当我在以下数据库()上尝试此语句时， SET uniprot.auto_architecture = uniprot_architecture.auto_architectureINNER JOIN我得到了与INNER JOIN相关的错误，应该是WHERE。
浏览 0提问于2017-11-19得票数 12
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我从Uniprot蛋白质数据库下载了以下xml文件。protein <- xmlRoot(xmlTreeParse("http://www.uniprot.org/uniprot/Q01974.xml"))
从众多带注释的特性中，我对存储在以下xml节点中的激酶域的起始和结束位置感兴趣:feature[@type=\"domain\" and @description=\"Protein kinase\"]"
浏览 0提问于2014-04-22得票数 1
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我需要使用Blast查找不能给出任何结果的dna或蛋白质序列(查询)。同时，当我把它放到FASTA工具中时，它应该会给出结果。
浏览 3提问于2014-10-22得票数 0
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uniprot_id_1、uniprot_id_2、uniprot_id是varchar类型。在这个查询中，我希望选择uniprot_id_1和uniprot_id_2，它们都存在于t_pathway中：where uniprot_id_1 in (select uniprot_id f
浏览 7提问于2014-04-26得票数 1
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我正在尝试访问recommendedName，下面是我正在使用的当前Python代码：r_names
浏览 0提问于2013-05-04得票数 1
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我有一个满是Uniprot ID的文件。现在，我正在寻找一种下载每个ID的整个XML条目的方法。
浏览 4提问于2015-03-31得票数 1
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xml_document} [1] <entry xmlns="http://uniprot.org/uniprot" dataset="Swiss-Prot" created="[2] <entry xmlns="http://uniprot.org/uniprot" dataset="Swiss-Prot"
浏览 0提问于2019-04-17得票数 7
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我有一个带有+400 k行与Entrez标识符的protein_protein交互的excel文件，我想将标识符映射到不同数据库Uniprot的相应标识符
我想要这个
你能不能建议我一种有效的方法来做这件事，除了迭代数据库之外，我什么也想不出来
浏览 2提问于2021-09-18得票数 0
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library(RCurl)url <- "http://www.uniprot.org/uniprot/P43405.xml"xmlfile["//entry/comment[@type='PTM']/text"]
xpathS
浏览 3提问于2016-08-10得票数 1
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防止错误的用户输入使我的程序崩溃
、、、、
我正在尝试访问UniProt数据库中的FASTA序列。当输入正确的UniProt代码(6位字符串，例如P10079)时，这目前是有效的，但是，如果输入错误的字符串，它会使我的程序崩溃。干杯user_input = input ("Type in your protein accessionhandle = ExPASy.get_sprot_raw(user_input)
except HTTPError as e:
浏览 0提问于2017-12-02得票数 0
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但是，Python解释器会输出以下错误消息：TypeErroralt_shortnames = []for child
浏览 2提问于2013-05-04得票数 0
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示例如下：我想将该URL的最后一部分(Q9UKM9)放入一个变量中，以便在正则表达式命令中使用，以便在另一个资源中找到相同的蛋白质因为资源URI是不同的：vs
http://purl.org/obo/owl/InterPro#InterPro_IP
浏览 0提问于2013-05-11得票数 3
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Fag e 4 UniProt P0DKH7 http://www.u Hit: AMP2_FAGES UniProt Fag e 4 UniProt_HEVBR UniProt Hev b 6 UniProt O49860 http://www Hit: Q6JYQ7_HEVBR UniProt Hev_FAGES UniProt
浏览 5提问于2020-01-30得票数 0
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下面是到目前为止我的脚本正在做的事情(带有一个小示例)：URLlist = ['http://www.uniprot.org/uniprot/Q13111.xml', 'http://www.uniprot.org/uniprot/A2A2F0.xml', 'http://www.uniprot
浏览 1提问于2015-10-07得票数 0
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评论型=”亚细胞位置“/subcellularLocation/location”$var = "http://www.uniprot.org/uniprot/P12345.xml";
$value=$Unip_result->xpath
浏览 3提问于2014-09-23得票数 0
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import pandas as pd
'Uniprot_id','Ensembl_geneid','SIFT_score',
'SIFT_pred
浏览 0提问于2019-01-16得票数 2
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我有一个脚本，它使用biopython查询数据库。有时，生物工程找不到我们要找的东西，会抛出一个HTTPError。HTTPError，因为我收到了以下错误消息：
在处理上述异常的过程中，发生了另一个异常：
NameError跟踪(最近一次调用) in () 51 UniProt= textindex+9:index+15 52 uniprot_IDsbiGG_ID = UniProt -但HTTPError: 54除外，如果err.code == '404&#
浏览 3提问于2018-01-24得票数 1
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我在试图从一个科学数据库中检索数据。我有一个使用urllib和ElementTree的工作脚本，但是我想使用一个更当前的模块，所以我尝试用请求重写它。
浏览 4提问于2020-04-24得票数 1
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我有一个很长的文本文件，部分文件内容如下所示，
[{"site":"1a2v_1","pfam":"Cu_amine_oxid","uniprot":"P12807"},{"site":"1a2v_2","pfam":"Cu_amine_oxid","uniprot":"P12807"},{"site"
浏览 0提问于2021-06-15得票数 1
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bin/bash
dodone$ .bin/bash
ids=$(head ${file} | awk '{p
浏览 1提问于2015-03-16得票数 0
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