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1
回答
snakemake
在
config
中
声明
临时文件
、
、
有没有办法
在
配置文件
中
声明
某些文件是否应该是临时的?我正在一个管道上工作,其中有许多输出文件被标记为
临时文件
。出于测试目的,我希望它们不是临时的。与删除每个输出文件的temp(...)并在测试后将其添加回来不同,有没有一种方法可以
在
snakefile的顶部或配置文件
中
的一个位置指定它?
浏览 53
提问于2020-01-14
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2
回答
如何才能使并行的
Snakemake
作业适合于有限的内存?
、
、
Snakemake
的调度程序忽略我的mem_mb
声明
,并在并行作业
中
执行,其加起来的要求超过可用内存(例如,
在
128 GB系统中有三个带有mem_mb=53000的作业)。此外,即使连续运行,它也会运行
声明
为需求(当我运行
snakemake
-T10时超过1TB )的作业。尽管
Snakemake
分配的内存比它
声明
的要多,但它似乎也能保持作业的运行。我想的是告诉
Snakemake
期望分配到一定数量的内存,相应地规划工作流并强制
声
浏览 9
提问于2021-08-09
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2
回答
Snakemake
:删除输出文件
我不知道如何使用
Snakemake
规则来删除已经变得无用的
Snakemake
输出文件。 index=reference_genome_index(), fastq=lambda wildcards:
config
浏览 2
提问于2016-12-06
得票数 3
2
回答
默认情况下,如何使
snakemake
-使用--conda?
、
我的Snakefile包含"conda“指令,我总是用--use-conda标志调用
snakemake
。 默认情况下是否有启用此标志的方法?也就是说,
在
默认情况下,我可以让
snakemake
使用conda而不将--use-conda显式地添加到每次调用
中
吗?
浏览 4
提问于2019-12-02
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1
回答
我可以为
snakemake
定义一个默认的配置文件吗?
从中,我知道我可以定义一个概要文件并通过我可以将其中一个配置文件设为默认配置文件(
在
输入命令
snakemake
时使用)吗?
在
.bashrc
中
定义别名是一种变通方法。然而,我想知道是否有一个“官方”的
snakemake
解决方案。Sideremark:我创建
snakemake
默认配置文件的最初动机是定义默认核心数,这样我就不必总是键入默认的内核数
浏览 1
提问于2021-05-14
得票数 1
1
回答
Snakemake
尝试运行规则,原因:缺少输出文件,但文件是
临时文件
在
使用vsearch时,我有一系列规则,基本规则如下: rule vsearch: "{barcode_number}.nanofilt.fastq" params: "--db {params.re
浏览 90
提问于2020-07-17
得票数 1
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1
回答
如何在
snakemake
包装器
中
访问
在
snakefile
中
定义的变量?
、
我想写一个
snakemake
wrapper,能够根据主snakefile
中
定义的变量的值来调整其行为。 这似乎不是简单的工作,当我尝试
在
包装器中使用这样的变量时,我得到了一个NameError。特别是,我想让包装器
在
shell命令周围添加module load ...和module unload ...命令,当运行在使用这种机制的集群上时,根据配置文件
中
定义的信息将一些程序放在PATH
中
:
在
主"tars" cluster_prefix = <em
浏览 49
提问于2019-06-04
得票数 0
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1
回答
星型索引问题到步骤4
、
、
、
我试图用
snakemake
在
管道上索引一个参考基因组,我制定了这样的规则: input: (one of the commands exited with
浏览 3
提问于2021-04-20
得票数 0
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1
回答
使用脚本参数
在
Snakemake
中指定Python版本
、
我
在
我的
Snakemake
文件
中
的规则中有以下结构: input: output: runfile.pyif '
snakemake
' in globals(): #
浏览 3
提问于2019-04-30
得票数 3
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1
回答
在
snakemake
重置配置值
中
的reset `块?
、
例如,我有python脚本
snakemake
.py
config
=cfg, keep_target_files=True,
浏览 2
提问于2017-03-22
得票数 2
1
回答
使用"
snakemake
--
config
“将标志传递给命令
我已经读过
Snakemake
教程,我很清楚如何使用"
snakemake
--
config
...“修改参数,并将这些参数传递给正在执行的命令。我可以使用"--
config
“向命令传递标志吗?例如,基于使用"--
config
“,我能否编写一个Snakefile来执行这两个命令
中
的任何一个?
