NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step))、批次效应处理等内容。
2.使用迅雷的批量下载(这里好像会限速,所以我并没有采用这个方法)提到批量下载,更多的人第一个想到的是迅雷——可惜纵然推出了轻量版,迅雷仍然属于不可忍受的广告类软件之一。
这是记录linux服务器下安装nodeJs过程的一篇文章,同时也希望能够帮到跟我一样对linux零基础的同学们。
使用到的工具:xshell(选择自己喜欢的SSH工具都可以的) 一、宝塔面板安装和配置
咱们生信技能树马拉松课程七月份学习班正在火热进行中,马上Linux授课环节即将完美交棒给转录组讲师。其实一个重要的衔接环节就是各式各样的生物信息学软件安装,需要对环境变量以及文件夹目录相对路径绝对路径知识点有比较好的理解。 下面七月份学员的投稿 来自生信技能树生信入门课程 学员Ray 1. bget简介 bget:一个优雅地下载OA文献和附件的命令行工具 只能下载开源的open access文献哦=w= 2. bget安装 2.1 创建文件夹 首先在家目录下创建常用软件存放的文件夹biosyft 方便软件管
现在对ES有一点了解了。索性就从头从安装到使用ES做一个详细的总结,也分享给其他人供他人学习
Liunx使用 命令管道连接 | 命令管道符合为|,可以将两个命令进行连接,连接后第一个命令的输出结果作为第二个命令的输入信息 比如 ls /ect | more -10 分屏显示etc文件夹下的10行数据 Linux文件系统结构 / : 根目录 /home: 主文件夹,登录用户的主文件夹 /etc :操作系统配置文件的保存位置 /usr : 用于添加的程序文件,用户的很多应用程序和文件都放在这个目录下,类似于windows下的program files目录。 root : 超级用户的目录 改变当前
简介 Syncthing is a continuous file synchronization program. It synchronizes files between two or more computers in real time, safely protected from prying eyes. Your data is your data alone and you deserve to choose where it is stored, whether it is shared
数据在CNGBdb,https://db.cngb.org/search/project/CNP0002454/
下载地址:https://www.elastic.co/cn/downloads/kibana
scp就是secure copy,是用来进行远程文件拷贝的。数据传输使用 ssh,并且和ssh 使用相同的认证方式,提供相同的安全保证 。
从release中选择v1.4稳定版本下载,不建议使用git clone下载,开发版还有一些bug未解决。
1、rm -r :rm -r的删除范围是删除当前输入位置的文件。 2、rm -R:rm -R的删除范围是删除当前输入的目录文件夹里文件及其子目录里的文件。
[1] 首先备份 /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo 到其他文件夹
Linux常用命令 1、解压命令 #gz文件 tar -zxvf #xz文件 tar -Jxvf 2、文件操作 # 创建文件夹 mkdir 文件夹名 #文件权限 r(读) w(写) x(执行) chmod +x script #打开文件 cd 文件名 # 返回上一级 cd .. #返回上一个目录 cd - #复制 文件夹后加/ cp 文件1.txt wenjain.txt #重命名或移动 mv 原名 现名 #保留在同一目录 mv source_file destination_folder/ #移动 #
Mac搭配的系统是基于Linux内核开发的,因此大部分Linux的命令都适用于Mac上 对于我个人来说,作为一名Mac用户,一名特意买一本MacBook来开发(满足好奇心)来说,使用命令行操作是非常帅气的。 同时,熟悉了使用命令操作一些功能能够极大的提高工作效率。 因此为了提高开发效率,特意学习一下Mac的命令操作。 下面是一些常用的Terminal操作。
RNA-seq 目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq 不仅能够分析样本之间基因表达的差异,还可以发现新的亚型并分析 SNP 变异。本教程[1]将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程,旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。请注意,它并不适用于所有类型的分析,比对工具也不适用于所有分析。此外,本教程的重点是给出一般的分析流程。对于更大规模的研究,强烈建议使用集群来增加内存和计算能力。
1.进入文件夹 cd 文件夹名称 2.复制文件夹 cp 文件名 指定目录 copy文件到指定目录 例如 cp 文件名称 文件路径/var/www 例子 cp /root/gqxnb/gqx /var/www 3.查看文件夹目录 lsattr [-adRvV] [文件或目录…]选项介绍: ls也可以 4.复制 cp 5. 文件移动命令mv 6. 文件删除命令rm 7.重命名文件和文件夹 linux下重命名文件或文件夹的命令mv既可以重命名,又可以移动文件或文件夹. mv 修改前文件名 修改后文件名,按回车。
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!有做ngs实战整理的,也有做临床数据挖掘算法工具介绍的。前面分享了:Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告,今天也是一个类似的流程介绍:
虽然自己是一个开发,但是并不能止于开发的技术,项目发布需要部署到到Linux 服务器上, 所以对于开发人员来说,掌握一定的运维技能是必须的, 之前也有过帮人搭建网站的一些经验,运维什么的也是自己一并来,所以专门写一篇文章来记录一下相关,方便回头查阅!
