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沙龙
1
回答
如何安装ncurses使
samtools
工作?
linux
、
ncurses
、
samtools
我在一个没有根访问和的HPC上,我不能使用sudo命令,但是我试图让
samtools
-1.10工作,不幸的是我得到了错误消息:to be installed on the buildmachine; you may need to ensure a package such as
浏览 5
提问于2020-02-03
得票数 1
1
回答
for循环回显顺序命令行?
linux
、
for-loop
如何在
linux
中使用for循环来生成以下代码行?zcat ~/tools/sample66621D.fastq | bowtie2 -a - |
samtools
->sample66621D.BAMzcat ~/tools/sample66623D.fastq | bowtie2 -a - |
samtoo
浏览 2
提问于2016-04-15
得票数 0
1
回答
如何使用
samtools
C API构建简单的main.cpp文件
c++
、
makefile
、
bioinformatics
、
samtools
我正在尝试(在
Linux
上,使用G++)使用
samtools
C API ()编译一个简单的main.cpp程序,该程序已经下载到我的main.cpp文件的文件夹中。这是我的makefile:HTSLIB=${
SAMTOOLS
}htslib-1.9/ ${MAKE} -C${
SAMTOOLS
浏览 46
提问于2018-10-21
得票数 4
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1
回答
程序在终端上运行良好,但不使用shell脚本。
linux
、
bash
、
shell
我在
Linux
上。export PATH="~/Desktop/
samtools
/
samtools
-1.1:$PATH" 名为
samtools
的可执行文件位于此文件夹中因此,当我尝试像一个简单的命令一样从命令行启动它时,只需输入"
samtools
“就可以了
浏览 3
提问于2014-12-25
得票数 1
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1
回答
bash语句末尾的"-;“是什么意思?
linux
、
bash
、
syntax
、
pipe
例如末尾的"-;“字符的用途是什么?
浏览 4
提问于2012-04-27
得票数 2
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2
回答
如何在GitHub操作中激活conda环境?
installation
、
conda
、
github-actions
、
environment
、
samtools
Conda # label of the job name: Tests echo "after conda activate
samtools
|| true echo "after CONDA/bin
浏览 10
提问于2022-06-21
得票数 2
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2
回答
用conda安装构建Docker映像
docker
、
conda
& rm -rf /var/lib/apt/lists/* https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-
Linux
-x86_64.sh \ && bash Miniconda3-latest-
Linux
-x86_64.sh -b \ &&
浏览 10
提问于2021-03-04
得票数 0
3
回答
在
linux
中从perl运行程序
linux
、
perl
system("
samtools
");system("velveth"); 它可以正常工作,但不是这个(
samtools
)。你们当中有没有人以前遇到过这个问题?我真的很困惑。
浏览 3
提问于2013-03-12
得票数 0
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2
回答
GCC :找不到-lcurses
gcc
、
ld
、
curses
这是产出:/usr/lib64/gcc/x86_64-suse-
lin
浏览 2
提问于2015-11-29
得票数 3
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1
回答
samtools
和三位一体导致conda env中的不一致
python
、
linux
、
command-line
、
conda
check the package plan carefully - bioconda/
linux
-64::trinity==2.9.1=h8b12597_0 condainstall -c bioconda busco -y 到目前为止,我已经尝试过在我的频道中添加conda -
浏览 8
提问于2022-03-03
得票数 0
2
回答
无法在Mac上安装bioperl
macos
、
perl
、
bioinformatics
、
bioperl
请注意,我已经通过以下方式安装了
samtools
0.1.18 (以匹配我们集群上的版本): $ which
samtools
此构建没有生成“.so”文件,尽管
samtools
中有一条规则
浏览 28
提问于2016-03-18
得票数 2
1
回答
Samtools
安装过程中出现警告
installation
、
samtools
我最近安装了
samtools
,是用
linux
中的命令'make‘编译的,用的是gcc。如果它们出现了,这可能会成为运行
samtools
的一个潜在问题? 谢谢。
浏览 2
提问于2015-02-08
得票数 0
3
回答
如何解释conda包冲突?
python
、
anaconda
、
conda
我试图创建一个包含3个包和一个特定python版本的conda环境,并获得以下输出:
samtools
-> libgcc-ng[version=''] -> zlib[version='1.2.*
浏览 17
提问于2020-06-09
得票数 35
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1
回答
无法配置或使安装
samtools
0.1.19
make
、
configure
我需要安装一个特定版本的
samtools
(0.1.19) (在https://sourceforge.net/projects/
samtools
/中找到)。 /配置返回“没有这样的文件.”
浏览 0
提问于2018-11-24
得票数 1
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2
回答
pwd的内容,但未被sed替换
sed
、
which
、
pwd
我有一个文件,其内容如下:
SAMTOOLS
='/software/
samtools
/
samtools
-1.3.1/
samtools
sed -i.bak 's|/software/bwa/bwa-0.7.12/bwa|$(which bwa)|g' mapping_arima.sh se
浏览 0
提问于2018-10-01
得票数 0
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1
回答
使用GNU并行的管道命令(
samtools
)
pipe
、
gnu
、
gnu-parallel
、
samtools
1} -o /home/Teste1/
samtools
/sorted/{/.}-j 4 '
samtools
index {1} -@ 8' ::: /home/Teste1/
samtools
/sorted/*-sorted.bam 我试过了: parallel --verbose
samtools
sort - - -@ 4 | / #sort bams tee /home&
浏览 233
提问于2021-04-21
得票数 1
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2
回答
通过WSL在windows中安装生物信息学软件包,如bowtie2。
python
、
cmd
、
conda
、
bioinformatics
、
windows-subsystem-for-linux
我正在尝试用python开发一个GUI来分析tRNA-Seq数据,它可以在
Linux
和Windows上运行。为此,需要运行一些程序,如: bowtie2,
samtools
或bedtools,这些程序在
Linux
上可以很容易地通过anaconda下载,但在Windows上却令人头疼。-
Linux
-x86_64.sh')os.system('bash Anaconda3-2020.07-
Linux
-x86_64.sh') #Com
浏览 3
提问于2020-12-20
得票数 0
2
回答
如何在bash中按递增顺序命名数百个文件?
bash
、
shell
、
bioinformatics
、
samtools
/Applications/
samtools
-1.14/
samtools
深度-r dna /-r/lab/-r/aligned_data/s1_dedup.bam>/-r/-r/-r/test1.txt
浏览 2
提问于2022-02-17
得票数 1
1
回答
添加
samtools
的路径
path
我已经在我选择的文件夹下安装了
samtools
。另外,/usr/local/bin/
samtools
中还有另一个不同版本的
samtools
,安装在我选择的文件夹下,最新版本的
samtools
。当我使用which
samtools
时我如何能够永久地只使用我已经安装的
samtools
版本?我是否需要删除/usr/local
浏览 0
提问于2017-03-28
得票数 0
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3
回答
将文件名前缀作为输入传递给程序
linux
、
shell
我有一些文件,其名称如下:A-VR-M6R_accepted_hits.bam
samtools
sort -n A-C-F3_accepted_hits.bam A-C-F3_sorted在这里,
samtools
将对A-C-F3_accepted_hits.bam的内容进行排序。
浏览 2
提问于2016-10-12
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