有些基因的前体mRNA（pre-mRNA）通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，这一过程称为可变剪接（或者选择性剪切）（Alternative Splicing）。
那个时候写教程，以软件安装，软件input和output为主，因为觉得新手最容易纠结的就是这些了，但是现在回过头来看，软件安装已经成了小菜一碟，对各种bam/sam/vcf/gtf也耳熟能详，所谓的input/output也不是问题了。 所以，再看看我最近是如何记录该软件的吧： RSeQC包是一个python软件，最新版是 v2.6.4 ， 依赖于： gcc; python2.7; numpy; R 它提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序尤其是RNA-seq数据，比如一些基本模块，检查序列质量, 核酸
为什么三和四数据输出的一样，但是大小不一样呢 注意三中为 “2”,“s” 四中为 [“2”,“s”] []中无论多少，都算一个 数组下标从0开始： 也就是说arrayFour[0] = 1; arrayFour[1] = 2;
今天我们继续介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - Bambu。来自新加坡科技研究局 (A-STAR) 的Jonathan Göke（图1）开发的长度长RNA-seq转录组分析工具Bambu，于2023年6月12日发表在《Nature Methods》杂志上，题目为Context-aware transcript quantification from long-read RNA-seq data with Bambu。该工具基于机器学习来识别和表征新转录本，从而能够对不同物种和样本进行适应性分析。
Hisat是一种高效的RNA-seq实验比对工具。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 两种算法的索引框架。使用了两类索引去比对，一类是全基因组范围的FM索引来锚定每一个比对，另一类是大量的局部索引对这些比对做快速的扩展。比对原理可阅读文献原文：HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements.
声明：非常感谢Carina投稿，全文由Carina撰写，主要对生信的可变剪切相关内容作了一定的梳理。
这个留言恰好回答了最近学员的一个疑问：在转录组大行其道的今天，简单的药物处理细胞系前后转录组数据分析结果如何玩出新意呢，毕竟一般来说就2个分组，6个样本，看起来的确是只能走差异分析策略。
点击蓝字，关注我们 导言 splice pipe pool for splice pipe pool in HAProxy pipe pool in Go 小结 参考&延伸 导言 相信那些曾经使用 Go 写过 proxy server 的同学应该对 io.Copy()/io.CopyN()/io.CopyBuffer()/io.ReaderFrom 等接口和方法不陌生，它们是使用 Go 操作各类 I/O 进行数据传输经常需要使用到的 API，其中基于 TCP 协议的 socket 在使用上述接口和
其实，所谓一等公民的函数跟其他数据类型一样，你可以把它们塞进数组，用作传参，赋值给变量。
circBase是环状RNA数据库的开山鼻祖，其中的环状RNA都是采用find_circ这个软件预测得到的。该软件的原理如下
传统的 Linux 操作系统的标准 I/O 接口是基于数据拷贝操作的，即 I/O 操作会导致数据在操作系统内核地址空间的缓冲区和应用程序地址空间定义的缓冲区之间进行传输。这样做最大的好处是可以减少磁盘 I/O 的操作，因为如果所请求的数据已经存放在操作系统的高速缓冲存储器中，那么就不需要再进行实际的物理磁盘 I/O 操作。但是数据传输过程中的数据拷贝操作却导致了极大的 CPU 开销，限制了操作系统有效进行数据传输操作的能力。
可变剪切differential splicing，也叫做选择性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前体到成熟mRNA的过程当中，不同的剪切方式使得同一个基因可以产生多个不同的成熟mRNA, 最终产生不同的蛋白质，示意图如下
