python extract_CDS_from_gb.py input.gb output.fasta
Emmm，最近，说实话，确实是忙。基本没维护 TBtools 用户社群。好在老铁群管以及热心社群成员的无私付出，勉强应付得了林林总总的成员使用问题。
我隐约记得我写过类似主题，但也并不确定。相关功能，我并不写使用说明的冲动，一者是这些功能至少是四五年前就有的，二者是这些功能其实比较简单，但也并不常用。然而，现在我还是决定写一篇。主要动机简单，TBtools “黑转粉” 的人不多。而其中就有一个老铁直接找我聊过。说实话，我还是比较感动。毕竟愿意花时间去认识其他人的人，确实不多。而后来，这位老铁的不少建议，我都是接受的。其中有很多好建议，尽管我都放在todo list。但既然这次的需求简单，我觉得我有必要做个回应。
用我人生中第一张学术墙报开篇。一年前的这张墙报不能展示出当前TBtools的成长状态，但整体感觉还是可以不错（虽然没有获得任何奖项，毕竟参与会议的其他墙报都过分优秀。或许有一天，我们能做出更好的墙报）。
一共分为4个部分 TBtools基因家族分析详细教程(1) TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析 TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析1 TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2
很久很久以前，我期望通过 插件模式 让 TBtools 成为更多老师在生信数据分析中的得力助手。 插件模式
终于，我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户，而他们常常会遇到一个问题，那就是 TBtools 的 R 插件本身是 R 脚本，而每一个
这种热图，四四方方，其实在TBtools里面，可以有不少变化，比如不要用颜色对应数值，直接用圈的大小来对应数值
两个小时过去，评论和点赞过百。目瞪口呆，多数人还是清醒的。 毕竟这是事实。项目压力使得你无力顾他，一心只为完成指标，比如提交结题报告。这一期间，即使你有想法或者有什么创意，你应是不再会想着去尝试或者实现，任何跟主题无关的事情在重要关头不值一提。实现了又有何用？主要矛盾是deadline。个中体会只有明白人才会懂。所以，我们常常可以看到，大多数有趣的东西，往往是别人的业余所为。 扯远了，回到主题。 就我个人而言， 约莫有一周了，那天我洗澡的时候突发奇想，TBtools界面版这么130+个功能，是不是干脆实现一个搜索框，方便快速打开某个指定功能？。这个解决办法，其实随处可见，比如操作系统的文件检索，搜索引擎的网页检索，那么TBtools不也可以搞个功能检索？我之前为什么没想到？
写推文，我从来就不是纯粹地炫技，因为一旦有了TBtools，所有人都能轻易掌握并做得出来我推出来的所有图。
“Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的主要动机，还是发现师弟师妹在做的事情实在是太费时间精力。就这样，四五年过去了。直到现在，我仍然没搞懂，这个功能是怎么被大伙用起来的。我甚至没有花过时间，专门为这个功能写教程。网络上已有的教程，均是用户们自发总结，确实已经讲解得足够清晰明白。多少，我有时看到还是有点感动，毕竟这些事情也可以说是软件开发的一部分。太懒，仍然是我的问题。工作以后，能静下心来写点文字的时间，越来越少。正是假期，我已然预见明天之后便是忙碌的一个月。为此，享受这最后一天。相对系统的总结一份教程，希望能减少一部分用户使用问题，也让一些朋友能够更好的使用工具。
不少人应该知道，在生物模式，通路，调控机制上，PPT 已然是常规工具之一。类似的，那么画卡通热图，PPT一样靠谱。我们知道，Adobe Illustrator 和 CorelDraw 都是收费的。而很多人并不乐意花钱买，另外就是学习难度也不低。但是呢，PPT 就不一样。只要买的是品牌电脑，尤其是笔记本或者上网本，那么都会自带正版的windows操作系统或者是 Office。换句话说，我们几乎每个人都有正版的 PPT。下述，我用 PPT 给大伙演示，如果做出来可重复使用的优雅的卡通热图。注意，似乎版本 2016 或者更高级的版本才行。
一般而言，我们会使用BLAST软件，比对到一些数据库，然后整理整理。不过这个过程还是相对较慢。快，估计是所有人都在追求的。要加速这个过程，其实只需要做两个事情：
Motif，模式，pattern，如下。我个人理解为：一组具有类似特征的序列。而在分子序列中，那么就是具有类似分子(如碱基或氨基酸）的序列。
也可以先把自己的gtf文件里的顺序更改一下，使用到的工具是 Tbtools里的 GXF Fix
本次介绍的是TBtools序列工具中的Fasta格式与Table格式相互转化以及Fasta文件的拆分与合并。进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi
人性！在我们开展生物信息数据分析的过程中，总是有一些咋看起来奇怪，但事实上却合情合理的需求，比如本文主题，打开文件，看看里面都是啥？。一般这种需求的产生有两种原因：
目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件等，也可公开下载。
本杂志开源（GitHub: ShixiangWang/weekly[1]），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。
先得到串联重复序列的link文件 上面得到的.tandem文件用excel打开并进行分列，另存为txt文件
GO注释和富集分析使用TBtools完成，具体步骤可以参考TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程
