starBase数据库提供了miRNA和各种RNA分子的相互作用信息，并在此基础上构建了ceRNA网络，网址如下 http://starbase.sysu.edu.cn/index.php 该数据库提供了以下几种类型的信息...miRNA target RNA-RNA相互作用 ceRNA调控网络 RNA和蛋白的结合信息 根据研究方法的不同，对应5个不同的导航栏菜单 1. miRNA target 首先通过GEO数据库下载...Degradome-RNA 通过GEO数据库中的降解组测序数据分析miRNA的靶标信息，结果示意如下 ? 3....motif，并根据靶基因提供了COSMIC数据库的疾病注释信息,对应以下三个导航栏的菜单 RBP-target RBP-motfi RBP-disease 结果示意如下 ?...通过starbase数据库，可以查询各种RNA分子间的互作信息以ceRNA调控网络信息。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
这么长时间以来，我们推荐过的数据库差不多有好几十个，今天把最常用的一些的实用数据库汇总整理了一下： 基因表达数据集 GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/） ArrayExpress...（https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/） TCGA（https://cancergenome.nih.gov/） miRNA分析预测 starBase（http://...BioGPS（http://biogps.org/） 国足都赢了，你竟然还不知道这些基因信息数据库？...StarBase（http://starbase.sysu.edu.cn/） Starbase重新上线，广大科研汪的福音来了！...circRNA circBase（http://www.circbase.org/） StarBase（http://starbase.sysu.edu.cn/） 一篇10分文章教你写circRNA的研究路线
在前两天介绍circBase的时候，我们统计了一下目前circRNA方面相关的数据库。使用最多的前10的数据库的时候。除了circBase之外还有很多是用来预测circRNA功能的数据库。所以今天。...我们就来介绍一下这几个相关的数据库吧。 starBase 关于starBase(http://starbase.sysu.edu.cn/index.php)数据库，我们之间是有过介绍的。...这个数据库只要还是用来预测RNA之间的相互作用的。其中包括miRNA、lncRNA、circRNA以及mRNA。 关于starBase的基本用法，可以看这个帖子。...在这个数据库主要可以进行两个方面的预测： 预测miRNA-circRNA的相互作用 预测circRNA和RNA绑定蛋白的关系 CircInteractome 相较于上面的starBase, CircInteractome...不过这个数据库也有一个好处就是，相比较之前的两个数据库。这个数据库可以直接下载数据库的所有原始数据。这样的话。那其实就可以批量进行检索了。
，很可能还用过，starbase。...提起这个数据库，小编还是很引以为傲的，他是由中山大学开发的一个专门针对RNA相互作用的综合型数据库。2014年v2.0发表在核酸研究上，到现在引用已经上千了。目前这个数据已经更新到v3.0了。...并且这个数据库中的数据并不是完全基于预测得到的，有免疫共沉定的实验数据支持，相对来说还是比较可信的。...这个数据库的界面也很简介清晰，需要查询miRNA的靶基因，只需要在菜单栏上选择相应的标签就可以 ?...http://starbase.sysu.edu.cn/tutorialAPI.php ?
在starBase数据库中，提供了一系列环状RNA注释工具，网址如下 http://starbase.sysu.edu.cn/starbase2/circTools.php ?...circAnno需要两个输入文件，一个为环状RNA对应的bed格式的文件，另外一个为线性RNA对应的bed12格式的文件，以circBase数据库中的环状RNA为例来看下这个软件的具体用法。 1.
