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科研若要酷,就TBtools!(收藏贴)

所有对TBtools感兴趣户,均可以加入TBtools使交流群(群号:562721348),下载到最新公开版本TBtools。? 下是多个按钮,点击Version可查看当前版本是否为最新版TBtools;点击Citation可查看如何引TBtools(基于scholar google,虽然我们并未发表,2019年一年~100 相比于其他热图工具,或许TBtools这一工具有趣在于,他可以从某一程度上支持,聚类分支交换,如下?格子热图,总是常见,或许也是最不直观。 当然,早前,我写过NG86计算序列之间dnds或者说kaks,可非常高效地完事数万个基因对之间kaks计算,?游戏工作间隙,我们也需要一些休息。 Debug Dialog可供户查看软件运行过程中产生一些警告或报错信息,便交流使问题。

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TBtools R Plugin 安装

,我想过很多很多案,最终测试了下 R Plugin 模式,让所有人都能在 TBtools 中分发自己撰写 R 语言脚本,简单配置文件编写,TBtools 即可自动辅助打包成界面化工具,插件使人员不需要了解甚至知道 ,我更进一步,开发 R 脚本加密模式,当然,这个后面没有真正起来终于,我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 户,而他们常常会遇到一个问题,那就是 TBtools R 插件本身是 户在第一次使时,需要等到脚本自动处理好依赖包下载。带来问题就是.... 网络问题常常导致 R 包安装失败安装失败,自然就不了。这不是我们所期望,但确实我们无奈。 解决办不是没有,只是稍显麻烦。我早前已经摸索出一些式,但一直没时间整理。这两日,看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin,多少觉得不能辜负大伙努力和付出。 安装完成后,从插件菜单打开该插件即可使 R 插件安装助手比如我们要进行基因差异表达分析,使这一插件(可以是安装前,也可以是安装后)当你第一次使失败时(当然你可以不管,直接去安装下面 MetaPluginR

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    TBtools | 又是不眠夜,我实现了一个“伟大”。~

    这一期间,即使你有想或者有什么创意,你应是不再会想着去尝试或者实现,任何跟主题无关事情在重要关头不值一提。实现了又有何?主要矛盾是deadline。个中体会只有明白人才会懂。 就我个人而言,约莫有一周了,那天我洗澡时候突发奇想,TBtools界面版这么130+个功能,是不是干脆实现一个搜索框,便快速打开某个指定功能?。 这个解决办,其实随处可见,比如操作系统文件检索,搜索引擎网页检索,那么TBtools不也可以搞个功能检索?我之前为什么没想到?都没时间想,怎么会想到? 但为了便其他人复制或学习 TBtools 种种特性,还是写详细一点,这样他们即使不打开TBtools,也可以看推文来 Copy and Paste。 于是,以前打开式?现在打开式?是,实时出结果。甚至,你不知道 TBtools 是否有某个功能,你可以这样操作,?写在最后每个人都会有很多想,或聪明或愚蠢。不要有所求,就不会受束缚。

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    你应该有‘掰弯’能力

    在这个等待过程中,我突然有种萌生了掰弯一切。有时候,可能由于指教坐标系确实放不下,太多图形,所以我们会想到把图片掰弯了来展示,如Circos。既然想了,我就做了。 部分TBtools掰弯图形展示首先是类似使Circos绘制某个图片,这个图片跟我之前参与发表一个菠萝WRKY基因家族文章中图片很像。 ?然后我有优化了下?使起来也很简单? 基本上,我开放每一个工具,都力求所有人都能或者会,只要你稍微看下输入文件格式;就会发现,这些文件也极其容易准备(尤其是有了TBtools) 好,其实看起来像Circos图,他本身只是一个笛卡尔坐标系下图形转为极坐标下图形 恩,从右边旋转,文本标签似乎还没有应上去(忘记了...)最后,我们还可以掰弯一个东西??其实还有只要是TBtools,JIGplot出图,现在都可以掰弯了。。。 而且是,可以从四面八掰弯,左边右边上边下边。

