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TBtools R Plugin 安装

插件模式开放到现在,也是一年有余,期间我还是做了一些工作:开放并完成 TBtools 插件模式,用户通过 Install Plugin 安装软件分发相对低效,于是我开发 TBtools 插件商店,Plugin ,我想过很多很多方案,最终测试了下 R Plugin 模式,让所有人都能在 TBtools 中分发自己撰写的 R 语言脚本,简单的配置文件编写,TBtools 即可自动辅助打包成界面化工具,插件使用人员不需要了解甚至知道 ,我更进一步,开发的 R 脚本加密模式,当然,这个后面没有真正用起来终于,我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户,而他们常常会遇到一个问题,那就是 TBtools 的 R 插件本身是 这两日,看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin,多少觉得不能辜负大伙的努力和付出。有必要完成原本的设想:让 TBtoolsR Plugin 没有安装失败的可能。 如果是高速插件商店安装,那么需要重启一下 TBtools

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TBtools R Plugin 安装

开放并完成 TBtools 插件模式,用户通过 Install Plugin 安装软件分发相对低效,于是我开发 TBtools 插件商店,Plugin Store尽管有插件商店,但依赖于我个人的小服务器 Plugin 模式,让所有人都能在 TBtools 中分发自己撰写的 R 语言脚本,简单的配置文件编写,TBtools 即可自动辅助打包成界面化工具,插件使用人员不需要了解甚至知道 R 语言。 ,我更进一步,开发的 R 脚本加密模式,当然,这个后面没有真正用起来终于,我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户,而他们常常会遇到一个问题,那就是 TBtools 的 R 插件本身是 这两日,看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin,多少觉得不能辜负大伙的努力和付出。有必要完成原本的设想:让 TBtoolsR Plugin 没有安装失败的可能。 如果是高速插件商店安装,那么需要重启一下 TBtools

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    科研若要酷,就用TBtools!(收藏贴)

    TBtools如何获得与安装?大约是四年前,我开始学Java并开始TBtools的开发。 所有对TBtools感兴趣的用户,均可以加入TBtools使用交流群(群号:562721348),下载到最新公开版本的TBtools。? TBtools的主界面TBtools的主界面主要分为两大块,菜单栏和功能界面。初始界面为About TBtools,主面板为随机出现的内置英文谚语。 当然,TBtools也有,我自认为TBtools的操作会简便很多,相比于其他工具。?对于Blast比对结果,TBtools也支持多种可视化模式,如? 将其应用于TBtools中,我们获得目前多数TBtools的数据可视化功能。比如Venn图,或者其升级版UpsetPlot?如上图,TBtools也有常见的热图工具?

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    TBtools | 序列提取及过滤

    本期讲解的是TBtools序列工具中的Fasta序列提取及过滤。进入TBtools界面,点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到(如下图)。

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    TBtools基因家族分析详细教程(1)

    写在前面: 非常感谢CJ开发出如此强大的TBtools工具,作者详细讲解了基因家族的分析过程和意义,课程购买地址,讲的很棒,可以试听。 一共分为4个部分 TBtools基因家族分析详细教程(1) TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析 TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析1 TBtools 加深理解分子生物学和生物信息学 掌握部分TBtools工具的使用,加速生信下游数据分析 绘制漂亮的图片 Introduction 基因是染色体上一段可以发生转录的区域(内含子外显子启动子) 转录本才是基因的研究实体 或.gtf文件(区分基因结构注释与基因功能注释)获取途径 基因组文章中对应的链接 常见的数据库Ensemble植物,动物,Phytozome NCBI 其他途径----1.1蛋白序列结合的整理与提取(TBtoolsTBtools把xml格式转化为table格式?image.png按Query_def删除重复项,保留的都是第一个hit,也就是最匹配的hit。

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    使用Tbtools根据gtf文件统计基因密度

    经过搜索找到了非常方便的工具是tbtools参考推文 TBtools | 全基因组 - 基因密度统计,充实你的图片? 这里遇到一个问题是不是从小到大依次排列下来的,这个可以后续改也可以先把自己的gtf文件里的顺序更改一下,使用到的工具是 Tbtools里的 GXF Fix这里参考 完美 | GXF Fix 修复 优化基因结构注释信息文件

