Ident Accession Homo sapiens OCRL inositol polyphosphate-5-phosphatase (OCRL), RefSeqGene on chromosome 14 0.8684 NG_016970.1 Homo sapiens BLM RecQ like helicase (BLM), RefSeqGene (LRG_20) on chromosome Homo sapiens sulfatase 1 (SULF1), RefSeqGene on chromosome 8 0.9286 NG_042849.1 Homo sapiens paired sapiens mannose receptor C-type 1 (MRC1), RefSeqGene on chromosome 10 0.825 NG_047011.1 Homo sapiens Homo sapiens G protein subunit beta 1 (GNB1), RefSeqGene on chromosome 1 0.9259 NG_047052.1 Homo sapiens
hgu95av2 GPL92 Homo sapiens hgu95b GPL93 Homo sapiens hgu95c GPL94 Homo sapiens hgu95d GPL95 Homo sapiens hgu95e GPL96 Homo sapiens hgu133a GPL97 Homo sapiens hgu133b GPL98 Homo sapiens hu35ksuba GPL99 Homo sapiens hu35ksubb GPL100 Homo sapiens hu35ksubc GPL101 Homo sapiens hu35ksubd GPL201 Homo sapiens Hgfocus hgu133plus2 GPL571 Homo sapiens hgu133a2 GPL886 Homo sapiens hgug4111a GPL887 Homo sapiens hgug4110b sapiens hthgu133a GPL4191 Homo sapiens h10kcod GPL5689 Homo sapiens hgug4100a GPL6097 Homo sapiens illuminaHumanv1
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Homo sapiens hgu95c 25 GPL94 Homo sapiens hu35ksuba 30 GPL99 Homo sapiens hu35ksubb 31 GPL100 Homo sapiens Homo sapiens hgug4111a 44 GPL887 Homo sapiens hthgu133a 63 GPL4191 Homo sapiens h10kcod 64 GPL5689 Homo sapiens illuminaHumanv4 72 GPL11532 Homo sapiens hugene11sttranscriptcluster 73 GPL13497 Homo sapiens
sapiens|F|J-REGION|932..984|53 nt|2| | | | |53+0=53| | | >J00256|IGHJ3*01|Homo sapiens|F|J-REGION|1537 ..1586|50 nt|2| | | | |50+0=50| | | >X86355|IGHJ3*02|Homo sapiens|F|J-REGION|1107..1156|50 nt|2| | | |IGHJ4*02|Homo sapiens|F|J-REGION|1480..1527|48 nt|3| | | | |48+0=48| | | >M25625|IGHJ4*03|Homo sapiens |F|J-REGION|446..493|48 nt|3| | | | |48+0=48| | | >J00256|IGHJ5*01|Homo sapiens|F|J-REGION|2354..2404 sapiens|F|J-REGION|2482..2543|62 nt|3| | | | |62+0=62|partial in 3'| | >AJ879487|IGHJ6*04|Homo sapiens
比如，人类的物种学名是Homo sapiens。Homo是属名，sapiens是种名。在拉丁语中，homo是名词，表示人类；sapiens是形容词，表示像人那样的。 Homo sapiens在中文中，被译成"智人"。
hg19", simplify=TRUE) > head(hg19) series_id gsm organism 111 GSE16256 GSM521889 Homo sapiens 112 GSE16256 GSM521887 Homo sapiens 113 GSE16256 GSM521883 Homo sapiens 114 GSE16256 GSM1010966 Homo sapiens 115 GSE16256 GSM896166 Homo sapiens 116 GSE16256 GSM910577 Homo sapiens 由于列数太多，上述结果只展示了部分信息
我们关心的HiC数据 主要是4个HiC样本，如下： GSM2334835: Hi-C U266 MboI; Homo sapiens; OTHER GSM2334834: Hi-C U266 HindIII ; Homo sapiens; OTHER GSM2334833: Hi-C RPMI-8226 MboI; Homo sapiens; OTHER GSM2334832: Hi-C RPMI-8226 HindIII; Homo sapiens; OTHER 查看其中一个数据： ?