1、同时执行两条命令 只需要在第一条命令后面加上分号;即可继续书写第二条命令 例如远程下载abc.zip压缩文件并解压,共两条命令
本文列举了测试工程师最常用的 Linux/Shell 高频命令。对于任何一个命令的详细解释都可以使用 –help 查看使用帮助,如 top –help。对于英语水平较好的同学,可以使用 man 命令将其解释文档输出保存为一个文件,以便查阅,同样使用 top 举例,可以使用 man top > top.txt 保存其解释文档。
说明:Mutagen是一个开源、跨平台的文件同步和网络转发工具,目前支持本地文件系统,远程服务器和Docker容器文件系统之间的同步,感觉同步和lsyncd很类似,但安装和配置更简单。同时也支持转发本地TCP端口(IPv4和IPv6)和Unix域套接字,并可以将本地Unix域套接字映射到远程TCP侦听器。
说明:gossa是一个基于golang的文件网络服务器,可以让你通过浏览器直接对服务器指定目录进行相关操作,比如上传文件、创建文件夹/文件、移动文件、编辑文本等操作,也可以在线播放文件中的视频/音乐等。安装也是很简单,易上手,拿来临时玩玩也不错。
task1: 下载拟南芥基因注释文件。GFF3 是一种文本文件,用于描述基因组上的基因、转录本、外显子、剪接位点等生物信息学特征。GFF3 文件通常由基因组注释软件或数据库提供,并可用于对基因组的注释信息进行查询、分析和可视化。
touch file_name创建文件。如果文件已存在,可以修改文件的末次修改时间
Typecho来自于开发团队的头脑风暴,基于PHP5开发,支持多种数据库,是一款内核强健﹑扩展方便﹑体验友好﹑运行流畅的轻量级开源博客程序。
根据官方的说法,我们需要做的就是下载 Zip 包,然后把 Zip 包解压到指定的目录中就可以了。
原创链接:https://www.cnblogs.com/zzqit/p/10087680.html
赶上良心云的羊毛撸了7年的服务器,但是撸了以后又不知道干啥于是,于是搭建了个WordPress玩玩,然后在网上找了一些教程要不不全,要不搭建好后更新版本问题解决不了。可能大家也会遇到我这种情况所以这里给出我的解决方案欢迎大家来指正。
安装 MySQL,傻瓜式安装,直接点点点 安装之后使用远程软件连接服务器 MySQL 会报错
进入usr/local文件夹 cd usr/local 先创建一个redis文件夹 mkdir redis 下载redis wget http://download.redis.io/releases/redis-4.0.9.tar.gz 解压缩 tar xzf redis-4.0.9.tar.gz 进入redis文件夹 cd redis-4.0.9 编译 make 进入到src文件夹 cd src 执行安装 make install 到这里就安装完成了 然后输入命令,启动redis ./redis-s
进入Spigot官网–>选择版本–>download–>进入下载页面–>下滑找到spigot-xx.xx.xx.jar–>右击复制链接地址,用wget命令打开这个网址。
rm -rf 命令是删除文件夹及其内容的最快方法之一。但是一点点错字或失误可能会导致不可恢复的系统损坏。与 rm 命令一起使用的一些选项是:
nvm 可以在统一系统中安装多个版本的Node.js的运行时,并在不同版本间快速切换,是前端开发的利器。
wget http://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/9.0.1+11/jdk-9.0.1_linux-x64_bin.tar.gz
https://miracle-1306318206.cos.ap-shanghai.myqcloud.com/public/gitblit-1.9.1.tar.gz
搭建spark和hdfs的集群环境会消耗一些时间和精力,处于学习和开发阶段的同学关注的是spark应用的开发,他们希望整个环境能快速搭建好,从而尽快投入编码和调试,今天咱们就借助docker,极速搭建和体验spark和hdfs的集群环境;
UbuntuKylin (优麒麟系统),是 Canonical 公司与我国工信部 CCN 开源创新联合实验室开发的Ubuntu 官方衍生版,并不是真正的国产操作系统。
在CentOS中使用yum安装python3时,总是安装不到需要的版本,在一些特定的环境下又需要特定版本的Python。然而网上的各种教程又良莠不齐(在此特别diss某某DN),故本篇将详细整理一遍在CentOS7上编译安装Python3的过程。
linux环境安装jdk8 1、进入/usr/local文件夹 2、新建java文件夹 3、下载jdk-8u141-linux-x64.tar. gz" 4、解压jdk-8u141-linux-x64.tar.gz 5、配置环境变量 1、修改/etc/profile 2、添加下面这几行: 3、保存退出 4、让配置文件生效 5、输入java -version查看是否安装成功 1、进入/usr/local文件夹 cd usr 📷 cd local 📷 2、新建java文件夹 mkdir java 查看新
Nginx("engine x")是一款是由俄罗斯的程序设计师Igor Sysoev所开发高性能的 Web和 反向代理 服务器。也是一个 IMAP/POP3/SMTP 代理服务器。在高连接并发的情况下,Nginx是Apache服务器不错的替代品。 那么关于nginx在linux系统下如何安装,也是我们Java工程师的必备功课,接下来,我们直接上车,来看看,linux下是如何安装nginx的。 平台环境 虚拟机:VMware Workstation 系统:Linux:CentOS-7-x86_64 工具 安
Linux系统下有许多常用的命令,包括cd、ls、mkdir、rm等。其中cd命令用于切换当前目录,ls命令用于列出当前目录下的文件和文件夹,mkdir命令用于创建新的文件夹,rm命令用于删除文件或文件夹。
Linux Shell/terminal 命令非常强大,即使一个简单的命令就可能导致文件夹、文件或者路径文件夹等被删除。
CentOS默认的yum源不一定是国内镜像,导致yum在线安装及更新速度不是很理想。这时候需要将yum源设置为国内镜像站点。国内主要开源的开源镜像站点是网易和阿里云。
【原文来自:http://www.linuxidc.com/Linux/2015-01/112350.htm】 好几年前安装过mono,后来一直没有再用过。最近购买了新服务器,想再安装一个试试,先安装
http://cloud.1314.cool:85/其他文件/软件编程/批处理/常用软件/wget/
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