ANNOVAR是由王凯老师编写的一款用于SNP等变异位点注释的软件 (2),在注释软件(Annovar, SnpEff, VEP-Variant Effect Predictor)中相对引用较高。ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。 给定一个包含染色体,起点,终点,参考核苷酸与检测核苷酸序列, ANNOVAR可以进行如下的功能注释:
之前写了点Asp.Net MVC的概念,没有实际上系统的介绍Asp.Net MVC开发方式与WebFrom 开发方式的区别。昨晚上看了访问自己blog的入口的搜索关键词大部分是冲着MVC来的,就有了冲动将自己浅薄的知识写在这里,供初学者有个浅显的认识。欢迎高手拍砖指导,希望能把一篇入门的文章写的尽善尽美。
在上一篇文章Asp.Net MVC3 简单入门第一季(一)环境准备中我简单介绍了Asp.Net MVC3项目的安装和第一个Asp.Net MVC3项目的基本情况。没有详细介绍项目中各个文件夹的作用,以及创建的第一个页面是怎样运行起来的?还有好多的疑问,那在这篇文章中我们将详细介绍项目中各个文件夹的作用,并真的第一个项目我们简要介绍一下Asp.Net MVC的URL驱动的是怎么回事。
因为嫌麻烦,所以一直使用的是简化版mutect2流程,其实就一个命令: time $GATK --java-options "-Xmx10G -Djava.io.tmpdir=./" Mutect2 -R $reference \ -I $tumor_bam -tumor $(basename "$tumor_bam" _recal.bam) \ -I $normal_bam -normal $(basename "$normal_bam" _recal.bam) \ -O ${sample}_mut
很久没更新了,今天写点关于Asp.Net MVC的PipeLine。首先我们确认一点,Asp.Net WebFrom和Asp.Net MVC是在.Net平台下的两种web开发方式。其实他们都是基于Asp.Net Core的不同表现而已。看下面一张图,我们就能理解了WebForm和Asp.Net MVC的一个关系了。
ANNOVAR 是一款变异位点注释软件,提供了多方位的注释功能,支持多个物种,是最受欢迎的注释软件之一。
拿到测序数据,通过GATK等其他分析软件找到突变位点后,我们最想知道的就是这个位点存在于哪个基因?是有义突变还是无义突变?是否引起了编码氨基酸的变化?它在人群中的频率是多少?如果是做疾病研究的话,我们也很想知道这个位点的突变是否是有害突变等很多问题。没关系,这些问题annovar软件都可以帮你解答,下面我将详细介绍下annovar软件的下载,安装以及具体使用方法。
前言 上一篇讲过get请求的参数都在url里,post请求相对于get请求多了个body部分,本篇就详细讲解下body部分参数的几种形式。 一、body数据类型 常见的post提交数据类型有四种: 1.第一种:application/json:这是最常见的json格式,也是非常友好的深受小伙伴喜欢的一种,如下 {"input1":"xxx","input2":"ooo","remember":false} 2.第二种:application/x-www-form-urlencoded:浏览器的原生
Annovar是一款对基因组数据进行注释的软件。所谓注释,可以这样简单理解:我们知道二代测序下机后的序列经过比对后,会得到一系列变异数据,这些变异数据只是告诉我们在基因组的某个位置发生了一段序列的改变,至于这个改变会不会影响生物学功能,我们并不清楚。而注释就是将基因组的序列变异数据转化为我们更关心的生物学功能变化的信息。
1 ,视图职责是向用户提供界面,当控制器针对被请求的URL执行完合适的逻辑后,就将要显示的内容委托给视图。
人类基因组测序数据分析得到的变异位点,如 SNV、INDEL 等,只是给出了位点信息,不便于解读。需要经过注释。注释主要包括基因定位、人群频率计算、进化保守性预测、蛋白功能影响预测等分析,才能用于遗传分析和解读。
webfrom 在当年出来的时候非常流行,对于开发也是个非常好的主意,开发起来速度特别快。但是随着时间的推移,在webform之后 提出了更好的框架,ASP.net MVC 而且更新
前面我们在AgileEAS.NET之插件接口IModule和AgileEAS.NET之插件运行容器中对模块插件和运行容器都做了介绍,本文我们介绍AgileEAS.NET平台对模块插件的集成。 我们知道AgileEAS.NET平台所依赖的基本思路是,各模块插件独立并行开发,然后通过资源管理平台进行总装集成,关于资源管理平台呢,我以理解为基于某种运行容器支持的一组基础管理应用,功能包括:模块插件的安装、组织和管理,管理系统账户和角色,提供一致的权限管理系统,以及相关的配置类工具。
上一篇AgileEAS.NET之插件接口IModule中我们介绍了EAS.NET模块插件契约,在本文我们将介绍一下调用插件的运行容器,即平台。 废话不说了,下面我贴出传统WinFo
