之前的推文零散笔记：R安装xlsx包遇到报错以及github下载指定文件夹的内容 记录了安装xlsx包时的报错，今天记录解决办法 第一次安装遇到的报错是 Error: package or namespace...Biotools/R/R-4.0.3/library/rJava/libs/x64/rJava.dll': Loa 我把之前安装好的java卸载了，重新安装了 java jdk 这个版本和之前安装的有啥区别呢...我现也不知道，反正换成这个以后加载xlsx这个包就没有报错了 最开始安装的那个版本的java我也忘记了 这次好像也不用单独再给java添加到环境变量了，直接用就没有问题，是不是这个java默认就添加到环境变量里去了呢...image.png 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记...还有两个画图的参考链接 一个是雷达图 https://www.datanovia.com/en/blog/beautiful-radar-chart-in-r-using-fmsb-and-ggplot-packages
笔者寄语：批量读取目前看到有以下几种方法：xlsx包、RODBC包、批量转化成csv后读入。...与之相反，R对csv等文本格式支持的很好，而且有fread这个神器，要处理一定量级的数据，还是得把xlsx转化为csv格式。...以此为思路，在参考了两个资料后，我成功改写了一段VBA，可以选中需要的xlsx，然后在其目录下新建csv文件夹，把xlsx批量转化为csv格式。...代码如下： Sub getCSV() '这是网上看到的xlsx批量转化，而改写的一个xlsx批量转化csv格式 '1)批量转化csv参考：http://club.excelhome.net/thread...（可多选） 选中以后，等一段时间，再回到xlsx文件下，会多一个csv文件夹，里面就是我们要导入R的文本文件了。
在Linux系统下一直用上下键查找以前输入的命令，这个找刚输入不久的命令还是很方便的，但是比较久远的命令，用上下键效率就不高了。...那个history命令也是个花架子，虽然功能多，但不好用，网上找了下，发现了用ctrl + r这个快捷键查找历史命令，研究了一下发现真是好用。...按下这个快捷键后，进入了反向搜索状态，这时你输入一个字符，系统会找到最近一个包含这个字符的命令，如果不是你想要的命令，你可以继续输入，系统继续查找最近一个包含你所输入的字符串的命令，直到找到你要的命令。...找到你想要的命令后，你可以按回车执行这条命令，还可以按上下键查找该命令前后的命令，按左右键移动光标并修改这条命令。...为了提高查找效率，你应该输入该条命令中最特别的字符（别的命令不包含的字符） 例如，我要查找最近曾经输入的后台执行的命令： nohup .
pafr包的参考链接 https://cran.r-project.org/web/packages/pafr/vignettes/Introduction_to_pafr.html 首先用minimap2...比对两个基因组 这里我用NCBI下载的两个拟南芥基因组做演示 下载两个基因组 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/735...mv GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna target.fna grep ">" target.fna | wc -l ## 这个里有7条序列 minimap2的安装...900多兆，自己的电脑R语言读取应该很吃力，下面的操作还是使用这个R包自带的数据吧 接下来是R语言里的操作 安装pafr包 install.packages("pafr") 加载需要用到的R包 library...，看看能不能改成可以多对一 覆盖度 plot_coverage(fungi.paf.2) -> p1 plot_coverage(fungi.paf.2,fill='qname') -> p2 plot_coverage
本文来介绍如何读取 PPT 内嵌 xlsx 格式的表格的方法 读取方法和 dotnet OpenXML 读取 PPT 内嵌 ole 格式 Excel 表格的信息 差不多，对于 Office 2019 以上版本...，插入 Excel 表格用的不是 OLE 文件的方式，而是放入一个 xlsx 文件 在 Slide.xml 页面里面，存放的是在 GraphicFrame 下的内容，简化的 OpenXML 文档如下...urn:schemas-microsoft-com:vml" Requires="v"> r:...\Microsoft_Excel_Worksheet.xlsx 和读取 OLE 的 xls+ 方式不同的在于不需要读取 OLE 文件拿到 xlsx 文件，只需要通过 Part 读取即可。.../vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet" 的内容，即可了解是嵌入 xlsx 文件，而不是 ole 格式文件 读取的逻辑如下
image.png 比如下面是一个单细胞的文章对应的代码和数据 https://github.com/ajwilk/2020_Wilk_COVID ?...image.png 如果我只想下载代码 code那一个文件夹，点进去这个文件夹，然后将链接复制到开头提到的网址就可以了 R语言安装xlsx包遇到的报错 之前读取数据我都是将excel中的数据另存为csv...格式然后再读入，今天试着使用R语言直接读取excel格式数据，查到可以使用xlsx这个包，直接使用install.packages('xlsx')安装，加载的时候却遇到报错 Error: package...or namespace load failed for ‘xlsx’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details: call...Try re-installing Java and make sure R and Java have matching architectures. ?
