开放并完成 TBtools 插件模式，用户通过 Install Plugin 安装 软件分发相对低效，于是我开发 TBtools 插件商店，Plugin Store 尽管有插件商店，但依赖于我个人的小服务器...Plugin 模式，让所有人都能在 TBtools 中分发自己撰写的 R 语言脚本，简单的配置文件编写，TBtools 即可自动辅助打包成界面化工具，插件使用人员不需要了解甚至知道 R 语言。...，我更进一步，开发的 R 脚本加密模式，当然，这个后面没有真正用起来 终于，我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户，而他们常常会遇到一个问题，那就是 TBtools 的 R 插件本身是...这两日，看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin，多少觉得不能辜负大伙的努力和付出。有必要完成原本的设想：让 TBtools R Plugin 没有安装失败的可能。...如果是高速插件商店安装，那么需要重启一下 TBtools。
本期讲解的是TBtools序列工具中的Fasta序列提取及过滤。进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。
插件模式 开放到现在，也是一年有余，期间我还是做了一些工作： 开放并完成 TBtools 插件模式，用户通过 Install Plugin 安装 软件分发相对低效，于是我开发 TBtools 插件商店，...，所有人都能来做一些贡献，我想过很多很多方案，最终测试了下 R Plugin 模式，让所有人都能在 TBtools 中分发自己撰写的 R 语言脚本，简单的配置文件编写，TBtools 即可自动辅助打包成界面化工具...，我更进一步，开发的 R 脚本加密模式，当然，这个后面没有真正用起来 终于，我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户，而他们常常会遇到一个问题，那就是 TBtools 的 R 插件本身是...这两日，看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin，多少觉得不能辜负大伙的努力和付出。有必要完成原本的设想：让 TBtools R Plugin 没有安装失败的可能。...如果是高速插件商店安装，那么需要重启一下 TBtools。
TBtools如何获得与安装？ 大约是四年前，我开始学Java并开始TBtools的开发。...所有对TBtools感兴趣的用户，均可以加入TBtools使用交流群（群号：562721348），下载到最新公开版本的TBtools。 ?...TBtools的主界面 TBtools的主界面主要分为两大块，菜单栏和功能界面。初始界面为About TBtools，主面板为随机出现的内置英文谚语。...当然，TBtools也有，我自认为TBtools的操作会简便很多，相比于其他工具。 ? 对于Blast比对结果，TBtools也支持多种可视化模式，如 ?...将其应用于TBtools中，我们获得目前多数TBtools的数据可视化功能。 比如Venn图，或者其升级版UpsetPlot ? 如上图，TBtools也有常见的热图工具 ?
本期讲解的是TBtools序列工具中的Fasta序列信息统计及序列操作，包括Fasta Stats和Sequence Manipulate两部分。...进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。
写在前面： 非常感谢CJ开发出如此强大的TBtools工具，作者详细讲解了基因家族的分析过程和意义，课程购买地址，讲的很棒，可以试听。...一共分为4个部分 TBtools基因家族分析详细教程(1) TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析 TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析1 TBtools...加深理解分子生物学和生物信息学 掌握部分TBtools工具的使用，加速生信下游数据分析 绘制漂亮的图片 Introduction 基因是染色体上一段可以发生转录的区域（内含子外显子启动子）...（区分基因结构注释与基因功能注释） 获取途径 基因组文章中对应的链接 常见的数据库Ensemble植物,动物,Phytozome NCBI 其他途径 ---- 1.1蛋白序列结合的整理与提取（TBtools...用TBtools把xml格式转化为table格式 ? image.png 按Query_def删除重复项，保留的都是第一个hit，也就是最匹配的hit。
本次介绍的是TBtools序列工具中的获取Fasta文件中的基因代表序列以及基因序列模式定位。...进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。