FancyHeatmap，是我给TBtools中“卡通式热图”命的名字。前述，在公众号上，我已经推出了这个功能相关的新手教程。在后续，我也发现有不少人已经应用：
本期讲解的是TBtools序列工具中的Fasta序列提取及过滤。进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。
本期讲解的是TBtools序列工具中的Fasta序列信息统计及序列操作，包括Fasta Stats和Sequence Manipulate两部分。
本次介绍的是TBtools序列工具中的获取Fasta文件中的基因代表序列以及基因序列模式定位。进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。
在数据可视化的时候，对于两个分类或者多个数据集来进行交集和并集可视化经常要用到韦恩图(Venn)来进行展示。对于韦恩图可视化，网上还是有很多相关的工具的。但是韦恩图绘制工具的，图形调整度没那么自由，进而就导致绘制的图形比较难看。所以今天就来推荐一个在线绘制韦恩图的工具。
第一阶段：Java面向对象编程 1.Java基本数据类型与表达式，分支循环。 2.String和StringBuffer的使用、正则表达式。 3.面向对象的抽象，封装，继承，多态，类与对象，对象初始化和回收；构造函数、this关键字、方法和方法的参数传递过程、static关键字、内部类，Java的垃极回收机制，Javadoc介绍。 4.对象实例化过程、方法的覆盖、final关键字、抽象类、接口、继承的优点和缺点剖析；对象的多态性：子类和父类之间的转换、抽象类和接口在多态中的应用、多态带来的好处。 5.Java异常处理，异常的机制原理。 6.常用的设计模式：Singleton、Template、Strategy模式。 7.JavaAPI介绍：种基本数据类型包装类，System和Runtime类，Date和DateFomat类等。 8.Java集合介绍：Collection、Set、List、ArrayList、Vector、LinkedList、Hashset、TreeSet、Map、HashMap、TreeMap、Iterator、Enumeration等常用集合类API。 9.Java I/O输入输出流：File和FileRandomAccess类，字节流InputStream和OutputStream，字符流Reader和Writer，以及相应实现类，IO性能分析，字节和字符的转化流，包装流的概念，以及常用包装类，计算机编码。 10.Java高级特性：反射、代理和泛型。 11.多线程原理：如何在程序中创建多线程(Thread、Runnable)，线程安全问题，线程的同步，线程之间的通讯、死锁。 12.Socket网络编程。
1.Java基本数据类型与表达式，分支循环。 2.String和StringBuffer的使用、正则表达式。 3.面向对象的抽象，封装，继承，多态，类与对象，对象初始化和回收；构造函数、this关键字、方法和方法的参数传递过程、static关键字、内部类，
列出当前目录下的文件以及文件夹，类似于UNIX/Linux 中的ls， 但是hadoop 中没有ll方法。 使用方法：
typecho以轻量著称，不足500k的安装包却满足了百分之九十以上的博客需求，但是还有很多的不足，不足的地方就只能用插件来弥补了！这里做一个插件合集方便大家查阅！
adodb.stream对象的方法/属性 Cancel 方法 使用方法如下 Object.Cancel 说明：取消执行挂起的异步 Execute 或 Open 方法的调用。 Close 方法 使用方法如下 Object.Close ：关闭对像 CopyTo 方法 使用方法如下 Object.CopyTo(destStream,[CharNumber]) 说明：将对像的数据复制，destStream指向要复制的对像，CharNumber为可选参数，指要复制的字节数，不选为全部复制。 Flush 方法 使用方法如下 Object.Flush 说明： LoadFromFile 方法 使用方法如下 Object.LoadFromFile(FileName) 说明:将FileName指定的文件装入对像中,参数FileName为指定的用户名。 Open 方法 使用方法如下 Object.Open(Source,[Mode],[Options],[UserName],[Password]) 说明：打开对像， 参数说明：Sourece 对像源，可不指定 Mode 指定打开模式，可不指定，可选参数如下： adModeRead =1 adModeReadWrite =3 adModeRecursive =4194304 adModeShareDenyNone =16 adModeShareDenyRead =4 adModeShareDenyWrite =8 adModeShareExclusive =12 adModeUnknown =0 adModeWrite =2 Options 指定打开的选项，可不指定，可选参数如下： adOpenStreamAsync =1 adOpenStreamFromRecord =4 adOpenStreamUnspecified=-1 UserName 指定用户名，可不指定。 Password 指定用户名的密码 Read 方法 使用方法如下： Object.Read(Numbytes) 说明：读取指定长度的二进制内容。 参数说明：Numbytes指定的要读取的找度，不指定则读取全部。 ReadText 方法 使用方法如下： Object.ReadText(NumChars) 说明：读取指定长度的文本 参数说明：NumChars指定的要读取的找度，不指定则读取全部。 