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ICML 2024 | 基于重要功能位点与小分子底物的生成式酶设计

DRUGAI 今天为大家介绍的是来自Lei Li团队的一篇论文。酶是由基因编码的生物催化剂，能够加速化学反应。那么，如何能自动设计出功能性酶呢？...在这篇论文中，作者提出了EnzyGen，这是一种学习统一模型来设计各个功能家族酶的方法。作者的核心理念是基于重要功能位点和对应期望催化功能的底物生成酶的氨基酸序列及其三维（3D）坐标。...关键设计理念在于，酶的生物功能由一部分残基（氨基酸）实现，这些残基被称为功能重要位点，而理想的酶应该能够在酶促反应中与其底物结合。...因此，作者将酶设计问题表述为在给定自动挖掘的功能重要位点和特定酶功能相关的底物的情况下，联合生成酶的序列和骨架结构。...这一观察结果证实了作者的家族标签学习了有用的功能信息，即具有相似功能的酶家族具有更接近的嵌入表示，这说明EnzyGen可以为理想酶的设计提供指导。

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防火墙排查错误开启tracert功能的方法

经查在线技术文档，是这样描述的： 高低端防火墙默认都是不允许tracert命令的,会影响我们调测过程中排错,以及验收时的主备倒换测试, 需要开启tracert功能的命令,看到每一跳的路径。...需要采用以下步骤进行开启tracert功能。...ICMP目的不可达报文发送功能 如果目的端是NGFW,需要在设备上执行ip unreachables enable命令。...ip unreachables enable命令用来启用ICMP目的不可达报文(需要分片但设置了不分片标志位的ICMP报文除外)的发送功能。...4.建议与总结 高低端防火墙默认都是不允许tracert命令的,会影响我们调测过程中排错,以及验收时的主备倒换测试, 根据不同的防火墙命令,需要开始开启不通的tracert功能的命令,看到每一跳的路径。

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功能更强，代码和错误更少！Duolingo 和 Google Home 的 Kotlin 之旅

应用大受欢迎，团队肯定备受鼓舞，于是决定把最棒的创意和功能添加进应用中，然后用户们会更加满意，如此循环……然而如此美妙的图景在现实中会遇到 "现实的问题": 代码量陡增，以及随之而来的开发和维护成本 代码中的错误也随之增加...最常见的崩溃直降 33% Kotlin 可助您提高工作效率，让您编写更少的代码来实现更多的功能，这就是您可实现的 "速度" 提升。...由于 Kotlin 可以将是否可为 null 作为语言的一部分，因此可以避免棘手的情况，例如在 Java 中不一致地使用是否可为 null 注释可能会导致遗漏错误。...该团队现在可以将协程与生命周期感知型组件 (如 ViewModel) 结合使用，从而避免复杂的异步编程错误。...上手 Kotlin，现在就是最佳时机 正如 Google Home 团队所说的，Kotlin 可以逐步添加进现有的项目，并带来更简洁的代码和更少的错误。

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糟糕，在错误的分支开发了新功能，该怎么处理呢？

最近在开发项目的一个小需求的时候，发生了一件尴尬的事情。那就是当我把新功能开发完成的时候，忽然发现自己开发使用的分支是错误的分支。...因为平时的开发也都是遵循相关的git流程，一般不会出现什么错误，而且平时使用的git命令也都是一些常用的。...其实当你在错误的分支开发了新功能之后，这里会有三种情况： 新功能还没有在本地进行commit（提交），也就是我这次遇到的情况 新功能已经在本地提交了，但是还没有push到远程仓库 新功能已经在本地提交了...这篇文章就跟大家一起探讨一下针对上述三种情况下，如果你在错误的分支开发了新功能，我们应该怎么做。...新功能已经在本地提交了，但是还没有push到远程仓库 如果新开发的功能已经在本地提交了，但是我们开发的这个分支是一个错误的分支。这个时候根据情况的不同，可以有两种处理的方式。

