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Sanger法是基于DNA合成反应的测序技术，又称为SBS法、末端终止法。1975年由Sanger提出，并于1977发表第一个完整的生物体基因组序列。
Frederick Sanger 是一位1918年出生于美国的生物化学家，曾经两度获得诺贝尔化学奖 。上世纪70年代末，他提出快速测定脱氧核糖核酸（DNA）序列的技术“双脱氧终止法”，也被称作“Sanger法”。
1953年4月，Watson和Crick关于DNA双螺旋结构的文章发表于Nature，成为生物学研究的里程碑。此后，生命科学进入了DNA解密的时代。道德经所言“道生一，一生二，二生三，三生万物”，这“三生万物”需要的竟然仅仅是四种碱基的排列组合。生命的秘密藏在DNA序列中，首要任务，便是测出这序列内容。1970年，吴瑞先生建立了位置特异性引物延伸的测序方法，开了DNA测序技术的先河。随后在1975年，Sanger建立了自己的测序方法。1977年Gilbert等人建立了化学降解法，同年，Sanger改进了之前的方法，确立了日后第一代测序的主流方法：Sanger测序法。
早在1954年，Whitfeld等就提出了测定多聚核糖核苷酸链的降解法，该方法利用磷酸单酯酶的脱磷酸作用和高碘酸盐的氧化作用从链末端逐一分离寡核糖核苷酸并测定其种类。目的就是想通过这种一个一个“数”的方法来得到DNA的碱基顺序。
作者：刘小泽 链接：https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2
测序技术是指测定核酸或氨基酸等生物分子序列的技术。自从人类发现DNA以来，经过了100多年的努力，人类终于通过测序技术，得以阅读和理解生命的密码。测序技术的发展经历了三代，第一代是Sanger测序，第二代是高通量测序，第三代是单分子测序。其中，Sanger测序是最早的一种测序方法，它利用双脱氧链终止法进行测序。高通量测序则是指同时对多个DNA分子进行测序，其主要技术包括Illumina、Ion Torrent、Roche/454等。而单分子测序则是指直接对单个DNA分子进行测序，其主要技术包括PacBio、Oxford Nanopore等。
文章《测序的世界》：https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2
主要通过合成dna时，通过添加ddNTP阻断dna的合成，利用放射性ddNTP通过凝胶电泳分离和放射自显影来读取序列。
该文章中对 20 个细菌基因组进行测序，每个样本分别进行了 illumina，pacbio 以及 nanopore测序。比较三种数据的拼接结果。其中两株细菌已包含发表出来的全基因组序列。
原理介绍视频：https://share.weiyun.com/5qojuBY 密码： 密码：bxsry4
开源地址：https://github.com/sanger/sequencescape 开源公司sanger：https://www.sanger.ac.uk/。全球领先的基因研究机构。
而且通常我们是大队列研究，几百个病人的几百个甚至上万个突变位点， 研究起来压力会很大，通常大家会看一下突变全景图，如下：
写在前面：上周末刚进行了全国硕士研究生考试。虽然目前公众号的受众群体大多数还是研究生本生，在这里，还是衷心祝愿各位考生顺利上岸！
目前绝大部分医院的肿瘤相关突变数据的上游测序fastq文件处理都是公司代劳，流程是经典的GATK套装，主要是耗费计算机资源而已。
如果仅仅是一两个位点， 我们可以很容易通过各种各样的网页工具去查询到它的序列信息，但是高通量测序的结果往往是成千上万的，就算是节省成本，一般来说也会挑选100个左右的位点拿去设计引物进行sanger测序，一个个网页查询工作量有点大，这个时候就可以使用代码实现批量查询。
3.Centrifuge和Minimap2是处理纳米孔数据的最合适工具，并且可以认为它们是当前的最佳选择;
BWA-backtrack适合比对长度不超过100bp的序列；BWA-SW和BWA-MEM适合于长度为70-1M bp的序列；其中BWA-MEM是最新开发的算法，对于高质量的测序数据，其比对的速度更快，精确度更高，对于70-100bp的reads, BWA-MEM算法在比对长度为70-100bp的序列时，效果比BWA-backtrack 算法的效果更好。总而言之，通常情况下，选择BWA-MEM算法就好。
今天是在生信星球学习的最后一天，感谢gewei 老师七天的陪伴，通过这七天的学习，为我正式踏入生信的学习之路提供了很好的指引。在接下来的日子里，我也会继续关注生信星球以及生信技能树这两个优秀的公众号，继续学习生信的相关知识.
