不能并行的情况 基因组组装并不是简单的可并行化，因为第一步需要将每个读数与其他读数进行对齐，以便找到哪些读数相似并且应该连接（组装）。...GNU 并行 我们用来并行化生物信息学问题的程序是 GNU 并行。它是“一种使用一个或多个计算节点并行执行作业的 shell 工具”。GNU 并行可帮助您运行原本要按顺序一项一项或循环运行的作业。...您可以查看 GNU Parallel 网站，以确定如何在集群上安装 Parallel 和/或了解如何使用它。...cp *.tab gzip/parallel cp *.tab gzip/forloop GNU 并行/gzip/forloop cd gzip/forloop time for f in *.tab...; do gzip $f; done real 0m15.801s user 0m1.414s sys 0m5.045s 然而，我们可以通过使用 GNU 并行来更好地利用所有可用的
GNU Parallel是一个shell工具，为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务。本文简要介绍GNU Parallel的使用。 ? 这个cpu是多核的。 一般两核是这样工作的的： ?...这个道理是这样的，在进行for循环的时候，是最有可能并行化的，因为被放在循环中的各个对象是上下文无关的。...其他的都只是各个参数具体使用，比如到底用几个核啊，place_holder的替换啊，各种花样传参数啊，并行执行但是保证结果顺序输出(-k)，以及神奇的跨节点并行计算啊，看看man page就知道了。...bonus 手边有了一个转换成并行的小工具，除了让你日常执行快一点之外，还有一个好处，就是测并发。...结论 本文主要安利了一个 真 – 并行 工具，解释了其主要的两种模式，附赠了一个技巧，八卦了gnu界不为人知的另一面。希望对你有用。 以上就是本文的全部内容，希望对大家的学习有所帮助。
答案就是并行化处理。一般并行化的背后是多线程或者多进程。比如，可以利用Python的threading（多线程模块）或multiprocessing模块（多进程模块）来实现并行化。...GNU parallel就是基于此目的开发的命令行并行化工具。 让我们来看看parallel是如何并行化处理上面的例子： ?...parallel的更多用法请参考其项目主页（http://www.gnu.org/software/parallel/）。值得注意的是GNU parallel需要自行安装，不过安装很简单就是了。
rpyc.utils.server import ThreadedServer class TimeService(Service): # 对于服务端来说， 只有以"exposed_"打头的方法才能被客户端调用.../usr/bin/env python -- encoding: utf-8 -- import rpyc conn = rpyc.connect('localhost',12233) 调用服务器端的方法
【分享】使用GNU backtrace打印当前的函数调用关系（backtrace） 概述 作者: 付汉杰 hankf@xilinx.com hankf@amd.com 通过GDB等调试器，可以检查一个软件线程当前的函数调用关系...（backtrace），也就是a调用b，b调用c，c调用d之类的。...当出现异常时，Linux kerenl会自动打印当前的函数调用关系（backtrace），为定位问题提供了不少信息。...在Linux应用程序中，也可以打印当前的函数调用关系（backtrace），GNU为此提供了backtrace ( )和backtrace_symbols( )。...GNU backtrace 代码 GNU关于生成函数调用关系（backtrace）的文章在GNU backtrace。
GNU regex是GNU提供的跨平台的POSIX 正则表达式库(C语言)。 我也是最近才接触这个相对于C++/Java实现来说非常简陋,勉强够用的正则表达式库。...不算GNU提供的扩展函数，POSIX标准的regex库总共就4个函数regcomp,regerror,regexec,regfree, 以下以完整源码的方式调用以上函数完成对GNU regex library...*******************/ /* gnuregex_test.c */ /* GNU...char regerrbuf[256]; regex_t reg; /** 正则表达式 */ const char* pattern = "(we|par)([a-z]+)"; printf("==GNU...regcomp时对regex_t对象会有分配内存，所以用完的regex_t对象一定要调用regfree释放，否则会发生内存泄露。
当然我们也可以用并行流来实现并发调用，代码如下： List articleBos = articleDoPage.getRecords().parallelStream().map...需要注意如果用并行流，最好单独定义一个 ForkJoinPool。...除了用并行流，还可以使用批量查询的方式来提高性能，降低 RPC 的调用次数，代码如下： List userIds = articleDoPage.getRecords().stream()....内部是多线程并发调用，会等到结果全部返回。...System.currentTimeMillis(); System.out.println("耗时：" + (e-s) + "ms"); return ""; } 另一个场景就是 API 聚合的场景，需要并行调用多个接口
