RepeatMasker软件用于查找基因组上的重复序列，默认情况下，会将重复序列原有的碱基用N代替，从而达到标记重复序列的目的。...除此之外，也可以采用将重复序列转换为小写或者直接去除的方式，来标记重复序列。 该软件将输入的DNA序列与Dfam和Repbase数据库中已知的重复序列进行比对，从而识别输入序列中的重复序列。...当然也可以下载软件到本地运行，安装过程如下 wget http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker-open-4-0-7.tar.gz tar xzvf RepeatMasker-open...软件基本用法如下 RepeatMasker -pa 5 -small -species human chrM.fa -pa指定线程数，只有输入文件大于50Kb时才发挥作用；-small表示将重复序列转换为小写...运行完成后，会生成多个文件，后缀为masked的文件为标记重复序列后的文件，后缀为.out的文件保存了重复序列区间信息。
叶绿体基因组的文章通常都会做重复序列分析，其中会使用在线工具REPuter 来分析forward reverse complement palindromic 四种重复序列。...分别是 重复片段的最大 最小长度。然后还有两个距离。这两个距离是什么意思，现在我也不太清楚，可能是度量重复序列之间相似度的指标吧。我看到有论文里写会设置海明距离的。...在线版运行运算能力不够，所以尝试下载单机版REPuter，但是一直没有找到下载方法，无意间发现了vmatch程序，其中有一个perl脚本repfind.pl可以做forward 和 palindromic重复分析...-f 和 -p 参数分别指定计算forward和palindromic重复，-h 海明距离3, -l 最小重复单位30bp 之前将以上的内容分享到了简书，今天有人留言说使用REPuter 做重复序列分析的时候
最受关注的单细胞组学无疑是单细胞转录组学，其技术在十年内飞速发展，并在近两年不断出现空间转录组学的新技术，实现空间维度高分辨率的转录组测序。...同时，近几年人类和小鼠中各器官的单细胞转录组图谱层出不穷。 但是从转录组这一单一维度去研究细胞，进而分析科学问题，往往可能证据并不充分。...scATAC-seq技术的发展 作为原始的bulk ATAC-seq，我们知道其只能解释组织样本的染色质开放性特征，然而对于生命科学领域的许多研究涉及到细胞分化的重要问题，也就是我们希望通过单细胞维度研究由一种细胞类型转变为另一种细胞类型的过程当中...总结 这一期推文中我主要介绍了表观组学分析的重要意义以及表观组学解决的科学问题。...应该来说，转录组学是作为还原细胞类型基因表达特性的基础，而表观组学对于细胞类型和细胞分化的调控规律能够提供一个全新的维度。在后续的文章中我会介绍scATAC-seq的技术方法和常用工具。
0~6组成4个不重复的数 private static void sort(int[] a) { // TODO Auto-generated method stub int temp=0; for
Mysql如何去除查询重复的结果？...我们在进行数据查询的时候往往难免会出现一些重复的数据，有时候我们不需要用到这些重复的数据，需要将这些重复的数据进行筛除，这个时候，我们可以使用distinct关键字 具体的SQL语法如下 select
跨平台系列汇总：http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#linux 前段时间用Ubuntu的sudo用惯了...
尤其是多个人维护系统或数据库时，有必要为其添加不同的用户，然后将这些用户添加到dba组。同时这些用户也可以根据自己的喜好来设定不同的环境变量。...#查看当前的oracle用户id及其所属组 oracle@SZDB:~> id uid=2000(oracle) gid=1000(oinstall) groups=1000(oinstall),1002...因此下面创建对应的家目录， SZDB:~ # mkdir /users/robin SZDB:~ # chown -R robin:oinstall /users/robin #修改家目录的属主，属组
将一个用户添加到用户组中，千万不能直接用： usermod -G groupA 这样做会使你离开其他用户组，仅仅做为 这个用户组 groupA 的成员。...usermod -a -G groupA user (FC4: usermod -G groupA,groupB,groupC user) -a 代表 append， 也就是 将自己添加到 用户组groupA...中，而不必离开 其他用户组。...new UID for the user account -U, –unlock unlock the user account 查看用户所属的组使用命令
2 Cell Ranger流程 Cell Ranger是10X Genomics为单细胞分析专门打造的分析软件，直接对10X的下机数据进行基因组比对、定量、生成单细胞矩阵、聚类以及其他的分析等。...则成功 2.2 参考基因组下载 CellRanger官网提供了人和小鼠的参考基因组。...内容如下： ##db为参考基因组目录,fq_dir为原始fastq文件目录，--localcores为最大使用线程数，--nosecondary为不进行聚类分群分析，--expect-cells为指定最大细胞数
University of Nebraska 这篇论文的具体研究内容和结论还没有看太明白，目前自己的关注点是这篇论文里提供了一个python脚本ROUSFinder.py，利用blast鉴定线粒体基因组中的重复序列...MH645952.fna 脚本是用python2写的 使用前提是blastn已经安装到了/user/bin/目录下，如果blastn没有安装到这个目录下，可以使用-b参数指定blastn的所在路径 默认的重复序列最小长度是...gsajournals.figshare.com/articles/Supplemental_Material_for_Wynn_and_Christensen_2018/7425680 但是他放到了word文档了，自己要用的话需要我们复制到文本文件中...Repeat_7 162 452326 452165 minus Repeat_8 160 15235 15394 plus Repeat_8 160 621660 621501 minus 包括重复序列的长度
