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沙龙
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回答
规则salmon_quant的缺失输入文件:错误
snakemake
、
rna-seq
_RA_knee_1_Homo_
sapiens
_RNA-Seq", "SRR3350551_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_
sapiens
_RNA-Seq",_RA_knee_2_Homo_
sapiens
浏览 3
提问于2021-06-10
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3
回答
如何只捕获Perl Regex中的第一次出现
regex
、
perl
、
regex-greedy
我想提出以下几点:Pongo abelii现在,我已经定义了$string并使用了以下命令(如果没有使用正确的术语,很抱歉,我完全是新手):while($string =~ m/(Homo
sapiens
|Pongo abelii|Macaca mulatta)/g) print "$1\n";这是我得到的输出: Macaca
浏览 5
提问于2013-02-03
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1
回答
运行Nextflow时丢失输出文件导致的错误
nextflow
运行nextflow时出现了一个错误,由以下句子组成原因如下:我使用以下脚本。params.pathFasta = &qu
浏览 2
提问于2022-05-23
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2
回答
R:在特定字符位置拆分蛋白质组数据的dataframe列
r
、
string
、
dataframe
、
split
蛋白质组学数据的表$Description有许多行,如下所示:如果将此表$Description拆分为5个单独的列,
浏览 2
提问于2020-01-15
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2
回答
Linux & Bash染色体排序文件
linux
、
sort
、
bioinformatics
文件的名称如下:Homo_
sapiens
.GRCh38.dna.chromosome.2.fa.gzHomo_
sapiens
.GRCh38.dna.chromosome.13.fa.gz etc.Homo_
sapiens
.GRCh38.dna.chromosome.X.fa.
浏览 0
提问于2019-11-13
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1
回答
正确读取R中的级数矩阵
r
、
text-files
打开文本文件让我,
sapiens
" "Homo
sapiens
" "Homo
sapiens
" "Homo
sapiens
" "Homo
sapiens
" "Homo
sapiens
" "Homo
sapiens
" "Homo
sapiens
" "Homo
浏览 2
提问于2015-01-27
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1
回答
如何将fasta文件转换为pandas数据帧?
python
、
pandas
、
dataframe
、
fasta
900k蛋白质序列的fasta文件--下面是前3个例子:>NP_000012.1 presenilin-1 isoform I-467 [Homo
sapiens
HVIMLFVPVTLCMVVVVATIKSVSFYTR
浏览 29
提问于2021-11-03
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2
回答
在R中的数据中基于行名中的相同文本创建阶乘列
r
、
dataframe
0.00862145986823889, -0.0101822421485786, "Homo
sapiens
- ULAC-0978", "Homo
sapiens
- ULAC-0996", "Pan troglodytes - HTB2804",在这种情况下,这些因素只能是
浏览 1
提问于2021-09-15
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3
回答
在Python上使用rsync --递归只显示文件名吗?
python
、
rsync
1_sequence.txtrathi/test_data.tar.gzrathi/Homo_
sapiens
/UCSC/hg19rath
浏览 1
提问于2013-06-14
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1
回答
只保留不包含两列值的行--熊猫
python
、
pandas
我有一个数据文件,我只想保留COL1不包含("Danio_rerio")和COL2不包含("Homo_
sapiens
")的行。我使用了以下语法:但它做不到我想做的事,我是不是错过了什么?
浏览 5
提问于2022-08-12
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2
回答
如何在一行中写多行?
python
我的意见如下:HOXC11, HOX3H, MGC4906 HOXB6, HOX2, HU-2, HOX2B, Hox-2.2 HOXB13 PAX5, BSAP我需要把它写成这样的一行: HOXC11 HOXC11, HOX3H, MGC4906 human, Homo
sapiens
浏览 1
提问于2015-05-09
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回答
使用模式在两个文件之间的grep
r
1848 Homo
sapiens
3 MIRT000006 hsa-miR-146a-5p Homo
sapiens
CXCR47852 Homo
sapiens
4 MIRT000006 hsa-miR-146a-5p Homo
浏览 2
提问于2015-04-03
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1
回答
python :删除由逗号分隔的一列中的多个条目
python-3.x
、
pandas
| Homo
sapiens
| Homo
sapiens
| Homo
sapiens
L7RXH0; UPI0001BE65FF; UPI000DF0CE97; UPI0003E68261; UPI0002A11580; UPI0000112063; UPI0012318420 | Homo
sapiens
P16144-2; UPI0003EAE94B | Homo
sapiens
浏览 13
提问于2020-01-23
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2
回答
当另一列值超过R中的阈值时,替换列的特定部分
r
、
dataframe
、
dplyr
、
grepl
Betta_splendes32 54我想在COL1中将每个Canis_lupus内容替换为:homo_
sapiens
when COL2 is < 20COL1 COL2Cattus_cattus2Rattus_domesticus_norvegicus3 20 Canis_lupus_OK
浏览 5
提问于2021-05-24
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回答
在R中提取字符串中的单词
r
、
string
我有这样描述的数据集2 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14 OS=Homo
sapiens
GN=USP14PE=1 SV=32 Alst
浏览 3
提问于2015-11-18
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回答
在postgres中从regexp匹配后从列中提取信息
regex
、
postgresql
、
match
colintact:EBI-4392836(peptide(MI:0327), -1 -), 9606 - Homo
sapiens
)signor:SIGNOR-C173(stable complex(MI:1302), 9606 - Homo
sapiens
) uniparc:U
浏览 1
提问于2020-02-03
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回答
在bash中向FASTA文件头中添加“AC.26”
bash
、
fasta
我有48411 K的FASTA序列,每个1555个字符的长度(在一个文件中,总计78.3Mb),标题如下:但不幸的是,空格被用来分隔文本我想在页眉中添加“AC.26”,这样它们就变成我只需要替换前两个空格。在物种名称中不应该有管道。
浏览 7
提问于2022-09-19
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1
回答
为每个组创建一个新列,并在列中合并多个元素
python
、
pandas
我有一个数据文件,例如G1 Homo_
sapiens
assign1G2 Danio_rerio NAG2 Cavius_percel NAGroups Species As
浏览 3
提问于2022-08-12
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回答
使用Sed删除部分FASTA文件头
sed
我是Sed的新手,希望用它移除部分FASTA文件头CYTC2889-12|HM036578|Homo
sapiens
CYTC2889-12|Homo
sapiens
到目前为止,我已经(在macOS上运行):用来获取CYTC2889-12|HM036578|Homo
sapiens
浏览 0
提问于2022-09-20
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2
回答
将第一列转换为rowname中的行名时出错
r
、
dataframe
、
rowname
<- structure(list(Fasta.headers = c(">O76070ups|SYUG_HUMAN_UPS Gamma-synuclein (Chain 1-127) - Homo
sapiens
(Human)", ">P06396ups|GELS_HUMAN_UPS Gelsolin (Chain
浏览 5
提问于2022-07-28
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