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本校正，聚类，可变剪切分析，定量和差异分析为一体的工具 - FLAIR。来自加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（University of California，Santa Cruz）的Angela Brooks团队（图1）开发的全长可变转录本（isoform）分析工具FLAIR （Full-Length Alternative Isoform analysis of RNA），于2020年03月18号发表在《Nature Communications》杂志上，题目为 Full-length transcript characterization of SF3B1 mutation in chronic lymphocytic leukemia reveals downregulation of retained introns。该工具可用来鉴定高可信度转录本，差异剪切事件分析和差异转录本异构体（isoform）分析。
最近开源了一个 Vue 组件，还不够完善，欢迎大家来一起完善它，也希望大家能给个 star 支持一下，谢谢各位了。
工作时间久了，自然对软件系统产生自己的思考，还会面临职业生涯的一个挑战。要不要成为一个技术负责人？
检索关于TCGA可变剪切的相关文献。虽然总的数量并不是很多，但是其在2019年猛增为49，在2020年的上半年发文数量也达到了2019的一半，说明可变剪切研究在生信方面的热度有上升的趋势。
最近在做一些算法题，不能说不知道splice方法和slice方法怎么用，但是总是写出来有点点小问题，干脆就整理一下，再试两个小例子写一篇文章，彻底弄明白。
homer软件集成了许多的功能，包括peak calling, peak注释，motif分析等等，通过这一个软件，就可以完成chip_seq的绝大部分分析内容，不可谓不强大。本文主要介绍这个软件进行peak注释的用法。
查阅了splice方法的示例文档，如下： （不想看论述的，可以直接跳到下面看总结！）
作者：ghost461@知道创宇404实验室 时间：2022年3月11日 简介 2022年2月23日, Linux内核发布漏洞补丁, 修复了内核5.8及之后版本存在的任意文件覆盖的漏洞(CVE-2022-0847), 该漏洞可导致普通用户本地提权至root特权, 因为与之前出现的DirtyCow(CVE-2016-5195)漏洞原理类似, 该漏洞被命名为DirtyPipe。 在3月7日, 漏洞发现者Max Kellermann详细披露了该漏洞细节以及完整POC。Paper中不光解释了该漏洞的触发原因, 还说
附件下载地址：https://ehoonline.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40164-021-00200-x
很多网络应用场景下， 当原设备与目标设备无法直接建立连接时，这时就需要一台代理服务器进行中转。代理服务器只需要将来自源设备的报文 原封不动的转发给目标设备，而并不需要知道报文的具体内容。在这种情况下，服务器就没必要将客户端的报文读出来。每读取一次都需要从内核态到用户态的一次拷贝，在流量密集型的应用中，这样做显然很消耗服务器性能。而splice就是为了解决这个问题，它实现了不同文件描述符之间的0拷贝操作。关于splice函数的描述如下： ssize_t splice(int fd_in, loff_t* of
本文讲解 Linux 的零拷贝技术，云计算是一门很庞大的技术学科，融合了很多技术，Linux 算是比较基础的技术，所以，学好 Linux 对于云计算的学习会有比较大的帮助。
1. 不可以使用 delete 方式删除数组中某个元素，此操作会造成稀疏数组，被删除的元素的为位置依然存在为empty，且数组的长度不变
在JavaScript中，arrObject.splice()方法是处理数组的利器，利用它可以实现在指定位置删除、替换、插入指定数量的元素。 其语法为： arrayObject.splice(index,howmany,item1,…,itemX) 含义为从index开始，删除howmanry个元素,并在原地插入item1, …, itemN，最后返回被删除的数组。
链表类型list和forward_list有独有的sort、merge、remove、reverse和unique，而通用版本的是不能用于这两个类型的，因为所要求的迭代器不同，通用版本需要迭代器支持更多的操作。
1.splice() splice() 方法可以添加元素、删除元素，也可以截取数组片段。删除元素时，将返回被删除的数组片段，因此可以使用 splice() 方法截取数组片段
list容器底层实现是一个带头结点的双向链表，由于链表的每个节点是单独开辟的，所以链表在移动数据，或者两个链表之间移动数据的时候，直接把节点摘下来，接入到新的位置就可以了，效率比较高。 splice方法就是将list的元素进行拼接，原理就是改变结点指针的指向，效率比较高。
