有没有办法在配置文件中声明某些文件是否应该是临时的？我正在一个管道上工作，其中有许多输出文件被标记为临时文件。出于测试目的，我希望它们不是临时的。与删除每个输出文件的temp(...)并在测试后将其添加回来不同，有没有一种方法可以在snakefile的顶部或配置文件中的一个位置指定它？
浏览 53提问于2020-01-14得票数 1
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Snakemake的调度程序忽略我的mem_mb声明，并在并行作业中执行，其加起来的要求超过可用内存(例如，在128 GB系统中有三个带有mem_mb=53000的作业)。此外，即使连续运行，它也会运行声明为需求(当我运行snakemake -T10时超过1TB )的作业。尽管Snakemake分配的内存比它声明的要多，但它似乎也能保持作业的运行。我想的是告诉Snakemake期望分配到一定数量的内存，相应地规划工作流并强制声
浏览 9提问于2021-08-09得票数 1
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我不知道如何使用Snakemake规则来删除已经变得无用的Snakemake输出文件。 index=reference_genome_index(),
fastq=lambda wildcards: config
浏览 2提问于2016-12-06得票数 3
我的Snakefile包含"conda“指令，我总是用--use-conda标志调用snakemake。
默认情况下是否有启用此标志的方法？也就是说，在默认情况下，我可以让snakemake使用conda而不将--use-conda显式地添加到每次调用中吗？
浏览 4提问于2019-12-02得票数 0
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从中，我知道我可以定义一个概要文件并通过我可以将其中一个配置文件设为默认配置文件(在输入命令snakemake时使用)吗？在.bashrc中定义别名是一种变通方法。然而，我想知道是否有一个“官方”的snakemake解决方案。Sideremark:我创建snakemake默认配置文件的最初动机是定义默认核心数，这样我就不必总是键入默认的内核数
浏览 1提问于2021-05-14得票数 1
在使用vsearch时，我有一系列规则，基本规则如下： rule vsearch: "{barcode_number}.nanofilt.fastq" params: "--db {params.re
浏览 90提问于2020-07-17得票数 1
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我想写一个snakemake wrapper，能够根据主snakefile中定义的变量的值来调整其行为。 这似乎不是简单的工作，当我尝试在包装器中使用这样的变量时，我得到了一个NameError。特别是，我想让包装器在shell命令周围添加module load ...和module unload ...命令，当运行在使用这种机制的集群上时，根据配置文件中定义的信息将一些程序放在PATH中： 在主"tars"
cluster_prefix = <em
浏览 49提问于2019-06-04得票数 0
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星型索引问题到步骤4
、、、
我试图用snakemake在管道上索引一个参考基因组，我制定了这样的规则： input: (one of the commands exited with
浏览 3提问于2021-04-20得票数 0
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我在我的Snakemake文件中的规则中有以下结构： input: output: runfile.pyif 'snakemake' in globals():
#
浏览 3提问于2019-04-30得票数 3
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例如，我有python脚本snakemake.py config=cfg, keep_target_files=True,
浏览 2提问于2017-03-22得票数 2
我已经读过Snakemake教程，我很清楚如何使用"snakemake --config ...“修改参数，并将这些参数传递给正在执行的命令。我可以使用"--config“向命令传递标志吗？例如，基于使用"--config“，我能否编写一个Snakefile来执行这两个命令中的任何一个？
浏览 0提问于2016-11-09得票数 2
我正在尝试使用以下命令将一些snakemake作业汇总到一个condor集群中。snakemake -f TestJob --cluster-config cluster.json -j 30 --cluster condor_submit 其中，在SnakeFile中指定TestJob
浏览 39提问于2019-07-01得票数 4
我正在从同一个工作目录运行snakemake管道，但是配置文件不同，输入/输出也在不同的目录中。问题似乎是，尽管两次运行都在使用不同文件夹中的数据，snakemake由于.snakemake文件夹和内部的锁文件夹而创建管道文件夹上的锁。有办法强制使用单独的.snakemake文件夹吗？代码示例如下：运行1：
/home/apps
浏览 3提问于2020-01-08得票数 2
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我希望使用--config命令行界面选项通过我的Snakemake工作流传递要生成的文件名列表。我需要的语法是什么？
浏览 26提问于2021-07-04得票数 1
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我正在努力在我们大学的HPC上实现一个snakemake管道。我在一个激活的conda环境中这样做，并使用sbatch提交了以下脚本： --configfile，它无法识别我的config.yaml文件中的参数(例如)：
snakemake: error: unrecognized arguments: --inputDIR=[path\
浏览 13提问于2021-10-30得票数 1
我正在使用Snakemake来运行defense-finder程序。此程序创建并覆盖/tmp/defense-finder中的通用临时文件，即文件名不包含唯一标识符。当在不同输入文件的不同内核上运行我的规则时，由于/tmp/defense-finder中的冲突，Snakemake崩溃。当不同的作业写入工作目录中的相同文件时，Shadow rules似乎可以提供帮助。当程序写入/tmp目录时，有没有办法使用影子规则？
浏览 44提问于2021-11-16得票数 2
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我在Snakemake中为那些没有多少编程知识的人编写了一个管道，所以我希望他们能够通过在命令行中请求snakemake all -c来运行整个管道。我的Snakefile中有两个配置文件：configfile: "config_samples.yaml"
这些配置文件将由Snakemake合并。我在Snakemak
浏览 7提问于2021-10-25得票数 1
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我使用以下命令运行snakemake：它将这写成标准：scancel: error: Invalid job id Submitted batch job 54174212
我猜测的是，这个'Submittedbatch job 54174212'是scancel 'Subm
浏览 18提问于2022-11-28得票数 0
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我试图将一个名为--config的参数传递给snakemake函数。似乎不管我怎么传递它，所有的下划线都被删除了？有什么建议吗，还是我做错了什么？--config samples=60_3_6,snakemake -s snakefile.py all --configfile /share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates/tagseq.json --config</
浏览 4提问于2019-10-20得票数 3
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我试图理解一个复杂的Snakemake工作流，包含多个配置和配置文件层。在Snakefile中，引用未导入的变量config，前几行如下所示： config["builds"]= {}
在运行时，这个config变量将来自哪里？如何调试一个普通的Python脚本，使Snakemake在断点停止，允许我
浏览 5提问于2021-06-29得票数 0
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