小鼠表达芯片数据整合分析

本讲涉及到的芯片分别是:

GSE7762

GSE62346

GSE50382

视频里的示例会带领大家使用 包里面的函数下载每个表达芯片数据在数据库里面的数据,解析获得表达矩阵及对应的分组信息。

并且对表达矩阵进行简单QC,分析原因。

使用来进行表达芯片数据的差异分析,并且创建文件供软件使用。

对芯片差异分析结果进行注释基因ID,并绘制火山图,判断具有统计学显著的差异基因列表。

并且对差异基因列表进行下游的GO/KEGG注释!

因为是两年前的视频,所以里面有些代码还比较稚嫩,但是对初学者来说应该是比较容易理解的,现在写的代码都是各种函数包装,导致初学者无法理解和解析。

不过我已经在持续和一位神秘嘉宾沟通这个芯片数据处理课程啦,预计一个月左右会出炉,我的很多数据处理技巧会经由其录制给大家。

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  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20180219G0KFS300?refer=cp_1026
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