首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布

公共数据库和大规模计划笔记3-DEPO数据库

新年伊始,开年热搜大戏“不知知网”热度未减。趁着CNKI依旧占据热搜,基因研究媛持续介绍“公共数据库和大规模计划笔记”系列第三篇“DEPO数据库(Database of Evidence for Precision Oncology)”。

下图是DEPO药物基因变异的数据分布情况,每条信息分不同证据级别,描述了相关信息来源的质量,从高到底分别为FDA-approved、clinical trial、preclinical和case report,变异包括CNV、Fusions、Expression outlier和Mutations。

DEPO数据库有两种检索方法:

(1)普通检索

以皮肤黑色素瘤(SKCM)中的BRAF基因错义突变为例,下表第一行显示的药物敏感,证据级别为FDA批准,表格最右列的文献链接是2015年发表在NEJM上的“Improved overall survival in melanoma withcombined dabrafenib and trametinib“结果。第5项结果的证据级别为临床试验,而第三项药物的效果为耐药。

(2)HotSpot3D聚类检索

HotSpot3D利用三维蛋白质结构来识别蛋白质变异互作和蛋白质变异-药物互作聚类,并将这些聚类与已知或潜在的相互作用基因功能变异、蛋白质结构域相关联,从而识别潜在的功能位点。其数据来源于Protein Data Bank(PDB)和DrugPort数据库。

下图1是蛋白质结构:已知药物活性的蛋白质空间可视化,HotSpot3D预测蓝色部分是具有功能意义的药物作用候选位点。

图1 蛋白质结构

下图2是利用Hotspot3D算法找到的治疗药物:可以看到第二行的药物PLX4720是耐药的,研究结果来源于“CancerDR: cancer drug resistance database”这篇论文。

图2 利用Hotspot3D算法找到的治疗药物

总结:

DEPO数据库数据来源比较可靠,参考文献[2]是数据库作者利用TCGA数据进行的多组学数据集成分析,其中大量用到了DEPO数据库,可以参考。

新年祝福,希望大家在“不知知网”时,也可以义正言辞的讲“知DEPO”鸭!(如需转载文章,请注明出处或在对应文章中留言联系作者,谢谢合作。)

参考文献:

1. Sun, Sam Q., et al. "Database ofevidence for precision oncology portal." Bioinformatics 34.24 (2018):4315-4317.

2. SenguptaS, Sun S Q, Huang K, et al. Integrative omics analyses broaden treatmenttargets in human cancer[J]. Genome medicine, 2018, 10(1): 60.

  • 发表于:
  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20190214G0UM9C00?refer=cp_1026
  • 腾讯「腾讯云开发者社区」是腾讯内容开放平台帐号(企鹅号)传播渠道之一,根据《腾讯内容开放平台服务协议》转载发布内容。
  • 如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

扫码

添加站长 进交流群

领取专属 10元无门槛券

私享最新 技术干货

扫码加入开发者社群
领券