R语言作图——line plot

原创:黄小仙

最近小仙同学在Nature Cell Biology上看到了这样一张图，很常见的折线图画成这个样子——原来很常见的图标类型也可以“焕发新春”！

今天小仙同学就尝试用R复刻一张类似的折线图。

Step1. 绘图数据的准备

首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。

数据的格式如下图：一列表示一种变量，最后一列是每一行的行名。

假设我们有一组单细胞测序的基因表达量数据，第一至九列表示9种基因，第十列表示每一行细胞的标签。

Step2.绘图数据的读取

data<-read.csv(“yourfile path”, header = T)

#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F

ave<-read.csv("yourfile path", header = T)

#注释：ave表示平均值数据

Step3.绘图所需package的安装、调用

library(ggplot2)

library(reshape2)

#注释：package使用之前需要调用

Step4绘图

data_melt<-melt (data,id.vars="Cell")

ave_melt<-melt(ave, id.vars = "Type")

#注释：melt()函数把表格中的宽数据变成长数据，注意id.vars对应的参数是相应标签列的列名

p<-ggplot()+geom_line(data=data_melt,aes(x=variable,y=value,group=Cell),size=1,colour="gray")+

geom_line(data=ave_melt, aes(x=variable,y=value,group=Type),size=2,colour="#E3191C")+

theme(panel.background= element_blank(),axis.line = element_line(colour = "black"),

panel.border= element_rect(colour ="black",fill=NA))

p

好啦，今天的分享就到这里了。

今天小仙同学还想留一个问题，如果有很多个excel文件要转存为csv格式，手动操作是不是太慢了一点呢，用什么方法可以快一点呢？小仙同学有一个方法，下次揭晓哦!