samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam....tar.bz2 cd samtools-1.9 ..../configure --prefix=/opt/samtools1.9 make make install 4.配置环境变量 gedit ~/.bashrc #Samtools1.9 export...PATH=/opt/samtools1.9/bin:$PATH source ~/.bashrc 5.运行：samtools ?...Usage: samtools view [options] | [region1 [...]] 默认情况下不加 region，则是输出所有的 region.
同时利用linux中的grep、awk等操作命令，还可以大大扩展samtools的使用范围与功能。...包含有许多命令，我这里主要介绍几个: samtools官网：http://www.htslib.org/ 一、软件安装 使用conda安装 conda install samtools 二、Samtools...的用法 1.samtools view samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。....samtools sort samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序，按最左坐标排序，或使用-n时按读取名称排序。...使用samtools view命令再试试看？
一步法找基因变异流程 samtoolsmarkdup操作的正确顺序 The first sort can be omitted if the file is already name ordered samtools...sort -n -o namesort.bam example.bam 必须是-n，不能省略 Add ms and MC tags for markdup to use later samtools...fixmate -m namesort.bam fixmate.bam -m不能少 Markdup needs position order samtools sort -o positionsort.bam...fixmate.bam Finally mark duplicates samtools markdup positionsort.bam markdup.bam
问题描述： 我用conda安装的samtools软件 但是在使用samtools的时候，总是报错，没有载入samtools的库文件（动态库缺失） samtools: error while loading...解决方法： 首先是确认问题，通过ldd查看samtools依赖了哪些工具。...which samtools /home/amliang/miniconda3/envs/rna/bin/samtools cd ~/miniconda3/envs/align/bin/samtools...网上有前辈说，这可能是因为安装的软件版本太新，使得软件有一些bug还没来得及被发现和解决 我自己安装的samtools是最新的1.8版本，可能在安装时samtools的预编译版本不会自带tinfow，它默认我们自己提供...所以，鉴于上面的猜测和参考前辈的经验 我就尝试着调低一个安装版本，我安装的是samtools 1.5版本， conda install samtools=1.5 然后，运行了一下，发现可以正常使用。
虚拟机的安装 主要参考网易云课堂 Linux生信分析环境搭建Bio-linux课程 设置共享文件夹需要的命令 sudo mount -t vboxsf share /home/student/share...52.PNG （比对完输出到屏幕的结果还是不明白） 第三步：使用samtools将sam格式转换为bam格式并且把bam格式sorted(这个sorted起什么作用自己还不太明白) samtools view...sort eg2.bam -o eg2.sorted.bam samtools index eg2.sorted.bam #过滤没有比对到参考基因组的reads samtools view -F 4...A.bam A.sam #排序 samtools sort A.bam -o A.sorted.bam #索引 samtools index A.soretd.bam samtools fastq...samtools stats samtools flags 参考文献 1、samtools使用大全 【CSDN】 2、https://bedtools.readthedocs.io/en/latest
常用，于是写了一个samtools版本。...-M temp.metrics $ samtools sort -@ 24 gatk_markduplicates.bam -o gatk_markduplicates_sorted.bam $ samtools...$ samtools view --no-header query_grouped_samtools.bam | awk '{print $1}' | uniq | grep -A 2 -B 2 -n...试图解决 发现samtools的小问题之后，查阅了一下samtools-sort文档[1]。...文档: http://www.htslib.org/doc/samtools-sort.html [2]smowton: https://github.com/samtools/samtools/issues
sequence Alignment/mapping) 数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式 转换 BAM 与 SAM 格式 比对文件排序，建立fastq索引 安装 conda install -y samtools...这里需要安装Conda (这是一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解 使用 1、常用的三个步骤 转换 SAM 格式为 BAM 格式 samtools...view -S SRR00000.sam -b > SRR00000.bam 对比对后文件进行排序 samtools sort SRR00000.bam -o SRR00000_sorted.bam...对排序后文件建立索引 samtools index SRR00000_sorted.bam 通常以上的三个步骤是依次进行 2、格式转换 sam -> bam samtools view -S SRR00000.../doc/samtools.html
fa文件的索引为fai结尾的文件，可以使用samtools faidx命令创建，具体用法如下： #samtools faidx input_ref.fa samtools faidx GRCm38.p5
