slurm的#SBATCH指令中的bash变量扩展
Slurm是一个开源的高性能计算（HPC）集群管理系统，用于管理大规模的计算任务。SBATCH是Slurm中用于提交作业的指令，其中包含了一些bash变量扩展。
Bash变量扩展是指在SBATCH指令中使用一些特殊的变量来代表特定的值。以下是一些常用的SBATCH指令中的bash变量扩展：
- %j：表示作业的唯一标识符（Job ID）。可以在脚本中使用该变量来标识作业。
- %n：表示作业的名称（Job Name）。可以在脚本中使用该变量来命名作业。
- %N：表示作业数组中的作业索引号（Array Job Index）。当使用作业数组提交多个相似的作业时，可以使用该变量来区分不同的作业。
- %t：表示作业的启动时间（Job Start Time）。可以在脚本中使用该变量来记录作业的启动时间。
- %u：表示作业的用户（User）。可以在脚本中使用该变量来获取当前作业的用户。
- %x：表示作业的标准输出文件（Standard Output File）。可以在脚本中使用该变量来指定作业的标准输出文件。
- %X：表示作业的标准错误文件（Standard Error File）。可以在脚本中使用该变量来指定作业的标准错误文件。
- %A：表示作业的数组ID（Array Job ID）。当使用作业数组提交多个相似的作业时，可以使用该变量来获取整个作业数组的ID。
SBATCH指令中的bash变量扩展可以帮助用户更灵活地管理和控制作业的提交和执行过程。通过使用这些变量，用户可以根据需要动态地生成作业名称、输出文件名等信息，提高作业的可管理性和可扩展性。
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2回答
在包装脚本中处理bash系统变量和slurm环境变量
bash、command-line-arguments、wrapper、slurm
Problem：在这个的启发下，我尝试编写一个包装器脚本来提交带bash变量的SLURM数组作业。但是，我遇到了像$SLURM_ARRAY_TASK_ID这样的SLURM环境变量的问题，因为它是一个空变量。
我怀疑这与test_wrapper.sh如何解析尚未定义的SLURM变量有关，但我似乎找不到解决方案。
下面我提供了一个简单python脚本的工作示例，该脚本应该以数组ID作为输入变量，但是当bash包装脚本调用它时，python脚本会在接收到空变量时崩溃。
test_wrapper.sh：
#!/bin/bash
for argument in "$@"
do
key
浏览 45提问于2022-09-16得票数 0
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访问数组作业的任务id
slurm
我通常使用如下代码来提交数组作业， #!/bin/bash
sbatch <<EOT
#!/bin/sh
#SBATCH --job-name=$1
#SBATCH --time=$2
#SBATCH --mem-per-cpu=$3
#SBATCH --array 0-$4
./myprogram.o ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} <-- SLURM_ARRAY_TASK_
浏览 15提问于2020-08-21得票数 1
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SBATCH多个节点，同一个SLURMD_NODENAME
linux、bash、hpc、slurm
slurm-wlm 17.11.2
从Ubuntu Apt repos安装，Ubuntu:18.04
我们有一个由20个相同节点组成的集群。运行下面的简单脚本会给我带来一个令人困惑的问题。所有作业都认为它们在node3上运行，而运行hostname命令则给出了准确的答案。这也是输出文件名的一个问题。我希望有许多不同的输出，但我只得到一个，与'node3‘在文件名。这似乎是一个Bash ()/变量替换错误。包皮
SLURMD_NODENAME
在一个
bash -c "echo Bash3: \$SLURMD_NODENAME"
很管用。但我为什么要这么做
浏览 0提问于2018-07-13得票数 0
2回答
slurm中无效的作业数组规范
cluster-computing、slurm
我提交了一个玩具阵列作业在slurm。我的命令行是
$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 -a 1-2 j1
其中j1是脚本：
#!/bin/bash
echo job id is $SLURM_JOB_ID
echo array job id is $SLURM_ARRAY_JOB_ID
echo task id id $SLURM_ARRAY_TASK_ID
当我提交这个文件时，我会得到一个错误：
--> Verifying valid submit host (login1)...OK
--> Verifying valid jobna
浏览 9提问于2015-02-26得票数 7
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为什么我不能在SLURM中模拟运行同一python脚本的多个实例
python、google-cloud-platform、google-compute-engine、slurm
我一直在努力尝试让python脚本的多个实例在SLURM上运行。在我的登录节点中，我已经安装了python3.6，并且我有一个python脚本"my_script.py“，它接受一个文本文件作为输入来读取运行参数。我可以使用以下命令在登录节点上运行此脚本
python3.6 my_script.py input1.txt
此外，我可以提交一个脚本submit.sh来运行该作业：
#!/bin/bash
#
#SBATCH --job-name=hostname_sleep_sample
#SBATCH --output=output1.txt
#SBATCH --cpus-per-ta
浏览 2提问于2018-10-24得票数 0
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我开始使用Slurm，我假设我传递给sbatch的提交脚本在控制器上运行，标记为srun的步骤将在计算节点上作为作业步骤运行。考虑下面的示例：
#!/bin/bash
#SBATCH --cpus-per-task 12
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --job-name=hello
hostname
srun hostname
我希望看到的是我提交的机器的主机名，然后是为该作业分配的计算节点的名称。相反，整个脚本似乎都在计算节点上运行。我在日志中看到计算节点的主机名，然后它失败了，因为它在该节点上找不到srun：