背景介绍 TCGA数据库作为癌症研究的首选公共数据库，整合了各种癌症的多组学数据。...基因组数据共享数据库（GDC）维护着来自美国国家癌症研究所（NCI）计划的标准化基因组，临床和样本数据，包括TCGA和TARGET，它也接受来自非NCI支持的癌症研究计划的高质量数据集，例如来自Foundation...', pc.targets = 'starBase', rna.expr = rnaExpr...数据库 ##使用来源于starbase的靶标数据集 ceOutput <- gdcCEAnalysis(lnc = rownames(deLNC),...pc.targets = '<em>starBase</em>', rna.expr = rnaExpr,
数据库。 材料与方法 从TCGA和GEO数据库下载基因表达数据。差异表达的RNA（DERNAs）由R中的DESeq2来定义。功能富集分析使用R中的聚集体进行.PPI网络通过参考String网站建立。...从Starbase v3.0数据框获得mRNA，miRNA和lncRNA之间的相互作用并构建ceRNA网络。 Consensus Cluster Plus软件包用于识别分子亚型。...而miRNA是基于miRbase v22数据库（http://www.mirbase.org/index.shtml#opennewwindow）进行注释。...6.预测lncRNA-miRNA和miRNA-mRNA相互作用 我们通过使用starBase数据库预测DElncRNA和DEmiRNA或DEmRNA和DEmiRNA之间的相互作用，starBase记录了来自许多个测序数据的超过...此外，starBase整合了来自miRanda，Targerscan和miRmap数据库的预测结果。
如今的生物学研究已经离不开生物信息学的辅佐,这里老谈给大家介绍目前研究miRNA的一些在线数据库，看看它们是如何帮助你们在摸爬滚打中找准方向的。...这些数据库中既有“进口”冲锋枪miRbase，又不乏“国产”战斗机starbase。每一个数据库的功能又不尽相同，既有分子间相互作用的预测，又有对已报道实验结果的总结和整合。...——by老谈 1、starBase： 一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA...网址：http://starbase.sysu.edu.cn/ 2、miRbase： 众所周知的microRNA基因注释数据库。...网址：http://microrna.gr/tarbase/ 5、miRecords： 一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。
其实ENCORI数据库除了提供，miRNA和mRNA之间的调控关系以外，也提供miRNA和lcnRNA，miRNA和circRNA之间的调控关系。...dir.create("lncRNA") for(mir in miRNA){ file=paste("lncRNA/",mir,".txt",sep="") link=paste("http://starbase.sysu.edu.cn...dir.create("circRNA") for(mir in miRNA){ file=paste("circRNA/",mir,".txt",sep="") link=paste("http://starbase.sysu.edu.cn
miRNA的研究起步很早，miRNA与疾病相关的文献和数据库也相对成熟，而circRNA作为最近兴起的一种RNA, 可以作为miRNA sponger与miRNA结合， 发挥转录后调控功能。...circ2Traits是一个环状RNA相关的疾病或者特殊性状的数据库，通过分析环状RNA与那些疾病相关的miRNA的相互作用，从而在环状RNA和疾病之间建立起关联。...该数据库的网址如下 http://gyanxet-beta.com/circdb/ 数据库的构建需要依赖以下4种信息，对应的来源描述如下 从miR2disease数据库得到疾病相关的miRNA信息 从Memzcak...等人的研究中得到环状RNA与miRNA的相互作用关系 从starBase数据库得到miRNA-mRNA的相互作用信息 从miRCode数据库得到miRNA和lncRNA的相互作用信息 目前官网只提供了数据下载的功能...通过该数据库，可以得到疾病相关的环状RNA信息，同时其分析疾病相关的环状RNA的思路和将circRNA,ceRNA，SNP信息整合的策略都值得借鉴。
作为生命科学领域的学生，常常会用到各种数据库，常用的数据库，大家都耳熟闻详，但生命科学领域的数据库是很多的，很多数据库你可能都没听过，特别是一些小众的数据库，有时候，我们想看某一领域是不是有专门的数据库...，那就得去查资料，搜文献，好像有点效率低下，这里给大家推荐一个数据库搜索工具——Database Commons。...可以看到左下角对数据库进行的统计信息。我们可直接通过关键词在搜索框中搜索数据库。我们搜索一下animal。 ? 搜索结果显示的这些数据库是不是很熟悉。...我们再来搜索一下lncRNA相关的数据库有哪些，是不是有一些很熟悉，比如starBase数据库。 ? 除了通过关键词搜索以外，我们还可以通过Browse选项进行查找。...通路数据库就有339个，你知道几个？？？ ? 还可以按照数据类型筛选，比如DNA或者RNA。 ? 也可以按照物种筛选 ? 处理数据库以外，Tools中还有各种分析工具。 ?