目前主流三代测序平台除了Oxford 家的 Nanopore，还有 Pacific Biosciences（简称 PacBio）公司的 Single Molecule Real-Time（SMRT）Sequencing。 该平台的优势在于：
sanger测序（最为经典的一代测序技术，至今仍是测序行业的金标准。）：我看了很久文字感觉云里雾里，找B站一个视频看了一下子清晰了很多：链接：https://www.bilibili.com/video/BV1Xb411B7mi/?t=10.0 真的听我的看一下这个视频！强烈安利！
在Sanger等测序方法的基础上，通过技术创新，用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP，当DNA聚合酶合成互补链时，每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光，根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理，从而获得待测DNA的序列信息
前面我们了解了基因组拼接，今天给大家带来的是拼接原理。了解实验原理，就是为了我们更好地做实验。
原文链接：https://www.healio.com/hematology-oncology/learn-genomics/whole-genome-sequencing/overview-key-objectives> 什么是真核细胞 细胞构成了人类生命的基本框架，是人类生活的基本组成部分。人体由数万亿个细胞组成。人体细胞由许多部分组成，每个部分都有其特定的功能。细胞骨架由纤维网络组成，有助于保持细胞的形状，保证细胞移动。细胞骨架也有助于引导细胞器的运动，细胞器是细胞内执行某些功能的结构。细胞质是一
分享是一种态度 对应原版教程1-2章 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/ 一、关于OSCA 1、教程内容 这个系列教程详细的梳理、总结了单细胞测序数
Sanger-双脱氧链终止法原理：设置4个反应体系，分别加入DNA、引物、酶、4种dNTP，和其中1种带有标记ddNTP。在加入ddATP反应体系中，当ddATP和T碱基结合，反应终止，在这个反应体系中，ddATP会结合DNA上所有T位点，其余3种反应体系同上。
前面我们介绍了各种测序技术的原理：illumina、Sanger、第三代和第四代测序技术原理，我们测序得到的是带有质量值的碱基序列fastq格式，参考基因组是fasta格式。⽤⽐对⼯具把fastq格式的序列回帖到对应的fasta格式的参考基因组序列，就可以产⽣sam格式的⽐对⽂件。把sam格式的⽂本⽂件压缩成⼆进制bam⽂件可以节省空间。如果是记录某些位点或者区域碱基的变化，就是VCF⽂件格式。如果对参考基因组上⾯的各个区段标记它们的性质，⽐如哪些区域是外显⼦，内含⼦， UTR等等，这就是gtf/gff格式。如果只是为了单纯描述某个基因组区域，就是bed格式⽂件，记录染⾊体号以及起始终⽌坐标，正负链即可。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！ 下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera 和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步：首先去除低质
本着“三百六十行，行行转生信”的崇高宗旨，基础科研、生物学出身的小编在今年成功进入生信圈，入坑的时候才发现贵圈真的是太乱了，不仅要敲的了代码，跑的了数据，而且跨行不太成功的我还要怒扛鱼饲料、单刀斩鲤鱼。忽然想起了那天在夕阳下拉网的我，那是我逝去的青春（本人海洋生物专业的偶）。
摘要：在过去十年中，在微生物群落分析方面，短读长高通量16S rRNA基因扩增子测序，已经使克隆依赖性长读长Sanger测序黯然失色。过渡到新技术提供了更多的定量信息，牺牲了分类分辨率，其具有推测各种生态系统中的代谢特征的意义。我们应用单分子实时测序进行微生物群落分析，获得全长16S rRNA基因序列的高通量，我们建议命名为PhyloTags。我们进行了基准测试，并通过应用到特定的微生物群落验证了这种方法。当进一步应用于来自Sakinaw湖的水柱样本时，我们发现，尽管门水平上，PhyloTag和Illumina V4 16S rRNA基因序列（iTags）群落结构的分析结果之间是可比较的，方差随着种群复杂性和水深的变化而增加。但是PhyloTag还允许较少的模糊分类。最后，关于平台的比较，PhyloTags和silicon产生的部分16S rRNA基因序列显示出群落的结构和系统发育分辨率跨多个分类级别的显著差异，包括严重的低估涉及氮和甲烷的特定微生物属的丰度，在湖泊的水柱。因此，PhyloTag提供了可靠的具有成本效益iTags的补充（adjuction)或替代方案，可实现更准确地对系统发育微生物群落的分解代谢潜力进行预测。