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    使TBtools对叶绿体蛋白编码基因进行GO注释

    gene_Sequence with open(output_file,w) as fw: for a,b in protein_coding.items(): fw.write(>%sn%sn%(a,b)) 使 python extract_CDS_from_gb.py input.gb output.fasta第二步:使diamond将叶绿体蛋白编码基因与swissprot数据库比对,获得TBtools ,我是核苷酸序列,使blastx~mingyanBioinformatics_toolsDiamonddiamond blastx --db uniprot_sprot -q output.fasta -o cp_Protein_coding.xml --outfmt 5 第三步:使TBtools进行GO注释需要准备文件idmapping.tb.gz 文件比较大 这里推荐一个下载器 https: 这样GO注释就做好了,TBtools也会对应有可视化工具,这里我选择使R语言ggplot2进行展示library(ggplot2)df

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    Help | 我又有一个有趣

    基本没维护 TBtools 户社群。好在老铁群管以及热心社群成员无私付出,勉强应付得了林林总总成员使问题。 ,多少是会写一个使示例,然后推出来。 同时,对于一些常见使问题,甚至结果解读,也会稍稍提及。对于户来说,遇到问题,或许第一步就是翻翻《生信札记》推文。 我有趣想 对于这类实现简单,但是想有趣经历,在TBtools开发上,我有过至少三次: 插件实现模式 - 目前不少人在 TBtools-Plugins,在此基础上,也才有现在 RNAseq Help 按钮 先看看效果,首先,我们已经打开了 KaKs 计算功能: 如果你不知道怎么使,或者你使时候遇到问题,那么一定要尝试点击【!Help】摁钮,我已经做得足够明显了。

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    CubicHeatMap - 重磅推出 - 魔热图 - 伪三维

    Emmm, 今天主图,写在前面博士毕业论文中,使样品包括:不同类型 或者说不同组织不同时间 或者说时间序列所以,是一个多X多设计。 对于这类实验设计所产生数据,往往会有较高分析难度。在分析上,现在多数人直接使是共表达网络分析,最常莫过于 WGCNA 。 TBtools 中多种热图可视化TBtools中,我们提供过数种热图展示式,第一种,常规热图,适于 少基因X少样品 数据这种热图,四四,其实在TBtools里面,可以有不少变化,比如不要颜色对应数值 ,直接大小来对应数值当然还有其他,比如三角形,或者前述我们推送过对角线热图热图组合式。 如何使 CubicHeatMap 虽然是顺手写,不过还是打成GUI,便自己后续使【毕竟Java码不是R码,随取随 】。于是,TBtools又增加了一个功能。

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    简明教程 | PPT 做卡通热图 - eFP Graph?!

    下述,我 PPT 给大伙演示,如果做出来可重复使优雅卡通热图。注意,似乎版本 2016 或者更高级版本才行。 我们这里有三个样品,直接使 TBtools ColorPicker 获取颜色。 如果不知道怎么使,请参考以前推文。注意:强烈建议直接取 PPT 中元件颜色。 另外,逗号请保留为原始外文逗号。当然,R,G,B代码也可以使其他取色器工具获得。 最后,我们准备一个简单表达矩阵。 因为 SVG 解析代码,我是自己从零码,而没有已有三库。他们都没办帮我直接转换 SVG 对象为我 JIGplot 对象。我就是转换成 JIGplot 对象,这样我可以做各种各样优化。 写在最后 TBtools 有一定量户之前,其实大多数功能,在市面上几乎找不到同类GUI工具,这也是我开发 TBtools 最初动机之一。

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    TBtools | 多图合一至强版教程!进化树+Motifs+结构域+启动子+基因结构+....

    工作以后,能静下心来写点文字时间,越来越少。正是假期,我已然预见明天之后便是忙碌一个月。为此,享受这最后一天。相对系统总结一份教程,希望能减少一部分使问题,也让一些朋友能够更好使工具。 TBtools使这个基因 ID 列表,自动提取MEME,Domain,尤其是gff3gtf 文件中基因结构信息。于展示。 **GFF3GTF文件 - 基因结构注释信息**,此处是 TBtools 最有趣户当然可以提供只包含某些基因文件,比如某个家族所有成员基因结构信息。 Result**,为了便户做一些可视化,这个摁钮是去年顺手加上去,因为我发现不少人就是想要直接放CDD预测结果(而且是单独一栏,不映射到基因结构上)。 以前肯定有人写过使起来便。当然,还是那样,可能户希望是跟进化树放在一起...可视化顺式作元件(启动子)信息顺式作元件预测,目前已经有不少推文可以看到了。

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    Fasta序列文件合并与分割,支持.seq等无头序列