using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Web; using System.IO; using System.Threading; namespace ProjectWenDangManage.Framework { /// /// HTTP文件下载辅助类 /// public class HttpDownLoad
前面我们在AgileEAS.NET之插件接口IModule和AgileEAS.NET之插件运行容器中对模块插件和运行容器都做了介绍,我们知道,在运行容器中,我们要基于模块插件并结合账户/角色进行权限判定,在系统账户登录之后,导航动态加载账户所具有执行权限的模块。 AgileEAS.NET平台的权限系统参考了Windows系统的权限管理系统ACL(访问控制列表),AgileEAS.NET平台建立了基于模块插件与账户/角色组合的访问控制列表,对模块访问权限进行统一的管理和验证。 Agil
本教程将使用Visual Studio 2013手把手教你实现webform动态页面的伪静态。本教程配套的C#源码工程可通过我的github下载。地址:https://github.com/shellcheng/ReWirteWebform
ASP.NET MVC Route—转发请求: 1.客户端发起请求 2.到达IIS 3.转发到程序集 4.经过一个路由匹配–转发到匹配的控制器中 5.匹配的action去处理
Asp.net Webform 使用Repository模式实现CRUD操作代码生成工具 介绍 该工具是通过一个github上的开源项目修改的原始作者https://github.com/Superexpert/WebFormsScaffolding 我在他的基础上添加了一对多实体类的新增,修改,删除操作,并实现了Repository设计模式,修改了一些页面布局,添加了一些DynamicData动态字段,我的开源项目地址https://github.com/neozhu/WebFormsScaffoldin
通过基因相关注释,可以知道变异位点在基因组上的位置和对蛋白质编码的影响。在进行注释之前,首先需要下载物种对应的数据库,以human为例,命令如下
不过,那个时候遗传背景知识不够,其实并没有很好的理解它,现在有机会重新学习一下,可以使用以下代码下载并且注释到clinvar数据库
技术栈跳来跳去,最后还是选择回归最初。从Asp.Net的WebFrom到PHP到Python的Django,最后还时回到了最熟悉的.net平台。三层之前只做过些许了解,这次便不再去看他,直接从MVC开
这次耗费15个小时系统性的回顾了该软件,希望可以做到教学上的最佳教程。虽然其它杂七杂八中文教程没有看的必要性,但是其英文文档是需要反复读的。
直播我的基因组前面的上游分析到此为止了,这里是一个分界线,经过孜孜不倦的探索挖掘我已经拿到了我个人基因组跟hg19参考基因组的全部差异位点,而且可以肯定方法学上面没有毛病。现在到了解释这些差异位点的时候,或者说是注释它们。 754755 indel.vcf3784343 snp.vcf 三百多万的snp和近100万的indel仍然是天文数字,前面我多次强调人类的hg19参考基因组并不意味着都是好的,我的DNA跟参考基因组不一样反而是好事,而且更多的位点,仅仅是多态性而已,那么我们就应该在数据分析的过程中把
在VS2010发布之后,作者还是ASP.NET小组成员时,小组想把js编辑器的功能迁移到一个新的“客户端平台小组”。这个小组将要为VS2012创建一个全新的,现代的js编辑器,另一层目的就是为即将到来的Win8 App提供HTML/JS开发支持。而原来的js编辑器从vs中剥离,但它却在webMatrix中保存下来,包括之后的开发及更新。
通过require.js 可以对javascript文件进行别样引用 Require.js的使用: 第一步: 只需在html页面中引用require.js 就够了 第二步: 在引用require.js的时候,要设置async属性为ture 确保不会阻塞页面 第三步:单写一个js文件,用于引用相关的javascripnt文件,这个文件可以随便命名,一般叫main.js 第四步: 在引用require.js时,通过data-main属性指定main.js
我们知道,Node.js是基于CommonJS规范进行模块化管理的,模块化是面对复杂的业务场景不可或缺的工具,或许你经常使用它,但却从没有系统的了解过,所以今天我们来聊一聊Node.js模块化你所需要知道的一些事儿,一探Node.js模块化的面貌。
如今,越来越多的JavaScript代码被使用在页面上,我们添加很多的内容在浏览器里。如何去很好的组织这些代码,成为了一个必须要解决的难题。
系统:Windows 7 VsCode:1.51 Node.js:10.15.3 这个系列讲讲javascript的一些基础知识 今天讲讲不同js文件之间的调用 Part 1:场景说明 当某些业务场景
引用JS报错Uncaught ReferenceError: $ is not defined如下图