使用方法 python extract_CDS_from_gb.py input.gb output.fasta 第二步：使用diamond将叶绿体的蛋白编码基因与swissprot数据库比对，获得TBtools...Diamond/diamond blastx --db uniprot_sprot -q output.fasta -o cp_Protein_coding.xml --outfmt 5 第三步：使用TBtools...这里推荐一个下载器 https://motrix.app/ 界面非常干净清爽 go-basic.obo cp_Protein_coding.xml 第一步获得文件 cp_Protein_coding.xml.TBtools.GOAnno.xls...第二步获得文件 Bhagwa_gene2Go.txt.Level3.count.xls TBtools做GO注释如何具体操作大家可以关注TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程。...这样GO注释就做好了，TBtools也会对应有可视化工具，这里我选择使用R语言的ggplot2进行展示 library(ggplot2) df<-read.csv("Bhagwa_cp_protein_coding.csv
经过搜索找到了非常方便的工具是tbtools 参考推文 TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片 ?...这里遇到一个问题是不是从小到大依次排列下来的，这个可以后续改 也可以先把自己的gtf文件里的顺序更改一下，使用到的工具是 Tbtools里的 GXF Fix 这里参考 完美 | GXF Fix 修复 /
①reads：就是我们测序产生的短读序列，通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间，二代的相对较短，平均是几十到几百bp。
很明显，TBtools就是这样一个体现。而他的开发，却被一部分人误解（我其实甚至不知道误解我个人出发点的那部分人是否有自己对生物信息的认知）。...TBtools的存在，名义上是为了湿实验工作者开发，实际上则是为了在是实验室工作的干实验工作者开发。每一个课题组，每个人都有擅长的事情；通力合作，各取所长，才是整体前行的最大助力。...于是，我小修了MEME和MAST的源码，并编译，随后打包到了TBtools。 于是，所有人都可以自己跑了，即是你在windows下。...；如果是windows用户，直接TBtools.exe安装器安装即可 使用的示例数据输入为拟南芥的126个MYB蛋白（注意，核酸序列也可以），运行时间大体是2min，序列越多，时间则指数型增长。...50，得到输出文件如下 [ua3ooabd3k.png] 其中meme.txt文件，直接用文本编辑器打开，即可看到类似MEME suite网页版运行结果的纯文字版本； 而meme.xml文件可以直接用于TBtools
就我个人而言， 约莫有一周了，那天我洗澡的时候突发奇想，TBtools界面版这么130+个功能，是不是干脆实现一个搜索框，方便快速打开某个指定功能？。...TBtools的功能搜索姿势 虽然我自认为，这个功能无需演示。...但为了方便其他人复制或学习 TBtools 的种种特性，还是写详细一点，这样他们即使不打开TBtools，也可以看推文来 Copy and Paste。...首先，更新你的 TBtools 到最新版本，随后打开 TBtools。 ? 可以发现，相比于以前的版本，在右上角有一个明显的搜索框。注意，放大镜图标我是直接从代码画两个圆再画几根线组成的，略丑萌。...甚至，你不知道 TBtools 是否有某个功能，你可以这样操作， ? 写在最后 每个人都会有很多想法，或聪明或愚蠢。 不要有所求，就不会受束缚。
TBtools 中多种热图可视化方式 TBtools中，我们提供过数种热图的展示方式， 第一种，常规的热图，适用于 少基因X少样品 的数据 这种热图，四四方方，其实在TBtools里面，可以有不少变化，...目前市面上，我自认为暂时就TBtools一个工具，也是第一个，是以热图工具为中心开发的环形热图，如果说之前已经有，那么那些都是以进化树注释为中心开发的。...进化树注释功能，TBtools也有，对应的也有简单版本的热图Track【注：功能明显有限】。如果说，还有其他工具可以做了，那么他们都只是追随者。...于是，TBtools又增加了一个功能。 打开之后，可以看到，只有两个输入： 1. 基因表达矩阵，这个比较简单，跟其他热图完全一样 2. 样品分组信息，这个说起来复杂，其实也简单。...突然想起来，TBtools 的 Logo，其实就像一个热图。 既然有了CubicHeatMap, 那么我们完全可以做一组数据，就画 TBtools 的 Logo ?
