这么长时间以来，我们推荐过的数据库差不多有好几十个，今天把最常用的一些的实用数据库汇总整理了一下：
在前两天介绍circBase的时候，我们统计了一下目前circRNA方面相关的数据库。使用最多的前10的数据库的时候。除了circBase之外还有很多是用来预测circRNA功能的数据库。所以今天。我们就来介绍一下这几个相关的数据库吧。
ENCORI (The Encyclopedia of RNA Interactomes，http://starbase.sysu.edu.cn/index.php) 听起来好像有点陌生，但是我相信他的前身很多人应该都听过，很可能还用过，starbase。提起这个数据库，小编还是很引以为傲的，他是由中山大学开发的一个专门针对RNA相互作用的综合型数据库。2014年v2.0发表在核酸研究上，到现在引用已经上千了。目前这个数据已经更新到v3.0了。
在利用RNA_seq数据预测环状RNA时，大多数情况下只能够得到环状RNA的基因组位置，包括头尾的染色体位置，正负链等信息，而没有环状RNA对应的来源基因，序列等信息，这些信息都需要我们通过和已有的线性RNA的数据比对得到，这一步在分析中称之为环状RNA的注释。
在ceRNA调控网络中，miRNA起到了桥梁的作用，通过和各种RNA分子结合，从而介导该调控机制的发生。starBase数据库提供了miRNA和各种RNA分子的相互作用信息，并在此基础上构建了ceRNA网络，网址如下
首先对TCGA的RNA表达预处理，筛选掉其中的低表达基因（count<10）进行预处理。根据GENCODE Release 29（GRCh38.p12）（https://www.gencodegenes.org/human/）注释mRNA和lncRNA。 而miRNA是基于miRbase v22数据库（http://www.mirbase.org/index.shtml#opennewwindow）进行注释。
如今的生物学研究已经离不开生物信息学的辅佐,这里老谈给大家介绍目前研究miRNA的一些在线数据库，看看它们是如何帮助你们在摸爬滚打中找准方向的。这些数据库中既有“进口”冲锋枪miRbase，又不乏“国产”战斗机starbase。每一个数据库的功能又不尽相同，既有分子间相互作用的预测，又有对已报道实验结果的总结和整合。
作为生命科学领域的学生，常常会用到各种数据库，常用的数据库，大家都耳熟闻详，但生命科学领域的数据库是很多的，很多数据库你可能都没听过，特别是一些小众的数据库，有时候，我们想看某一领域是不是有专门的数据库，那就得去查资料，搜文献，好像有点效率低下，这里给大家推荐一个数据库搜索工具——Database Commons。是国家基因组数据中心的一个数据库检索工具，国家基因组数据中心网址：https://bigd.big.ac.cn/
GDCRNATools是一个易于使用的用于整合GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据的R/Bioconductor软件包。
miRNA的研究起步很早，miRNA与疾病相关的文献和数据库也相对成熟，而circRNA作为最近兴起的一种RNA, 可以作为miRNA sponger与miRNA结合， 发挥转录后调控功能。
TSCD是Tissue-Specific CircRNA Database的简写,通过软件预测人和小鼠不同组织中的环状RNA,然后去寻找组织特异性的环状RNA。该数据库网址如下
之前在介绍一些关于生物学基本知识的时候，提到过[[SNP是什么东西？]]以及[[基因突变需要了解那些内容？]]。这类的变异都是通过改变基因序列来影响基因的功能。除了这样的变异。还有一类变化叫做表观遗传学 (epigenetics) 。简单来说表观遗传学主要就是通过不影响基因序列的改变来影响基因基因的表达。
（HNSCC）从Cancer Genome Atlas下载（TCGA）数据库（https://gdc-portal.nci.nih.gov/）。根据口腔的解剖学定义，387个口腔样本（336个OSCC样品和51个正常对照样品） 从587个HNSCC数据中提取。 mRNA和miRNA表达数据包括327个OSCC样本和31个非癌样本已下载。原始lncRNAs和mRNAs 数据（HUGO基因命名委员会（HGNC）数据库 （http://www.genenames.org/）包含2775个lncRNA和19004他们的靶mRNA。
题目：ncRNAs-mediated high expression of SEMA3F correlates with poor prognosis and tumor immune infiltration of hepatocellular carcinoma
circRNA很红，这个大家都知道。尤其是它身上那份高大上的神秘感，引得一众科学家瞬间产生扑倒circRNA的好奇感，并期望能看到该领域中更多不一样的风景。
百味科研芝士的小伙伴们大家好啊！好久不见甚是想念，点赞在看养成习惯。我是你们的老朋友小木舟~今天给大家分享来自《Epigenomics》，IF= 4.173，国人占比：4.80% 的一篇文章。文章的题目是：新型mRNA-miRNA-lncRNA竞争内源性RNA网络的鉴定与乳腺癌的预后相关。简单的说就是乳腺癌的ceRNA网络构建。
前面给大家详细的介绍过ENCORI这个数据库，相信很多小伙伴也已经使用过这个工具了