pathway 信息 http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa path:hsa00010 Glycolysis / Gluconeogenesis - Homo sapiens (human) path:hsa00020 Citrate cycle (TCA cycle) - Homo sapiens (human) path:hsa00030 Pentose phosphate pathway - Homo sapiens (human) 第三种，查看数据库中的某几条记录，使用数据库中的标识符进行查找，多个标识符用+ 链接，最多1个URL 中允许查找10个 http://rest.kegg.jp
NaN NaN NaN NaN ENCFF262OBL CL:1001568 pulmonary artery endothelial cell primary cell adult male Homo sapiens year ENCFF289HGQ CL:0002558 fibroblast of villous mesenchyme primary cell newborn male, female Homo sapiens ENCFF262OBL CL:1001568 pulmonary artery endothelial cell primary cell adult male Homo sapiens 52 year ENCFF060LPA CL:1001568 pulmonary artery endothelial cell primary cell adult male Homo sapiens year ENCFF289HGQ CL:0002558 fibroblast of villous mesenchyme primary cell newborn male, female Homo sapiens
symbol) HGNC ID RefSeq Unigene Uniprot 我这里一般是选择symbol (HGNC symbol)，如下所示： Butanoate metabolism - Homo sapiens HMGCL,ACSM2A,ACSM2B,BDH2,BDH1,HADH,L2HGDH,ECHS1,OXCT1,OXCT2,ALDH5A1 Steroid hormone biosynthesis - Homo sapiens CYP1A2,HSD17B3,CYP19A1,AKR1D1,CYP2E1,HSD3B1,SULT2B1,UGT2B28,CYP11B1,HSD11B1,CYP7A1 Cell cycle - Homo sapiens
hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath kegg数据库的物种列表 见：https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list4.html Homo sapiens 其中人类是Homo sapiens，后面的9606是NCBI数据库给的一个物种唯一ID。
mature.fa |wc # 2588 grep sapiens hairpin.fa |wc # 1881 ## Homo sapiensperl -alne '{if(/^>/) : control-CM, experiment2; Homo sapiens; miRNA-SeqSRR1542716GSM1470356: ET1-CM, experiment2; Homo sapiens : ET1-CM, experiment3; Homo sapiens; miRNA-Seq SRR1542719### 下面我用R语言来检验一下，我得到的分析结果跟文章发表的结果的区别。 : ET1-CM, experiment1; Homo sapiens; miRNA-Seq SRR1542715 GSM1470355: control-CM, experiment2; Homo sapiens control-CM, experiment3; Homo sapiens; miRNA-Seq SRR1542718 GSM1470358: ET1-CM, experiment3; Homo sapiens
1.3 点击 Homo sapiens ? 1.4 再次点击Homo sapiens ? 1.5 右边表格点击Nucleotide的“Subtree links” 1.6 左侧选择rRNA ?
《人类简史》（Sapiens: A Brief History of Humankind） 作者：尤瓦尔·赫拉利（Yuval Noah Harari） (中信出版社，2015; 非小说) 【https ://www.harpercollins.com/9780062316097/sapiens】 Heirs Holdings主席,托尼·埃鲁梅鲁 ? 《人类简史》（Sapiens: A Brief History of Humankind） 作者：尤瓦尔·赫拉利（Yuval Noah Harari） (中信出版社，2015; 非小说) 【https ://www.harpercollins.com/9780062316097/sapiens】 35. ://www.harpercollins.com/9780062316097/sapiens】 44.
taxonkit conda install csvtk step3 ：序列提取 首先使用TaxonKit提取特定taxons下的所有taxid，人类是9606，细菌是2，病毒是10239； 以Homo sapiens 例子，从NR蛋白数据库中提取Homo sapiens的蛋白质序列 # 获取人类taxid taxonkit list --ids 9606 --indent "" > human.taxid.txt
Entrez # 参数设置 Entrez.email = "your_email@163.com" Entrez.tool = "TaxScript" # 在 Taxonomy 库中搜索 Homo sapiens hd_esearch = Entrez.esearch(db="Taxonomy", term="Homo sapiens") read_esearch = Entrez.read(hd_esearch
因为测序实验室是由人运行的，Homo sapiens来源的DNA是基因组项目污染的主要来源。 主要的污染物种类是Homo sapiens, Saccharomyces cerevisiae, Stenotrophomonas maltophilia and Serratia marcescens Contamination in the reference genomes of Homo Sapiens and Caenorhabditis elegans. a Alignment of Homo sapiens alternative scaffold NT 187580 of chromosome 10 against RefSeq.
先选择“Multiple protenins”，然后输入基因名，最后选择“Homo sapiens”。 ?
作者提供4个成功案例 都在：https://github.com/Kuanhao-Chao/RNASeqR_analysis_result 如下所示： Homo sapiens GEO : GSE100075 BioProject : PRJNA390636 SRA : SRP109286 Homo sapiens GEO : GSE50760 BioProject : PRJNA218851 SRA : SRP029880 Sample : metastasized_cancer vs normal_colon Homo sapiens GEO : GSE50760 BioProject : PRJNA218851
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