Pyro4 官方文档：https://pythonhosted.org/Pyro4/intro.html#about-pyro-feature-overview 服务端：运行后会生成一段uri，客户端调用需要用到...Object uri =", uri) daemon.requestLoop() 客户端调用：greeting_maker获得对象，调用方法get_fortune() import Pyro4 uri
36个设计接口的锦囊中，也提到一个知识点：就是使用并行调用优化接口。...所以接下来呢，就快马加鞭写第二篇：手把手教你写一个并行调用模板~ 一个串行调用的例子（App首页信息查询） CompletionService实现并行调用 抽取通用的并行调用方法 代码思考以及设计模式应用...其实为了优化性能，我们可以修改为并行调用的方式，耗时可以降为200ms，如下图所示： 2. CompletionService实现并行调用 对于上面的例子，如何实现并行调用呢？...抽取通用的并行调用方法 我们回过来观察下第2小节，查询app首页信息的demo：CompletionService实现了并行调用。不过大家有没有什么其他优化想法呢？...某些场景下，可以使用并行调用代替串行。 如何实现并行调用呢？可以使用CompletionService。 学到的后端思维是？日常开发中，要学会抽取通用的方法、或者工具。
") # 执行命令生成PDF图形 cmd = ["dot", "-Tpdf", "-O", input_file] subprocess.run(cmd, check...接着使用subprocess.run执行命令生成PDF图形，并检查生成的PDF文件是否存在及具备读取权限。最后将生成的PDF文件移动到指定的输出路径。...它提供了一个简便的方式来调用外部程序并与其进行交互。 子进程在操作系统中是独立运行的进程，它可以执行不同的命令、程序或脚本。...使用subprocess模块可以方便地调用外部程序、执行系统命令、进行并行处理等。它在很多场景中都非常有用，例如执行外部命令、调用系统工具、进行系统管理等。...然而，由于涉及到操作系统的底层调用，使用subprocess模块时需要注意安全性、错误处理和兼容性，以确保程序的稳定性和可靠性。
包，直接import引入即可 import subprocess 常用方法 需要注意2.X版本和3.X版本 3.X版本 推荐使用run方法，3.5版本才新增该方法 大多数情况下，推荐使用run()方法调用子进程...其实run()方法在底层调用的就是Popen接口。 run方法，执行args参数所表示的命令，等待命令结束，并返回一个CompletedProcess类型对象 args：表示要执行的命令。...实际例子： >>> subprocess.run(["ls", "-l"]) # 没有对输出进行捕获 CompletedProcess(args=['ls', '-l'], returncode=0)...: Command 'exit 1' returned non-zero exit status 1 >>> subprocess.run(["ls", "-l", "/dev/null"], stdout...', '/dev/null'], returncode=0, stdout=b'crw-rw-rw- 1 root root 1, 3 Jan 23 16:23 /dev/null\n') >>> subprocess.run
系统常用的whoami命令，返回当前用户的名称，输出如下： 这里，我们使用了subprocess.run调用了子进程运行windows命令。...该库还有一个call()函数，subprocess.run有一个check参数，如果没有设置该参数，等价于调用了call()函数。check默认值为False。...这说明调用程序无法捕获命令的输出。不过，我们可以通过为stdout和stderr参数传入PIPE来捕获输出，以备以后处理。...与进程的单项通信 要运行一个进程并读取它的所有输出，可以设置stdout为PIPE并调用communicate()函数。...运行之后，效果如下： 如果你需要调用一个管道，并完成写数据的操作，可以设置stdin为PIPE。
以向 subprocess.Popen 传递一个命令字符串或命令列表，它将调用操作系统的 shell 来执行该命令。...项目中需要在 Python 的代码中执行一些系统指令，例如调用项目中的某个可执行程序，所以就使用了 subprocess.Popen 方法。...如果调用的shell命令本身在执行之后会突然出现很多输出，则这个时候可能会导致hang在那里，表现就是卡死了，程序也不往下走，也不会报错。。。...subprocess.run 是一个更高级别的函数，封装了一系列常用的子进程操作，例如执行命令并等待其完成，然后返回一个包含执行结果的 CompletedProcess 对象。...综上所述，subprocess.run 适合简单地执行外部命令并获取输出；subprocess.Popen 适合更灵活地控制子进程，以及处理更复杂的子进程交互,注意不要使用 stdout=subprocess.PIPE
python模块之sys和subprocess以及编写简单的主机扫描脚本 1.sys模块 sys.exit(n) 作用:执行到主程序末尾，解释器自动退出，但是如果需要中途退出程序，可以调用sys.exit...函数，带有一个可选的整数参数返回给调用它的程序，表示你可以在主程序中捕获对sys.exit的调用。...作用：获取指定模块搜索路径的字符串集合 sys.platform: 获取当前系统平台 sys.argv 在外部向程序内部传递参数 2.subprocess模块(sys模块的升级版,常用) subprocess.run...() #作用:运行命令,返回命令执行的结果(python3.5以后的版本才会有这个命令) #r1=subprocess.run("dir",shell=True) #subprocess想调用cmd内置的命令...,需要加上参数shell=True #r2=subprocess.run("ping www.baidu.com") #ping程序是一个单独的程序,subprocess可以直接调用 #print(r1
