WGCNA加权共表达分析全流程分析教程

WGCNA表达数据的预处理和查看是否有离群样本

教学视频窗口截图

参数解释

func_id__col: 表达数据文件的索引列

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:基因表达矩阵数据集文件路径

run_read_file: 是否要读取文件

run_analysis_type_name:分析项目名称

run_add__res__dir:是否要创建res_dir结果目录

run_add_save_file_prefix: 是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir: 是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses/4.4.remove_outlier_samples/4.4.remove_outlier_samples_filtred_merged_main.csv ;

run_read_file: TRUE ;

run_analysis_type_name: 7.1.wgcna_preprocess ;

run_add__res__dir: TRUE ;

run_add_save_file_prefix: TRUE ;

run_add__parent__dir: TRUE

运行中的显示信息

运行完成的显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.1.wgcna_preprocess; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.1.wgcna_preprocess\7.1.wgcna_preprocess_last_final_run_res_log.csv

结果展示

结果文件列表

样本聚类结果

剔除离群样本

教学视频

参数解释

func_connectivity__threshold:连接度阈值

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:wgcna第一步预处理后的结果

run_read_file:是否要读取文件

run_analysis_type_name:分析项目名称

run_add__res__dir:是否要创建res_dir结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

func_connectivity__threshold: -2 ;

nested_function: TRUE ;

run_read_file: TRUE ;

run_analysis_type_name: 7.2.wgcna_outlier_sample_remove ;

run_add__res__dir: TRUE ;

run_add_save_file_prefix: TRUE ;

run_add__parent__dir: TRUE

窗口截图

运行中的显示信息

执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.2.wgcna_outlier_sample_remove; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.2.wgcna_outlier_sample_remove\7.2.wgcna_outlier_sample_remove_last_final_run_res_log.csv

运行完成的显示信息

结果文件展示

结果文件列表

连接度可视化

wgcna的网络构建

参数解释

func_group__info__file: 分组列文件

func_sample__id__col:样本的id列名

func_group__col:分组列名

func_power:第三步计算出的软阈值

func_corType:相关性的计算方法

func_TOMType: TOM类型,是否有正负号之分

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:wgcna第二步的结果

run_read_file:是否要读取文件

run_analysis_type_name:分析项目名称

run_add__res__dir:是否要创建res_dir结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

func_power: 20 ;

func_corType: pearson ;

func_TOMType: signed ;

nested_function: TRUE ;

run_read_file: TRUE ;

run_add__res__dir: TRUE ;

run_add_save_file_prefix: TRUE ;

run_add__parent__dir: TRUE

窗口截图

运行中的显示信息

运行完成的显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.4.wgcna_network_build; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.4.wgcna_network_build\7.4.wgcna_network_build_last_final_run_res_log.csv

结果文件展示

结果文件列表

结果图展示

wgcna的性状最相关的模块的散点图可视化

教学视频

该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1UJ4m137L1/

参数解释

func_trait__module__info__file:挑选的跟性状最相关的颜色模块文件

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path: wgcna第四步的结果

run_read_file:是否要读取文件

run_analysis_type_name: 分析项目名称

run_add__res__dir:是否要创建res_dir结果目录

run_add_save_file_prefix: 是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

func_trait__module__info__file: D:/omics_tools/demo_data/wgcna_trait_module_info.csv ; nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses/7.4.wgcna_network_build/7.4.wgcna_network_build_network_module_cor_res.RData ;

run_read_file: FALSE ;

run_analysis_type_name: 7.5.wgcna_module_trait_gene ;

run_add__res__dir: TRUE ;

run_add_save_file_prefix: TRUE ;

run_add__parent__dir: TRUE

窗口截图

运行中的显示信息

分析正在执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.5.wgcna_module_trait_gene; 运行结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.5.wgcna_module_trait_gene\7.5.wgcna_module_trait_gene_last_final_run_res_log.csv

分析结果展示

结果文件列表

结果文件展示

wgcna的TOM拓扑矩阵计算和导出到cytoscape

参数解释

func_power: 第三步计算出的软阈值

func_corType: 相关性的计算方法

func_TOMType: TOM类型,是否有正负号之分

func_module__color: 选取的最相关的模块颜色，多个模块之间用;分号分隔

func_network__RData__file: 第四步的网络模块相关性结果RData文件

nested_function: 是否嵌套函数

run_file_path: wgcna第二步处理后的表达矩阵rds文件

run_read_file: 是否要读取文件

run_analysis_type_name: 分析项目名称

run_add__res__dir: 是否要创建res_dir结果目录

run_add_save_file_prefix: 是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir: 是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

func_power: 20 ;

func_corType: pearson ;

func_TOMType: signed ;

func_module__color: blue ;

run_read_file: FALSE ;

run_analysis_type_name: 7.6.wgcna_output_to_cytoscape ;

run_add__res__dir: TRUE ;

run_add_save_file_prefix: TRUE ;

run_add__parent__dir: TRUE

窗口截图

运行中的显示信息

结果展示

结果文件类别

结果文件信息

wgcna的TOM拓扑矩阵计算和导出到cytoscape

教学视频

该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1aT421v7kZ/参数解释

func_power: 第三步计算出的软阈值

func_corType: 相关性的计算方法

func_TOMType: TOM类型,是否有正负号之分

func_module__color: 选取的最相关的模块颜色，多个模块之间用;分号分隔

func_network__RData__file: 第四步的网络模块相关性结果RData文件

nested_function: 是否嵌套函数

run_file_path: wgcna第二步处理后的表达矩阵rds文件

run_read_file: 是否要读取文件

run_analysis_type_name: 分析项目名称

run_add__res__dir: 是否要创建res_dir结果目录

run_add_save_file_prefix: 是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir: 是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

func_power: 20 ;

func_corType: pearson ;

func_TOMType: signed ;

func_module__color: blue ;

run_read_file: FALSE ;

run_analysis_type_name: 7.6.wgcna_output_to_cytoscape ;

run_add__res__dir: TRUE ;

run_add_save_file_prefix: TRUE ;

run_add__parent__dir: TRUE

窗口截图

运行中的显示信息

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结果文件类别

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