/var/spool/slurm/d/job00
浏览 288提问于2019-05-24得票数 1
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1回答
使用依赖项链接多个SLURM作业
slurm、sbatch
在previous question中，我询问如何将作业B排队，使其在作业A之后开始，这是通过 sbatch --dependency=after:123456:+5 jobB.slurm 其中123456是作业A的id，:+5表示它将在作业A之后五分钟启动。我现在需要为几个作业执行此操作。作业B应依赖于作业A，作业C对应于B，作业D对应于C。 sbatch jobA.slurm将返回Submitted batch job 123456，我需要将作业id传递给除了第一个作业之外的所有依赖项的调用。由于我使用的是一个繁忙的集群，我不能依赖于将作业ids递增1，因为有人可能会在两者之间排队作业。
浏览 86提问于2021-01-12得票数 1
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1回答
如何在设置工作目录之前为Slurm作业创建一个新目录？
bash、slurm、working-directory、sbatch
我想为我运行的每个Slurm作业创建一个唯一的目录。然而，mkdir似乎中断了SBATCH命令。当我试着：
#!/bin/bash
#SBATCH blah blah other Slurm commands
mkdir /path/to/my_dir_$SLURM_JOB_ID
#SBATCH --chdir=/path/to/my_dir_$SLURM_JOB_ID
touch test.txt
...the Slurm执行忠实地在/path/to/my_dir_$SLURM_JOB_ID创建目录，但跳过--chdir命令，并从调用批处理的工作目录执行--chdir脚本。
是否有方法为
浏览 1提问于2020-12-10得票数 2
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1回答
在SLURM上提交一系列作业
slurm
我试图在SLURM上提交一组作业，但是睡眠命令并没有像预期的那样工作。我想每10秒启动一次工作。但是，此代码等待10秒才能启动整个作业数组。如何修改下面的bash文件？
#!/usr/bin/env bash
# The name to show in queue lists for this job:
#SBATCH -J matlab.sh
# Number of desired cpus:
#SBATCH --cpus=1
#SBATCH --mem=8gb
# The time the job will be running:
#SBATCH --time=167:00:00
#
浏览 2提问于2017-12-22得票数 0
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2回答
Slurm作业:可能在同一节点上输出文件？
arrays、output、scheduler、slurm、sbatch
我有一个有四个节点A、B、C和D以及Slurm版本17.11.7的计算集群。我在与Slurm数组作业做斗争。我有以下bash脚本：
#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name testjob
#SBATCH --output output_%A_%a.txt
#SBATCH --error error_%A_%a.txt
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=10:00
#SBATCH --mem-per-cpu=50000
FOLDER=/home/user/slurm_array_jobs/
mkdir -p $FOLDER
cd ${
浏览 0提问于2018-06-18得票数 1
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slurm -使用数组并限制同时运行的作业数，直到它们完成为止。
arrays、bash、slurm、job-scheduling、hpc
让我们假设使用slurm在HPC上运行以下bash脚本(bash.sh)：
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name test
#SBATCH --ntasks 4
#SBATCH --time 00-05:00
#SBATCH --output out
#SBATCH --error err
#SBATCH --array=0-24
readarray -t VARS < file.txt
VAR=${VARS[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}
export VAR
bash my_script.sh
此脚本将运行25次my_script.sh脚本，
浏览 13提问于2022-01-14得票数 0
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slurm脚本给出“未找到命令”
linux、bash、shell、cluster-computing、slurm
我正在尝试向slurm提交一个脚本，该脚本在输入文件上运行m4。m4安装在我们的集群上，如果我单独运行脚本，一切都会正常工作。但是当我通过slurm脚本向slurm提交一个运行时，我得到了一个错误。
下面是我想要运行的脚本(名为m4it.sh)。
请注意，我在尝试调试时输出了路径和SHELL。
#!/usr/bin/env bash
echo "Beginning m4it.sh"
echo "PATH=$PATH"
echo "SHELL=$SHELL"
echo
m4 file.m4 > fileout.txt
下面是我的slurm
浏览 0提问于2015-05-04得票数 1
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1回答
使用批处理脚本提交作业Slurm
bash、scheduled-tasks、scheduler、slurm
我试图通过SLURM提交作业，但通过S批处理包含SLURM命令，因此使用了批处理脚本。我创建的脚本确实提交了slurm作业，但也包含了其他我不确定它们来自何处的作业(见下文)；特别是作业中的.bat和.ext。任何关于正在发生的事情的洞察力都将受到赞赏。
我用以下内容创建了一个测试脚本：
批处理脚本(script.sh)
#! /bin/bash
#
#SBATCH --job-name="slurm_test"
#SBATCH --output=sbatch.out
#SBATCH --partition=xfr