葡萄糖转运体1(GLUT1)由SLC2A1基因编码，是对葡萄糖亲和力最大的葡萄糖转运体之一，GLUT1的异常表达与多种癌症有关。
前面小编介绍过RNA相互作用神器——ENCORI，在文章中给大家举了个用R代码批量下载miRNA和mRNA之间相互调控关系的例子。其实ENCORI数据库除了提供，miRNA和mRNA之间的调控关系以外，也提供miRNA和lcnRNA，miRNA和circRNA之间的调控关系。有些读者尝试修改小编的代码去下载其他的调控关系，这令小编很欣慰，至少做到了学以致用。熟话说学而不思则罔，思而不学则殆，理论和实践还是要紧密结合的。
大家好，今天和大家分享的是一月份发表在Cellular Biochemistry(IF：3.448)杂志上的一篇文章，“Identification of downregulated circRNAs from tissue and plasma of patients with gastric cancer and construction of a circRNA‐miRNA‐mRNA network”，作者利用多种公共数据库和在线分析网站识别胃癌患者组织和血浆中下调的circRNA并构建circRNA-miRNA-mRNA网络。
随着lncRNA研究的发展，lncRNA的数量越来越多，但是拥有功能注释的lncRNA只占了其中很小一部分。为了更好的开展lncRNA的功能研究，科学家收集文献中人类lncRNA相关的数据，包括了表达量，相关疾病，甲基化位点，SNP位点，功能描述等信息，并整理成了数据库LncBook, 网址如下
假基因最初被认为是由于在进化过程中失活基因突变而导致的非功能性基因组。然而最近有研究证明假基因远非沉默，通过体内microRNA海绵的功能调节蛋白质编码基因的表达。我们的研究目的是提出一种综合系统生物学方法，以基于竞争性内源RNA（ceRNA）假说鉴定疾病假基因。在这里，我们将我们的方法应用于来自TCGA的肺腺癌（LUAD）RNASeq数据并鉴定了33个候选假基因。我们描述了候选假基因的特征并进行了功能富集。通过分析邻近基因，我们发现这些假基因被肿瘤基因包围并可能涉及肿瘤通路。此外，DNA甲基化分析表明21种假基因与其竞争性mRNA共甲基化。在共甲基化网络中，我们发现了6个差异表达的假基因，我们将其称为潜在的LUAD相关假基因。我们进一步揭示3个ceRNA三联体（miR-21-5p-NKAPP1-PRDM11，miR-29c-3p-MSTO2P-EZH2和miR-29c-3p-RPLP0P2-EZH2），其高风险组与预后不良有关LUAD，可被视为潜在的预后特征。此外，通过整合microRNA的目标信息，我们还为潜在的小分子药物的发现提供了新的视角。这项工作可能有助于癌症研究，并作为未来努力的基础，以了解假基因的作用，开发新的生物标志物和提高肿瘤生物学的知识。
TCGA数据挖掘真的是绵绵不绝，这里就不再赘述了，从基因集到ceRNA，到可变剪切，肿瘤免疫， 再到现在的m6A和自噬基因， 马上缺氧,代谢应该是也要出来了，每次一个策略就是33篇数据挖掘文章。真的是很不走心，比如最近有学徒一直咨询我的m6A，我发现仅仅是ccRCC的就有4篇，有一个很简陋的文章，完全是6个网页工具图表拼凑的，再加上一点点多组学。
细胞焦亡是一种新型的程序性细胞死亡形式，可以调节肿瘤细胞增殖、入侵和转移，从而影响癌症患者的预后。
本文介绍了microRNA的生物信息学数据库，包括microRNA的预测、实验和临床等数据库。其中，mirbase是第一个microRNA数据库，已发展成为最大的小RNA数据库，包括了10000多个microRNA。其它数据库如targetscan、microrna.org、miRTarBase、miRanda等也是比较常用的microRNA数据库。这些数据库可以帮助研究人员更好地了解microRNA的生物学功能，预测靶基因，并指导药物设计和疾病治疗等。
最近看到群里有小伙伴在讨论一个数据集 GSE140275 ，我发现它这个简单转录组测序数据发两篇sci，是关于 acute ischemic stroke 这个疾病 ， 急性缺血性脑卒中 ，我了解不多，就不过多班门弄斧的介绍它了。。。
DNA、RNA 和蛋白质是三种重要的生物大分子，传统的观念认为 DNA 携带着遗传信息，蛋白质是体现生物功能的分子，而 RNA 在这二者间起传递遗传信息的桥梁作用。随着新一代测序技术的发展，越来越多的生物基因组被测序出来，而且，随着 RNAseq 技术的发展，我们对非编码 RNA 的认识也逐渐深入，甚至改变了一些我们传统的认识。人体每个细胞都具有相同的染色体，为什么最终会分化成不同的形态执行不同的功能呢？这些都是由于转录翻译的 RNA 的不同。
GDCRNATools: an R/Bioconductor package for integrative analysis of lncRNA, miRNA and mRNA data in GDC Department of Botany and Plant Sciences, University of California, Riverside Bioinformatics
在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。
标题：Epigenetic landscape analysis of lncRNAs in acute myeloid leukemia with DNMT3A mutations