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在数组截取slice和splice都可以实现数组对象的截取,那么这两个有什么区别呢?当然我们先从代码实例推测一下! var arr=[0,1,2,3,4,5,6,7,8,9];//设置一个数组 con
splice() 方法可删除从 index 处开始的零个或多个元素，并且用参数列表中声明的一个或多个值来替换那些被删除的元素。
之所以会单独针对这个api写这么一篇博文，一方面是因为最近在一次面试中聊到了这个API，我没能完全说出它的用法；另一方面则是因为通过熟悉后觉得这个api确实很灵活很强大，充分体现了javascript的灵活性。所以写这么一篇博文，可以让自己更深刻地记住这个方法，也希望能让更多地同仁用这个方法让自己的javascript代码更加简洁，更加有效率。
index:数组开始下标 len: 替换/删除的长度 item:替换的值，删除操作的话 item为空
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在前端开发中，我们经常需要对数组进行操作，增删改是经常的事情，那我们js中该如何删除指定的下标元素呢？？？？
从JavaScript数组中删除元素是开发人员经常遇到的常见编程范例。与许多JavaScript一样，这并不像它应该的那么简单。
几乎所有的编程语言都原生支持数组类型，因为数组是最简单的内存数据结构。数组通常情况下用于存储一系列同一种数据类型的值。但在 JavaScript 里，数组中可以保存不同类型的值。但我们还是要遵守最佳实践，别这么做（大多数语言都没这个能力）。
1）delete方法:delete arr[1] 这种方式数组长度不变,此时arr[1]变为undefined了,但是也有好处原来数组的索引也保持不变,此时要遍历数组元素可以才用
滑动删除，在很多APP软件里面可以见到，比如淘宝的订单列表，QQ微信的聊天记录等等，今天就来看看JavaScript是如何实现这个功能的，之所以说是vue，主要是框架是vue啦，主要还是JS+CSS部分。
JavaScript代码： /* * splice() 方法向/从数组添加/删除项目，并返回删除的项目。 * 注释：splice() 方法会改变原始数组。 * 语法：array.splice(index, howmany, item1, ....., itemX) * index：必需。整数，指定在什么位置添加/删除项目，使用负值指定从数组末尾开始的位置。 * howmany：可选。要删除的项目数。如果设置为 0，则不会删除任何项目。 * item1, ...
splice() 方法通过删除或替换现有元素或者原地添加新的元素来修改数组,并以数组形式返回被修改的内容。此方法会改变原数组。
1、删除，可以删除任何数量的项目。只需指定两个参数。要删除的第一项的位置和要删除的项目数。
splice()方法可以说是Array数组最强大的方法,他的用法很多，主要用法是向数组的中部插入项！ 下面是它的用法: arrayObject.splice(index,howmany,element1,.....,elementX) 参数说明: index: 必需，规定从何处添加/删除元素。 该参数是开始插入和（或）删除的数组元素的下标，必须是数字。 howmany:必需,规定应该删除多少元素。必须是数字，但可以是 "0"。 如果未规定此参数，则删除从 index 开始到原数组结尾的所有元素。 ele
一，首先介绍下 js Array对象 中的 splice 方法 。 （ splice在英文中是剪接的意思 ） 1，定义和用法 splice() 方法用于插入、删除或替换数组的元素。
“他山之石，可以攻玉”，站在巨人的肩膀才能看得更高，走得更远。在科研的道路上，更需借助东风才能更快前行。为此，我们特别搜集整理了一些实用的代码链接，数据集，软件，编程技巧等，开辟“他山之石”专栏，助你乘风破浪，一路奋勇向前，敬请关注。
JavaScript中的数组由元素列表组成。JavaScript有许多有用的内置方法来处理数组。修改原始数组的方法称为mutator方法，返回新值或表示的方法称为accessor方法。在本教程中，我们将重点介绍mutator方法。
Vue.set 方法和 splice 方法在 Vue 中用于修改数组的行为有一些区别。
splice()函数用于从当前数组中移除一部分连续的元素。如有必要，还可以在所移除元素的位置上插入一个或多个新的元素。该函数以数组形式返回从当前数组中被移除的元素。选取的是索引及长度 返回的是选中的数据，原数组为剩下的数据
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