#SBATCH --gres=tmpspace:2G
#SBA
浏览 1提问于2021-05-11得票数 0
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python子进程中SLURM作业压缩脚本
python、ubuntu、subprocess、slurm、hpc
更新:我能够从SLURM_JOB_ID获得这一行的变量赋值。然而，JOBID=echo ${SLURM\_JOB\_ID}还没有让SLURM_ARRAY_JOB_ID将自己分配给JOBID。
由于需要支持现有的HPC工作流。我需要在python子进程中传递bash脚本。它对openpbs非常有效，现在我需要将它转换为SLURM。我主要是在Ubuntu20.04托管的SLURM中工作，只是没有填充作业数组。下面是一个大大简化为相关内容的代码片段。
我的具体问题是。为什么JOBID=${SLURM_JOB_ID}和JOBID=${SLURM_ARRAY_JOB_ID}行没有得到它们的任务分配？我
浏览 6提问于2022-11-04得票数 0
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SLURM_ARRAY_TASK_ID为空
bash、slurm
我是SLURM和云计算方面的新手。
我写了一个bash脚本，它使用了作业并行和数组机制。问题是我尝试使用SLURM中可用的SLURM_ARRAY_TASK_ID环境变量来获取任务的id，但是这个变量是空的，因此在算术操作中存在错误。
这是bash代码。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Distributed Raytracing
#SBATCH --time=01:00
#SBATCH --array=0-5
cd ./povray
SF=$((${SLURM_ARRAY_TASK_ID}*10+1))
EF=$((${SLURM_ARRAY_TASK_ID
浏览 5提问于2018-10-10得票数 1
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使用在其他文件中找到的不同变量运行作业脚本
bash、slurm、hpc、script
假设我在一个txt文件(var.txt)中有以下变量列表： AAA
ABC
BBB
CCC 下面的R脚本(script.R)，其中x是var.txt中的一个变量： print(x) 和以下HPC slurm作业脚本(job.sh)： #!/bin/bash
#SBATCH --job-name test
#SBATCH --ntasks 8
#SBATCH --time 04:00
#SBATCH --output out
#SBATCH --error err
Rscript script.R 如何按顺序运行job.sh脚本4次，每次都在script.R中使用不同的变量？ 预期输出:使用
浏览 18提问于2021-11-16得票数 1
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1回答
用于请求时间的Slurm环境变量
slurm
对于slurm作业，环境变量$SLURM_JOB_NUM_NODES提供请求的节点数。
是否有类似的变量给出所请求的运行时？我找不到答案，我试过$SLURM_JOB_TIME，$SLURM_TIME和$SLURM_SUBMIT_TIME，但是这些都没有用。
最终目标是让我运行的脚本知道有多少时间运行，请参见下面的示例：
#!/bin/bash
#SBATCH --account=abc
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --job-name=xyz
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --tasks-per-node=1
python my_pyt
浏览 7提问于2022-01-28得票数 2
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使作业依赖于SLURM中的数组作业
arrays、dependencies、jobs、slurm
我有两个作业脚本要提交给SLURM，jobA.sh和jobB.sh。jobA是一个数组作业，我希望jobB仅在所有jobA完成后启动。我的jobA.sh脚本是：
#!/bin/bash
#SBATCH -A TRIGWMS
#SBATCH --mail-type=FAIL
# cores per task
#SBATCH -c 11
#
#SBATCH --array=%#combo#%%100
#SBATCH -J %#profile#%_%#freq#%
#
# number of nodes
#SBATCH -N 1
#
#SBATCH -t 0-2:00:00
# Standard
浏览 12提问于2018-09-10得票数 5
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提交“`SLURM`”工作没有问题
linux、bash、nohup
我有一个运行bash脚本的python代码main.py，bash脚本反过来提交一个作业job.bash并使用echo $JOBID | awk {'print $4'}获得它的JOBID。如果我在终端中运行python，bash脚本就能工作，并且能够获得并回显JOBID，如下所示：
#!/bin/bash
JOBID=`sbatch ~/job.bash | tee output.log`
JOBID=`echo $JOBID | awk {'print $4'}`
echo $JOBID
上面运行的python的一部分在终端python main.py
浏览 6提问于2022-07-17得票数 3
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$(目录名称$PWD)返回null或为空
bash、slurm、sbatch、pwd
我是SBATCH和bash的新手。我有一个简单的脚本来提交作业，并且我正在尝试获取当前工作目录的父目录。从文档中看，'$(dirname $PWD)‘就是这样做的。但它总是返回null或为空。我尝试过非常不同的版本，比如“$(dirname‘$PWD’)”或者$(dirname $PWD)。它们都会导致null。我怀疑遗漏了一些非常基本的东西。任何关于我应该检查什么来更好地解决或调试这个问题的建议都将是有帮助的。以下是示例代码(简化版) #!/bin/bash
sbatch <<EOT
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cp
浏览 86提问于2021-05-03得票数 0
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