Java 覆盖jar包内的方法 背景 java实现 背景 有时候在java开发过程中会遇到这样的场景，比如说我们需要用jar包里的方法，但是jar包里的方法又不能满足当前的业务逻辑需要，而想直接下载jar...包源码修改的话又会很麻烦，这个时候比较简便快捷能满足需要的办法就是覆写jar包中对应的方法，只需要改动你用的类的某一个方法就行，而不用去下载jar包源码再打包那么繁杂。...java实现 实现代码其实比较简单，就是创建一个和jar包中需要重写类的路径，类名完全一样的类，然后copy jar包中原类的全部方法到jar包外的类中，根据需要改写原方法的业务逻辑或者新增方法来实现自己需要的业务逻辑...，由于jar包外代码的优先级高于maven依赖jar包的优先级，这个时候你重写的类就会生效了。...比如LoginController.class 重写后LoginController.java 这里你可以在jar包外方法中新增自己的方法实现新的业务逻辑。
最近，因工作需要，从一个比较早期的系统中导出xlsx格式的数据，然后用PQ进行汇总，结果发现： - 坑！坑！坑！- 汇总的数据比原始数据少了很多！...- 其实，解决办法跟导入xls格式文件出错的方法一样，另存一下即可。可参考文章：《批量合并Excel数据时“外部表不是预期格式”或“文件包含损坏数据”的两种情况》。...进一步的问题是，xlsx格式的数据也可能存在读取问题，那该怎么办？...，尤其是当你要汇总一些从系统中导出来的数据的时候，一定要注意做好检查和测试！...- 题外 - 同时借这个问题说个可能是题外的小观点，对于很多习惯用Excel的朋友来说，建议先在Excel中把Power Query和Power Pivot的基础知识先掌握了，再去学Power
背景: 想要实现一个功能, 将不同的数据写入一个Excel中, 不同的数据对应不同的sheet表, 看了一下R语言, 找到的解决方法如下....(sheets,"d:/ex.xlsx") 结果 ?...感想: 最近发现, R语言中的list更好用, 我的R语言水平感觉要进步一个台阶了......运用R语言的list示例: 需求描述: 现在有3个Excel, 想把这些Excel合并到一个Excel中的不同sheet表中, 如何实现?..."hebing.xlsx") 打开结果: ?
3次，就应该写成函数或使用循环 3、默认参数 作者可以为参数设置默认值，不是所有的参数都要出现在代码里，没有出现的是默认值 二、R包 1、定义：多个函数打包存放的“容器”，包括函数、数据、帮助文件、描述文件等...2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装 （3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...说人话，智能手机安装的腾讯视频，只要你不卸载，就一直在你的手机里，需要看电视剧是打开APP，看完电视了你退出APP，再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。
介绍这个包扩展了ggplot2，提供了用于对齐和组织多个图的高级工具，特别是那些自动重新排序观察结果的工具，比如树形图。...它提供了对布局调整和情节注释的精细控制，使您能够创建复杂的、出版质量的可视化，同时仍然使用熟悉的ggplot2语法。...create complex, publication-quality visualizations while still using the familiar grammar of ggplot2.案例安装R包...install.packages("ggalign")install.packages("ggalign", repos = c("https://yunuuuu.r-universe.dev"..., "https://cloud.r-project.org"))# install.packages("remotes")remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign
调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包
R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...') 这里需要注意的是，下载Bioconductor的R包需使用BiocManager包里的install函数。...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
