv.exe > 在启动过程中自动转化系统    autofmt.exe > 在启动过程中格式化进程    autolfn.exe > 使用长文件名格式    bootok.exe > boot acceptance application for registry    bootvrfy.exe > 通报启动成功    cacls.exe > 显示和编辑acl    calc.exe > 计算器    cdplayer.exe > cd播放器    change.exe > 与终端服务器相关的查询    charmap.exe > 字符映射表    chglogon.exe > 启动或停用会话记录    chgport.exe > 改变端口(终端服务)    chgusr.exe > 改变用户(终端服务)    chkdsk.exe > 磁盘检测程序    chkntfs.exe > 磁盘检测程序   cidaemon.exe > 组成ci文档服务    cipher.exe > 在ntfs上显示或改变加密的文件或目录    cisvc.exe > 索引内容    ckcnv.exe > 变换cookie    cleanmgr.exe > 磁盘清理    cliconfg.ex

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第六章 SDRAM控制器的设计

介绍的重点: ·动态随机存储介绍 ·介绍SDARM的工作原理与Verilog的实现方法 ·基本实验:利用基本实例来解释SDRAM控制器顶层模块的设计 ·高级实验:利用高级实例来完整的描述SDRAM控制器顶层模块的修改技巧与注意事项 问题:什么是SDRAM 那? 回答: 同步动态随机存储器(Synchronous Dynamic Random Access Memory) 目前很多芯片及系统开发,如影像采集或显示系统,都要用到保存容量大、读写速度高的存储器,本次介绍的SDRAM具有价格低、体积小、容量大、速度快特点,是理想的选择 SDRAM的框架:SDRAM是将存储器单元(Memory Cell)利用矩阵的方式来排列,矩阵中有列地址(Row Address)及行地址(Column Address),为了读出或写入某数据,SDRAM控制器会先传送列的地址,此时RAS信号被设定为Active状态,在存取行的地址前还需要几个执行周期,这段时间为RAS至CAS的延迟时间,而CAS信号则需经过几个时钟周期后,才开始稳定的书写数据,这段时间就是CAS延迟时间(CL)。

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