基本没维护 TBtools 用户社群。好在老铁群管以及热心社群成员的无私付出，勉强应付得了林林总总的成员使用问题。...当然，前几天去跑去学校西园吃饭的时候，一个人也没事干，稍微刷了下历史消息，总结： 最近新手太多 问题绝大多数为新手问题，而且他们基本没看过《生信札记》推文 总的来说，绝大多数 TBtools 功能，我实现之后...举个例子 问，为什么我用 TBtools 计算 KaKs，有不少值是NaN 答，翻公众号历史推文.... 多少找找，可以找到 [1240] 当然，这个回答是对的。但是多少略显麻烦。...我的有趣想法 对于这类实现简单，但是想法有趣的经历，在TBtools开发上，我有过至少三次： 插件实现模式 - 目前不少人在用的 TBtools-Plugins，在此基础上，也才有现在的 RNAseq...“功能检索”的功能，没错，就在 TBtools 主界面的右上角，有个放大标签，输入某个字符串，比如 Heatmap，就会有下滑功能菜单项，可以点击直接进入，不用翻菜单。 于是，现在新的这个是第四个。
如果你有这方面的困扰，那么本期讲解的TBtools序列工具中的基因序列ID处理工具，相信一定会对你有所帮助。ID处理工具共包括ID Simplify、ID Rename和ID Prefix三部分。...进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。
功能界面介绍 TBtools 这个子工具的功能，比较稳健和丰富。可以先看看界面的主要组成。...TBtools 会使用这个基因 ID 列表，自动提取MEME，Domain，尤其是gff3/gtf 文件中的基因结构信息。用于展示。...但对于 TBtools 用户来说，准备这个文件，只是**画蛇添足**。TBtools 直接支持物种基因结构注释信息全集！...**BioSequences**，这个更为灵活，只要用户了解TBtools的生物序列可视化功能，就知道如何准备这个文件。...**，相应的， TBtools 需要用户至少给 ID 列表，或者进化树。
写在写在前面的前面 写推文，我从来就不是纯粹地炫技，因为一旦有了TBtools，所有人都能轻易掌握并做得出来我推出来的所有图。...部分TBtools掰弯的图形展示 首先是类似使用Circos绘制的某个图片，这个图片跟我之前参与发表的一个菠萝WRKY基因家族文章中的图片很像。 ? 然后我有优化了下 ? 使用起来也很简单 ?...既然JIGplot的Polar功能实现了，那么就可以把所有TBtools下，不少相关的图片都玩一边。...那么TBtools的进化树就可以自由的Polar了 ? ?...其实还有只要是TBtools，JIGplot出图，现在都可以掰弯了。。。 而且是，可以从四面八方掰弯，左边右边上边下边。
主要动机简单，TBtools “黑转粉” 的人不多。而其中就有一个老铁直接找我聊过。说实话，我还是比较感动。毕竟愿意花时间去认识其他人的人，确实不多。而后来，这位老铁的不少建议，我都是接受的。...这个功能是 TBtools 早期功能之一，估摸至少也是四五年前。写出来之后，我自己几乎是没用过的。不过一些育种方向或者进化方向的老师倒是不是有跟我提到这个功能好用，甚至包括我本科班主任老师。...[1240] 看看输出文件 [1240] TBtools支持批量拖拽输入，所以这一切，实在太简单。 Fasta Split 进行序列文件分割 分割功能，说实话，TBtools 有点厉害。...那么 TBtools 会尽量按照这个数目去分割。 平均分割成指定数目个文件 [1240] 按照文件最大大小分割文件 很多时候，序列长度变化是巨大的。
我们这里有三个样品，直接使用 TBtools 的 ColorPicker 获取颜色。 [1240] 如果不知道怎么使用，请参考以前的推文。注意：强烈建议直接取 PPT 中元件的颜色。...在本科生面前翻车，用的是我自己写的工具 TBtools 。尴尬~~~ 但是，作为讲课老师，我肯定不会骗自己学生的。我说可以，那就是可以。如果不可以，那我就让他变得可以。...于是，现在 TBtools 就几乎完美支持 PPT 输出的 SVG。作为老师，我不会骗大伙。如果现在是，那么以后一定不是。...写在最后 TBtools 有一定量的用户之前，其实大多数功能，在市面上几乎找不到同类GUI工具，这也是我开发 TBtools 的最初动机之一。...据我所知，有三个工具的这要开发者，以前都是 TBtools 的用户。估计是我小时候不懂事，总是清理人，于是把各位整不开心了，所以他们就自己搞了。但也更可能是其他原因。这个无从知晓。
本次介绍的是TBtools序列工具中的Fasta格式与Table格式相互转化以及Fasta文件的拆分与合并。...进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。...GCTGCTGAGCTTGATGATCCATTGTTACCATTATTTCCTCC GAAGATGCACCTGAGGCTGCTGCGGCTGATGATGCTGCTG 操作步骤：如下图，可以选择以文件形式输出，或者点击图中黄色框中的[Output TextArea]直接输出在TBtools...TTTCCTCCGTTGTTATCGCTTCCGTTTGAAGATGCACCTGAGCTGCTGAGCTTGATGATCCATTGTTACCATTATTTCCTCCGAAGATGCACCTGAGGCTGCTGCGGCTGATGATGCTGCTGA Tips：如果我们想把Table格式换成Fasta格式，只需要将TBtools
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