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Android编程实现捕获程序异常退出时的错误log信息功能详解

本文实例讲述了Android编程实现捕获程序异常退出时的错误log信息功能。...分享给大家供大家参考，具体如下： 很多时候我们程序无缘无故的就挂掉了，让我们一头雾水，如果刚好我们在调试，那我们可以通过错误log来查看是什么原因引起的程序崩溃。...还好Android给我们提供了UncaughtExceptionHandler 这个类，我们可以通过实现这个类的接口，来全局捕获那个让程序崩掉的错误log信息。...可以将错误的log保存在本地，也可以发送给服务器后台。下面来看下UncaughtExceptionHandler 的实现类CrashHandler吧。...collectCrashInfo(ex); // 保存错误日志 saveErrorLog(); //TODO: 这里可以加一个网络的请求，发送错误log给后台 // sendErrorLog();

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三行代码接入，社交软件打字时底下弹出的表情布局,自定义ViewPager+页面点标+各种功能的android小框架。

，入口：https://cloud.tencent.com/developer/article/1011385  这次分享给大家的是，刚些写好的类似社交软件打字时地下弹出的表情布局。...先看下我的默认效果图。 ?      该效果图里面使用的图片资源，是默认的IC_lanucher,在我的类里面，你可以自定义，包括布局，几行几列，什么的，都可以自定义。底下的是小点标。...下集预告:我将在使用这个框架的前提下实现，在输入框中添加表情图片，实现评论、发帖功能！...使用简介： 无论你是使用我提供的默认功能，还是使用接口自定义自己的功能，不变的有，它从底部弹出，拥有点标随ViewPager侧滑而跟踪显示，拥有侧滑功能。...如果你使用的是自定义的View，那么请在这个接口的函数里面连带 点击或者触屏事件写进去。 用法介绍：         我标题起的是三行代码接入。就是这么简单。

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从零开始学PCR技术（二）：Taq DNA酶

二、TAQ DNA 聚合酶的结构与功能 Taq DNA 聚合酶属于聚合酶家族 A，是一个单体酶，它与大肠杆菌聚合酶 I（pol I）具有很高的结构相似性。...② 5'-3'外切结构域是一个功能完整的独立结构域，该结构域的缺失不会使 Taq 丧失聚合活性，但对酶的催化性能有一些影响。...这一方面依赖于它自身的功能和特点，另一方面也依赖于研究人员对其不断地改造。...通过定点突变、结构域重组、定向进化等技术，Taq DNA 聚合酶获得了许多催化性能改善或展现新功能的突变体，拓宽了酶的应用范围。下面是 Taq DNA 的一些应用领域。...在这里我们考虑它对靶向扩增子测序的影响。 PCR 错误的影响。由于 Taq DNA 聚合酶无 3'-5'校正活性，因此在 PCR 延伸过程中可能发生错误，导致碱基突变。

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Mac打字练习工具：KeyKey

KeyKey是一款强大的Mac打字练习工具，可以帮助我们快速的掌握高效率正确的键盘打字方式，该应用程序会记录您的错误并在您进行时调整练习单词表，为您提供额外的练习，以使您绊倒的字母组合。...Mac打字练习工具：KeyKey图片功能特色响应式学习该应用程序可帮助希望改进 QWERTY 或 DVORAK 键盘打字的用户。课程显示为要键入的连续单词行。...你犯的错误越多，单词就越容易；随着你的进步，单词变得更加复杂。您还可以在键入时查看错误、完成的单词和经过的时间。键盘教练打字速度更快的很大一部分是使用正确的手指位置。...该应用程序的课程词汇表来源于这些材料，并从常见到不常见进行排名。无论您是想提高母语的速度，还是想更快地输入新的语言，您都将获得人们实际使用的短语的打字练习。...停止每隔几秒按一次退格键如果你经常犯错误，那么快速打字是没有意义的。使用 KeyKey，您可以自信而准确地打字。这是我们所有人都可以提高的技能。