序列拼接也叫做基因组组装，是生物数据分析中最核心的工作。想要从基因组学角度来对一个生物进行研究，那么获得物种的全基因组序列，也就获得了其全部的遗传信息。这个就是序列拼接要完成的工作。
大浪淘沙，好多基因测序仪厂家已经被历史的车轮甩在了滚滚红尘里，还余下几家大的公司屹立在市场上，有的正在垄断市场（Illumina），有的是正在急速掘起的翘楚(Oxford Nanopore, Pacbio)，还有的是国产的希望(华大智造)。今天，让我们来再看一下它们主流机器的参数，来对比下机器的性能。
PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术——目前来说准确率较低
今天给大家介绍的是沙特阿卜杜拉国王科技大学(KAUST)高欣教授课题组（http://sfb.kaust.edu.sa）发表在Genome Biology的一篇文章，“Analysis of transcript-deleterious variants in Mendelian disorders: implications for RNA-based diagnostic“。在全外显子组测序(Whole-exome sequencing, WES) 后，至少有50%的疑似孟德尔疾病患者仍未确诊，而未被WES捕获的非编码变体在多大程度上导致了这个比例还不清楚。全转录组测序(RNA-seq)是一种很有前途的WES的补充，但关于RNA分析对孟德尔疾病诊断的大规模贡献的经验数据很少。在这个研究中，作者对疑似孟德尔疾病的5647个家族进行了研究，描述了关于“转录有害变异（transcript-deleterious variants，TDVs）”的经验，为即将实施的RNA-seq结合基因组测序的临床诊断提供了非常需要的经验数据。
大肠杆菌产生3000多种不同的蛋白质；一个人有大约20000个基因，可以产生超过一百万种不同的蛋白质。在这两个物种中，每种类型的蛋白质都有一个独特的氨基酸序列，赋予特定的三维结构。这种结构又赋予了一种独特的功能。
引物设计是PCR成功与否的关键因素之一。目前已经发表了上百种引物设计的软件，该如何选择这些PCR引物设计软件呢？此前《Bioinformatics》发表了一篇题为“Classification and review of free PCR primer design software”的综述文章，对目前可用的免费PCR引物设计软件进行分类和回顾性总结。
果然，坚持真的好难，我现在都想不通我是如何坚持七八年每日写笔记做分享，积累着1.3万篇教程的？
Spades（http://cab.spbu.ru/software/spades/）可用于进行单细菌基因组组装，也能用于宏基因组测序数据，可以进行二代与三代测序数据的混合组装，也支持多样品组装。输入数据可以是Illumina、IonTorrent或PacBio、Sanger测序结果，也可以把一些contigs序列作为long reads进行输入。该软件可以同时接受多组paired-end、mate-pairs和unpaired reads数据的输入。spades支持输入文件格式：fq、fastq、bam、fa、fasta、fq.gz、fastq.gz、bam.gz、fa.gz、fasta.gz，其使用方法如下所示：
一般来说，测序结果如下如所示，包括barcode和部分insert。而barcode部分在demultiplexing会被去除，剩下的就只有测到的一部分insert序列。
在进行基因型填充时，reference panel的选择对填充结果的影响非常大，HapMap包含了3百多万个SNP位点，420个单倍型，1000G包含了8千多万个位点，5008个单倍型。除了这两个常用的reference panel外，还有很多大型的人类基因组测序项目，比如UK10K等等。reference panel包含的单倍型越多，填充的准确率越高，涵盖的SNP位点越多，填充后可以用于GWAS分析的位点就越多，可以更加有效的挖掘关联信号。
QIIME(Quantitative Insights Into Microbial Ecology)和MOTHUR是引用最多、应用最广泛的软件。它们都可以用来分析原始测序数据生成OTU/丰度表，并进行不同样本的比较。QIIME2于2018年发布，是一个全新设计和重写的QIIME版本。
前面我们详细讲解过，sanger研究所科学家【1】提出来了肿瘤somatic突变的signature概念 ，把96突变频谱的非负矩阵分解后的30个特征，在cosmic数据库可以学习它。不同的特征有不同的生物学含义【2】，比如文章【3】 就是使用了 这些signature区分生存！主要是R包deconstructSigs可以把自己的96突变频谱对应到cosmic数据库的30个突变特征。
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