工欲善其事必先利其器 1Samtools Samtools 同样是由李恒博士开发的一套与高通量测序数据交互的程序。...这些优势使Samtools成为生物信息学领域研究人员广泛使用的关键工具之一。...2发表文章 题目：The Sequence Alignment/Map format and SAMtools ；The Sequence Alignment/Map format and SAMtools...wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.18/samtools-1.18.tar.bz2 tar -xf samtools...samtools index d0_sort.bam #设定线程 samtools index -@ 2 d0_sort.bam samtools index -b -@ 2 d0_sort.bam
-S align.sam/sample.align.sam > align.log/sample.align.log 2>&1 #samfiles sorting samtools...align.sam/${sample}.align.sam > align.log/${sample}.align.log 2>&1 #samfiles sorting samtools
众所周知，samtools加bcftools的找变异流程的运行速度是非常慢的，如果是全基因组，可能得耗费三五天。可以说是 比已经慢的发指的gatk流程还磨人！...samtools加bcftools流程 代码如下： grep H3F3A ~/reference/gtf/gencode/protein_coding.hg19.position # samtools...samtools mpileup -r chr1:226249552-226259702 -ugf ~/reference/genome/hg19/hg19.fa *sorted.bam | bcftools
设置软件安装位置: mkdir student_tools cd student_tools SAMtools wget https://github.com/samtools/samtools/releases.../download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 bunzip2 samtools-1.9.tar.bz2 tar -xvf samtools-1.9.tar cd samtools.../samtools bam-readcount export SAMTOOLS_ROOT=$RNA_HOME/student_tools/samtools-1.9 git clone https://github.com...tar -xzvf stringtie-1.3.4d.Linux_x86_64.tar.gz cd stringtie-1.3.4d.Linux_x86_64 .....tar.gz tar -zxvf kallisto_linux-v0.44.0.tar.gz cd kallisto_linux-v0.44.0/ .
现在初学者都喜欢使用conda来管理软件环境，安装方法代码如下： #一路yes下去 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh bash Miniconda3-4.6.14-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc ## 安装好conda后需要设置镜像。...却总是报错，安装方法如下： conda activate atac conda install -y samtools 报错如下： samtools: error while loading shared...安装了指定版本后解决了bugs，解决方法代码如下： conda search samtools conda install -y samtools=1.11 # 另外我搜索到另外一个解决方案：conda...install samtools openssl=1.0 但是另外一个软件（sambamba）又开始作妖： sambamba: error while loading shared libraries
需要比较的进行了整合 2.原文中的软件都下载最新版本 3.原文中有少量代码是错误的，这里进行了修正 4.对于需要的一些知识背景，在这里进行了注释或链接到他人博客 ---- 一共4部分 通过简单数据熟悉Linux...下生物信息学各种操作1 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作2 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作3 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作4 ---- 20 Pileup.../bcftools-1.9/bcftools ~/bin 每个run的平均coverage是什么 默认，samtools depth只输出非0 coverage的区域 samtools depth bwa.bam...|head| samtools view -h bow.bam |head|grep @SQ @SQ SN:NC_002549 LN:18959 samtools depth bwa.bam |...（samtools文本基因组浏览器） samtools tview bwa.bam 1 11 21 31 41 51
接下来，我们要做的事情就是使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引。 一.SAMtools介绍 SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。...同时利用linux中的grep、awk等操作命令，还可以大大扩展samtools的使用范围与功能。包含有许多命令。我这里主要介绍几个，重点是samtools view。...samtools更多信息：http://www.htslib.org/ 1.samtools view samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。...参考：http://www.htslib.org/doc/samtools-index.html 4.samtools flagstat samtools flagstat用于给出BAM文件的比对结果。...2 排序(samtools sort) 单个排序: samtools sort -l 4 -o ./cleandata/samtools_bam/CK-4_sort.bam .