标题：The landscape of lncRNAs in Cydia pomonella provides insights into their signatures and potential roles in transcriptional regulation
文章链接：https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00196
12个样本：2个基因型（紫色和橙色胡萝卜）X 2个组织（木质部和韧皮部）X 3个生物学重复。
机构：中国农业大学动物科学技术学院，农业部动物遗传繁育重点实验室，动物繁育国家工程实验室
标题：转录组分析鉴定 到新的3-lncRNA关于 糖尿病视网膜病中 转甲状腺素 减弱葡萄糖诱导人视网膜内皮细胞功能障碍 的调控网络
标题：应用RNA测序对鸡类肌内前脂肪细胞的分化过程中长非编码RNA和mRNA的分析
miRNA 的发现，与一位祖籍波兰的生物学家维克托·安博斯（Victor Ambros）的工作有关——他在线虫中发现了第一个 miRNA lin-4。
---- 新智元报道 编辑：时光 【新智元导读】马斯克的住宅首次被曝光，据说非常简陋，具体长啥样？让我们一探究竟！ 最近，《每日邮报》首次曝光了马斯克的简陋住房。 这是一个租住在得克萨斯州仅5万美元住宅，相当于人民币33万元，价格不及我们小县城的一套房。 从地图上不难看出，德克萨斯州位于美国西南端，毗连墨西哥边境。 这就是马斯克的住所：沿海基地，尘土飞扬，荒僻郊外…… 这也是马斯克的家：身价2190亿美元，拥有特斯拉、Twitter、SpaceX、SolarCity，以及8个孩子…… 让我们一起
美国东部时间 3 月 14 日早上 9 点 25 分，随着人们整齐一致的倒数声，星舰在得克萨斯州南部博卡奇卡海滩附近的 Starbase 基地顺利升空。
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大数据文摘出品 今天，SPACEX的「星舰」完成了它的第一次整合发射，结果是“计划外的快速解体”——其实就是炸了的委婉说法。 从德克萨斯州南部的博卡奇卡公司发射场升空后仅四分钟，当星舰应该与超重型火箭分离时，火箭分离失败，发生了爆炸。 想必大家已经看了很多关于SpaceX的报道了，「星舰」的厉害之处以及马斯克本人的传奇历程文摘菌就不赘述了（还没有看的可以先拉到最后快速了解一下）。 文摘菌来聊一个非常小众但是又很有意思的话题——「星舰」试飞老是爆炸掉落，残骸不会砸到人吗？砸到路边的花花草草也不好吧？ 大家可别
第一讲：文献选择与解读 前阵子逛BioStar论坛的时候看到了一个关于miRNA分析的问题，提问者从NCBI的SRA中下载文献提供的原始数据，然后处理的时候出现了问题。我看到他列出的数据来自iron torrent测序仪，而且我以前也没有做过miRNA-seq的数据分析， 就自学了一下。因为我有RNA-seq的基础，所以理解学习起来比较简单。 在这里记录自己的学习过程，希望对需要的朋友有帮助。 这里选择的文章是2014年发表的，作者用ET-1刺激human iPSCs (hiPSC-CMs) 细胞前后，观察
一个想法，就引起了全网围观。这周五时，网友们还将学校缩写T.I.T.S直接推上热榜。
这是SpaceX星舰原型第五次挑战10千米级高度，也是首次没有发生爆炸事故的完美着陆。
---- 新智元报道 编辑：编辑部 【新智元导读】「星舰」首飞这日，全球百万群众守候在直播前。谁能想到，因为压力阀的问题，马斯克的火星梦，又远了一点。 马斯克的火星梦，停在了发射前的40秒。 今晚，地球上有上百万人守候着星舰的发射，随着倒计时越来越近，所有人的心都紧张地揪了起来。 然而，在还差40秒时，倒计时却忽然停下了。 先蹦到39秒，然后又退了回去 对此马斯克表示，原因似乎是压力阀被冻住了，除非它很快开始运转，否则今天不会发射。 而刚置顶没两天的推特，也被灰溜溜地撤了下来。 现在，他的
https://www.cnblogs.com/poloyy/category/1683347.html
1、数据库设计和维护：DBA需要根据企业的业务需求设计和创建数据库，并负责其日常维护，包括数据备份、数据恢复、性能优化等工作。
我们之前介绍了SQL的常用命令，本篇文章我们来介绍SQL数据库的相关操作，包括数据库的新建修改删除操作。
1.5 数据库的操作 1.5.1 创建数据库 语法： create database [if not exists] 数据名 [选项] 例题 -- 创建数据库 mysql> create database stu; Query OK, 1 row affected (0.06 sec) -- 创建数据库时，如果数据库已经存在就要报错 mysql> create database stu; # ERROR 1007 (HY000): Can't create database 'stu'; databa
大部分情况下，数据库的连接，数据库本身、数据库的服务器都是utf8的。在最开始的my.cnf配置中，我们把默认字符集全部配成了utf8进行统一，如果不配置，可能就会因为编码的不同导致无法正确解析数据。
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