最近打算练习下chip-seq数据分析,于是,从ncbi下载了两份sra数据,先用fastq-dump把sra文件转换成fastq格式文件,又用fastqc软件对fastq文件进行了测序数据质量评估,产生的质量评估文件包含html主zip压缩文件,保存放于服务器。
于是问题来了,既然文件在服务器上,我怎么查看质量评估文件,看下测序数据合不合格?用U盘拷备,是个方法,scp命令传输到本地,也是个方法,这些方法,有点儿麻烦,效率还不高!
现在世界讲究效率,有一个很不错的办法即高效又方便,那就是用Python自带的一个WEB服务器模块:SimpleHTTPServer。
使用起来相当地容易:
SimpleHTTPServer使用方法:
1)通过命令行,在服务器上进入质量评估文件所在目录
2)执行命令python -m SimpleHTTPServer端口号
注意:端口号不填的话,则默认使用8000端口。
3)浏览器访问该主机的地址:http://IP:端口号/
命令:python -m SimpleHTTPServer 8080 ,端口号设置为8080
服务器IP为192.168.1.104,在我工作的电脑上,用浏览器打开 http://192.168.1.104:8080/ 就会出现文件列表了。
点击第一个文件,就可以非常方便地查看让咱做生信分析的小伙伴非常开心,可能也非常郁闷的质控结果图表了:
看到质控结果图表,俺还算开心,俺要继续下面的流程了,祝好运 !
今天的分享就到这里了,希望本文内容能给您的工作带来方便!
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