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AI模型可预测人们在打字时如何移动眼睛和手指

大数据文摘出品 来源：aalto 编译：在赤道的熊猫 众所周知，触摸屏很难打字。 由于无法感觉到按键，我们依靠视觉将手指移至正确的位置并检查错误，这是我们无法在同一时间进行一系列动作。...它产生错误，发现错误（虽然并不总是立即发现），并像人类一样纠正它们。该模拟还可以预测人们如何适应交替的环境，例如当他们开始使用新的自动校正系统或键盘设计时，他们的写作风格会如何变化。...Jokinen解释说：“现在，我们已经对人在触摸屏上的打字方式进行了逼真的模拟，优化键盘设计以实现更好的打字应该容易得多，这意味着更少的错误，更快的打字速度，并且对我来说最重要的是，减少了挫败感。”...团队发现了一种使用此方法来产生与人类行为非常相近的行为的新方法，包括错误，纠正和所有错误。 ‘我们赋予模型与人类一样的能力和界限。当我们要求它有效地键入内容时，它便找到了如何最好地利用这些功能的方法。...最终结果非常类似于人类的打字方式，而无需使用人类数据来教授模型。’Jokinen说。 与人类打字数据的比较证实了该模型的预测是准确的。

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AromaDeg：细菌好氧降解芳香族化合物的系统发育基因组学数据库

，基于同源性的方法仍然是最常用的注释蛋白质功能的方法，但这种方法导致了错误注释的传播。...包含多个催化不同反应的酶超家族的注释错误已经被公认为公共数据库中的一个大问题，与芳香族化合物代谢途径相关的蛋白数据也受到了显著影响。...其解决了基于同源性的蛋白质功能预测的不足，结合系统发育树构建和实验数据整合，获得更准确的关于好氧芳香生物降解途径的新生物数据注释。...共包括3605条蛋白序列，主要涵盖四类酶： Rieske非铁血红素加氧酶α亚基；邻位螯合物超家族的雌二醇双加氧酶；LigB超家族的雌二醇双加氧酶和cupin超家族的雌二醇双加氧酶。...对于Rieske非铁血红素加氧酶，酶的聚类与其成员氧化的底物有关。AromaDeg收集了4类加氧酶，分别为邻苯二甲酸酯双加氧酶、联苯双加氧酶、苯甲加酸氧酶和水杨酸加氧酶。

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AI Agent自主设计全新蛋白质登Nature！威斯康星大学让机器人科学家做实验，无需人类帮助

AI Agent，已经可以不需要人类帮助，就能自行设计和测试全新的蛋白质了！ 这个AI能够自主学习蛋白质结构与功能关系。而且在糖苷水解酶领域创造出的新蛋白质，比原始蛋白质更稳定。...智能体和实验自动化之间的无缝集成，可以实现完全自主的设计-测试-学习周期，以理解和优化序列-功能环境。 研究者部署了四种独立的SAMPLE试剂，来探索糖苷水解酶的前景，并发现了具有增强热耐受性的酶。...这四种智能体的优化轨迹显示出景观的逐渐攀升，早期阶段以探索行为为特征，后期轮次一致地对热稳定设计进行采样。 在两种情况下，质量过滤器遗漏了错误数据，并错误地将热稳定性值分配给非活动序列。...研究者故意不纠正这些错误的数据点，以观察智能体在获取更多景观信息时，如何从错误中恢复。 有大量不确定的实验，如图3a底部的问号所示。...其中大多数是非活性酶的结果，试剂必须测试两次才能将其指定为非活性酶。大约9%的实验失败，可能是由于液体处理错误。 每种试剂发现的GH1序列，都要比六个初始天然序列至少稳定12°C。

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打字课堂 for Mac(学习打字软件)

