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如何将文本输出转换为数据格式
python、csv、dataframe、web-scraping、beautifulsoup
我用漂亮的汤做了一些网络抓取，这是我得到的输出文本：TCGA-G9-6347-01A Male Stage not reported Alive FPKM 14.2 Living days 2089 (5.7 years)
TCGA-KC-A4BL-01A Male Stage not reported Alive FPKM 3.8 Living days 934
浏览 7提问于2017-12-06得票数 0
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R:使用原木等级测试(表)
r、survival-analysis
263 BIX high TCGA_HB_KH8H_01 5535 BIX low TCGA_F4_6703_01 4917 BIX low TCGA_A6TCGA_F4_6703_01 491
11 HEF h
浏览 1提问于2015-03-03得票数 0
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如何提取子文件夹路径？
python、python-3.x
我有大约100个文件夹和每个文件夹中的文件，应该阅读和分析。我该怎么做？Pyradiomic_input/' sizefile=len(path)D:/PhD/result/Pyradiomic_
浏览 0提问于2018-11-06得票数 0
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是否有方法从从宽频火药下载的TCGA COAD基因表达数据中提取原发肿瘤样本？
r、dataframe
我想分析基因在TCGA (癌症基因组图谱)数据中的表达，这些数据是从宽频火龙下载的。我下载了结直肠癌(COAD)基因表达数据。该数据是由329个变量的20531个观测结果组成的数据框架(命名数据)。标题或列名是TCGA示例代码。示例代码如下所示：
TCGA.3L.AA1B.01A.11R.A37K.07
Hybridization.REF TCGA
浏览 0提问于2019-01-28得票数 2
我正在与DESeq2一起运行数据分析，其中包括来自Broad firehose的一些肺鳞癌数据。这两个数据集通过TCGA in关联，每个数据集都包含匹配的in，但是原始计数数据有几个与元数据中不匹配/不存在的“额外”TCGA in。counts length = 552，meta length = 501我需要以相同的顺序获取元数据和原始计数数据，并使数据集包含匹配的TCGA ID，并删除不匹配的ID/样本。colnames(lusc_reads)
[1] "TCGA-1
浏览 7提问于2021-01-27得票数 0
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来自应用于函数coxph的lapply- p.value函数的应用过滤
r、survival-analysis、cox-regression
我正在对566个基因的每个表达水平进行生存分析。我通过将函数coxph()和函数lapply组合在一起来做到这一点，它工作得很好。这是虚拟数据：`TCGA-A1-A0SJ-01` = 1L), .Label = c("down", "up"), class = "factor"),
浏览 23提问于2020-05-13得票数 0
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在数据帧中查找条形码，并计算这种情况发生的次数，循环速度是否很慢？
r、dataframe
-A0RS-01A-11D-A099-09A1CF,SYNCRIP,TCGA-B6-A0RS-01A-11D-A099-09A2M,SHBG,TCGA-D8-A1JK-01A-11D-A13L-09TCGA-AO-A03O-01A-11W-A019-09
TCGA</e
浏览 1提问于2013-01-16得票数 3
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samples)下面是samples向量的一小部分： [5] TCGA.DD.A1EG.11A TCGA.DD.A1EG.01A TCGA.DD.A1EH.
浏览 31提问于2017-07-22得票数 0
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用ggplot绘制热图中的切片
r、ggplot2、heatmap、melt
"TCGA.02.0026.01", "TCGA", "TCGA.02.0104.01", "TCGA.02.0114.01",
&quo
浏览 9提问于2022-06-19得票数 0
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为什么for循环使用一个数据集，而替换错误的长度为零，与非常相似的数据集r。
r、for-loop
,n_cl[names(n_cl)[i]][[1]][j])]}$ABCC10[1] "TCGA_DD_A1EH" "TCGA_
浏览 1提问于2017-08-30得票数 0
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R: For循环中的For循环，每一轮重建和导出输出
r、csv、for-loop、nested-loops
我试图从病人列表中读取病人ID，提取矩阵1(基因组矩阵)中相应的列(列名=病人名称)，然后从基因组矩阵和另一个矩阵(mxy)中逐行进行统计分析，这两个矩阵都有相同的行数。gex[1,] 987 0.797900410.8575385
[6,] 15072 -0.19546513 -0.4911651 -0.7
浏览 7提问于2015-01-25得票数 0
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read_table将所有数据读入一列
string、pandas、dataframe
我有这样的文件：TCGA2 1 QWETCGA3 2 KLS但结果显示：Out[17]: 0 TCGA10 QWE2 TCGA2 -2 RAF
3 TCGA
浏览 5提问于2016-05-12得票数 3
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如何使用regex修改熊猫索引，然后将其与另一个数据的索引进行比较？
regex、pandas
-06-0125-01A-01D-A45W-05', 'TCGA-06-0125-02A-11D-2004-05', 'TCGA-06-0171-01A-02D-A45W-05', 'TCGA-06-0171-02A-11D-2004-05',
浏览 15提问于2022-06-01得票数 1
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print (count[(NR / 2)] + count[(NR / 2) + 1]) / 2;}}'TCGA-G4-6298-11A 0.309164840970903 0.108696904309357TCGA-AA-3506-11A 0.293174399370542 0.1254642565
浏览 1提问于2019-12-11得票数 0
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如何对临床资料进行生存分析？
rstudio、survival-analysis
我需要进行生存分析，以找出特定通路活动与患者生存的显着关联。执行分析。我认为在生存分析的部分有一些错误。-A0CE", "TCGA-A7-A0CH", classification_of_tumor = structuredegradation") 为uni数据创建事件矢量 event_uni <- t(apply(uni_vals
浏览 15提问于2019-01-23得票数 0
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-02-0003", 2003, "WITH TUMOR", 100, 50], ["TCGA-02-0004", 2002, "WITH TUMOR", 80, 59], ["TCGA-02-0006-02-0003-01", "123ebb05-33c0-441c-9549-262433b14810", "TCGA-02-0003"], ["TCGA-02-0006-01"
浏览 2提问于2022-05-05得票数 0
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如何使用正则表达式分配分类变量？
python、pandas、regex、numpy
, 'TCGA-2Z-A9J3-01A': 0.553849599144766, 'TCGA-2Z-A9JE-01A': 0.0734337852294042, 'TCGA-
浏览 7提问于2022-07-22得票数 0
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带t检验和打印p值的分组盒图
r、ggplot2、boxplot、p-value、t-test
", "TCGA.02.0084.01", "TCGA.02.0087.01", "TCGA.02.0104.01",
"TCGA.02.0114.01", "TCGA.02.0281.01", "TCGA", "TCGA.08.0359.01", "TCGA.08.0385.01"
浏览 6提问于2022-06-22得票数 1
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例如，当L1的ABCC10表示"TCGA_DD_A1EG“时，我希望将其替换为第1行(ABCC10)第3列(TCGA.DD.A1EG)中的值2.193205。我想对每个值都这样做。L1看起来像这样：[1] "TCGA_DD_A1EG" "TCGA_FV_A3R2" "TCGA_FV_A3I0" "TCGA_DD_A1EH" "TCGA_FV_A23B&q
浏览 8提问于2017-08-30得票数 1
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