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R语言实现分子SDF文件操作

我们今天给大家介绍一个可以在R语言中对SDF文件进行操作的R包ChemmineR,当然这个包还包含了很多对分子分析的算法,需要通过Bioconductor安装: BiocManager::install...载入数据: a=read.SDFset("http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/R_BioCond/Samples/sdfsample.sdf") 其中获取详细信息的函数如下...5. makeUnique 主要用来检测数据的ID是否重复,也就是可以看一个sdf文件中是否有重复的数据。 6. datablock2ma 将SDF文件转化为矩阵数据。...7. grepSDFset 检索SDF文件。...或者写入新的sdf文件: write.SDF(at[1:4],file="sub.sdf", sig=F) 接下来就是对分子的处理,首先我们看下分子相似性以及聚类分析,直接看实例: apset <- sdf2ap

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【附录B:SDF 上】静态时序分析圣经翻译计划

经常在进行信息交换时,一个工具可能会在生成SDF文件时产生一个问题,而另一个读取SDF的工具可能无法正确读取SDF。...读取SDF的工具可能会在读取SDF时产生一个错误或警告,或者它可能会错误地解释SDF中的值。在这种情况下,设计人员可能必须查看SDF文件,看看出了什么问题。...例如,实例名称和实例的引脚名称将被存储到SDF文件中,因为它们对于指定实例相关或引脚相关的延迟是必需的。因此,必须为SDF生成工具和SDF读取工具提供相同的设计。 ?...图B-1 一个设计可以具有多个与之关联的SDF文件。可以为一个设计创建一个SDF文件,在分层设计中,也可以为分层中的每个块创建多个SDF文件。...假定会使用与HDL模型一致的信息创建SDF文件,并且在反标期间使用相同的HDL模型。此外,SDF标注器还需要负责正确解释SDF中的时序值。 SDF标注器标注了反标时序的泛型和参数。

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英伟达首次实现SDF实时3D渲染,还是细节超清晰的那种

其实,同样是基于大名鼎鼎的神经 SDF(有向距离场)——计算机图形学中,常见的一种隐式曲面表示方法。 不过在这项研究中,大型神经网络的渲染不再必需,这就使得渲染效率提升了2-3个数量级。 ?...这也是首个基于SDF的3D高保真实时渲染方法。 相关论文一经发布,引起了不少来自谷歌、Epic Games等等机构的专家学者的关注。 ? 一起来看详情。...用稀疏体素八叉树进行编码 SDF 可以表示为 f(x,y,z)=d,是一个表示位置的函数,返回值是到物体表面的最近距离。 ? 在进行渲染时,SDF 使用的是球体跟踪算法,该算法会沿射线执行距离查询。...而经典的神经 SDF 往往需要大型神经网络来进行编码,以便用隐式曲面来逼近复杂的形状,这就导致球体跟踪算法的代价很高。 ?...基于八叉树的特征量,可以自适应地拟合具有多个离散细节层次(LOD)的形状,并通过 SDF 插值实现连续 LOD。如此一来,就可以用一个小得多的多层感知机(MLP)实现加速渲染。 ?

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