是可以为你带来基础的入门打字的知识供你来学习，打字课堂 Mac版还带有了超多的打字游戏给你来体验哦，当然你在这款学习打字软件中也是能查看到自己的打字速度以及正确率等数据.打字课堂 for Mac(学习打字软件...)打字课堂 for Mac特点介绍• 基础入门针对打字初学者，让你认识什么是盲打、打字的正确***、基准键和手指分工等基础知识，学会如何使用数字键、大写锁定键、换挡键以及常用的标点符号键，并了解汉语拼音输入法...古诗文部分还有注释和译文等内容，你在这里可以学到的不仅仅是打字！• 英文练习包含简单英语词汇、四六级和考研英语词汇等篇目，让你一边练习英文打字，一边认识英语单词。...所有单词均注有中文释义，不用担心会有不认识的单词。另外还有精选英文短文供你练习。• 打字游戏包含一款打字游戏，通过打字赢取高分，让你在简单、有趣的游戏中练习打字，寓学于乐。...• 成长统计可以查看每天的平均打字速度和正确率，统计曲线的增长记录着你每一天的进步。• 其他功能在各个练习中提供键位和手指提示，让初学者尽快熟悉键盘。练习中击键正确和错误时还会发出不同的音效反馈。

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. | 用DNA作为计算和数据存储的通用化学基质

为了实现这些多样化的功能，研究人员建立了各种分子工具箱，范围从仅DNA系统和酶辅助DNA反应到DNA纳米结构和隔室化DNA电路。...以聚合酶介导的DNA链置换为例，它通过更简单的电路结构和更快的计算速度实现了高效计算。DNA电路面临的一个主要挑战是“泄漏”，这通常是由于序列设计不完美和多链复合体由于合成错误而未能完美杂交导致的。...在这个例子中，DNA功能化的纳米颗粒被放置在支撑的脂质双层上，作为计算单元。...虽然通过物理冗余（即，存储相同序列的多份拷贝）可以保护DNA编码的数据免受这些和其他错误的影响，但这种方法严重限制了DNA作为存储介质的信息密度。因此，通常会使用某种形式的错误校正。...对于DNA数据存储，最简单的错误校正形式包括在重叠片段中存储相同序列的多份拷贝，这样任何一个序列的丢失都不会导致信息的消失，冗余片段可以用来纠正替换错误。

19410

mSphere: PCR循环数及聚合酶对群落的影响

本文研究了5种高保真聚合酶和不同PCR循环数对模拟群落和人类粪便样本微生物群落的影响。结果表明采用最高保真度的聚合酶，并控制PCR的循环数最小化，可以降低测序错误率、嵌合体序列的比例和群落丰度偏差。...结果 PCR循环显著影响错误率。数据质控可以消除部分错误率。5种酶之间也有差异。循环数高时KAPA效果最好。用Mothur中的seq.error命令计算错误率。...循环增加KAPA的shannon竟然会减小。其他四种酶增加。这表明对于其他四种酶，随着循环增加，高丰度的物种还会更多的被PCR出来，即群落的均匀性减小。...综合全文结果，KAPA错误率和嵌合体比例最低，群落偏差最小。但是KAPA会得到高比例的引物二聚体。因此作者推荐Accuprime酶作为KAPA的替代。...(不清楚作者为啥这样说，原文没有引物二聚体的结果。而且我自己用KAPA并没有发现有二聚体。) ps:由于之前写过一次国内的文章，指出了其中一个错误，就被原作者找到我了，后面发生了啥都懂的。