浏览 0
提问于2016-11-09
得票数 2
1
回答
在
具有
snakemake
的condor群集上提交作业时出错
我正在尝试使用以下命令将一些
snakemake
作业汇总到一个condor集群
中
。
snakemake
-f TestJob --cluster-
config
cluster.json -j 30 --cluster condor_submit 其中,
在
SnakeFile中指定TestJob
浏览 39
提问于2019-07-01
得票数 4
2
回答
snakemake
目录上的锁问题。
我正在从同一个工作目录运行
snakemake
管道,但是配置文件不同,输入/输出也
在
不同的目录
中
。问题似乎是,尽管两次运行都在使用不同文件夹
中
的数据,
snakemake
由于.
snakemake
文件夹和内部的锁文件夹而创建管道文件夹上的锁。有办法强制使用单独的.
snakemake
文件夹吗?代码示例如下:运行1: /home/apps
浏览 3
提问于2020-01-08
得票数 2
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1
回答
如何使用
Snakemake
的命令行配置选项传递列表或字典
我希望使用--
config
命令行界面选项通过我的
Snakemake
工作流传递要生成的文件名列表。我需要的语法是什么?
浏览 26
提问于2021-07-04
得票数 1
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1
回答
"
snakemake
:错误:无法识别的参数:“
、
、
、
我正在努力
在
我们大学的HPC上实现一个
snakemake
管道。我
在
一个激活的conda环境
中
这样做,并使用sbatch提交了以下脚本: --configfile,它无法识别我的
config
.yaml文件
中
的参数(例如):
snakemake
: error: unrecognized arguments: --inputDIR=[path\
浏览 13
提问于2021-10-30
得票数 1
1
回答
程序写入/tmp时的
Snakemake
影子规则
、
、
我正在使用
Snakemake
来运行defense-finder程序。此程序创建并覆盖/tmp/defense-finder
中
的通用
临时文件
,即文件名不包含唯一标识符。当在不同输入文件的不同内核上运行我的规则时,由于/tmp/defense-finder
中
的冲突,
Snakemake
崩溃。当不同的作业写入工作目录
中
的相同文件时,Shadow rules似乎可以提供帮助。当程序写入/tmp目录时,有没有办法使用影子规则?
浏览 44
提问于2021-11-16
得票数 2
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2
回答
Snakemake
重建/重新安排工作时间
、
、
、
、
我
在
Snakemake
中
为那些没有多少编程知识的人编写了一个管道,所以我希望他们能够通过
在
命令行
中
请求
snakemake
all -c来运行整个管道。我的Snakefile中有两个配置文件:configfile: "
config
_samples.yaml" 这些配置文件将由
Snakemake
合并。我
在
Snakemak
浏览 7
提问于2021-10-25
得票数 1
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1
回答
"scancel: error:无效作业id提交的批作业“和--群集-从
snakemake
取消
我使用以下命令运行
snakemake
:它将这写成标准:scancel: error: Invalid job id Submitted batch job 54174212 我猜测的是,这个'Submittedbatch job 54174212'是scancel 'Subm
浏览 18
提问于2022-11-28
得票数 0
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2
回答
Snakemake
删除-
config
值
中
的下划线?
、
我试图将一个名为--
config
的参数传递给
snakemake
函数。似乎不管我怎么传递它,所有的下划线都被删除了?有什么建议吗,还是我做错了什么?--
config
samples=60_3_6,
snakemake
-s snakefile.py all --configfile /share/biocore/keith/dennislab/
snakemake
/templates/tagseq.json --
config</
浏览 4
提问于2019-10-20
得票数 3
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1
回答
如何在Snakefile
中
调试配置变量
、
我试图理解一个复杂的
Snakemake
工作流,包含多个配置和配置文件层。
在
Snakefile
中
,引用未导入的变量
config
,前几行如下所示:
config
["builds"]= {} 在运行时,这个
config
变量将来自哪里?如何调试一个普通的Python脚本,使
Snakemake
在
断点停止,允许我
浏览 5
提问于2021-06-29
得票数 0
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