SaveToFile 方法 使用方法如下： Object.SaveToFile(FileName,[Options]) 说明：将对像的内容写到FileName指定的文件中 参数说明：FileName指定的文件 Options 存取的选项，可不指定，可选参数如下： adSaveCreateNotExist =1 adSaveCreateOverWrite =2 SetEOS 方法 使用方法如下： Object.setEOS() 说明： SkipLine 方法 使用方法如下： Object.SkipLine() 说明： Write 方法 使用方法如下： Object.Write(Buffer) 说明：将指定的数据装入对像中。 参数说明：Buffer 为指定的要写入的内容。 WriteText 方法 使用方法如下： Object.Write(Data,[Options]) 说明：将指定的文本数据装入对像中。 参数说明：Data 为指定的要写入的内容。 Options 写入的选项，可不指定，可选参数如下： adWriteChar =0 adWriteLine =1 有下列属性： Charset EOS 返回对像内数据是否为空。 LineSeparator 指定换行格式，可选参数有 adCR =13 adCRLF =-1 adLF =10 Mode 指定或返加模式。 Position 指定或返加对像内数据的当前指针。 Size 返回对像内数据的大小。 State 返加对像状态是否打开。 Type 指定或返回的数据类型，可选参数为： adTypeBinary =1 adTypeText =2
调用文件系统(FS)Shell命令应使用 bin/hadoop fs <args>的形式。 所有的的FS shell命令使用URI路径作为参数。URI格式是scheme://authority/path。对HDFS文件系统，scheme是hdfs，对本地文件系统，scheme是file。其中scheme和authority参数都是可选的，如果未加指定，就会使用配置中指定的默认scheme。一个HDFS文件或目录比如/parent/child可以表示成hdfs://namenode:namenodeport/parent/child，或者更简单的/parent/child（假设你配置文件中的默认值是namenode:namenodeport）。大多数FS Shell命令的行为和对应的Unix Shell命令类似，不同之处会在下面介绍各命令使用详情时指出。出错信息会输出到stderr，其他信息输出到stdout。
简介 PowerShellArsenal是一个PowerShell模块，它的功能是帮助逆向工程师来分析.NET恶意软件，PowerShellArsenal的功能非常强大，它可以反汇编.NET恶意软件、分析和抓取内存、解析文件格式和内存结构，获取内部系统信息等。 Disassembly 反汇编代码 Get-CSDisassembly 使用Capstone Engine反汇编引擎反汇编代码 使用方法： Get-CSDisassembly -Architecture {Arm | Arm64 | Mips | X
调用文件系统(FS)Shell命令应使用 bin/hadoop fs <args>的形式。 所有的的FS shell命令使用URI路径作为参数。URI格式是scheme://authority/path。对HDFS文件系统，scheme是hdfs，对本地文件系统，scheme是file。其中scheme和authority参数都是可选的，如果未加指定，就会使用配置中指定的默认scheme。一个HDFS文件或目录比如/parent/child可以表示成hdfs://namenode:namenodep
云API团队在云学院上线了一套视频教程，目的是和大家分享如何进行API、SDK和CLI的使用。
导读 上一期学习了Python程序的基本控制流程，相信大家都已经熟悉啦，我们这一期就来学习Python特色数据类型（列表）吧！ Python特色数据类型（列表） 列表 列表，可以是这样的： 分享了一波
输入框和按钮是软件开发中使用最多的两种控件，文本框作为接收用户输入数据控件，键盘上输入字符都可以录入到文本框显示，允许用户编写一行或多行内容。
简介: 网络安全相关的RSS订阅，帮助建立个人情报来源和日常知识库更新 更新频率: 每2个月一次
弹性盒模型（ Flexible Box或FlexBox）是一个CSS3新增布局模块，官方称为CSS Flexible Box Layout Module，用于实现容器里项目的对齐、方向、排序（即使在项目大小位置、动态生成的情况）, 分配空白空间 。弹性盒模型最大的特性在于，能够动态修改子元素的宽度和高度，以满足在不同尺寸屏幕下的恰当布局。
当你想要把PHP代码显示到页面上时，highlight_string()函数就会非常有用，它可以用内置定义的语法高亮颜色把你提供的PHP代码高亮显示。这个函数有两个参数，第一个参数是要被突出显示的字符串。第二个参数如果设置成TRUE，就会把高亮后的代码返回。
Python语言学习：Python常用自带库(imageio、pickle)简介、使用方法之详细攻略
3.Actions-Basic：此demo中体现ccp由Point取代 ①ActionManual：直接设置精灵的属性demo。
Python条件语句是通过一条或多条语句的执行结果（True或者False）来决定执行的代码块。
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-copyToLocal [-ignoreCrc][-crc] [hdfs源路径][linux目的路径]
你是否遇到过基因原始序列ID太长，包含太多不需要的信息，那么我们该如何对原始序列ID进行操作来加速我们的数据分析呢？
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