在Linux系统中，Python可以使用subprocess模块调用操作系统命令，实现与Linux系统的交互。...下面是一个简单的例子，展示了如何使用Python调用Linux系统命令： import subprocess # 执行ls命令 result = subprocess.run(['ls', '-l']..., stdout=subprocess.PIPE) print(result.stdout.decode('utf-8')) # 执行pwd命令 result = subprocess.run(['pwd...'], stdout=subprocess.PIPE) print(result.stdout.decode('utf-8')) # 执行ifconfig命令 result = subprocess.run
你可以直接在Python脚本中导入它： pythonCopy codeimport subprocess subprocess.run() subprocess.run()是Subprocess库的主要函数之一...) 在这个例子中，subprocess.run()的input参数用于将数据传递给子进程的标准输入。...当父进程接收到Ctrl+C信号时，将调用信号处理函数。 异步子进程管理 Subprocess库还提供了异步执行子进程的能力，适用于异步编程环境。...', '5'], preexec_fn=pre_exec_function) # 等待子进程完成 process.wait() 在这个例子中，pre_exec_function函数在子进程启动之前被调用..., '10'], preexec_fn=pre_exec_function) # 等待子进程完成 process.wait() 在这个例子中，pre_exec_function函数在子进程启动之前被调用
在《静态分析C语言生成函数调用关系的利器——cally和egypt》中我们介绍了如何使用GCC生成RTL文件，然后再借助cally和egypt来分析出调用关系的方法。...GCC自身有命令可以生成代码内部的调用关系，即-fcallgraph-info参数。...source env.sh init soure env.sh enter source env.sh install pydot GCC生成单文件调用关系VCG gcc `find ....print("graph-easy --input=" + self.vcg_file + " -as=dot --output=" + self.dot_file) subprocess.run...局部图如下 代码 https://github.com/f304646673/tools/tree/main/callgraph-info-combiner 参考资料 https://gcc.gnu.org
为了方便，第三问题使用 subprocess.run 解决。 网上已经有好多文章都对 subprocess.Popen 和 subprocess.run 的参数进行解释，这里不多赘述。...对于subprocess.run ，除了要执行的命令外，我只设置了如下参数： universal_newlines ，设置输入输出的数据类型，True 为字符串，否则为字节串。...pipe.terminate() # 卸载指定包 try: # 执行命令 pip uninstall 【包名】 # 执行命令后需要输入是否卸载 [y/n]，因为要卸载，所以指定 input 参数为 'y' obj = subprocess.run...[2:] 去除如下图所示的无用行 如果只卸载单个包的话，直接调用函数。 如果卸载部分包的话，遍历列表并分别调用函数。 改 BUG 写代码的时候 BUG 并不少见，但这次挺少的。...又调用 Popen._readerthread() 函数，如下： self.stdout_thread = threading.Thread(target=self.
其实操作系统提供的命令只是简单地调用了操作系统提供的接口函数，Python 内置的 os模块也可以直接调用操作系统提供的接口函数。...Linux 是用 C 写的，底层的 libc 库和系统调用的接口都是 C API，Python 的 os 模块中包括了对这些接口的 Python 实现，通过 Python 的 os 模块，可以调用 Linux...subprocess 模块中的常用函数 大多数情况下，推荐使用 run()方法调用子进程，执行操作系统命令。...subprocess.run('ipconfig /all') ret = subprocess.run('ipconfig /all', shell=True) ret = subprocess.run...要获取命令执行的结果或者信息，在调用 run()方法的时候，请指定 stdout=subprocess.PIPE。
编写 Python 脚本 我们将使用 Python 的 subprocess 模块来调用 ffmpeg 命令行。下面是一个简单的 Python 脚本，用于分割音频文件。...output_file): command = f"ffmpeg -i {input_file} -ss {start_time} -t {duration} {output_file}" subprocess.run...最后，通过调用 subprocess.run() 函数执行命令行操作。
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