    相关功能,我并不写使说明冲动,一者是这些功能至少是四五年前就有,二者是这些功能其实比较简单,但也并不常。然而,现在我还是决定写一篇。主要动机简单,TBtools “黑转粉” 人不多。 Fasta Merge and Split 序列合并和分割。这个功能是 TBtools 早期功能之一,估摸至少也是四五年前。写出来之后,我自己几乎是没。 不过一些育种向或者进化老师倒是不是有跟我提到这个功能好,甚至包括我本科班主任老师。 打开这个功能比较简单, 功能界面如下 从界面看得出来,左边就是合并,右边就是分割。 看看输出文件 TBtools支持批量拖拽输入,所以这一切,实在太简单。 Fasta Split 进行序列文件分割 分割功能,说实话,TBtools 有点厉害。我们使刚才合并那个文件。 我们希望分隔后文件按照最终大小分割,便如网页上传等。 可以看到,完美。当然,这个时候,我们不打开序列文件,是不知道其中到底有多少个序列

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    TBtools基因家族分析详细教程(1)

    加深理解分子生物学和生物信息学 掌握部分TBtools工具使,加速生信下游数据分析 绘制漂亮图片 Introduction 基因是染色体上一段可以发生转录区域(内含子外显子启动子) 转录本才是基因研究实体 motif模式从进化水平分析domain从进化水平分析基因结构变化合并分析以上三面基因-共线性定义与常见算原理物种内共线性分析基因家族成员来源分析不同物种之间共线性分析共线性分析结果可视化- 蛋白序列结合整理与提取(TBtools)1.1.1使GtfGff3 sequence extractor,基于基因结构注释信息,从基因组中提取出所有基因CDS序列 ? image.png1.1.2使CDS to protein Translator将所有CDS翻译为蛋白序列 ??image.pngfasta文件每个名称后面有+号,简化? 下面再extract上述42个IDprotein sequencefasta数据接下来去NCBI blastp ?image.png?TBtools把xml格式转化为table格式?

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    使Tbtools根据gtf文件统计基因密度

    做长链非编码RNA(lncRNA)数据分析,有一个部分是比较mRNA和lncRNA在染色上分布密度,做完Hisat2——stringtie流程能够分别拿到mRNA和lncRNAgtf格式注释文件, 那如何根据这两个文件按指定步长计算基因密度呢? 经过搜索找到了非常便工具是tbtools参考推文 TBtools | 全基因组 - 基因密度统计,充实你图片? 1 是输入gtf文件2 是步长3 Defined Feature Tag 这个是什么意思暂时没有搞明白 默认是Guess,如果采默认我这边会遇到报错,改成exon就可以了输出文件路径最终部分结果 这里遇到一个问题是不是从小到大依次排列下来,这个可以后续改也可以先把自己gtf文件里顺序更改一下,使工具是 Tbtools GXF Fix这里参考 完美 | GXF Fix 修复 优化基因结构注释信息文件

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    TBtools | Fasta格式与Table格式相互转化、Fasta文件拆分合并

    本次介绍TBtools序列工具中Fasta格式与Table格式相互转化以及Fasta文件拆分与合并。 进入TBtools界面,点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到(如下图)。 TBtools中。 中转换式调成即可。 具体步骤:值得注意是,下图拆分模式有三种,这里简单介绍一下。①Record Per file:拆分后每个文件中含有序列数按照上设置数来拆分。

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    插件 | 蛋白序列集合功能注释快速完成 - Quick Protein Anno

    一般而言,我们会使BLAST软件,比对到一些数据库,然后整理整理。 要加速这个过程,其实只需要做两个事情: 数据库本地化,因为网页总归是慢一些,尤其是网站主机在国外,比如NCBI 使比BLAST更快软件,如ghostz或者diamond等 对于TBtools户来说 ,则可以直接使今天介绍插件。 一面我不希望 TBtools于商业活动却反噬我自己;另一面我也不想自己再折腾相关事务。最好就是,直接授权出去,让公司去跟一些行为不妥公司或者团队折腾。而我专心做我自己想做事情就行。 对于户来说,并无区别。至少过去大半年了,也没见户因此困扰。TBtools也没有限制核心功能时候使,甚至还变得更完善和稳健。 还是小时候说“不革自己命,就等着被别人革”。

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    毫秒级浏览超大文件(Gb级)- 天下武功,唯快不破

