在进行蛋白质组学相关领域的期刊投稿时,编辑通常会要求我们将蛋白组学的原始数据提交到第三方平台上。那问题来了,数据需要上传到哪个数据库?如何上传?下面小编就手把手教一下大家如何运用ProteomeXchang数据库上传蛋白原始数据。
ProteomeXchang 介绍
ProteomeXchang(简称PX),是一个蛋白质组学的数据库,在蛋白质组学如火如荼的今天, PX是应用较为广泛的蛋白质组学质谱数据存储平台。
图1. ProteomeXchang主页
研究者可以根据需要选择通过ProteomeXchange客户端直接上传质谱的原始数据。PX数据上传工具下载及帮助页面:http://www.ebi.ac.uk/pride/help/archive/submission
图2. PX数据上传工具下载及帮助
PX数据提交方式
PX数据的提交方式有两种:
一种是依赖于搜索结果文件mzIdentML or PRIDE XML的完整提交方式,对数据的格式有要求,适合部分数据
另一种是部分提交方式,适合所有数据的上传
PX数据上传步骤
以下步骤适合所有数据的上传,PX数据上传工具可从图2所示网址下载,如版本px-submission-tool-2.4。
单击px-submission-tool-2.4.rar打开软件(需要安装1.6以上的jre),打开界面如图3和图4所示:
图3. PX数据上传工具
图4. PX数据上传界面
选择Partial Submisson选项,点击“Next”,出现图5:
图5. PX数据警告信息
点击“是”,出现上传所需要的数据,图6所示,包括搜索的结果文件、原始质谱数据(Raw data)、实验信息等:
图6. 需要的数据信息
点击“Next”,进行账号的登录。如果有账号,直接登录;没有的话,需要注册。图7所示:
图7 账号登录
点击“Next”,数据描述。包括项目名称、关键字、项目描述等。图8所示:
图8 数据描述
点击“Next”,添加文件。包括必须的文件搜索结果文件和raw文件等,如图9:
图9 增加数据
点击“Next”,文件的关联。如图10:
图10 数据关联
点击“Next”,添加实验详细信息。包括物种、组织、仪器等,如图11:
图11 实验详细信息
点击“Next”,实验室信息。包括实验室PI、邮箱、项目描述,如图12:
图12实验室信息
点击“Next”,额外的信息。这一步可选,不写也可以,如图13:
图13额外的信息
点击“Next”,数据总结。包括数据个数、类型,如图14:
图14数据总结
点击Submit,完成数据的上传。
注意:如果单击打不开,转到px目录利用cmd打开: java -jar px-submission-tool-2.0.1.jar
小贴士
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