我有一个简单的Snakefile,我有一个使用YAML配置文件中定义的Conda环境的规则。
但是,在运行此Snakefile时,Snakemake不激活Conda环境,并返回此错误:
Error in rule read_file:
jobid: 0
conda-env: /data/projects/testproject/.snakemake/conda/805d8d2a
RuleException:
CalledProcessError in line 5 of /data/projects/testproject/scripts/snake/proc
我正在将bash脚本转换为snakemake,并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是,snakemake没有运行并行进程,而是尝试运行一个具有所有参数的进程,但失败了。 我最初的bash脚本针对参数K的一系列值多次运行程序。 for num in {1..3}
do
structure.py -K $num --input=fileprefix --output=fileprefix
done 有多个以fileprefix开头的输入文件。每次运行有两个主要输出,例如对于K=1,它们是fileprefix.1.meanP,fileprefix.1.meanQ。我的c
我正在尝试让snakemake (运行在Ubuntu20.04上的5.20.0版本)的--profile参数正常工作。我设置了一个配置文件目录,其中包含一个config.yaml文件。如果我把这个放到config.yaml中
verbose: 1
然后运行snakemake --profile xxx target,一切都很顺利。但是,如果配置文件包含
set-threads: "trim=7 diamond_dna=5"
snakemake抱怨道:
MissingRuleException:
No rule to produce --set-threads=trim=7 di
这是一个非常奇怪的问题。当我在rule部分指定的{input}是一个<200个文件的列表时,snakemake可以正常工作。但是当{input}有超过500个文件时,snakemake就会退出,并显示消息(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)。完整日志未提供任何错误消息。
日志请参考:
有效的规则是(请注意,input的上限是200个文件):
rule combine_fastq:
input:
lambda w
我试图理解一个复杂的Snakemake工作流,包含多个配置和配置文件层。
在Snakefile中,引用未导入的变量config,前几行如下所示:
import datetime
if "builds" not in config:
config["builds"] = {}
在运行时,这个config变量将来自哪里?我可以调试Snakefile吗?如何调试一个普通的Python脚本,使Snakemake在断点停止,允许我检查变量?
注意:标志--verbose通过包含堆栈跟踪来帮助您。
我的应用程序运行在Linux 8上,它使用oracle DB。我测试了它正常工作的DB连接。但现在我正面临着这个错误
PHP Warning: Module 'oci8' already loaded in Unknown on line 0
我残疾了
extension=oci8.so in /etc/php.ini
extension=oci8.so in /etc/php.d/20-oci8.ini file
但这些都不适合我。如何解决这个问题?有线索吗?
在我的Windows7机器上,使用PHPV5.6.7和MySQLV5.6.23,并使用PHPStorm 8,我尝试在PHPUnit测试中实例化一个MySQL对象。当我尝试的时候,我得到了:
Fatal error: Class 'mysqli' not found in...
如果我将该项目作为“内置Web服务器”运行,它就能够实例化mysqli对象。但不是在使用PHPUnit时。此外,我还可以获得我在PHPUnit测试中创建的其他自动加载的类。PHPUnit测试和mysqli的组合特别失败。
下面是正常运行的服务器代码:
include_once("app/Mysql
当在终端中启动Neovim时,它会显示:
notedown executable is required in order for this software to work. Check whether you have needed dependencies installed in README.md
此外,:w的权限也不能正常工作。我必须强制使用:w!,否则什么都不会起作用。
我运行neovim 0.3.4 lubuntu_18.0.2_bionic。我也已经尝试过neovim 2.0.0,但也遇到了同样的问题。
我读了neovim的,但什么也没找到。
感谢您的帮助,谢谢。