    使 TBtools 朋友应该会有体会,不少工具,拖拽并放置输入文件,TBtools 会自动弹出文本预览窗口...这个预览窗口几乎是毫秒级弹出,无论文件多大,比如几百Gb。 BigTablePreview使事实上,这个功能跟 BigTextPreview 类似,只是以表格式来展示。 于是,使 TBtools 做简单预览,就显得便。 当然了,这个一样支持.gz压缩文件...具体就不做演示。 比如,几十Mb或者几十Gb文件,就是手痒,想随便翻翻。这个时候,常见文本编辑器可能确实无满足你需求。 受益不只是需求,也包括我自己。

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    贴心 | GXF Fix 修复 优化基因结构注释信息文件 - GTFGFF3

    对于绝大多数要使这些公共资源研究人员而言,有了这两个文件就足够了。但想象总是美好,现实却常常骨感。 如果规范化一个GFF3文件,补充对应信息,使得该文件能够尽可能适应各类下游数据分析,更或者便进一步分析使。 :当然,还有很多比较坑爹情况 所有这些,都可能影响下游分析。如果有一个便快捷功能就好了。 使示例之三 - 香蕉 香蕉基因结构注释质量有待提升,不过具体内容上都还可以。 内容对比如下 整体行数变化较多,毕竟 UTR 还是有不少。 使示例之三 - 粗糙注释 有一些注释信息文件,还是比较粗糙。比如缺少 gene,甚至 mRNA feature都没有。

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    TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员基本分析

    包括 基因成员序列特征分析(分子量等电点等)基于motif分析成员序列保守特征与可视化(蛋白与核酸,可于挖掘未知,尤其是核酸水平-非编码水平保守)基于domain分析成员结构域保守型与可视化( 往往已知)基因结构分析(包括内含子模式)基因染色体分布情况可视化新建个文件夹命名基础分析1 打开下列网址http:web.expasy.orgcompute_pi tbtools转换格式?? image.png打开TBtools?image.png?image.png也可以?image.png? image.pngdomain不怎好看,可以修改hit文件 缺失序列补回来另外,可以下面式手动修改更好展示4 基因结构分析(包含内含子,UTR)TBtools?image.png? image.png关注不同,分析不同,形成思考和可能结论

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    GO富集分析可视化:R语言GOplot包——准备自己数据

    GO注释和富集分析GO注释和富集分析使TBtools完成,具体步骤可以参考TBtools作者在腾讯课堂开设一系列视频课程本文使数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释,然后挑部分基因做富集分析, 挑选基因是rpoC1rpoBrpoArpoC2atpIatpFatpEatpHatpBatpAaccDrbcLrpl22rpl23rpl20rps8rps7rps16rps15rps14rps18 做完富集分析得到文件 GOenrichmentOutput.txt..GO.Enrichment.final.xls根据GOplot包示例数据挑选出其中5列Class GO_Name GO_ID GenesOfSelectedSetInGOterm corrected p-value(BH method) 作为数据集1数据集2包括ID,logFC,AveExpr,t,P.Value,adj.P.Val,B 数据集2列变量应该都是转录组数据分析结果比如 logFC应该是倍数变化Fold change 然后取logAveExpr应该是平均表达量等然后模仿帮助文档例子构造数据集help(package=GOplot)library(GOplot)data

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    windows下直接跑MEME suite?对!任何人都可以。

    在大多数情况下,我们会使它从批量数据中鉴定出某些保守motif,比如Chip-seq;当然,我们也会使某个特定motif,去海量序列中,查找可能包含该motif序列,比如转录因子结合位点或特定元件 一些思考 无论生物信息学怎么发展,但是生物(或者美其名曰,生物信息)数据分析,总是可以有相对简单地式去完成一些相对简单。我一直对外推荐,新手python,然而我还是在perl。 而我还在perl,是因为我喜欢我所理解和接受perl设计理念。 使简单事情,可以非常便地完成;而对于复杂事情,努力一下,也可以完成。 我最喜欢是前半句。 suite网页版运行结果纯文字版本; 而meme.xml文件可以直接TBtools做可视化 同时,也会得到3个motifs对应SeqLogo信息 使矢量图编辑器打开即可 MAST使是类似 我们可以直接上述使meme.xml文件作为输入。这里我们使原来蛋白序列集合作为输入。

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