该数据库网址如下 http://gb.whu.edu.cn/TSCD/ 从ENCODE和GEO这两个公共数据库中收集人和小鼠不同组织的转录组测序数据，然后利用以下3款软件识别其中的环状RNA find_circ...该数据库中,将只在某一个组织中表达的环状RNA定义为组织特异性的环状RNA, 简称TS circRNA,示意如下 ?...TS circRNA, 对其来源基因进行GO富集分析 预测miRNA结合位点，从环状RNA头尾各取50bp序列，用targetscan来预测这100bp序列上的miRNA结合位点 预测蛋白结合位点，从starbase...数据库下载CLIP-Seq的数据，同样分析头尾个50bp区域上的蛋白结合位点 将以上所有的结果整合起来，就构建成了TSCD数据库，整个数据库构建的流程示意如下 ?...该数据库不仅提供了一个环状RNA的集合，还提供了MRE,RBP等对应的功能注释信息。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
前面给大家详细的介绍过ENCORI这个数据库，相信很多小伙伴也已经使用过这个工具了 ☞RNA相互作用神器——ENCORI ☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一） ☞R批量预测...miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 ☞零代码生存曲线—ENCORI篇 ☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测 最近有小伙伴反映，使用这个数据库预测的miRNA-circRNA
材料和方法 获取微阵列数据和选择数据集头颈部鳞状细胞癌的基因表达数据 （HNSCC）从Cancer Genome Atlas下载（TCGA）数据库（https://gdc-portal.nci.nih.gov...从Gene获得OSCC的基因表达谱（GEO）数据库（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov / geo /）通过研究术语“口腔鳞状细胞癌”（2016年8月）。...DE-lncRNA与DE-miRNA之间的调节关系通过miRcode（http://www.mircode.org）预测对 starBase（http://starbase.sysu.edu.cn/）...功能丰富分析 用于注释，可视化和集成发现的数据库（DAVID，http：//david.abcc.ncifcrf.gov/）用于功能性 浓缩分析。...鉴定转录因子（TF）-miRNAs-lncRNAs网络 TF-miRNA调节对从TRRD获得和JASPAR数据库并映射到整个ceRNA的共表达网络。
在我们之前的推送当中，也介绍了很多表观遗传方面的数据库 比如甲基化相关数据库 SurvivalMeth-肿瘤预后相关DNA甲基化数据库 MEXPRESS-TCGA甲基化和表达相关分析 EWAS Atlas...-不同疾病甲基化状态查询数据库 DiseaseMeth-疾病相关甲基化分析数据库 DNMIVD-泛癌DNA甲基化分析数据库 同时更多的也是非编码RNA的数据库 miRNANet-综合性miRNA靶基因预测数据库...miEAA-miRNA功能预测数据库mi tsRFun-综合性tRFs分析数据库 tRFTar_tRFTars-tRFs靶基因预测数据库 starbase-ncRNA相互作用基因预测数据库 miTED-miRNA...表达数据库 miRactDB-肿瘤当中miRNA靶点预测数据库 miRWalk-miRNA靶基因预测数据库 ……………… 而对于组蛋白修饰倒是介绍的少。...只不过关于组蛋白修饰的话，一般也可以通过[[ENCODE-转录调控必知数据库]]来进行观察的。