很早就开始跟着老师学习jQuery课程,那时候是要求熟练使用jQuery中的easyUI插件中的控件,包括textbox、combobox、panel、checkbox、tree、datagrid等等 总之是关于基本表单控件、树和一些图表统计的应用,当然,还有一些后台数据库的连接使用。当时几乎都在学着怎么用,竟然没有去仔细深入思考关于jQuery,并且对在头部(head中)引入的一些诸如jquery-1.4.4.min.js 文件也没有太大感觉。果然,在自己需要用jQuery做前端的时候一顿茫然。 这两天终
在Web项目的开发中,js,css文件会随着项目的开发变得越来越多,越来越大,这就给给性能方面带来一些问题,如,页面引入的的js,css越多的话,那么对就增加了http请求数,解决该问题的一个好的方法
开发环境是Vs 2012 Framework 4.0 源码和制作工具在文章最下边 一. ActiveX控件Demo 新建一个Window窗体控件库项目 在自动生成的UserControl1页面上添加
创建vendor文件夹,其中minus.js、multi.js和sum.js分别用 CommonJS、AMD 和 ES6 规范编写。
紧接上篇:ASP.NET Core Web App应用第三方Bootstrap模板。这一节我们来讲讲如何优化ASP.NET Core Web发布包繁重的问题。
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在线教室中台提供封装了核心能力的教室 SDK,业务方基于教室 SDK 开发面向用户的在线教室 App。最近对教室 SDK 做一次比较大的改动时,我遇到了一个懵逼的问题。这个问题耗费了我 3 天左右时间,让我压力一度大到全身发热。当时虽然解决了问题,但并没有很理解原因。直到一个多月后,才有时间做一些更深入的分析,并写下这篇文章。
node 模块化 JS 诞生的时候,仅仅是为了实现网页表单的本地校验和简单的 dom 操作处理。所以并没有模块化的规范设计。 项目小的时候,我们可以通过命名空间、局部作用域、自执行函数等手段实现变量不冲突。但是到了大一点的项目,各种组件,各种第三方插件和各种 js 脚步融合的时候,就会发现这些技巧远远不够。 模块化的演变 为什么要有 JS 模块化呢?在浏览器中,顶层作用域的变量是全局的,所以项目稍微复杂点,如果引用的 js 非常多的时候,很容易造成命名冲突,然后造成很大意想不到的结果。 为了避免全局污染,J
在讨论require和import的区别之前,我们首先要了解的是,es6module的代码最终都会被打包工具转化为require才能实行,关于这俩的区别网上有大把的文章,但是都不是很系统,小编这里整合了一下,总结了一下这两者区别,require遵循的是commonjs规范,import遵循的是es6module规则。
我们可以到jQuery的官网下载jQuery文件(PS:其实jQuery就是一个封装了很多函数的js文件,把这个js文件导入到网页中就可以了)。
比如我希望在a.js中使用b.js的变量或者函数,那么ES6就中模块化就帮到咱们啦!
随着前端模块化的兴起,特别在 vue、react等一些热门框架的崛起,越来越多的公司加入了这一阵营。提及前端的模块化(这里主要说的是Javascript语言的模块化),就不得不说 es6标准提出的 export 和 import 两个命令了。当然还有 commonJS里的 module.exports 和 require 这一对组合了,这里暂不介绍这两组命令的具体用法。以后 我会专门写一篇文章介绍这两个命令的用法。我们以 es6中的 export 和 import 为例,介绍一下:
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Node.js 模块机制采用了 Commonjs 规范,弥补了当前 JavaScript 开发大型应用没有标准的缺陷,类似于 Java 中的类文件,Python 中的 import 机制,Node.js 中可以通过 module.exports、require 来导出和引入一个模块.
比如说,在index.html中引用到了外部的js和css文件,这两个文件都通过相对路径引用了某一张图片;这些文件所在的目录如下:
按照惯例,我们在src/文件夹下创建pageA.js和pageB.js分别作为两个入口文件。同时,这两个入口文件同时引用subPageA.js和subPageB.js,而subPageA.js和subPageB.js又同时引用module.js文件。
2、在src/index.html入口文件中通过script引用需要使用的js(参见以下第8-10行代码)
今天我们来深度分析一下 Commonjs 和 Es Module,希望通过本文的学习,能够让大家彻底明白 Commonjs 和 Es Module 原理,能够一次性搞定面试中遇到的大部分有关 Commonjs 和 Es Module 的问题。
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