首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布

谷子功能基因组学数据库

谷子(Setaria italica)最早在8700多年前在我国北方由野生物种驯化而来,在全球的自然和农业生态系统中,它被作为人类食物和饲料。粟米具有身材矮小,生长季节短,自花授粉,抗旱,高光效等优良特性,并且谷子作为C4植物其光合作用也是极具研究意义。

随着近年来的发表的两篇基因组文章,加快对其转录因子、代谢途径的研究,但是,这些分析通常发表于不同杂志期刊,缺少一个整合性,研究人员不方便获取这些已知的分析数据。

所以,由中国农业大学生物学院整合谷子数据和分析结果构建谷子功能基因组学数据库,并发表于Molecular Plant(15年比较早)

网址:http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/

该数据库通过基因组浏览器(Gbrowse)将

公共数据源

基因组序列,转录序列,蛋白质序列,表达序列标签(EST)

miRNA-seq和RNA-seq数据的整合成平台。

同时,数据库还提供了一些基因功能分析工具,

包括基因家族鉴定高级搜索和基序分析。大致具体功能见下图:

数据库将Pfam,InterPro-Scan,BLAST,HMM等多种分析工具结合起来,鉴定了基因家族,并对这些家族进行分析,如转录调节因子,细胞色素P450蛋白,碳水化合物活性酶等。结合KEGG数据库将结果进行进一步分析。同时收集植物顺式元件,与GO数据库进行分析。还有一些motif分析工具等。

最后就是现在比较流行的功能分析工具,如搜索工具、代谢途径描述、直系同源转化(图1A);motif分析工具(图1B);GBrowse(图1F)和同线性关系在两个基因组之间(图1E)以及BLAST搜索工具可用于同源性发现(图1D)。

总之,SIFGD旨在整合来自各个出版物的现有数据,提高基因注释的比例,并为Setaria研究人员提供便利格式的流行功能分析工具,加速科研产出。

参考文献

You Q, Zhang L, Yi X, et al. SIFGD: Setaria italica Functional Genomics Database[J]. 分子植物(英文版), 2015, 8(1):967-970.

  • 发表于:
  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20171212B0315P00?refer=cp_1026
  • 腾讯「腾讯云开发者社区」是腾讯内容开放平台帐号(企鹅号)传播渠道之一,根据《腾讯内容开放平台服务协议》转载发布内容。
  • 如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

扫码

添加站长 进交流群

领取专属 10元无门槛券

私享最新 技术干货

扫码加入开发者社群
领券