为了进一步评估GLUT1在人类癌症中的表达，使用TIMER数据库进行分析。GLUT1在不同肿瘤和邻近正常组织中的差异表达见图1B。...为了进一步了解GLUT1的潜在机制，使用STRING数据库研究了GLUT1的PPI网络(图2F)。...3个数据库共预测了14个靶miRNAs（图5A）。此外还分析了靶标miRNA表达与GLUT1表达之间的相关性，以筛选出更符合ceRNA条件的miRNA。...图5 作者使用miRNet和starBase在线数据库进一步预测可能与三个靶miRNA结合的lncRNA，并通过维恩图展示它们(图6A-C)。...作者使用starBase数据库分析了ESCA中靶标lncRNA表达与miRNA之间的相关性。
作者想要利用公共数据库挖掘在GC中以及GC患者血浆中差异表达的circRNAs，通过建立胃癌中的ceRNA调控网络来探索胃癌的发生机制，寻找新的胃癌标志分子。...图3. 6个靶miRNA在TCGA-STAD数据集中的表达情况 图3：用starBase网站分析的hsa‐miR‐323a‐3p，hsa‐miR‐331‐5p，hsamiR‐377，hsa‐miR‐485...靶基因的KEGG通路分析结果 图6：作者同样在DAVID数据库中对靶基因进行KEGG通路分析。靶基因在30条通路中显著富集(p<0.05)。这里展示了靶基因富集最多的前10条通路。 5....本篇文章也是经典的ceRNA机制套路，作者先利用GEO数据筛选出DECs，再利用CircInteractome预测靶miRNA，TargetScan网站和miRNet网站预测靶mRNA并用细胞实验和在starBase...这篇文章没有编程，单利用这么多在线分析网站和数据库就完成了分析，还不把这些网站记下来去试试？
本研究中，作者从TCGA和GTEx数据库下载癌症数据，对SEMA3F的表达和预后进行泛癌分析。作者发现SEMA3F可能是HCC中潜在的致癌基因。...数据的获取和整理 从TCGA数据库下载18个癌症（BLCA, BRCA, CHOL, COAD, ESCA, GBM, HNSC, KICH, KIRC, KIRP, LIHC, LUAD, LUSC,...作者利用GEPIA数据库验证SEMA3F在18种癌症类型中的表达。如图1B-1I所示，SEMA3F在BRCA、CHOL、COAD、GBM、KICH、KIRC、HCC、READ中的表达上升。...图4 let-7c-5p可以作为HCC患者SEMA3F的潜在上游miRNA 5. let-7c-5p上游lncRNAs的预测和分析 作者使用starBase数据库预测let-7c-5p的上游lncRNA...作者使用starBase数据库分析这四个lncRNA与let-7c-5p或SEMA3F在HCC中的表达水平相关性（表1）。 ? 图5 let-7c-5p上游lncRNA的表达分析和生存分析 ?
2 步骤分析 一 乳腺癌中重要的DE-mRNA的鉴定 在GEO数据库选择了三个与乳腺癌有关的全基因组基因表达数据集（GSE36295，GSE42568和GSE109169），加上TCGA数据库。...四 关键基因的基因表达验证和生存分析 利用GEPIA数据库和Kaplan-Meier数据库评估了这些基因的表达和对乳腺癌患者总体生存的预后价值。...分别通过starBase和Kaplan-Meier数据库进一步评估预测的miRNA表达和预后。...六 关键上游lncRNA的筛选和验证 使用在线数据库miRNet预测了上游lncRNA。...结果，在数据库中总共发现了59种lncRNA，其中有4种下调的miRNA；而有172种潜在的lncRNA可能会调控这6种miRNA。
文章发表于2019年，数据库较新，浏览速度快 15....使用GO和KEGG数据库预测这些circRNA的潜在功能。...该数据库从ENCODE和GEO两个公共数据库中收集人和小鼠不同组织的转录组测序数据然后利用find_circ，CIRI，circRNA_finder来识别其中的环状RNA 19....circRNABase http://starbase.sysu.edu.cn/starbase2/mirCircRNA.php 种属：人、鼠 功能：该数据库是由中山大学杨建华教授团队开发的，该团队长期研究非编码...RNA，开发了知名的非编码RNA功能网络预测工具starBase平台。
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