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    TBtools | 序列信息统计及序列操作

    本期讲解的是TBtools序列工具中的Fasta序列信息统计及序列操作,包括Fasta Stats和Sequence Manipulate两部分。 进入TBtools界面,点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到(如下图)。

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    TBtools | 又是不眠夜,我实现了一个“伟大”的想法。~

    就我个人而言,约莫有一周了,那天我洗澡的时候突发奇想,TBtools界面版这么130+个功能,是不是干脆实现一个搜索框,方便快速打开某个指定功能?。 这个解决办法,其实随处可见,比如操作系统的文件检索,搜索引擎的网页检索,那么TBtools不也可以搞个功能检索?我之前为什么没想到?都没时间想,怎么会想到? TBtools的功能搜索姿势虽然我自认为,这个功能无需演示。 但为了方便其他人复制或学习 TBtools 的种种特性,还是写详细一点,这样他们即使不打开TBtools,也可以看推文来 Copy and Paste。 首先,更新你的 TBtools 到最新版本,随后打开 TBtools。?可以发现,相比于以前的版本,在右上角有一个明显的搜索框。注意,放大镜图标我是直接从代码画两个圆再画几根线组成的,略丑萌。

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    使用TBtools对叶绿体蛋白编码基因进行GO注释

    ) 使用方法 python extract_CDS_from_gb.py input.gb output.fasta第二步:使用diamond将叶绿体的蛋白编码基因与swissprot数据库比对,获得TBtools mingyanBioinformatics_toolsDiamonddiamond blastx --db uniprot_sprot -q output.fasta -o cp_Protein_coding.xml --outfmt 5 第三步:使用TBtools cp_Protein_coding.xml.TBtools.GOAnno.xls 第二步获得文件Bhagwa_gene2Go.txt.Level3.count.xlsTBtools做GO注释如何具体操作大家可以关注TBtools 这样GO注释就做好了,TBtools也会对应有可视化工具,这里我选择使用R语言的ggplot2进行展示library(ggplot2)df

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    TBtools | Fasta格式与Table格式相互转化、Fasta文件拆分合并

    本次介绍的是TBtools序列工具中的Fasta格式与Table格式相互转化以及Fasta文件的拆分与合并。 进入TBtools界面,点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到(如下图)。 Find00050.3TTTCCTCCGTTGTTATCGCTTCCGTTTGAAGATGCACCTGAGCTGCTGAGCTTGATGATCCATTGTTACCATTATTTCCTCCGAAGATGCACCTGAGGCTGCTGCGGCTGATGATGCTGCTG操作步骤:如下图,可以选择以文件形式输出,或者点击图中黄色框中的直接输出在TBtools TTTCCTCCGTTGTTATCGCTTCCGTTTGAAGATGCACCTGAGCTGCTGAGCTTGATGATCCATTGTTACCATTATTTCCTCCGAAGATGCACCTGAGGCTGCTGCGGCTGATGATGCTGCTGA Tips:如果我们想把Table格式换成Fasta格式,只需要将TBtools

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    TBtools | 基因序列ID简化、重命名及添加前缀

    如果你有这方面的困扰,那么本期讲解的TBtools序列工具中的基因序列ID处理工具,相信一定会对你有所帮助。ID处理工具共包括ID Simplify、ID Rename和ID Prefix三部分。 进入TBtools界面,点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到(如下图)。

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    TBtools | 获取基因代表序列、基因序列模式定位

    本次介绍的是TBtools序列工具中的获取Fasta文件中的基因代表序列以及基因序列模式定位。进入TBtools界面,点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到(如下图)。

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    TBtools | 多图合一至强版教程!进化树+Motifs+结构域+启动子+基因结构+....

    功能界面介绍TBtools 这个子工具的功能,比较稳健和丰富。可以先看看界面的主要组成。 但对于 TBtools 用户来说,准备这个文件,只是**画蛇添足**。TBtools 直接支持物种基因结构注释信息全集! **BioSequences**,这个更为灵活,只要用户了解TBtools的生物序列可视化功能,就知道如何准备这个文件。 这里给出网站的一个截图有时候网站访问不到,那么可以用 TBtools 的 MEMEMAST GUI Wrapper跑。 ,相应的, TBtools 需要用户至少给 ID 列表,或者进化树。

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    TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

    domain分析成员结构域的保守型与可视化(往往已知)基因结构分析(包括内含子模式)基因染色体分布情况可视化新建个文件夹命名基础分析1 打开下列网址http:web.expasy.orgcompute_pi 用tbtools image.png打开TBtools?image.png?image.png也可以用?image.png? image.pngdomain不怎好看,可以修改hit文件 缺失的序列补回来另外,可以用下面方式手动修改更好的展示4 基因结构分析(包含内含子,UTR)TBtools?image.png?