当我们在使用很多R包的时候总会有些包里面的函数引发我们的好奇心，总想去看看他们具体怎么实现的，今天我们就来讲下如何去解析一个别人写好的R包。 1....我们先知道我们想去解析的R包的名字，比如“InformationValue”。 2. 打开R语言的官网R包的列表，然后利用浏览器的检索检索下我们找的包的位置，然后进入R包的详细介绍页面。 ? 3....在R包详细页面我们可以看到图中标出的位置，那就是R包的源代码文件，下载源代码问价，解压后文件的结构如下图： ? 4. 接下来就是激动人心的时刻了，进入R/目录，迎面而来是R语言代码文件了。 ? 5....我们首先打开主函数文件“Main.R”,然后就可以在R文件中检索我们想要的主函数名称。 ? ? 6. 当然，我们有时候并不满足于看看主函数，更想深入看其子函数程序，那也是没问题的，如图： ?...至此，我们便可以在R/目录下随心所欲查看R包的所有源程序。
大家应该很熟悉windows下的R语言，并且也知道如何安装R包。但是呢，如果对于我们这种Linux小白很好奇那些只有在Linux下才能用的包怎么能让我们在windows下体验下呢。...那么，作为神一样的R语言简直无所不能，他们开发了Rtool，这个工具不仅是为创建R包用的，同时也可以让那些以gz结尾的R包可以安装在windows环境下。...今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R包的。...接下来将是见证奇迹的时刻了，填充好title后再次运行编译程序： ? 那么我们的R包建好了，当然R包也是gz结尾的，意味着只有Linux下是好用的。...既然这样，那么我们正好可以来试验下我们R结合Rtool的强大。直接在window是下导入我们建好的R包，不过提前声明的是如果导入Linux下的R包最好是本地导入，而不是直接在线下载，那样是不会成功的。
当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，对于新手或需要一次性安装多个R包的用户来说，这个过程可能会有些繁琐。...为了大规模安装所需要的R包，你可以使用几种不同的方法。...以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...R包的网址bioconductor。...该项目是存放了大量用于生物研究的R包，很多做生物信息分析的人都会使用里面提供的R包。它的安装包是通过BiocManager包提供的install函数实现的。
下面是2月优秀学员投稿 超多朋友咨询R语言可视化的配色问题，我也简单整理了一下，希望对大家有帮助！...首先 scales包的show_col显示颜色函数有大用处，其次函数 colors() 列出了 R 识别的所有颜色名称。...首先是获取颜色，有独立的函数，加载ggsci包即可： library(ggsci) cl=pal_lancet("lanonc",alpha = 0.6)(4) cl library(scales)...Rcolorbrewer 专注于调色的R包：RColorBrewer，首先是显示所有的 调色板 display.brewer.all() 函数： library(RColorBrewer) display.brewer.all...grDevices 跟前面的专注于调色的R包：RColorBrewer有点类似，也是内置了各种各样的配色体系。
自杀式R包 只能安装成功一次，再次重复安装就会报错。 R包的依赖处理非常奇怪，随着安装R包的数量变多，有较大概率会遇到R包依赖崩溃的情况。...如果大家搜索过这个错误会发现遇到这个问题的人还挺多的，而且看起来他们的解决方案相对是没有切合问题本质或者是比较偶发的解决方案：如重新安装一个R包，修改R包的载入顺序等等。...调整R包的依赖项优先级和R包的DESCRIPTION文件有关系： R包结构 R包源码一般是一个压缩包的形式，后缀名tar.gz。...Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。当前包载入后，所有Depends中的R包也会被载入。...所以只需要把自杀包的源码下载后解压，然后将dbplyr添加到Depends那里，再压缩成tar.gz格式即可（不压缩也行），然后手动安装此包即可。
安装R语言的包的方法： 1....自动安装（在线安装） 在R的控制台,输入 install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra install.packages("stepNorm", contriburl...手动安装（离线安装） Windows: 下载package.zip文件 打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…” 选择package.zip...文件 Linux上安装R包（离线安装）: 下载package.tar.gz文件 在Shell终端（注意不是R）输入: sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 注意：需要sudo...查看全部安装的R包： .packages(all.available=T) 查看某个安装的R包： library("XML") help(package="XML")
云服务器
ICP备案
实时音视频
对象存储
云直播