1.题目：删除排序数组中的重复项 给定一个排序数组，你需要在 原地 删除重复出现的元素，使得每个元素只出现一次，返回移除后数组的新长度。（注意这里提到了排序数组，也就是说数组是有序的。
为了解决这一问题，我们只需要将Docker假如到sudo用户组，即可默认sudo权限运行。...dial unix /var/run/docker.sock: connect: permission denied lighthouse@VM-16-10-ubuntu:~$ 验证是否有Docker用户组...正常情况下，安装完Docker以后会自动创建一个用户组，执行以下命令验证即可： grep docker /etc/group 添加Docker用户组 sudo groupadd docker 将当前登录用户添加到...Docker用户组 $USER是一个Linux 的环境变量，表示的是当前用户的用户名。...sudo gpasswd -a $USER docker 更新Docker用户组 newgrp dockery 验证执行Dcoker命令不加sudo是否能正常运行
每次迭代5秒 OutputTimeUnit : TimeUnit.MILLISECONDS, 吞吐量时间单位ops/ms Threads : 10, 生成10个线程进行发压 # 实验对象 本次实验有2组对象...对于知名的2组JSON工具类，由于其本身定位不为高频Bean拷贝而设计，所以2者的效率对比前者差出好几倍。FastJson在这种场景下也明显快于Jackson。...继续往下观察，我们可以发现在上一轮实验中，表现比其他好的2组JSON工具类性能出现了明显的下滑，原本高于JackSon吞吐量的FastJson，在本轮测试中屈居后位。...# 结论 通过两组不同类型的对象，我们对12款工具进行了压测实验，最后结果表示BeanCopier和MapStruct依旧是市场中最顶级的两款工具类，两者均拥有相同于原生get/set的性能，在使用时需要考虑使用缓存...DbVO.setField05(dbDo.getField05()); DbVO.setField06(dbDo.getField06()); DbVO.setField07
进到align目录 对质量好的测序数据进行比对 1. 一个个比对，生成BAM文件 align目录 sample=SRR7696207 bwa mem -t 2...
---- 接下来用 BWA mem把fastq map到参考基因组 hg38 版本。 比对结果直接通过管道传给samtools处理，节省 I／O 时间。
chromosomes 1p34, 5q12, 9q22, 9q34, 13q32, 14q32, and 20q13 也就是说，差异基因这个时候是由affymetrix的芯片探针表示，然后作者注释到了基因组区段...133527362 10 chr10 130500000 135374737 26.3 gneg q 但是可能有一个问题，我没有去深究这两个包里面的坐标信息的参考基因组版本问题
我做的是植物，首先是使用RepeatModeler构建自己物种的重复序列数据库 BuildDatabase -name ABC ABC.genome.fasta RepeatModeler -database...LTRStruct 1>repeatmodeler.log 2>&1 这一步生成的AAA-families.fa 文件里有很多Unknown image.png 然后是用RepeatMasker做重复序列的注释
我的需求是： 我有10个基因组，然后又12个转录组数据，然后将这个12个基因组数据分别比对到这个10个基因组，每个基因组得到12个bam文件，然后将每个基因组的12个bam文件合并 ，最终得到10个合并的...resources: mem_mb = 24000 shell: """ samtools index {input} """ 到合并的步骤最开始的写法是...""" samtools merge -@ {threads} {output} {input.bams} """ 这样写的问题是合并的时候每个基因组对应的是...请大家批判着看，欢迎大家指出其中的错误 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学...、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
mysql批量插入大量数据 时间：2020年11月25日 今天遇到了一个批量插入大量数据任务，然后出于小白本能，直接for-each循环插入不就好了，于是手上开始噼里啪啦一顿操作，写好了从读取excel到插入数据库的工作...("setField1" + i); testTest.setField2("setField2" + i); testTest.setField3("setField3" + i); testTest.setField4...("setField1" + i); testTest.setField2("setField2" + i); testTest.setField3("setField3" + i); testTest.setField4...MySQL JDBC驱动在默认情况下会无视executeBatch()语句，把我们期望批量执行的一组sql语句拆散，一条一条地发给MySQL数据库，批量插入实际上是单条插入，直接造成较低的性能。...("setField1" + i); testTest.setField2("setField2" + i); testTest.setField3("setField3" + i); testTest.setField4
设置每个属性字段的值，使用Feature对象的SetGeometry()定义几何属性 创建Feature对象以后，使用osgeo.ogr.Layer的CreateFeature()添加Feature对象到当前图层...重复步骤4和5依次添加所有的Feature到当前图层即可 代码实现 下面的例子中，我们读取GeoJSON表示的中国省区数据，然后其转为Shapefile格式。...china['features']: # 新建Feature并且给其属性赋值 feature = ogr.Feature(layer.GetLayerDefn()) feature.SetField...('Name', f['properties']['name']) feature.SetField('CenterX', f['properties']['cp'][0]) feature.SetField
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