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    (1)TBtools | 序列工具之序列信息提取

    ①reads:就是我们测序产生的短读序列,通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间,二代的相对较短,平均是几十到几百bp。

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    TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2

    4不同物种之间的共线性分析共线性分析数据文件下载genome.fa,gff3,protein.fa2数据文件格式转换(TBtools)3共线性分析4解读文本输出结果-----开始----1 下载菠萝,水稻 ,拟南芥,香蕉的基因组和注释文件通过TBtools由上述文件得到CDS和protein文件(前面已讲)把菠萝蛋白比对到自身(用时相对较长)得到blast结果文件?

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    TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析1

    image.png另外,TBtools支持环形展示?image.png5从进化水平分析基因结构变化?image.png也可以环形展示?image.png6合并分析以上三者?image.png结果如下?

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    CubicHeatMap - 重磅推出 - 魔方热图 - 伪三维

    TBtools 中多种热图可视化方式TBtools中,我们提供过数种热图的展示方式,第一种,常规的热图,适用于 少基因X少样品 的数据这种热图,四四方方,其实在TBtools里面,可以有不少变化,比如不要用颜色对应数值 目前市面上,我自认为暂时就TBtools一个工具,也是第一个,是以热图工具为中心开发的环形热图,如果说之前已经有,那么那些都是以进化树注释为中心开发的。 进化树注释功能,TBtools也有,对应的也有简单版本的热图Track【注:功能明显有限】。如果说,还有其他工具可以做了,那么他们都只是追随者。 于是,TBtools又增加了一个功能。打开之后,可以看到,只有两个输入:1. 基因表达矩阵,这个比较简单,跟其他热图完全一样2. 样品分组信息,这个说起来复杂,其实也简单。 突然想起来,TBtools 的 Logo,其实就像一个热图。既然有了CubicHeatMap, 那么我们完全可以做一组数据,就画 TBtools 的 Logo?

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    !Help | 我又有一个有趣的想法!

    基本没维护 TBtools 用户社群。好在老铁群管以及热心社群成员的无私付出,勉强应付得了林林总总的成员使用问题。 当然,前几天去跑去学校西园吃饭的时候,一个人也没事干,稍微刷了下历史消息,总结: 最近新手太多 问题绝大多数为新手问题,而且他们基本没看过《生信札记》推文 总的来说,绝大多数 TBtools 功能,我实现之后 举个例子 问,为什么我用 TBtools 计算 KaKs,有不少值是NaN答,翻公众号历史推文.... 多少找找,可以找到 当然,这个回答是对的。但是多少略显麻烦。至少“怎么翻”,可能是个问题。 我的有趣想法 对于这类实现简单,但是想法有趣的经历,在TBtools开发上,我有过至少三次: 插件实现模式 - 目前不少人在用的 TBtools-Plugins,在此基础上,也才有现在的 RNAseq “功能检索”的功能,没错,就在 TBtools 主界面的右上角,有个放大标签,输入某个字符串,比如 Heatmap,就会有下滑功能菜单项,可以点击直接进入,不用翻菜单。 于是,现在新的这个是第四个。

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    绘图工具?你应该有‘掰弯’的能力

    写在写在前面的前面写推文,我从来就不是纯粹地炫技,因为一旦有了TBtools,所有人都能轻易掌握并做得出来我推出来的所有图。 部分TBtools掰弯的图形展示首先是类似使用Circos绘制的某个图片,这个图片跟我之前参与发表的一个菠萝WRKY基因家族文章中的图片很像。 ?然后我有优化了下?使用起来也很简单? 既然JIGplot的Polar功能实现了,那么就可以把所有TBtools下,不少相关的图片都玩一边。 那么TBtools的进化树就可以自由的Polar了?? 其实还有只要是TBtools,JIGplot出图,现在都可以掰弯了。。。而且是,可以从四面八方掰弯,左边右边上边下边。

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