70421

KeyKey for Mac(优秀的键盘打字软件)

mac键盘打字软件那个比较好呢？KeyKey for Mac是运行在Mac平台上一款非常实用的打字训练工具，能快速的锻炼肌肉记忆，让手指记住每种语言独有的微动作时。...keykey版分享给大家，想要训练提高打字速度的你一定不要错过了。...KeyKey for Mac图片KeyKey for Mac软件介绍在默认情况下，KeyKey for Mac训练线会自动调整到您的触摸打字级别，只要您正确地输入第1课中的字母，第2课就会激活，依此类推...反之亦然，某封信中的错误会增加其参与当前课程的速度，由于这个事实，你专注于研究对你来说最难的字母。KeyKey for Mac软件功能快速结果触摸打字与键排列无关，可能是第一眼看到的。...自动培训模式默认情况下，训练线会自动调整到您的触摸打字级别。只要您正确地输入第1课中的字母，第2课就会激活，依此类推。反之亦然：某封信中的错误会增加其参与当前课程的速度。

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RiboFR-Seq：将16S rRNA与宏基因组连接的方法

近年来，许多研究将这两种方法结合起来使用，但下游的数据分析是分开进行的，在分类和功能上总是产生不一致或冲突的结果。...背 景 16S rRNA扩增子的缺陷是16S rRNA 的多拷贝（1~15）会影响对细菌丰度的准确评估。且它不能提供关于宏基因组功能的直接实验证据。...且组装过程中高度保守的核糖体RNA序列往往被错误地组装在一起，或被视为重复序列而被过滤掉。 方 法 RDP数据库中下载细菌16S rRNA序列，挑出1400 nt以上的全长序列进行比对。...比对后的序列通过限制性内切酶使用python脚本in silico进行消化(digested)。挑出可用的内切酶要满足三个条件： 1. 超过一半的序列可以被消化； 2....酶解后的DNA片段具有粘性末端，通过分子内部连接的方式组成自循环，作为带有特异性反向引物的LD-IPCR模板。自循环后用外切酶消化剩余的线性基因组DNA。 数据分析。

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课代表带你练习正确的打字姿势！

现在想想，自己打字的不规范指法和习惯，真的影响了自己的打字速度和准确率。 当然，更多的可能是连课代表都不如，打字还在用二指禅甚至是一指禅的人，那样的打字速度，可能真的会影响我们的打字心情。 ?...其实这是有历史原因的，键盘最早用于打字机，那时候的键盘并不像现在的键盘一样好用，受当时的机械设备的限制，如果打字员打字的速度过快，打字机相邻键杆撞在一起而发生卡壳，所以在使用“abcdefg”的时候，会出现很多的问题...键盘就是这个键盘，如何提高打字速度和准确率？ 为了解决这个问题，课代表给大家推荐——TypingClub，一个有趣的打字练习网站。 ? 什么？金山打字？...接下来就是一段魔性的手指舞了~ ? 练习的时候可以在上面的工具栏进行一些设置，包括显示实时速度准确度、连续错误几次后禁止输入、文字大小、字体、打字背景、键盘提示、音效等等。 ? ?...登录以后才可以使用保存进度的功能，可以使用Google账户、Office365账号、Facebook账号、Clever账号以及邮箱登录。 ? 好了好了，其他的大家慢慢研究，课代表打字去了... ?

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谷歌输入法背后的机器智能

神经空间模型 移动键盘输入的错误通常归结于“胖手指打字”（fat finger typing，或在滑动打字中定位到空间位置相似的词，如下图所示）以及认知和操作错误（表现为拼写错误，字符插入，删除或互换等...通用FST原则，如流式传输，动态模型支持等，为构建新的键盘解码器带来了很大的帮助，但还需要添加一些新的功能。...FST解码器的本质性质将支持完成所有的工作，预测，滑动打字和许多UI功能，无需额外的工作，从而使 Gboard能够从一开始就向印度用户提供丰富的体验，一个更智能的键盘。...总而言之，最近的工作将解码延迟降低了50％，将用户手动更正的字数减少了10％以上，能够为印度的22种官方语言提供音译支持，并启用了许多新功能。...虽然谷歌团队希望这些最近的变化能够改善用户的打字体验，但他们也同时认识到，在移动设备上打字的问题绝对不能算是解决了。

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