一款颜值高易上手的序列美化工具

之前,已经为大家介绍过两款序列显示工具:《如何用DNAMAN导出序列比对图?》和《ESPript:美得令人心动的序列显示工具》。两者都各有优缺点:前者出图易而不美,后者美而出图不易。今天,我给大家介绍一款出图美也相对易上手的软件——Jalview。

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软件介绍

Jalview是一款免费的多序列比对可视化与编辑分析软件,可用它来查看和编辑对位后的序列,也可进行相关的系统发育分析和主成分分析,甚至检查分子结构和注释。今天,我们主要关注如何用它来展示比对后的核酸或蛋白序列。

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软件安装

安装科研软件,有时候真的是很耗时间。你要花大量的时间寻找资源,有的需要Java开发环境,有的需要先装Python、Perl……还要配置环境变量。国外有很多网站,每个网站往往会罗列各种版本,找到对的版本也是很大的挑战。

比如今天安装的 Jalview 就耗费好多时间才找到对的版本,为了方便大家的安装,我会把我 Windows 和 MacOSX 的安装包上传到我们的论坛(今天来不及了),大家可以下载下来直接安装。其他操作系统版本的可到官网下载(http://www.jalview.org/Web_Installers/install.htm)。

因为我下载的版本是集成Java VM(includes Java VM)的,所以直接双击exe 文件安装即可,安装界面如下图。

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序列的显示

今天我们用到的示例序列文上文提到的两篇文章一样,是经过ClustalX 对位后的.aln格式文件。

首先,初次打开Jalview的界面是下图这样子的,自带各种功能的示例文件。我们把这些窗口都关掉。通过菜单File /Input Alignment/From File 文件类型选Clustal(.aln),导入对位后的序列文件“lala.aln”,这里Jalview 还支持fasta,pfam,phy等17种文件格式。

导入序列后,首先是文字调整,这里字体调整为Cambria,字体大小调整为14或16,方法见下图。

接下来为字母着色。Jalview自带丰富的着色方案(如下图),可通过Colour菜单下选择不同的着色方案。

它还甚至支持自定义着色方案,通过Colour/User Defined 可为感兴趣的氨基酸残基自定义颜色,方法见下图。

选定着色方案后,还可以进行微调,如通过Colour / Modify Conservation Threshold 调整保守性着色阈值,改变着色“范围”,如下图。

此外,还可以依照保守性调整字母的颜色,这里的颜色是从黑到白,也可以点击色块改变为其他的颜色,方法参考下图。

接下来就可以导出图片啦,图片格式建议选择 svg 和 png,保存成两种格式,前者用于文章发表,后者用于PPT展示,导出方法见下图。

图片展示时,可对导出的图片做一些裁剪,保留重点展示的序列区域,最终的效果如下图。

今天的内容就到这里啦~

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  • 原文链接:http://kuaibao.qq.com/s/20171208B0QGUG00?refer=cp_1026

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