5.2.2 源码软件 一般的开源软件发布的时候肯定会把源代码放出来，如果是在linux系统下以源代码方式安装软件，那么一般自己的linux系统要有gcc编译器，还需要有一些库文件，这也是大多数新手被坑的地方...例子如下： cd ~/biosoft mkdir samtools && cd samtools wget https://github.com/samtools/samtools/releases/...download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2 tar xvfj samtools-1.3.1.tar.bz2 cd samtools-1.3.1 ....samtools view -h -F4 -q 5 read.sorted.bam |samtools view -bS|samtools rmdup - read.filter.rmdup.bam...使用服务器，需要学习linux： linux命令行文本操作一文就够 linux系统环境变量一文就够 构建shell脚本一文就够
从samtools的github官网上可以看到，原来的samtools已经被拆分成三个小项目，分别是htslib，samtools以及bcftools。...最初samtools只有c语言版本，由于samtools软件的强大功能和广泛应用，许多编程语言都对samtools进行了封装。...在Linux中运行以下命令 mkdir ~/demo cd ~/demo # cd git clone https://github.com/samtools...在Linux系统中，我们可以将动态链接库复制到标准库文件目录下（例如/usr/lib或者/usr/local/lib），或者设置一个合适的环境变量，例如LD_LIBRARY_PATH。...在Linux shell中运行： # export LD_LIBRARY_PATH=::$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH
软件安装首先从github官网上下载minimap2的二进制文件压缩包，minimap2-2.26_x64-linux.tar.bz2，然后上传到服务器上。...# minimap2，v2.26压缩包解压缩$ tar -xjvf minimap2-2.26_x64-linux.tar.bz2# -x 解压# -j 有bz2属性的# -v 显示所有过程# -f 使用档案名字...#将minimap2加入绝对路径$ echo 'PATH=/path/to/minimap2-2.26_x64-linux:$PATH' >> ~/.bashrc && source ~/.bashrc...$ echo 'PATH=/mnt/data/home/mli/Desktop/Software/minimap2-2.26_x64-linux:$PATH' >> ~/.bashrc && source....fa HG004.fastq.gz | samtools view -@ 12 -bS | samtools sort -@ 12 -o HG004.minimap2.align.bam#因为samtools
.tar.gz tar zxvf sratoolkit.2.6.3-centos_linux64.tar.gz ~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.6.3-centos_linux64...5.2.2 源码软件 一般的开源软件发布的时候肯定会把源代码放出来，如果是在linux系统下以源代码方式安装软件，那么一般自己的linux系统要有gcc编译器，还需要有一些库文件，这也是大多数新手被坑的地方...例子如下： cd ~/biosoft mkdir samtools && cd samtools wget https://github.com/samtools/samtools/releases/...download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2 tar xvfj samtools-1.3.1.tar.bz2 cd samtools-1.3.1 ....samtools view -h -F4 -q 5 read.sorted.bam |samtools view -bS|samtools rmdup - read.filter.rmdup.bam
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来给大家提供参考。...LB：测序文库的名字，如果上面的lane ID足够用于区分的话，也可以不用设置LB； （用GATK检测变异 其中ID,PL和SM信息是必须的） 二、samtools格式转换 1.sam格式转换为bam格式...samtools view -bS example.sam -o example.bam # -b 输出bam格式文件 -S 输入sam格式文件 2.质控 samtools view -h -b -...q30 example.bam > example.q30.bam # -q 比对的最低质量值 -h 输出的文件包含头部信息 -b 输出bam格式文件 3.构建索引 samtools faidx base...%EF%BC%89/变异检测（BWA+SAMtools+picard+GATK） https://www.jianshu.com/p/c41e8f3266b4 GATK4.1 call SNP
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