想发高分文章？不了解PX数据库怎么行

在进行蛋白质组学相关领域的期刊投稿时，编辑通常会要求我们将蛋白组学的原始数据提交到第三方平台上。那问题来了，数据需要上传到哪个数据库？如何上传？下面小编就手把手教一下大家如何运用ProteomeXchang数据库上传蛋白原始数据。

ProteomeXchang 介绍

ProteomeXchang（简称PX），是一个蛋白质组学的数据库，在蛋白质组学如火如荼的今天， PX是应用较为广泛的蛋白质组学质谱数据存储平台。

图1. ProteomeXchang主页

研究者可以根据需要选择通过ProteomeXchange客户端直接上传质谱的原始数据。PX数据上传工具下载及帮助页面：http://www.ebi.ac.uk/pride/help/archive/submission

图2. PX数据上传工具下载及帮助

PX数据提交方式

PX数据的提交方式有两种：

一种是依赖于搜索结果文件mzIdentML or PRIDE XML的完整提交方式，对数据的格式有要求，适合部分数据

另一种是部分提交方式，适合所有数据的上传

PX数据上传步骤

以下步骤适合所有数据的上传，PX数据上传工具可从图2所示网址下载，如版本px-submission-tool-2.4。

单击px-submission-tool-2.4.rar打开软件（需要安装1.6以上的jre），打开界面如图3和图4所示：

图3. PX数据上传工具

图4. PX数据上传界面

选择Partial Submisson选项，点击“Next”，出现图5：

图5. PX数据警告信息

点击“是”，出现上传所需要的数据，图6所示，包括搜索的结果文件、原始质谱数据（Raw data）、实验信息等：

图6. 需要的数据信息

点击“Next”，进行账号的登录。如果有账号，直接登录；没有的话，需要注册。图7所示：

图7 账号登录

点击“Next”，数据描述。包括项目名称、关键字、项目描述等。图8所示：

图8 数据描述

点击“Next”，添加文件。包括必须的文件搜索结果文件和raw文件等，如图9：

图9 增加数据

点击“Next”，文件的关联。如图10：

图10 数据关联

点击“Next”，添加实验详细信息。包括物种、组织、仪器等，如图11：

图11 实验详细信息

点击“Next”，实验室信息。包括实验室PI、邮箱、项目描述，如图12：

图12实验室信息

点击“Next”，额外的信息。这一步可选，不写也可以，如图13：

图13额外的信息

点击“Next”，数据总结。包括数据个数、类型，如图14：

图14数据总结

点击Submit，完成数据的上传。

注意：如果单击打不开，转到px目录利用cmd打开: java -jar px-submission-tool-2.0.1.jar

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